# TARGET T0459 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212.154 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.811 0.123 0.038 0.019 0.007 0.002 0.001 2 N 0.684 0.209 0.075 0.025 0.006 0.001 0.001 3 A 0.688 0.203 0.073 0.029 0.006 0.001 0.001 4 M 0.364 0.254 0.195 0.130 0.049 0.008 0.001 5 L 0.395 0.253 0.199 0.108 0.039 0.007 0.001 6 R 0.614 0.246 0.089 0.039 0.010 0.002 0.001 7 Y 0.453 0.247 0.160 0.095 0.036 0.008 0.001 8 G 0.744 0.158 0.050 0.029 0.014 0.004 0.001 9 D 0.638 0.237 0.083 0.031 0.009 0.001 0.001 10 T 0.611 0.231 0.100 0.043 0.012 0.003 0.001 11 E 0.563 0.265 0.102 0.050 0.015 0.004 0.001 12 I 0.332 0.274 0.189 0.124 0.059 0.018 0.003 13 C 0.130 0.114 0.167 0.280 0.227 0.074 0.008 14 I 0.237 0.223 0.203 0.179 0.106 0.045 0.007 15 D 0.184 0.274 0.245 0.167 0.090 0.035 0.006 16 P 0.132 0.200 0.210 0.213 0.151 0.079 0.015 17 S 0.029 0.038 0.067 0.154 0.289 0.331 0.093 18 E 0.059 0.152 0.226 0.271 0.197 0.086 0.009 19 S 0.055 0.168 0.300 0.275 0.143 0.051 0.008 20 V 0.015 0.022 0.039 0.089 0.222 0.466 0.147 21 L 0.011 0.023 0.040 0.121 0.283 0.404 0.118 22 H 0.056 0.221 0.287 0.250 0.121 0.053 0.011 23 L 0.020 0.080 0.202 0.318 0.255 0.111 0.015 24 L 0.007 0.014 0.028 0.093 0.278 0.480 0.100 25 G 0.037 0.120 0.227 0.313 0.226 0.069 0.007 26 K 0.166 0.377 0.259 0.134 0.047 0.014 0.002 27 K 0.025 0.112 0.253 0.302 0.205 0.090 0.013 28 Y 0.003 0.008 0.022 0.104 0.329 0.459 0.075 29 T 0.010 0.037 0.109 0.234 0.294 0.217 0.098 30 M 0.010 0.027 0.043 0.071 0.122 0.395 0.333 31 L 0.004 0.014 0.036 0.099 0.202 0.340 0.306 32 I 0.003 0.006 0.018 0.055 0.137 0.378 0.403 33 I 0.006 0.012 0.019 0.050 0.130 0.395 0.388 34 S 0.013 0.039 0.068 0.144 0.233 0.398 0.104 35 V 0.010 0.042 0.119 0.277 0.321 0.204 0.027 36 L 0.023 0.041 0.069 0.169 0.311 0.346 0.041 37 G 0.130 0.209 0.224 0.264 0.138 0.033 0.002 38 N 0.393 0.349 0.169 0.066 0.019 0.004 0.001 39 G 0.511 0.288 0.141 0.048 0.010 0.002 0.001 40 S 0.717 0.195 0.055 0.024 0.007 0.001 0.001 41 T 0.339 0.271 0.202 0.127 0.049 0.011 0.001 42 R 0.379 0.270 0.191 0.107 0.045 0.009 0.001 43 Q 0.511 0.260 0.126 0.070 0.027 0.006 0.001 44 N 0.228 0.343 0.232 0.135 0.047 0.013 0.001 45 F 0.042 0.098 0.213 0.325 0.242 0.074 0.005 46 N 0.401 0.355 0.159 0.061 0.019 0.005 0.001 47 D 0.116 0.316 0.299 0.189 0.063 0.015 0.001 48 I 0.023 0.029 0.079 0.278 0.431 0.154 0.006 49 R 0.132 0.326 0.342 0.162 0.034 0.004 0.001 50 S 0.509 0.370 0.090 0.024 0.005 0.001 0.001 51 S 0.224 0.298 0.268 0.160 0.043 0.007 0.001 52 I 0.116 0.118 0.202 0.306 0.205 0.050 0.002 53 P 0.507 0.322 0.121 0.040 0.009 0.002 0.001 54 G 0.513 0.309 0.118 0.044 0.013 0.003 0.001 55 I 0.166 0.115 0.154 0.242 0.230 0.087 0.006 56 S 0.211 0.236 0.240 0.188 0.092 