# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4968 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.037 0.002 0.015 0.035 0.041 0.165 0.002 0.001 0.037 0.661 2 T 0.105 0.609 0.001 0.004 0.003 0.005 0.025 0.008 0.001 0.047 0.193 3 R 0.118 0.764 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.015 0.081 4 A 0.030 0.439 0.004 0.003 0.003 0.006 0.046 0.003 0.001 0.240 0.225 5 D 0.018 0.494 0.007 0.011 0.003 0.009 0.030 0.003 0.001 0.267 0.157 6 C 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.040 0.031 7 R 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 8 S 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.013 9 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 10 L 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 11 M 0.002 0.211 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.771 0.005 12 E 0.008 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.147 0.013 13 V 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.035 0.010 14 A 0.002 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.005 15 T 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.022 16 E 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 17 L 0.043 0.721 0.041 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.020 0.107 0.028 18 F 0.195 0.114 0.264 0.003 0.001 0.002 0.024 0.033 0.107 0.141 0.117 19 A 0.577 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.002 0.011 0.320 20 Q 0.058 0.058 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 0.002 0.001 0.015 0.797 21 K 0.011 0.048 0.010 0.008 0.001 0.004 0.115 0.003 0.002 0.022 0.777 22 G 0.163 0.071 0.004 0.016 0.005 0.010 0.104 0.006 0.002 0.032 0.588 23 F 0.073 0.037 0.001 0.039 0.010 0.009 0.084 0.004 0.001 0.066 0.676 24 Y 0.022 0.203 0.001 0.059 0.017 0.030 0.075 0.003 0.001 0.053 0.535 25 G 0.013 0.435 0.001 0.055 0.006 0.011 0.044 0.002 0.001 0.117 0.315 26 V 0.004 0.647 0.001 0.069 0.013 0.016 0.028 0.002 0.001 0.076 0.144 27 S 0.005 0.956 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.011 28 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 29 R 0.003 0.732 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.244 0.008 30 E 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 31 L 0.029 0.898 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.006 0.020 0.014 32 A 0.018 0.012 0.423 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.463 0.019 0.009 33 Q 0.950 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.034 34 A 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.005 0.949 35 A 0.004 0.010 0.002 0.003 0.001 0.002 0.155 0.001 0.001 0.015 0.807 36 G 0.023 0.015 0.002 0.008 0.001 0.003 0.138 0.002 0.001 0.025 0.781 37 A 0.005 0.009 0.001 0.015 0.005 0.005 0.158 0.001 0.001 0.023 0.779 38 S 0.091 0.311 0.001 0.063 0.010 0.021 0.054 0.007 0.001 0.063 0.379 39 I 0.055 0.195 0.002 0.043 0.006 0.016 0.070 0.003 0.001 0.295 0.315 40 S 0.007 0.125 0.003 0.357 0.008 0.030 0.058 0.001 0.001 0.247 0.165 41 M 0.015 0.159 0.004 0.254 0.061 0.173 0.036 0.002 0.001 0.154 0.141 42 I 0.022 0.084 0.003 0.193 0.141 0.274 0.039 0.004 0.001 0.075 0.164 43 S 0.014 0.018 0.003 0.040 0.191 0.434 0.033 0.001 0.002 0.075 0.187 44 Y 0.010 0.006 0.004 0.047 0.248 0.406 0.033 0.001 0.001 0.053 0.192 45 H 0.226 0.008 0.003 0.026 0.112 0.145 0.054 0.003 0.001 0.062 0.359 46 F 0.302 0.003 0.001 0.023 0.036 0.021 0.088 0.001 0.001 0.046 0.478 47 G 0.003 0.004 0.001 0.009 0.006 0.006 0.052 0.001 0.001 0.010 0.910 48 G 0.134 0.207 0.001 0.002 0.005 0.003 0.028 0.004 0.001 0.014 0.603 49 K 0.098 0.724 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.004 0.001 0.043 0.112 50 E 0.001 0.849 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.084 0.053 