# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4968 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.045 0.058 0.085 0.105 0.128 0.204 0.124 0.090 0.059 0.027 2 T 0.117 0.377 0.193 0.160 0.071 0.035 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 3 R 0.083 0.208 0.144 0.181 0.125 0.093 0.093 0.042 0.019 0.008 0.003 4 A 0.784 0.069 0.049 0.045 0.023 0.011 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 5 D 0.349 0.160 0.181 0.186 0.070 0.025 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 6 C 0.008 0.048 0.071 0.086 0.114 0.156 0.202 0.142 0.089 0.067 0.018 7 R 0.004 0.010 0.029 0.050 0.100 0.208 0.333 0.149 0.069 0.040 0.008 8 S 0.022 0.027 0.801 0.111 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.005 0.019 0.147 0.186 0.182 0.229 0.174 0.043 0.010 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.044 0.159 0.258 0.522 11 M 0.001 0.001 0.012 0.020 0.103 0.219 0.365 0.147 0.075 0.042 0.015 12 E 0.006 0.010 0.907 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.002 0.016 0.023 0.065 0.219 0.452 0.133 0.052 0.026 0.011 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.212 0.344 0.387 15 T 0.001 0.004 0.044 0.066 0.159 0.227 0.324 0.105 0.042 0.022 0.006 16 E 0.001 0.009 0.846 0.100 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.012 0.011 0.029 0.143 0.360 0.180 0.124 0.092 0.047 18 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.029 0.056 0.216 0.334 0.345 19 A 0.004 0.006 0.050 0.056 0.113 0.167 0.264 0.131 0.101 0.075 0.032 20 Q 0.011 0.050 0.507 0.181 0.092 0.072 0.047 0.018 0.011 0.007 0.003 21 K 0.023 0.037 0.057 0.081 0.100 0.187 0.277 0.134 0.060 0.029 0.015 22 G 0.212 0.095 0.038 0.084 0.067 0.069 0.122 0.112 0.087 0.066 0.048 23 F 0.024 0.027 0.027 0.053 0.070 0.095 0.144 0.133 0.151 0.150 0.127 24 Y 0.052 0.106 0.087 0.148 0.156 0.134 0.142 0.082 0.049 0.031 0.014 25 G 0.162 0.116 0.071 0.154 0.123 0.123 0.123 0.059 0.036 0.021 0.012 26 V 0.047 0.017 0.017 0.032 0.044 0.069 0.138 0.145 0.169 0.167 0.157 27 S 0.017 0.080 0.028 0.162 0.198 0.124 0.146 0.106 0.067 0.046 0.025 28 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.046 0.083 0.217 0.281 0.340 29 R 0.041 0.030 0.080 0.195 0.251 0.170 0.140 0.054 0.024 0.010 0.005 30 E 0.026 0.042 0.179 0.272 0.175 0.107 0.133 0.042 0.014 0.007 0.003 31 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.026 0.035 0.186 0.292 0.443 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.043 0.056 0.201 0.360 0.322 33 Q 0.001 0.019 0.425 0.253 0.165 0.077 0.035 0.013 0.007 0.004 0.001 34 A 0.001 0.010 0.108 0.087 0.123 0.228 0.237 0.102 0.049 0.036 0.019 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.038 0.059 0.234 0.273 0.374 36 G 0.261 0.151 0.044 0.181 0.142 0.064 0.086 0.040 0.017 0.007 0.006 37 A 0.006 0.004 0.019 0.015 0.026 0.029 0.058 0.078 0.169 0.212 0.385 38 S 0.028 0.087 0.057 0.131 0.174 0.128 0.151 0.094 0.066 0.049 0.035 39 I 0.015 0.022 0.019 0.062 0.077 0.138 0.192 0.162 0.148 0.105 0.061 40 S 0.059 0.058 0.049 0.130 0.122 0.146 0.161 