# TARGET T0457 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0457.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 563 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.002 0.003 0.343 0.080 0.539 2 V 0.100 0.010 0.005 0.664 0.032 0.189 3 E 0.151 0.017 0.009 0.695 0.021 0.108 4 I 0.125 0.007 0.026 0.753 0.018 0.071 5 F 0.027 0.001 0.026 0.874 0.017 0.055 6 N 0.004 0.001 0.029 0.931 0.013 0.022 7 E 0.003 0.001 0.035 0.937 0.014 0.011 8 I 0.005 0.001 0.011 0.960 0.012 0.011 9 M 0.005 0.001 0.007 0.966 0.013 0.009 10 Q 0.003 0.001 0.008 0.959 0.022 0.007 11 R 0.001 0.001 0.014 0.955 0.023 0.007 12 V 0.002 0.001 0.033 0.928 0.031 0.006 13 K 0.001 0.001 0.077 0.821 0.082 0.017 14 E 0.004 0.002 0.057 0.534 0.282 0.122 15 A 0.009 0.001 0.027 0.099 0.529 0.335 16 E 0.014 0.001 0.004 0.004 0.387 0.590 17 T 0.508 0.006 0.003 0.002 0.204 0.278 18 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.008 0.014 19 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 20 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 21 H 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 22 R 0.863 0.003 0.001 0.001 0.021 0.112 23 H 0.631 0.011 0.003 0.001 0.147 0.207 24 V 0.249 0.043 0.006 0.003 0.277 0.421 25 R 0.051 0.009 0.005 0.004 0.578 0.354 26 P 0.046 0.037 0.012 0.008 0.617 0.281 27 D 0.019 0.056 0.007 0.012 0.506 0.399 28 P 0.006 0.011 0.075 0.150 0.633 0.126 29 D 0.003 0.007 0.082 0.252 0.448 0.207 30 A 0.001 0.004 0.052 0.831 0.093 0.020 31 Y 0.001 0.001 0.024 0.908 0.047 0.019 32 G 0.001 0.001 0.020 0.960 0.012 0.008 33 S 0.001 0.001 0.009 0.986 0.004 0.001 34 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 35 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 38 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.009 0.003 39 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.014 0.006 40 Y 0.001 0.001 0.003 0.977 0.014 0.005 41 L 0.001 0.001 0.010 0.935 0.040 0.014 42 E 0.001 0.001 0.033 0.868 0.075 0.022 43 R 0.002 0.001 0.059 0.742 0.140 0.055 44 K 0.004 0.003 0.039 0.541 0.180 0.234 45 F 0.006 0.001 0.013 0.022 0.274 0.684 46 P 0.045 0.003 0.023 0.014 0.319 0.596 47 E 0.350 0.013 0.027 0.016 0.245 0.349 48 K 0.705 0.014 0.013 0.012 0.105 0.152 49 N 0.837 0.003 0.005 0.007 0.040 0.109 50 I 0.930 0.003 0.002 0.005 0.017 0.044 51 Y 0.902 0.007 0.002 0.007 0.027 0.055 52 A 0.744 0.012 0.004 0.014 0.088 0.138 53 T 0.250 0.008 0.014 0.021 0.334 0.373 54 G 0.038 0.006 0.017 0.019 0.444 0.476 55 E 0.030 0.016 0.033 0.041 0.458 0.423 56 A 0.024 0.016 0.028 0.080 0.304 0.549 57 E 0.022 0.010 0.090 0.245 0.307 0.326 58 P 0.015 0.006 0.141 0.419 0.259 0.160 59 S 0.013 0.005 0.181 0.542 0.186 0.074 60 L 0.011 0.004 0.253 0.499 0.181 0.051 61 S 0.016 0.005 0.208 0.503 0.190 0.078 62 F 0.014 0.007 0.125 0.571 0.167 0.117 63 I 0.017 0.010 0.077 0.428 0.249 0.218 64 G 0.019 0.006 