(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

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  93 .....L.E....VI.G...G...KWK.VV...IL..C..H..L.....T...K.....G...T..
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 298 .....I.Q....LL.E...G...RWK.LI...IL..F..H..L.....F...D.....Gk..V..
 299 .....L.E....RV.G...E...WWS.IL...IL..R..D..A.....F...Y.....G...L..
 300 .....V.N....LF.G...D...KWK.FL...II..R..D..L.....M...D.....G...K..
 301 .....L.S....RI.G...D...KWS.VL...VI..M..L..L.....R...E.....R...S..
 302 .....L.L....LI.S...D...KWK.VL...II..R..D..L.....L...P.....G...K..
 303 .....L.R....LL.E...G...RWK.LI...IL..F..H..L.....F...D.....Gk..V..
 304 .....L.S....VI.G...G...KWK.MV...II..Y..L..L.....Ae..N.....E...T..
 305 .....L.S....LV.G...G...KWK.KH...IL..F..W..L.....W...H.....Rk..V..
 306 .....L.A....VI.G...G...KWK.AA...IL..Y..H..L.....A...Q.....Q...T..
 307 .....M.Q....QI.G...G...KWS.TL...LL..D..V..L.....A...D.....R...P..
 308 .....L.D....QI.G...D...KWT.LL...IL..L..T..L.....I...P.....G...P..
 309 .....L.S....LI.G...G...KWK.MM...IL..Y..W..L.....Ft..Y.....P...Pa.
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 443 .....M.Q....QI.G...G...KWS.TL...LL..E..V..L.....A...A.....E...P..
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 497 .....L.D....VI.R...T...KWT.FL...II..R..D..L.....Li..E.....G...T..
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 500 .....F.E....IL.G...K...RWT.GL...II..R..V..L.....L...S.....G...P..
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 130 ...Q.R.-.-.....FSELT.K.GI.....N.....G....ISQKMLTQQLRQLETDG.I....I
 131 ...K.R.-.-.....TCELK.Q.LM.....S.....G....ITQKMLTQQLRELEEDG.V....I
 132 ...M.R.-.-.....FNALL.R.QL.....G.....T....VTQRSLTKQLRELEADG.I....V
 133 ...R.R.-.-.....FSDLQ.R.SL.....V.....G....VSQKVLTSQLRELEADG.V....L
 134 ...K.R.-.-.....FNELQ.R.SL.....T.....G....ITQKMLTQHLREMEADG.L....V
 135 ...L.R.-.-.....FGQLK.S.SI.....G.....S....VSQKVLTAQLRAMEADG.L....V
 136 ...K.R.-.-.....FGELK.K.SI.....G.....H....VSQKVLTAQLREMESSG.L....L
 137 ...K.R.-.-.....FNELK.S.LM.....P.....N....ITQRMLVNQLRELESDF.I....V
 138 ...Q.R.-.-.....FSDLE.R.LI.....P.....G....ITQKMLAQQLRRLEADG.I....V
 139 ...I.R.-.-.....FNELL.R.ML.....P.....G....ISKGILTRQLRELEEDE.L....V
 140 ...HcR.-.-.....FGELR.R.LL.....P.....G....ITEKVLSSHLREMEADG.V....V
 141 ...R.R.-.-.....FGELR.R.GL.....P.....G....VSEKMLIQHLREMEEDG.L....V
 142 ...L.R.-.-.....FSEIN.R.RI.....P.....K....ITQRMLTRTLRELESSG.L....I
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 144 ...I.R.-.-.....TNEFR.R.LI.....P.....G....ISQKMLTSQLRELEQAG.L....I
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 150 ...L.R.-.-.....FNEIR.R.RL.....P.....N....VTQRMLTNQLRELEADG.L....I
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 342 ...K.R.-.-.....TSELQ.R.LI.....P.....E....ISVRMLTQQLRELEDDG.V....I
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 347 ...Q.R.-.-.....FNALA.R.AV.....P.....D....ISRRMLTETLRHLERDG.L....I
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1208 ...H.R.-.-.....FEGIR.A.GT.....-.....G....APRAVLVERLRALERAG.V....L
1209 ...R.R.-.-.....PVDLR.E.RI.....G.....G....ISSKVLTETLRRLQFNG.L....V
1210 ...Q.R.-.-.....FKDIA.H.SV.....T.....K....CSDRVLVERLKSLEEAG.L....V
1211 ...H.H.-.-.....FEEFL.N.EL.....-.....G....IARNILSNRLSRLVEHG.I....L
1212 ...M.R.-.-.....FAEIR.R.KV.....E.....G....ISDRMLSQTLAQLERDG.M....V
1213 ...S.R.-.-.....FSEFT.R.SL.....-.....G....VASDVLTARLAMLVDEG.I....L
1214 ...K.R.-.-.....FLELQ.R.AI.....P.....G....ISRKVLTDQLKELERLG.M....V
1215 ...R.R.S.-.....YGELLaQ.SE.....E.....R....IASNILADRLKRLTASG.L....L
1216 ...R.R.-.-.....YDDLR.Q.SS.....-.....G....VTNATLSDRLKLLEENG.L....V
1217 ...M.R.-.-.....FKDLA.R.CI.....E.....A....CSDRVLVERLKELEREE.I....V
1218 ...L.R.-.-.....LSELE.K.KL.....P.....D....INQRMLIRQLRELEKDM.I....I