0.116 0.073 0.049 0.037 41 M 0.004 0.006 0.011 0.029 0.040 0.056 0.118 0.150 0.212 0.202 0.171 42 I 0.002 0.004 0.006 0.012 0.020 0.028 0.059 0.086 0.200 0.262 0.320 43 S 0.018 0.022 0.040 0.099 0.145 0.135 0.165 0.117 0.114 0.084 0.060 44 Y 0.034 0.032 0.049 0.088 0.101 0.146 0.187 0.126 0.116 0.077 0.045 45 H 0.019 0.032 0.025 0.084 0.109 0.096 0.197 0.173 0.123 0.076 0.067 46 F 0.040 0.029 0.019 0.032 0.039 0.058 0.130 0.115 0.188 0.190 0.161 47 G 0.229 0.223 0.105 0.224 0.119 0.046 0.028 0.012 0.007 0.004 0.003 48 G 0.218 0.194 0.070 0.126 0.097 0.065 0.083 0.058 0.042 0.031 0.016 49 K 0.022 0.038 0.018 0.067 0.092 0.142 0.217 0.142 0.126 0.093 0.044 50 E 0.164 0.135 0.161 0.201 0.107 0.094 0.071 0.034 0.018 0.010 0.004 51 G 0.058 0.072 0.137 0.240 0.154 0.156 0.120 0.038 0.015 0.007 0.003 52 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.015 0.018 0.058 0.112 0.208 0.263 0.311 53 Y 0.001 0.003 0.008 0.023 0.062 0.097 0.198 0.182 0.188 0.174 0.064 54 A 0.007 0.019 0.354 0.192 0.145 0.128 0.088 0.033 0.020 0.010 0.004 55 A 0.008 0.011 0.112 0.115 0.143 0.190 0.268 0.098 0.032 0.016 0.007 56 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.040 0.059 0.232 0.332 0.312 57 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.031 0.109 0.107 0.247 0.288 0.203 58 Q 0.004 0.017 0.485 0.197 0.142 0.081 0.044 0.014 0.009 0.005 0.002 59 E 0.011 0.026 0.289 0.145 0.138 0.161 0.157 0.049 0.014 0.007 0.003 60 Q 0.003 0.007 0.015 0.022 0.032 0.090 0.207 0.180 0.202 0.165 0.077 61 F 0.003 0.004 0.008 0.015 0.029 0.082 0.227 0.174 0.193 0.176 0.089 62 A 0.021 0.052 0.591 0.195 0.082 0.032 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 63 C 0.021 0.038 0.155 0.116 0.129 0.175 0.218 0.084 0.036 0.019 0.009 64 F 0.005 0.007 0.011 0.014 0.022 0.044 0.114 0.145 0.226 0.220 0.191 65 G 0.072 0.054 0.091 0.132 0.152 0.128 0.172 0.101 0.052 0.031 0.014 66 Q 0.047 0.096 0.385 0.228 0.109 0.059 0.038 0.019 0.010 0.006 0.003 67 L 0.030 0.031 0.040 0.064 0.090 0.133 0.234 0.157 0.109 0.070 0.042 68 D 0.141 0.085 0.058 0.100 0.093 0.094 0.158 0.117 0.079 0.049 0.026 69 D 0.135 0.142 0.180 0.220 0.131 0.071 0.059 0.031 0.016 0.009 0.005 70 I 0.101 0.069 0.071 0.092 0.095 0.108 0.156 0.105 0.092 0.069 0.043 71 R 0.190 0.157 0.070 0.156 0.122 0.078 0.101 0.062 0.036 0.020 0.010 72 G 0.245 0.153 0.093 0.143 0.097 0.074 0.082 0.052 0.031 0.021 0.010 73 Q 0.155 0.251 0.101 0.181 0.111 0.072 0.059 0.034 0.018 0.011 0.006 74 A 0.307 0.181 0.053 0.127 0.092 0.067 0.075 0.049 0.027 0.015 0.008 75 G 0.482 0.113 0.050 0.093 0.068 0.054 0.061 0.036 0.021 0.013 0.007 76 D 0.145 0.201 0.090 0.210 0.139 0.081 0.064 0.036 0.019 0.011 0.006 77 P 0.027 0.050 0.027 0.060 0.082 0.111 0.183 0.151 0.142 0.111 0.056 78 L 0.050 0.038 0.045 0.120 0.160 0.189 0.204 0.097 0.054 0.029 0.013 79 A 0.119 0.096 0.316 0.237 0.103 0.052 0.042 0.021 0.008 0.004 0.002 80 V 0.005 0.015 0.026 0.088 0.119 0.203 0.254 0.121 0.091 0.055 0.024 81 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.038 0.071 0.212 0.306 0.354 