0.068 0.348 0.271 0.289 65 D 0.028 0.008 0.067 0.345 0.268 0.284 66 L 0.037 0.008 0.108 0.412 0.263 0.172 67 D 0.060 0.008 0.112 0.396 0.219 0.204 68 E 0.098 0.007 0.126 0.412 0.182 0.175 69 I 0.133 0.016 0.084 0.397 0.172 0.198 70 D 0.102 0.012 0.073 0.355 0.212 0.245 71 D 0.077 0.009 0.058 0.284 0.240 0.332 72 S 0.049 0.009 0.058 0.146 0.306 0.432 73 V 0.046 0.009 0.100 0.100 0.430 0.315 74 Y 0.052 0.014 0.095 0.063 0.498 0.279 75 S 0.063 0.019 0.100 0.028 0.579 0.213 76 D 0.068 0.003 0.030 0.010 0.581 0.308 77 A 0.274 0.003 0.009 0.003 0.329 0.381 78 L 0.929 0.003 0.001 0.001 0.023 0.043 79 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 80 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 82 C 0.942 0.003 0.001 0.001 0.012 0.042 83 D 0.522 0.008 0.003 0.003 0.211 0.253 84 T 0.048 0.007 0.017 0.010 0.563 0.355 85 A 0.008 0.008 0.068 0.036 0.685 0.195 86 N 0.008 0.012 0.088 0.072 0.704 0.116 87 A 0.006 0.006 0.358 0.231 0.333 0.066 88 P 0.012 0.007 0.315 0.289 0.285 0.092 89 R 0.012 0.005 0.359 0.272 0.255 0.097 90 I 0.017 0.019 0.141 0.319 0.282 0.221 91 D 0.017 0.008 0.122 0.285 0.330 0.238 92 D 0.017 0.006 0.186 0.382 0.270 0.140 93 Q 0.019 0.006 0.185 0.341 0.328 0.122 94 R 0.023 0.009 0.136 0.284 0.390 0.159 95 Y 0.030 0.005 0.174 0.195 0.449 0.147 96 L 0.030 0.008 0.200 0.141 0.497 0.125 97 N 0.038 0.010 0.217 0.113 0.461 0.160 98 G 0.065 0.007 0.062 0.030 0.488 0.349 99 Q 0.210 0.009 0.027 0.010 0.367 0.377 100 S 0.572 0.006 0.009 0.006 0.152 0.255 101 L 0.908 0.002 0.002 0.003 0.029 0.058 102 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 103 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 104 I 0.939 0.003 0.001 0.001 0.012 0.044 105 D 0.661 0.005 0.002 0.003 0.073 0.255 106 H 0.297 0.011 0.006 0.005 0.182 0.499 107 H 0.068 0.017 0.006 0.002 0.245 0.662 108 P 0.029 0.025 0.020 0.009 0.384 0.534 109 A 0.013 0.010 0.053 0.019 0.435 0.468 110 T 0.009 0.014 0.160 0.063 0.513 0.240 111 D 0.007 0.004 0.168 0.074 0.563 0.183 112 Q 0.011 0.006 0.146 0.070 0.552 0.215 113 Y 0.042 0.057 0.124 0.062 0.502 0.213 114 G 0.075 0.024 0.088 0.056 0.459 0.298 115 D 0.170 0.013 0.086 0.042 0.350 0.340 116 V 0.334 0.028 0.094 0.058 0.244 0.241 117 N 0.470 0.015 0.041 0.047 0.171 0.257 118 F 0.611 0.020 0.018 0.039 0.105 0.207 119 V 0.451 0.038 0.008 0.033 0.119 0.352 120 N 0.193 0.029 0.012 0.045 0.452 0.269 121 T 0.032 0.005 0.028 0.062 0.671 0.202 122 E 0.018 0.008 0.031 0.069 0.679 0.195 123 A 0.039 0.025 0.030 0.172 0.527 0.208 124 S 0.034 0.019 0.013 0.372 0.185 0.377 125 S 0.017 0.015 0.015 0.831 0.046 0.077 126 T 0.005 0.002 0.011 0.952 0.012 0.018 127 S 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 128 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 130 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 131 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 