51 G 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 52 L 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 53 Y 0.002 0.946 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 54 A 0.003 0.871 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.110 0.009 55 A 0.005 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.008 56 V 0.008 0.832 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.123 0.014 57 L 0.013 0.934 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 0.018 58 Q 0.035 0.878 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.029 0.046 59 E 0.018 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.013 0.068 60 Q 0.031 0.864 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.002 0.014 0.063 61 F 0.109 0.652 0.013 0.002 0.001 0.001 0.016 0.014 0.005 0.046 0.142 62 A 0.084 0.496 0.009 0.004 0.002 0.002 0.036 0.006 0.004 0.067 0.291 63 C 0.073 0.584 0.008 0.004 0.001 0.003 0.025 0.019 0.004 0.030 0.249 64 F 0.128 0.409 0.017 0.008 0.002 0.003 0.046 0.027 0.009 0.067 0.284 65 G 0.080 0.265 0.018 0.009 0.004 0.006 0.050 0.010 0.007 0.053 0.499 66 Q 0.106 0.412 0.004 0.008 0.003 0.005 0.034 0.012 0.002 0.018 0.397 67 L 0.174 0.324 0.009 0.006 0.002 0.003 0.046 0.030 0.006 0.028 0.371 68 D 0.125 0.113 0.018 0.009 0.007 0.011 0.087 0.013 0.008 0.060 0.549 69 D 0.123 0.073 0.006 0.013 0.004 0.010 0.065 0.006 0.003 0.040 0.658 70 I 0.170 0.054 0.005 0.025 0.006 0.007 0.086 0.009 0.003 0.034 0.602 71 R 0.086 0.026 0.011 0.019 0.007 0.011 0.102 0.009 0.005 0.041 0.684 72 G 0.114 0.017 0.003 0.021 0.004 0.008 0.082 0.006 0.001 0.037 0.707 73 Q 0.111 0.019 0.001 0.016 0.003 0.003 0.082 0.003 0.001 0.029 0.734 74 A 0.005 0.041 0.001 0.015 0.005 0.006 0.120 0.001 0.001 0.027 0.778 75 G 0.009 0.342 0.001 0.011 0.002 0.005 0.065 0.003 0.001 0.031 0.531 76 D 0.042 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.029 77 P 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.017 78 L 0.008 0.225 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.729 0.021 79 A 0.013 0.897 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.066 0.014 80 V 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.007 81 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 82 T 0.003 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.010 83 A 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.055 0.012 84 Y 0.003 0.260 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.720 0.006 85 L 0.004 0.938 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.011 86 R 0.005 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.088 0.018 87 W 0.010 0.863 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.003 0.067 0.029 88 T 0.034 0.774 0.012 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.004 0.116 0.038 89 I 0.070 0.688 0.015 0.003 0.003 0.003 0.014 0.007 0.002 0.071 0.124 90 Q 0.084 0.306 0.020 0.006 0.005 0.007 0.067 0.007 0.006 0.241 0.251 91 R 0.131 0.112 0.033 0.011 0.004 0.010 0.095 0.028 0.020 0.169 0.388 92 H 0.359 0.028 0.010 0.009 0.003 0.004 0.089 0.008 0.006 0.084 0.401 93 R 0.009 0.011 0.003 0.008 0.006 0.006 0.122 0.001 0.001 0.023 0.810 94 N 0.020 0.108 0.002 0.004 0.001 0.003 0.068 0.002 0.001 0.014 0.777 95 N 0.249 0.515 0.002 0.002 0.002 0.002 0.035 0.008 0.001 0.020 0.164 96 P 0.033 0.679 0.001 0.002 0.001 0.003 0.035 0.003 0.001 0.032 0.210 97 Q 0.015 0.806 0.001 0.007 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.036 0.105 98 L 0.019 0.768 0.001 0.013 0.004 0.016 0.019 0.004 0.001 0.065 0.091 99 L 0.014 0.163 0.003 0.033 0.029 0.040 0.025 0.002 0.001 0.611 0.078 100 R 0.013 0.239 0.006 0.045 0.043 0.076 0.024 0.002 0.001 0.464 0.087 101 F 0.025 0.410 0.008 0.041 0.043 0.044 0.035 0.008 0.001 