82 T 0.007 0.020 0.179 0.213 0.250 0.157 0.099 0.041 0.019 0.010 0.004 83 A 0.010 0.023 0.322 0.165 0.127 0.128 0.127 0.053 0.025 0.016 0.006 84 Y 0.001 0.002 0.006 0.011 0.020 0.058 0.135 0.130 0.236 0.231 0.170 85 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.020 0.074 0.100 0.244 0.293 0.255 86 R 0.010 0.027 0.281 0.231 0.201 0.112 0.070 0.032 0.019 0.011 0.006 87 W 0.009 0.012 0.078 0.065 0.105 0.166 0.268 0.148 0.076 0.049 0.025 88 T 0.003 0.009 0.013 0.027 0.039 0.067 0.151 0.156 0.214 0.192 0.129 89 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.049 0.133 0.132 0.230 0.234 0.189 90 Q 0.034 0.060 0.329 0.253 0.156 0.076 0.049 0.021 0.012 0.006 0.003 91 R 0.017 0.026 0.081 0.102 0.121 0.180 0.254 0.108 0.059 0.035 0.017 92 H 0.006 0.008 0.010 0.014 0.019 0.040 0.088 0.098 0.215 0.249 0.254 93 R 0.060 0.069 0.061 0.138 0.157 0.132 0.177 0.097 0.058 0.035 0.018 94 N 0.118 0.207 0.255 0.206 0.091 0.050 0.033 0.018 0.011 0.007 0.004 95 N 0.095 0.104 0.057 0.117 0.120 0.131 0.168 0.095 0.056 0.035 0.022 96 P 0.351 0.142 0.049 0.116 0.083 0.071 0.076 0.053 0.030 0.019 0.010 97 Q 0.123 0.097 0.076 0.153 0.128 0.126 0.133 0.075 0.046 0.027 0.015 98 L 0.015 0.025 0.033 0.070 0.088 0.112 0.171 0.140 0.152 0.120 0.075 99 L 0.005 0.009 0.014 0.028 0.044 0.077 0.154 0.150 0.210 0.184 0.126 100 R 0.015 0.037 0.093 0.164 0.168 0.151 0.150 0.093 0.065 0.040 0.023 101 F 0.006 0.007 0.024 0.038 0.059 0.083 0.152 0.169 0.174 0.168 0.120 102 Y 0.003 0.005 0.010 0.022 0.037 0.062 0.122 0.144 0.223 0.218 0.154 103 T 0.008 0.011 0.020 0.043 0.062 0.078 0.152 0.144 0.199 0.165 0.120 104 S 0.034 0.035 0.080 0.131 0.143 0.137 0.167 0.105 0.083 0.052 0.031 105 E 0.042 0.058 0.077 0.143 0.133 0.135 0.181 0.102 0.067 0.041 0.021 106 L 0.017 0.017 0.017 0.035 0.044 0.077 0.149 0.141 0.191 0.174 0.138 107 T 0.083 0.098 0.063 0.124 0.120 0.118 0.145 0.087 0.075 0.053 0.034 108 N 0.163 0.175 0.106 0.174 0.120 0.082 0.074 0.044 0.030 0.019 0.011 109 P 0.231 0.181 0.049 0.112 0.087 0.082 0.104 0.063 0.044 0.031 0.017 110 T 0.226 0.155 0.043 0.127 0.099 0.094 0.106 0.063 0.045 0.027 0.015 111 P 0.445 0.158 0.070 0.135 0.079 0.043 0.034 0.019 0.009 0.005 0.003 112 C 0.083 0.078 0.054 0.136 0.130 0.140 0.153 0.093 0.066 0.044 0.024 113 F 0.007 0.015 0.015 0.036 0.054 0.093 0.180 0.162 0.188 0.159 0.092 114 A 0.030 0.040 0.083 0.156 0.170 0.171 0.175 0.087 0.050 0.029 0.010 115 A 0.059 0.077 0.299 0.230 0.127 0.083 0.065 0.032 0.016 0.009 0.004 116 I 0.019 0.023 0.037 0.077 0.099 0.139 0.213 0.146 0.120 0.082 0.045 117 V 0.011 0.023 0.021 0.032 0.044 0.069 0.164 0.150 0.195 0.181 0.110 118 S 0.062 0.113 0.233 0.234 0.167 0.085 0.058 0.026 0.013 0.006 0.003 119 P 0.423 0.134 0.187 0.133 0.064 0.025 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 120 A 0.074 0.071 0.050 0.099 0.107 0.113 0.188 0.131 0.086 0.054 0.027 121 I 0.018 0.034 0.031 0.067 0.091 0.142 0.241 0.160 0.113 0.075 0.030 122 A 0.087 0.072 0.345 0.212 0.124 0.074 0.050 0.021 0.009 0.005 0.002 123 S 0.066 0.110 0.282 0.236 