132 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.004 133 F 0.001 0.001 0.001 0.981 0.008 0.011 134 I 0.001 0.001 0.001 0.942 0.022 0.034 135 S 0.001 0.001 0.002 0.902 0.049 0.044 136 H 0.001 0.001 0.005 0.902 0.057 0.036 137 F 0.001 0.001 0.020 0.781 0.118 0.079 138 N 0.001 0.001 0.069 0.640 0.194 0.096 139 D 0.001 0.001 0.085 0.585 0.200 0.128 140 L 0.001 0.001 0.024 0.065 0.330 0.580 141 S 0.006 0.005 0.020 0.030 0.303 0.636 142 I 0.010 0.015 0.007 0.014 0.159 0.795 143 I 0.008 0.022 0.003 0.015 0.135 0.817 144 D 0.003 0.004 0.002 0.024 0.069 0.898 145 E 0.001 0.001 0.008 0.955 0.017 0.019 146 H 0.001 0.001 0.007 0.968 0.018 0.006 147 V 0.001 0.001 0.006 0.979 0.012 0.002 148 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.003 149 R 0.002 0.001 0.005 0.977 0.011 0.003 150 V 0.006 0.001 0.006 0.956 0.021 0.010 151 L 0.008 0.001 0.004 0.950 0.016 0.023 152 Y 0.024 0.005 0.008 0.932 0.015 0.016 153 L 0.056 0.001 0.007 0.886 0.021 0.029 154 G 0.144 0.002 0.011 0.745 0.039 0.060 155 I 0.540 0.008 0.007 0.344 0.040 0.061 156 V 0.605 0.007 0.007 0.235 0.069 0.077 157 G 0.633 0.010 0.007 0.109 0.143 0.097 158 D 0.406 0.010 0.015 0.067 0.337 0.165 159 T 0.232 0.007 0.028 0.053 0.523 0.158 160 G 0.119 0.007 0.053 0.048 0.579 0.194 161 R 0.302 0.017 0.042 0.034 0.399 0.206 162 F 0.567 0.028 0.018 0.025 0.176 0.187 163 L 0.533 0.069 0.009 0.019 0.139 0.231 164 F 0.339 0.046 0.016 0.018 0.473 0.107 165 S 0.067 0.004 0.021 0.016 0.787 0.105 166 N 0.027 0.009 0.014 0.010 0.760 0.180 167 T 0.042 0.089 0.005 0.018 0.491 0.355 168 S 0.013 0.013 0.001 0.038 0.104 0.831 169 P 0.001 0.001 0.005 0.973 0.011 0.010 170 H 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.002 171 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 172 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 173 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 174 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 175 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 176 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 177 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 178 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 179 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.010 0.005 180 A 0.002 0.001 0.019 0.914 0.043 0.022 181 Y 0.001 0.001 0.021 0.797 0.070 0.110 182 P 0.002 0.001 0.002 0.021 0.112 0.862 183 F 0.004 0.006 0.001 0.009 0.144 0.836 184 N 0.006 0.006 0.002 0.012 0.090 0.885 185 H 0.003 0.001 0.040 0.869 0.052 0.034 186 N 0.003 0.001 0.029 0.935 0.025 0.009 187 A 0.001 0.001 0.028 0.959 0.010 0.002 188 E 0.002 0.001 0.015 0.969 0.010 0.003 189 L 0.001 0.001 0.025 0.950 0.017 0.006 190 N 0.002 0.001 0.031 0.922 0.033 0.012 191 K 0.001 0.001 0.030 0.873 0.057 0.039 192 M 0.002 0.010 0.063 0.640 0.200 0.084 193 S 0.004 0.003 0.073 0.296 0.426 0.199 194 E 0.004 0.003 