# TARGET T0459 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212.154 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.389 0.177 0.067 0.118 0.079 0.062 0.043 0.026 0.020 0.013 0.007 2 N 0.416 0.148 0.050 0.112 0.090 0.062 0.055 0.030 0.020 0.011 0.005 3 A 0.216 0.220 0.118 0.176 0.115 0.058 0.049 0.023 0.014 0.007 0.004 4 M 0.067 0.076 0.043 0.121 0.121 0.117 0.157 0.115 0.083 0.064 0.036 5 L 0.050 0.059 0.061 0.138 0.164 0.147 0.161 0.087 0.063 0.043 0.027 6 R 0.128 0.162 0.200 0.222 0.110 0.065 0.060 0.024 0.016 0.009 0.005 7 Y 0.076 0.057 0.053 0.098 0.097 0.113 0.196 0.114 0.093 0.066 0.036 8 G 0.419 0.218 0.064 0.099 0.063 0.042 0.038 0.021 0.018 0.012 0.007 9 D 0.335 0.244 0.075 0.135 0.078 0.052 0.042 0.018 0.012 0.007 0.004 10 T 0.297 0.167 0.088 0.161 0.109 0.070 0.055 0.023 0.016 0.009 0.005 11 E 0.279 0.151 0.083 0.174 0.115 0.079 0.057 0.029 0.019 0.010 0.005 12 I 0.077 0.130 0.064 0.180 0.182 0.134 0.116 0.059 0.036 0.016 0.008 13 C 0.061 0.046 0.028 0.052 0.060 0.078 0.143 0.157 0.166 0.126 0.082 14 I 0.222 0.099 0.049 0.119 0.116 0.107 0.120 0.066 0.050 0.033 0.020 15 D 0.190 0.148 0.089 0.165 0.115 0.080 0.082 0.050 0.040 0.026 0.014 16 P 0.059 0.112 0.042 0.115 0.117 0.135 0.146 0.096 0.081 0.061 0.035 17 S 0.041 0.049 0.023 0.056 0.067 0.092 0.160 0.147 0.150 0.124 0.092 18 E 0.179 0.101 0.080 0.163 0.171 0.142 0.098 0.033 0.020 0.008 0.004 19 S 0.097 0.114 0.136 0.246 0.164 0.115 0.083 0.024 0.011 0.005 0.004 20 V 0.004 0.007 0.013 0.033 0.033 0.040 0.112 0.157 0.215 0.212 0.174 21 L 0.005 0.002 0.011 0.014 0.022 0.044 0.149 0.170 0.219 0.205 0.159 22 H 0.012 0.028 0.424 0.289 0.138 0.064 0.028 0.009 0.004 0.002 0.002 23 L 0.001 0.006 0.034 0.038 0.079 0.195 0.335 0.144 0.087 0.055 0.027 24 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.007 0.011 0.050 0.089 0.182 0.280 0.365 25 G 0.031 0.048 0.045 0.086 0.121 0.156 0.242 0.117 0.083 0.044 0.027 26 K 0.359 0.159 0.192 0.176 0.061 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 27 K 0.059 0.075 0.066 0.143 0.186 0.177 0.173 0.060 0.036 0.018 0.008 28 Y 0.005 0.005 0.006 0.014 0.015 0.029 0.116 0.142 0.231 0.228 0.208 29 T 0.008 0.029 0.041 0.119 0.185 0.216 0.225 0.083 0.057 0.026 0.011 30 M 0.003 0.008 0.018 0.025 0.021 0.037 0.131 0.188 0.226 0.223 0.119 31 L 0.001 0.003 0.008 0.038 0.068 0.116 0.210 0.223 0.157 0.108 0.068 32 I 0.001 0.002 0.008 0.007 0.006 0.008 0.049 0.120 0.248 0.297 0.255 33 I 0.001 0.001 0.012 0.024 0.025 0.030 0.092 0.163 0.243 0.238 0.171 34 S 0.002 0.006 0.040 0.053 0.074 0.116 0.232 0.173 0.179 0.088 0.039 35 V 0.003 0.010 0.022 0.059 0.087 0.136 0.278 0.191 0.136 0.061 0.019 36 L 0.002 0.005 0.008 0.015 0.016 0.026 0.099 0.173 0.267 0.241 0.148 37 G 0.069 0.093 0.059 0.147 0.149 0.138 0.164 0.087 0.053 