0.142 0.073 0.057 0.023 0.007 0.003 0.002 124 V 0.004 0.008 0.014 0.021 0.036 0.046 0.133 0.178 0.223 0.212 0.125 125 I 0.006 0.008 0.021 0.043 0.096 0.204 0.316 0.140 0.091 0.057 0.018 126 R 0.021 0.034 0.727 0.157 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 127 L 0.004 0.007 0.030 0.042 0.081 0.247 0.346 0.120 0.067 0.041 0.015 128 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.033 0.068 0.234 0.310 0.339 129 A 0.006 0.008 0.075 0.100 0.211 0.231 0.236 0.080 0.032 0.015 0.005 130 E 0.013 0.026 0.781 0.130 0.035 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.002 0.004 0.014 0.023 0.049 0.144 0.317 0.174 0.137 0.086 0.049 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.031 0.060 0.208 0.307 0.381 133 E 0.012 0.032 0.416 0.229 0.174 0.072 0.041 0.015 0.005 0.003 0.001 134 A 0.011 0.028 0.439 0.178 0.121 0.109 0.075 0.024 0.009 0.004 0.002 135 G 0.008 0.009 0.016 0.020 0.029 0.067 0.167 0.154 0.205 0.182 0.143 136 M 0.020 0.017 0.016 0.043 0.068 0.104 0.217 0.182 0.152 0.121 0.059 137 T 0.040 0.175 0.341 0.218 0.100 0.054 0.036 0.018 0.009 0.006 0.003 138 R 0.083 0.076 0.088 0.154 0.165 0.160 0.150 0.068 0.031 0.016 0.009 139 G 0.613 0.107 0.042 0.060 0.038 0.030 0.046 0.032 0.016 0.010 0.005 140 L 0.054 0.067 0.041 0.145 0.129 0.181 0.174 0.084 0.066 0.040 0.019 141 F 0.008 0.010 0.009 0.013 0.021 0.042 0.087 0.094 0.205 0.252 0.260 142 R 0.061 0.152 0.106 0.225 0.194 0.103 0.079 0.040 0.021 0.013 0.006 143 R 0.217 0.151 0.124 0.163 0.104 0.082 0.076 0.042 0.023 0.013 0.006 144 D 0.257 0.175 0.053 0.171 0.108 0.075 0.072 0.043 0.023 0.015 0.008 145 L 0.046 0.031 0.014 0.046 0.059 0.102 0.166 0.152 0.162 0.134 0.088 146 H 0.155 0.208 0.090 0.219 0.143 0.072 0.053 0.030 0.015 0.009 0.005 147 A 0.015 0.020 0.029 0.050 0.069 0.116 0.171 0.136 0.164 0.138 0.094 148 V 0.036 0.042 0.047 0.135 0.161 0.161 0.187 0.109 0.063 0.038 0.021 149 N 0.018 0.035 0.065 0.138 0.133 0.142 0.202 0.117 0.078 0.050 0.022 150 S 0.001 0.003 0.010 0.019 0.034 0.071 0.131 0.119 0.207 0.209 0.195 151 A 0.001 0.002 0.007 0.015 0.030 0.055 0.124 0.126 0.227 0.226 0.187 152 L 0.002 0.007 0.040 0.065 0.099 0.131 0.219 0.142 0.139 0.097 0.059 153 A 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 0.036 0.098 0.128 0.213 0.232 0.251 154 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.024 0.048 0.186 0.293 0.434 155 A 0.001 0.002 0.006 0.013 0.038 0.053 0.125 0.159 0.211 0.192 0.200 156 G 0.001 0.003 0.021 0.026 0.049 0.064 0.141 0.166 0.194 0.189 0.145 157 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.029 0.081 0.115 0.217 0.261 0.265 158 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.028 0.069 0.110 0.226 0.269 0.269 159 N 0.004 0.013 0.036 0.072 0.110 0.123 0.201 0.159 0.133 0.090 0.059 160 Y 0.004 0.008 0.027 0.041 0.069 0.094 0.195 0.194 0.153 0.125 0.091 161 F 0.003 0.006 0.015 0.024 0.037 0.059 0.125 0.145 0.195 0.205 0.184 162 F 0.004 0.008 0.016 0.030 0.046 0.064 0.129 0.133 0.195 0.199 0.176 163 L 0.004 0.008 0.018 0.032 0.053 0.081 0.135 0.130 0.200 