0.053 0.100 0.501 0.339 195 K 0.007 0.008 0.009 0.049 0.406 0.521 196 D 0.004 0.004 0.004 0.049 0.136 0.803 197 P 0.003 0.001 0.044 0.785 0.091 0.076 198 K 0.003 0.001 0.055 0.832 0.075 0.033 199 L 0.003 0.001 0.055 0.866 0.051 0.023 200 M 0.004 0.001 0.022 0.908 0.036 0.029 201 P 0.004 0.002 0.013 0.923 0.033 0.027 202 F 0.003 0.002 0.009 0.937 0.021 0.029 203 Q 0.002 0.001 0.003 0.961 0.011 0.022 204 G 0.001 0.001 0.003 0.967 0.012 0.016 205 Y 0.003 0.001 0.007 0.956 0.017 0.016 206 V 0.007 0.001 0.013 0.901 0.046 0.031 207 L 0.014 0.002 0.031 0.866 0.058 0.030 208 Q 0.014 0.001 0.027 0.786 0.097 0.075 209 N 0.023 0.001 0.024 0.624 0.123 0.205 210 F 0.141 0.009 0.019 0.444 0.139 0.250 211 E 0.373 0.020 0.019 0.242 0.149 0.196 212 L 0.572 0.013 0.013 0.152 0.120 0.130 213 S 0.388 0.010 0.019 0.115 0.370 0.098 214 D 0.156 0.005 0.031 0.123 0.587 0.098 215 S 0.090 0.003 0.028 0.057 0.717 0.104 216 H 0.289 0.009 0.018 0.045 0.510 0.129 217 E 0.719 0.008 0.004 0.024 0.097 0.148 218 Y 0.914 0.004 0.001 0.015 0.018 0.047 219 C 0.936 0.002 0.001 0.015 0.015 0.031 220 Q 0.947 0.004 0.001 0.014 0.011 0.023 221 I 0.925 0.001 0.002 0.017 0.018 0.037 222 K 0.902 0.003 0.002 0.017 0.023 0.053 223 I 0.836 0.011 0.003 0.019 0.033 0.099 224 T 0.525 0.009 0.005 0.062 0.101 0.299 225 N 0.066 0.002 0.057 0.626 0.152 0.097 226 D 0.039 0.003 0.084 0.699 0.143 0.032 227 V 0.018 0.002 0.065 0.774 0.121 0.021 228 L 0.023 0.002 0.047 0.805 0.086 0.037 229 K 0.024 0.002 0.049 0.791 0.091 0.043 230 Q 0.027 0.003 0.057 0.666 0.146 0.101 231 F 0.047 0.006 0.039 0.425 0.208 0.275 232 D 0.059 0.019 0.026 0.137 0.278 0.481 233 I 0.043 0.019 0.017 0.093 0.291 0.538 234 Q 0.018 0.007 0.012 0.071 0.263 0.629 235 P 0.006 0.002 0.087 0.523 0.230 0.152 236 N 0.004 0.002 0.089 0.625 0.172 0.108 237 E 0.003 0.002 0.091 0.746 0.090 0.068 238 A 0.001 0.001 0.017 0.937 0.019 0.024 239 S 0.001 0.001 0.009 0.953 0.018 0.018 240 Q 0.001 0.001 0.012 0.956 0.018 0.013 241 F 0.001 0.001 0.010 0.971 0.011 0.006 242 V 0.001 0.001 0.009 0.970 0.015 0.006 243 N 0.001 0.001 0.009 0.963 0.019 0.008 244 T 0.001 0.001 0.009 0.961 0.019 0.011 245 V 0.001 0.002 0.015 0.948 0.024 0.011 246 A 0.002 0.003 0.034 0.899 0.042 0.019 247 D 0.007 0.003 0.034 0.717 0.131 0.108 248 I 0.018 0.005 0.076 0.452 0.349 0.100 249 S 0.026 0.010 0.048 0.189 0.496 0.231 250 G 0.036 0.003 0.020 0.017 0.511 0.412 251 L 0.289 0.008 0.004 0.005 0.296 0.397 252 K 0.698 0.008 0.001 0.001 0.047 0.244 253 I 0.967 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 254 W 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 255 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 256 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 257 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 258 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 259 D 0.981 