0.026 0.013 38 N 0.295 0.244 0.076 0.168 0.100 0.056 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 39 G 0.451 0.168 0.046 0.106 0.079 0.052 0.044 0.025 0.017 0.009 0.004 40 S 0.554 0.162 0.038 0.074 0.047 0.036 0.038 0.020 0.016 0.010 0.006 41 T 0.272 0.178 0.046 0.120 0.102 0.084 0.087 0.047 0.035 0.020 0.009 42 R 0.109 0.089 0.026 0.094 0.099 0.106 0.150 0.125 0.101 0.063 0.036 43 Q 0.357 0.125 0.061 0.104 0.088 0.070 0.076 0.047 0.033 0.024 0.015 44 N 0.064 0.144 0.082 0.225 0.164 0.120 0.103 0.046 0.029 0.017 0.006 45 F 0.024 0.027 0.021 0.048 0.062 0.095 0.181 0.167 0.173 0.124 0.077 46 N 0.312 0.145 0.206 0.189 0.077 0.033 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 47 D 0.066 0.098 0.165 0.241 0.167 0.118 0.094 0.030 0.013 0.006 0.002 48 I 0.007 0.009 0.041 0.028 0.029 0.048 0.135 0.169 0.213 0.186 0.135 49 R 0.005 0.014 0.056 0.159 0.238 0.206 0.197 0.074 0.035 0.013 0.005 50 S 0.031 0.084 0.585 0.172 0.074 0.032 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 51 S 0.050 0.108 0.158 0.194 0.184 0.147 0.104 0.031 0.015 0.006 0.002 52 I 0.020 0.016 0.019 0.023 0.029 0.047 0.150 0.172 0.195 0.180 0.148 53 P 0.343 0.303 0.117 0.134 0.059 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 54 G 0.436 0.200 0.120 0.112 0.062 0.039 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 55 I 0.062 0.064 0.036 0.059 0.063 0.076 0.140 0.121 0.126 0.122 0.132 56 S 0.064 0.132 0.097 0.144 0.120 0.120 0.139 0.069 0.055 0.034 0.026 57 S 0.322 0.167 0.149 0.160 0.093 0.056 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 58 T 0.254 0.153 0.157 0.204 0.103 0.065 0.045 0.012 0.005 0.002 0.001 59 I 0.031 0.037 0.076 0.085 0.090 0.126 0.210 0.132 0.102 0.066 0.044 60 L 0.004 0.011 0.084 0.062 0.054 0.084 0.210 0.142 0.146 0.127 0.075 61 S 0.006 0.020 0.267 0.137 0.126 0.157 0.183 0.062 0.026 0.011 0.004 62 R 0.040 0.050 0.533 0.227 0.089 0.034 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 63 R 0.003 0.011 0.057 0.069 0.102 0.154 0.299 0.148 0.086 0.050 0.022 64 I 0.001 0.002 0.054 0.017 0.023 0.038 0.144 0.137 0.210 0.212 0.162 65 K 0.003 0.010 0.362 0.180 0.193 0.126 0.093 0.022 0.008 0.002 0.001 66 D 0.010 0.058 0.450 0.271 0.129 0.056 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 67 L 0.003 0.005 0.044 0.014 0.017 0.029 0.139 0.165 0.252 0.203 0.128 68 I 0.004 0.005 0.039 0.054 0.089 0.134 0.291 0.167 0.112 0.066 0.038 69 D 0.039 0.072 0.698 0.116 0.048 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 70 S 0.017 0.049 0.083 0.223 0.202 0.209 0.146 0.047 0.016 0.007 0.001 71 G 0.420 0.241 0.074 0.080 0.056 0.044 0.040 0.021 0.013 0.007 0.003 72 L 0.020 0.049 0.065 0.128 0.137 0.138 0.182 0.105 0.089 0.053 0.034 73 V 0.015 0.022 0.036 0.044 0.069 0.086 0.203 0.164 0.177 0.120 0.065 