0.184 0.157 164 S 0.013 0.021 0.038 0.073 0.100 0.121 0.192 0.137 0.135 0.100 0.070 165 T 0.029 0.032 0.053 0.098 0.106 0.123 0.182 0.125 0.112 0.084 0.057 166 L 0.025 0.026 0.030 0.063 0.078 0.125 0.183 0.132 0.144 0.115 0.079 167 A 0.032 0.050 0.037 0.083 0.084 0.100 0.159 0.125 0.139 0.111 0.080 168 T 0.073 0.098 0.054 0.120 0.113 0.116 0.146 0.092 0.085 0.062 0.042 169 E 0.311 0.183 0.080 0.153 0.099 0.058 0.051 0.029 0.018 0.011 0.007 170 G 0.327 0.144 0.054 0.140 0.091 0.067 0.074 0.047 0.028 0.018 0.010 171 L 0.050 0.061 0.023 0.072 0.074 0.126 0.166 0.121 0.130 0.111 0.065 172 T 0.155 0.166 0.065 0.153 0.130 0.104 0.099 0.058 0.037 0.021 0.011 173 S 0.341 0.183 0.089 0.150 0.086 0.051 0.046 0.027 0.014 0.009 0.005 174 H 0.132 0.106 0.040 0.098 0.089 0.106 0.153 0.097 0.084 0.061 0.034 175 S 0.225 0.286 0.059 0.154 0.099 0.059 0.057 0.031 0.016 0.009 0.004 176 P 0.464 0.154 0.067 0.123 0.075 0.044 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002 177 D 0.441 0.188 0.072 0.114 0.066 0.040 0.039 0.021 0.010 0.006 0.003 178 Q 0.053 0.162 0.056 0.149 0.129 0.123 0.144 0.089 0.052 0.032 0.011 179 D 0.094 0.111 0.079 0.150 0.144 0.147 0.141 0.074 0.034 0.018 0.006 180 E 0.274 0.100 0.259 0.186 0.084 0.042 0.032 0.015 0.005 0.002 0.001 181 E 0.043 0.064 0.148 0.241 0.178 0.122 0.125 0.051 0.017 0.008 0.003 182 L 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.033 0.089 0.122 0.251 0.295 0.178 183 I 0.003 0.009 0.059 0.078 0.132 0.203 0.246 0.122 0.079 0.053 0.016 184 R 0.005 0.024 0.626 0.181 0.079 0.040 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 185 Q 0.002 0.005 0.023 0.028 0.058 0.173 0.298 0.168 0.120 0.087 0.038 186 Y 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.024 0.070 0.114 0.255 0.292 0.216 187 V 0.006 0.008 0.032 0.052 0.096 0.147 0.251 0.164 0.122 0.081 0.041 188 A 0.024 0.047 0.277 0.207 0.151 0.096 0.100 0.046 0.027 0.017 0.009 189 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.014 0.039 0.096 0.106 0.216 0.239 0.273 190 F 0.003 0.005 0.006 0.019 0.038 0.053 0.108 0.140 0.217 0.215 0.196 191 T 0.012 0.024 0.051 0.080 0.098 0.119 0.158 0.127 0.143 0.118 0.069 192 R 0.030 0.046 0.079 0.153 0.157 0.161 0.170 0.092 0.058 0.033 0.020 193 G 0.074 0.057 0.040 0.094 0.088 0.109 0.173 0.127 0.106 0.085 0.047 194 I 0.032 0.024 0.016 0.044 0.056 0.102 0.156 0.134 0.175 0.153 0.108 195 M 0.055 0.075 0.042 0.112 0.110 0.125 0.150 0.101 0.104 0.078 0.047 196 A 0.043 0.045 0.031 0.070 0.083 0.107 0.170 0.128 0.134 0.103 0.085 197 D 0.330 0.349 0.064 0.125 0.060 0.026 0.023 0.011 0.006 0.003 0.002 198 G 0.446 0.183 0.028 0.111 0.074 0.048 0.045 0.029 0.017 0.011 0.007 199 G 0.701 0.144 0.017 0.053 0.031 0.016 0.015 0.011 0.006 0.004 0.002 200 A 0.251 0.215 0.040 0.140 0.098 0.076 0.076 0.046 0.029 0.018 0.010 201 A 0.062 0.090 0.035 0.078 0.089 0.139 0.157 0.110 0.110 0.078 0.053 202 P 0.392 0.311 0.065 0.131 0.059 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 203 A 0.286 0.078 0.047 0.102 0.094 0.072 0.108 0.086 0.061 0.038 0.028