0.249 0.137 102 Y 0.085 0.403 0.020 0.034 0.055 0.052 0.040 0.028 0.004 0.130 0.149 103 T 0.098 0.101 0.017 0.019 0.034 0.061 0.067 0.007 0.007 0.284 0.305 104 S 0.048 0.044 0.015 0.044 0.025 0.032 0.096 0.006 0.004 0.133 0.553 105 E 0.168 0.035 0.009 0.030 0.020 0.022 0.141 0.010 0.003 0.100 0.460 106 L 0.033 0.008 0.002 0.014 0.008 0.011 0.159 0.003 0.001 0.049 0.711 107 T 0.017 0.008 0.001 0.012 0.003 0.005 0.117 0.001 0.001 0.035 0.802 108 N 0.014 0.029 0.001 0.024 0.005 0.007 0.146 0.002 0.001 0.045 0.727 109 P 0.033 0.229 0.001 0.008 0.002 0.003 0.092 0.010 0.001 0.021 0.600 110 T 0.177 0.608 0.002 0.002 0.002 0.002 0.021 0.015 0.001 0.022 0.147 111 P 0.044 0.741 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.017 0.162 112 C 0.046 0.798 0.003 0.004 0.001 0.004 0.013 0.006 0.001 0.017 0.108 113 F 0.148 0.671 0.006 0.004 0.001 0.004 0.017 0.018 0.003 0.021 0.106 114 A 0.177 0.222 0.014 0.012 0.008 0.016 0.056 0.018 0.007 0.172 0.299 115 A 0.083 0.128 0.008 0.017 0.011 0.018 0.075 0.006 0.004 0.169 0.482 116 I 0.017 0.388 0.006 0.014 0.012 0.009 0.062 0.004 0.001 0.096 0.392 117 V 0.012 0.851 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.012 0.103 118 S 0.043 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.019 0.041 119 P 0.025 0.585 0.005 0.003 0.001 0.003 0.025 0.009 0.003 0.203 0.140 120 A 0.017 0.739 0.006 0.002 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.162 0.055 121 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 122 A 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.011 123 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 124 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 125 I 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 126 R 0.004 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.136 0.011 127 L 0.004 0.446 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.524 0.014 128 L 0.003 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.004 129 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 130 E 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.042 0.007 131 S 0.009 0.895 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.070 0.009 132 I 0.012 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.011 133 E 0.014 0.384 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.508 0.069 134 A 0.041 0.451 0.028 0.003 0.001 0.001 0.062 0.009 0.013 0.257 0.136 135 G 0.082 0.178 0.141 0.004 0.001 0.002 0.056 0.038 0.048 0.267 0.185 136 M 0.421 0.105 0.021 0.005 0.001 0.001 0.050 0.018 0.010 0.046 0.323 137 T 0.093 0.117 0.003 0.002 0.001 0.001 0.051 0.003 0.001 0.010 0.718 138 R 0.018 0.045 0.002 0.005 0.001 0.003 0.075 0.003 0.001 0.013 0.835 139 G 0.085 0.051 0.005 0.028 0.006 0.011 0.167 0.003 0.002 0.066 0.577 140 L 0.015 0.019 0.003 0.056 0.013 0.021 0.139 0.002 0.001 0.052 0.680 141 F 0.092 0.054 0.003 0.122 0.008 0.012 0.081 0.008 0.001 0.052 0.567 142 R 0.332 0.061 0.003 0.049 0.007 0.009 0.074 0.011 0.002 0.112 0.338 143 R 0.028 0.082 0.001 0.049 0.003 0.007 0.094 0.002 0.001 0.040 0.693 144 D 0.026 0.231 0.002 0.029 0.005 0.011 0.083 0.004 0.001 0.068 0.541 145 L 0.040 0.205 0.004 0.015 0.007 0.009 0.097 0.010 0.001 0.249 0.363 146 H 0.045 0.429 0.003 0.007 0.003 0.004 0.031 0.008 0.002 0.356 0.112 147 A 0.009 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.033 0.039 148 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.009 149 N 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 150 S 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 151 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 152 L 0.004 0.809 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.176 0.005 153 A 0.006 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.077 