74 E 0.096 0.200 0.111 0.298 0.171 0.062 0.038 0.014 0.007 0.002 0.001 75 R 0.113 0.068 0.029 0.070 0.087 0.099 0.165 0.134 0.117 0.075 0.042 76 R 0.305 0.233 0.059 0.159 0.106 0.061 0.040 0.018 0.011 0.006 0.003 77 S 0.264 0.145 0.032 0.123 0.103 0.091 0.106 0.057 0.041 0.025 0.011 78 G 0.403 0.159 0.055 0.110 0.072 0.055 0.057 0.037 0.026 0.017 0.008 79 Q 0.471 0.179 0.052 0.125 0.068 0.041 0.033 0.015 0.009 0.005 0.002 80 I 0.183 0.203 0.067 0.191 0.135 0.092 0.065 0.033 0.018 0.010 0.004 81 T 0.072 0.069 0.027 0.082 0.090 0.097 0.151 0.140 0.130 0.091 0.051 82 T 0.029 0.057 0.058 0.226 0.220 0.169 0.131 0.056 0.030 0.016 0.008 83 Y 0.020 0.029 0.042 0.084 0.094 0.108 0.185 0.155 0.148 0.096 0.039 84 A 0.024 0.048 0.064 0.251 0.235 0.154 0.118 0.056 0.029 0.013 0.006 85 L 0.011 0.038 0.040 0.054 0.048 0.053 0.124 0.143 0.193 0.178 0.118 86 T 0.004 0.021 0.030 0.089 0.127 0.126 0.198 0.149 0.135 0.072 0.050 87 E 0.576 0.186 0.124 0.076 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.064 0.111 0.082 0.228 0.207 0.144 0.114 0.032 0.013 0.005 0.001 89 G 0.154 0.102 0.060 0.093 0.072 0.078 0.114 0.092 0.100 0.070 0.065 90 M 0.067 0.099 0.107 0.250 0.202 0.143 0.085 0.026 0.013 0.006 0.003 91 N 0.112 0.272 0.253 0.175 0.098 0.052 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 92 V 0.002 0.004 0.004 0.011 0.016 0.034 0.114 0.163 0.225 0.220 0.206 93 R 0.055 0.051 0.031 0.106 0.193 0.205 0.209 0.072 0.044 0.020 0.011 94 N 0.213 0.173 0.264 0.206 0.074 0.034 0.020 0.007 0.004 0.002 0.002 95 S 0.001 0.007 0.012 0.030 0.046 0.100 0.253 0.183 0.162 0.131 0.075 96 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.014 0.065 0.119 0.208 0.264 0.314 97 M 0.023 0.034 0.167 0.211 0.205 0.173 0.114 0.038 0.020 0.011 0.005 98 P 0.002 0.016 0.104 0.159 0.163 0.182 0.211 0.085 0.045 0.023 0.010 99 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.032 0.078 0.204 0.327 0.349 100 L 0.002 0.002 0.013 0.031 0.051 0.111 0.295 0.188 0.156 0.099 0.053 101 Q 0.004 0.019 0.428 0.230 0.151 0.087 0.045 0.019 0.009 0.005 0.002 102 Y 0.001 0.003 0.010 0.015 0.028 0.082 0.279 0.197 0.180 0.135 0.070 103 I 0.003 0.003 0.007 0.012 0.016 0.032 0.115 0.174 0.279 0.233 0.125 104 S 0.075 0.124 0.220 0.208 0.151 0.098 0.070 0.028 0.015 0.007 0.004 105 V 0.020 0.052 0.091 0.129 0.145 0.162 0.191 0.100 0.066 0.034 0.011 106 L 0.035 0.041 0.041 0.069 0.073 0.085 0.168 0.153 0.147 0.121 0.066 107 D 0.195 0.174 0.096 0.188 0.136 0.085 0.071 0.029 0.016 0.007 0.003 108 R 0.190 0.126 0.142 0.160 0.116 0.093 0.083 0.043 0.026 0.014 0.005 109 N 0.413 0.171 0.050 0.096 0.061 0.050 0.064 0.038 0.028 0.020 0.009 110 G 0.541 0.164 0.042 0.071 0.049 0.039 0.036 0.022 0.018 0.012 0.007 111 D 0.510 0.206 0.035 0.078 0.052 0.031 0.029 0.021 0.018 0.013 0.008