0.030 0.003 57 S 0.299 0.348 0.182 0.106 0.048 0.016 0.002 58 T 0.328 0.279 0.206 0.124 0.050 0.012 0.001 59 I 0.084 0.184 0.262 0.256 0.155 0.054 0.005 60 L 0.021 0.028 0.049 0.149 0.306 0.382 0.064 61 S 0.043 0.144 0.211 0.305 0.211 0.079 0.007 62 R 0.106 0.385 0.301 0.154 0.042 0.010 0.001 63 R 0.009 0.048 0.180 0.411 0.280 0.071 0.002 64 I 0.005 0.006 0.019 0.100 0.421 0.422 0.027 65 K 0.106 0.360 0.327 0.163 0.039 0.005 0.001 66 D 0.146 0.505 0.249 0.083 0.015 0.002 0.001 67 L 0.021 0.063 0.176 0.409 0.278 0.053 0.001 68 I 0.146 0.244 0.276 0.237 0.088 0.010 0.001 69 D 0.761 0.198 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 70 S 0.476 0.324 0.150 0.042 0.007 0.001 0.001 71 G 0.247 0.304 0.240 0.147 0.051 0.011 0.001 72 L 0.128 0.186 0.207 0.236 0.177 0.062 0.004 73 V 0.052 0.068 0.117 0.247 0.341 0.163 0.011 74 E 0.187 0.264 0.246 0.200 0.082 0.020 0.002 75 R 0.250 0.238 0.205 0.191 0.096 0.019 0.001 76 R 0.572 0.294 0.102 0.027 0.005 0.001 0.001 77 S 0.454 0.299 0.155 0.072 0.017 0.002 0.001 78 G 0.571 0.250 0.107 0.049 0.018 0.004 0.001 79 Q 0.385 0.301 0.173 0.092 0.037 0.010 0.002 80 I 0.146 0.300 0.275 0.186 0.072 0.019 0.004 81 T 0.043 0.135 0.201 0.271 0.225 0.110 0.016 82 T 0.019 0.154 0.312 0.305 0.156 0.048 0.006 83 Y 0.011 0.026 0.055 0.163 0.351 0.343 0.050 84 A 0.016 0.126 0.332 0.353 0.142 0.029 0.002 85 L 0.020 0.037 0.070 0.217 0.371 0.264 0.021 86 T 0.064 0.200 0.316 0.285 0.108 0.025 0.002 87 E 0.299 0.386 0.189 0.085 0.030 0.010 0.002 88 K 0.214 0.324 0.265 0.142 0.043 0.011 0.001 89 G 0.108 0.204 0.238 0.247 0.153 0.046 0.004 90 M 0.322 0.324 0.187 0.097 0.049 0.018 0.002 91 N 0.137 0.341 0.293 0.155 0.056 0.017 0.002 92 V 0.017 0.021 0.042 0.166 0.380 0.329 0.044 93 R 0.050 0.205 0.314 0.282 0.116 0.031 0.002 94 N 0.103 0.301 0.297 0.190 0.083 0.023 0.002 95 S 0.020 0.043 0.098 0.198 0.321 0.284 0.037 96 L 0.006 0.008 0.017 0.081 0.302 0.506 0.081 97 M 0.028 0.191 0.351 0.298 0.106 0.024 0.002 98 P 0.024 0.090 0.226 0.351 0.232 0.072 0.005 99 L 0.004 0.005 0.007 0.024 0.141 0.582 0.237 100 L 0.017 0.066 0.188 0.359 0.271 0.094 0.004 101 Q 0.070 0.317 0.329 0.200 0.071 0.012 0.001 102 Y 0.033 0.050 0.120 0.327 0.345 0.119 0.006 103 I 0.061 0.067 0.124 0.272 0.320 0.147 0.009 104 S 0.398 0.408 0.137 0.045 0.011 0.002 0.001 105 V 0.408 0.282 0.181 0.098 0.027 0.004 0.001 106 L 0.353 0.245 0.194 0.141 0.057 0.011 0.001 107 D 0.737 0.191 0.052 0.017 0.003 0.001 0.001 108 R 0.890 0.085 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 109 N 0.887 0.087 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 110 G 0.865 0.104 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 111 D 0.879 0.091 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001