0.010 154 L 0.007 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.033 0.011 155 A 0.024 0.619 0.016 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.004 0.280 0.036 156 G 0.037 0.775 0.018 0.002 0.001 0.002 0.014 0.006 0.004 0.074 0.066 157 M 0.026 0.867 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.025 0.056 158 V 0.024 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.021 0.050 159 N 0.014 0.885 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.021 0.063 160 Y 0.033 0.548 0.007 0.009 0.002 0.006 0.034 0.009 0.002 0.218 0.130 161 F 0.022 0.110 0.014 0.023 0.007 0.010 0.040 0.004 0.004 0.696 0.071 162 F 0.053 0.446 0.013 0.038 0.011 0.013 0.043 0.011 0.004 0.194 0.176 163 L 0.076 0.526 0.007 0.020 0.008 0.010 0.040 0.021 0.002 0.088 0.203 164 S 0.067 0.123 0.016 0.020 0.009 0.024 0.082 0.013 0.007 0.347 0.291 165 T 0.061 0.125 0.019 0.038 0.021 0.032 0.107 0.008 0.006 0.174 0.410 166 L 0.087 0.078 0.021 0.046 0.029 0.031 0.111 0.014 0.004 0.119 0.461 167 A 0.156 0.031 0.006 0.019 0.017 0.025 0.154 0.012 0.004 0.061 0.515 168 T 0.139 0.013 0.004 0.015 0.007 0.014 0.111 0.003 0.002 0.074 0.617 169 E 0.015 0.004 0.002 0.026 0.008 0.013 0.147 0.001 0.001 0.035 0.748 170 G 0.055 0.008 0.002 0.038 0.012 0.017 0.178 0.003 0.001 0.044 0.642 171 L 0.071 0.006 0.001 0.018 0.011 0.012 0.128 0.005 0.001 0.035 0.712 172 T 0.051 0.007 0.001 0.025 0.008 0.011 0.129 0.002 0.001 0.052 0.715 173 S 0.005 0.006 0.001 0.014 0.005 0.009 0.132 0.001 0.001 0.024 0.804 174 H 0.028 0.056 0.001 0.016 0.004 0.006 0.132 0.005 0.001 0.049 0.702 175 S 0.227 0.337 0.003 0.006 0.002 0.002 0.048 0.026 0.002 0.078 0.269 176 P 0.073 0.556 0.002 0.003 0.001 0.001 0.041 0.008 0.001 0.054 0.260 177 D 0.018 0.811 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.028 0.118 178 Q 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.012 0.022 179 D 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.009 180 E 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.014 181 E 0.008 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.072 0.015 182 L 0.011 0.930 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.029 0.011 183 I 0.019 0.935 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.012 184 R 0.010 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.046 0.049 185 Q 0.008 0.914 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.032 0.032 186 Y 0.013 0.887 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.041 0.035 187 V 0.029 0.360 0.006 0.008 0.007 0.009 0.026 0.003 0.001 0.457 0.093 188 A 0.030 0.399 0.016 0.040 0.010 0.018 0.038 0.006 0.004 0.301 0.138 189 I 0.058 0.272 0.044 0.052 0.015 0.021 0.049 0.022 0.007 0.310 0.148 190 F 0.238 0.233 0.031 0.061 0.015 0.018 0.050 0.036 0.010 0.100 0.208 191 T 0.137 0.167 0.009 0.025 0.014 0.025 0.068 0.009 0.003 0.070 0.473 192 R 0.035 0.070 0.005 0.035 0.014 0.031 0.107 0.007 0.002 0.059 0.634 193 G 0.082 0.055 0.009 0.051 0.035 0.060 0.166 0.009 0.004 0.103 0.427 194 I 0.039 0.014 0.005 0.036 0.035 0.044 0.143 0.004 0.003 0.060 0.618 195 M 0.089 0.012 0.006 0.063 0.031 0.042 0.110 0.005 0.002 0.070 0.569 196 A 0.228 0.011 0.004 0.026 0.013 0.019 0.098 0.006 0.002 0.045 0.548 197 D 0.173 0.010 0.002 0.018 0.008 0.011 0.094 0.006 0.001 0.023 0.653 198 G 0.109 0.005 0.001 0.007 0.009 0.012 0.097 0.002 0.001 0.023 0.734 199 G 0.018 0.004 0.001 0.023 0.019 0.030 0.124 0.001 0.001 0.021 0.758 200 A 0.029 0.004 0.001 0.008 0.014 0.018 0.109 0.001 0.001 0.023 0.793 201 A 0.080 0.006 0.002 0.031 0.072 0.080 0.126 0.003 0.001 0.055 0.545 202 P 0.066 0.007 0.001 0.009 0.010 0.018 0.093 0.002 0.001 0.019 0.775 203 A 0.047 0.005 0.001 0.021 0.039 0.065 0.116 0.001 0.001 0.027 0.678