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 260 E 0.871 0.007 0.001 0.001 0.108 0.014 261 G 0.088 0.001 0.008 0.002 0.879 0.022 262 D 0.071 0.001 0.014 0.004 0.873 0.038 263 Q 0.779 0.006 0.002 0.001 0.178 0.034 264 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 265 R 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 266 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 267 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 268 I 0.953 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 269 R 0.838 0.006 0.002 0.002 0.055 0.096 270 S 0.484 0.011 0.016 0.006 0.262 0.221 271 K 0.164 0.010 0.026 0.016 0.406 0.378 272 G 0.048 0.009 0.019 0.013 0.469 0.442 273 I 0.029 0.016 0.006 0.033 0.392 0.524 274 T 0.022 0.016 0.003 0.066 0.107 0.786 275 I 0.002 0.001 0.005 0.978 0.010 0.005 276 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 277 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 278 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 279 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.010 0.004 280 N 0.002 0.001 0.010 0.971 0.013 0.004 281 Q 0.003 0.001 0.021 0.908 0.045 0.023 282 F 0.003 0.003 0.050 0.661 0.115 0.169 283 G 0.002 0.001 0.025 0.034 0.208 0.729 284 G 0.003 0.002 0.020 0.014 0.263 0.698 285 G 0.009 0.006 0.009 0.009 0.226 0.741 286 G 0.029 0.021 0.015 0.011 0.176 0.748 287 H 0.134 0.041 0.105 0.274 0.231 0.214 288 P 0.062 0.005 0.307 0.302 0.270 0.054 289 N 0.061 0.006 0.239 0.172 0.453 0.070 290 A 0.059 0.008 0.216 0.153 0.508 0.056 291 S 0.059 0.013 0.081 0.158 0.537 0.151 292 G 0.103 0.023 0.039 0.104 0.492 0.239 293 V 0.236 0.029 0.015 0.061 0.276 0.382 294 S 0.388 0.188 0.007 0.040 0.151 0.226 295 V 0.272 0.066 0.015 0.033 0.417 0.197 296 Y 0.053 0.003 0.016 0.029 0.637 0.263 297 S 0.051 0.007 0.016 0.024 0.664 0.238 298 W 0.086 0.051 0.014 0.050 0.443 0.356 299 D 0.060 0.040 0.010 0.110 0.162 0.619 300 E 0.007 0.001 0.032 0.867 0.053 0.039 301 F 0.003 0.001 0.020 0.913 0.044 0.020 302 E 0.001 0.001 0.016 0.940 0.032 0.011 303 E 0.002 0.001 0.010 0.938 0.028 0.021 304 L 0.002 0.001 0.003 0.961 0.017 0.017 305 A 0.001 0.001 0.002 0.970 0.015 0.012 306 Q 0.001 0.001 0.002 0.973 0.011 0.014 307 A 0.001 0.001 0.002 0.971 0.008 0.017 308 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.010 309 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.006 0.014 310 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 311 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 312 L 0.001 0.001 0.016 0.962 0.013 0.008 313 L 0.001 0.001 0.016 0.938 0.025 0.019 314 E 0.003 0.001 0.025 0.821 0.071 0.079 315 H 0.008 0.011 0.058 0.712 0.113 0.098 316 H 0.018 0.008 0.146 0.372 0.297 0.158 317 H 0.016 0.003 0.211 0.280 0.303 0.187 318 H 0.023 0.010 0.135 0.165 0.319 0.348 319 H 0.021 0.008 0.033 0.071 0.259 0.607 320 H 0.002 0.005 0.004 0.020 0.088 0.880