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1222 ...L.H.-.-.....FNELA.R.RI.....P.....D....CTRRMLALQLHELVEAQ.I....I
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1263 t..R.R.-.-.....FSELM.D.AL.....D.....G....ITQKVLSERLKELEEEG.I....L
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1408 ...T.R.-.-.....FNDLR.R.GV.....P.....K....MSRSLLATRLRELEDFG.V....I
1409 ...R.R.Y.-.....FRELL.NgSD.....E.....G....IASNVLSSRLKALVAGG.I....L
1410 ...L.R.-.-.....TGELR.R.RL.....A.....A....VSQKVLTEQLRELERDG.L....V
1411 ...C.S.-.-.....FSELY.H.SI.....A.....G....ITQKMLLEQLRELKHFG.L....I
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1633 ...K.S.-.-.....VGELE.R.LI.....-.....G....LSQSALSQHLARLRRDN.L....V
1634 ...K.A.-.-.....VGELE.A.AL.....-.....G....IRQPTLSQQLGVLRSDG.L....V
1635 ...S.S.-.-.....VGELE.K.DL.....-.....G....IRQPTLSQQLTVLREEG.L....V
1636 ...K.R.-.-.....TGELK.R.LI.....P.....N....ITQKNAH----------.-....-
1637 ...M.S.-.-.....FNGLE.K.TV.....-.....G....VYPDTLNKRLKEMLKYD.L....I
1638 ...R.S.-.-.....VGELA.Q.AC.....-.....G....VAQPTMSQQLKRLKDAG.L....I
1639 ...R.R.-.-.....PSELL.R.LV.....K.....G....IEERVLFDRLKRLTAVG.V....V
1640 ...M.T.-.-.....VGALA.D.SI.....-.....G....ISQSALSQHLARLRDDG.I....V
1641 ...M.R.-.-.....FVRIA.E.AA.....-.....R....LDNGLARQQLLRLQADG.L....V
1642 ...-.-.-.-.....-----.-.--.....-.....-....-----------------.-....-
1643 ...H.R.-.-.....FNALS.R.LL.....A.....P....ATPRALSQGLSALGTHG.L....V
1644 ...L.H.-.-.....LLALS.R.DL.....-.....Q....IGQPVLRNRLNMLRELG.L....V
1645 ...S.H.-.-.....FNDIK.R.NL.....R.....T....ITDRALSQSLKTLEGRQ.W....V
1646 ...T.E.-.-.....IMNLR.Q.RV.....R.....G....LSTLKLLNVLAKLTELG.L....V
1647 ...AgR.-.-.....QAPLL.T.AT.....-.....G....ASRTAFAQSIDHLISIG.L....L
1648 ...A.R.-.-.....FVELA.H.RL.....-.....G....LARDSLTRTLDAAATLG.W....V


                                    80                       90        
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 176 ..T....R.H.....Vfpts.P...P.....S....V.E.....YRL.A.D.L.G.RS....LL.
 177 ..F....R.Hdyge.N.....P...P.....R....V.E.....YGL.T.E.L.G.RQ....MI.
 178 ..A....R.Hvypq.V.....P...P.....K....V.E.....YEL.T.P.F.G.KT....LA.
 179 ..T....R.Kvyae.V.....P...P.....R....V.E.....YTL.T.E.L.G.RS....LR.
 180 ..E....R.Tifpe.V.....P...V.....R....V.E.....YEL.T.K.M.G.RE....LV.
 181 ..N....R.Kiyqe.I.....P...P.....R....V.E.....YSL.S.E.Y.G.QS....LN.
 182 ..A....R.Hvypq.V.....P...P.....K....V.E.....YEL.T.P.F.G.TT....LA.
 183 ..E....R.Kvynq.V.....P...P.....K....V.E.....YYL.S.D.Y.G.QS....LS.
 184 ..V....R.Qvfav.V.....P...L.....K....V.E.....YSL.S.T.L.G.QS....MR.
 185 ..K....R.Kvyae.V.....P...P.....R....V.E.....YSL.T.P.L.G.QS....LE.
 186 ..D....R.Kiype.V.....P...P.....K....V.E.....YSL.T.P.R.G.RS....LA.
 187 ..K....R.Keypq.V.....P...P.....K....V.E.....YSL.T.D.K.A.ES....LL.
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 363 ..T....R.Fvhhq.V.....P...P.....K....V.E.....YGL.T.E.W.G.QS....LC.
 364 ..V....R.Kvynq.V.....P...P.....K....V.E.....YSL.S.P.Y.G.ET....LN.
 365 ..T....R.Tvfps.I.....P...P.....R....V.D.....YAL.T.A.L.G.RT....LL.
 366 ..D....R.Vsypv.V.....P...P.....H....V.E.....YSL.T.P.L.G.VE....VS.
 367 ..L....R.Tvyaq.V.....P...P.....Q....V.D.....YRL.T.P.W.G.QA....LC.
 368 ..H....R.Evfpv.V.....P...P.....K....V.E.....YSL.T.D.F.G.KT....LK.
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 370 ..E....R.Tvypq.V.....P...P.....K....V.E.....YAL.S.E.M.G.VA....LG.
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 521 P.HL.LA..M.V.DWAe.K.G..M.P.H..I.Aaaraa-
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 535 P.VV.MA..I.V.HWGd.V.H..M.S.G..E.Egr...P
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 542 H.SI.TP..I.I.VWSe.T.H..I.D.A..VlDart..-
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 545 E.VL.IA..M.A.I--..-.-..-.-.-..-.-.....-
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