# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4968 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.022 0.016 0.017 0.021 0.052 0.006 0.798 2 T 0.024 0.021 0.011 0.017 0.029 0.136 0.005 0.757 3 R 0.036 0.028 0.017 0.008 0.036 0.043 0.004 0.828 4 A 0.005 0.013 0.002 0.001 0.002 0.074 0.002 0.901 5 D 0.091 0.026 0.005 0.002 0.003 0.579 0.016 0.279 6 C 0.214 0.400 0.009 0.001 0.003 0.118 0.008 0.246 7 R 0.040 0.671 0.006 0.002 0.005 0.062 0.003 0.211 8 S 0.014 0.638 0.005 0.001 0.003 0.061 0.003 0.276 9 R 0.015 0.866 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.103 10 L 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 11 M 0.004 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 12 E 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 13 V 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 14 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 15 T 0.006 0.972 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 16 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 17 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 A 0.013 0.973 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 20 Q 0.020 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 21 K 0.082 0.834 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 0.018 22 G 0.310 0.334 0.117 0.007 0.003 0.010 0.129 0.089 23 F 0.045 0.107 0.647 0.028 0.009 0.036 0.014 0.113 24 Y 0.044 0.083 0.174 0.050 0.034 0.087 0.015 0.513 25 G 0.089 0.072 0.103 0.018 0.051 0.054 0.014 0.598 26 V 0.114 0.067 0.261 0.030 0.033 0.107 0.011 0.376 27 S 0.040 0.063 0.067 0.010 0.021 0.327 0.006 0.466 28 I 0.048 0.152 0.075 0.007 0.035 0.085 0.006 0.593 29 R 0.004 0.086 0.009 0.002 0.007 0.258 0.002 0.633 30 E 0.007 0.148 0.004 0.001 0.003 0.714 0.002 0.123 31 L 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 32 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 Q 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 34 A 0.020 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 35 A 0.105 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.005 36 G 0.356 0.096 0.091 0.002 0.001 0.005 0.398 0.051 37 A 0.035 0.034 0.833 0.012 0.003 0.016 0.012 0.055 38 S 0.016 0.019 0.188 0.024 0.018 0.320 0.004 0.411 39 I 0.012 0.016 0.061 0.010 0.046 0.065 0.003 0.787 40 S 0.005 0.019 0.103 0.013 0.020 0.324 0.002 0.514 41 M 0.126 0.061 0.056 0.026 0.033 0.414 0.016 0.268 42 I 0.058 0.781 0.020 0.014 0.019 0.023 0.003 0.082 43 S 0.011 0.886 0.012 0.013 0.034 0.006 0.001 0.037 44 Y 0.029 0.829 0.018 0.018 0.029 0.012 0.008 0.057 45 H 0.122 0.618 0.023 0.028 0.051 0.013 0.047 0.099 46 F 0.224 0.436 0.030 0.034 0.053 0.019 0.051 0.153 47 G 0.068 0.105 0.041 0.010 0.013 0.079 0.033 0.652 48 G 0.087 0.056 0.057 0.004 0.010 0.097 0.019 0.669 49 K 0.142 0.081 0.027 0.004 0.010 0.098 0.008 0.632 50 E 0.012 0.042 0.007 0.001 0.002 0.161 0.002 0.772 51 G 0.051 0.252 0.011 0.002 0.005 0.192 0.004 0.483 52 L 0.037 0.806 0.003 0.001 0.002 0.020 0.001 0.130 53 Y 0.006 0.939 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.044 54 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 55 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 56 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 58 Q 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 59 E 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 60 Q 0.015 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 61 F 0.016 0.955 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 62 A 0.020 0.914 0.008 0.001 0.001 0.006 0.008 0.043 63 C 0.049 0.823 0.007 0.001 0.001 0.013 0.020 0.086 64 F 0.074 0.829 0.011 0.001 0.002 0.010 0.014 0.060 65 G 0.072 0.755 0.028 0.002 0.002 0.018 0.013 0.109 66 Q 0.128 0.563 0.025 0.003 0.004 0.040 0.030 0.208 67 L 0.253 0.494 0.022 0.003 0.006 0.028 0.035 0.160 68 D 0.150 0.544 0.018 0.004 0.006 0.035 0.026 0.215 69 D 0.153 0.352 0.041 0.006 0.007 0.074 0.027 0.340 70 I 0.196 0.349 0.032 0.007 0.009 0.068 0.023 0.317 71 R 0.177 0.350 0.023 0.008 0.011 0.091 0.021 0.318 72 G 0.194 0.280 0.033 0.009 0.011 0.077 0.023 0.373 73 Q 0.228 0.199 0.032 0.006 0.007 0.067 0.027 0.434 74 A 0.266 0.122 0.053 0.006 0.011 0.046 0.039 0.457 75 G 0.211 0.056 0.063 0.005 0.006 0.130 0.053 0.476 76 D 0.142 0.029 0.048 0.004 0.005 0.165 0.015 0.591 77 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 78 L 0.006 0.030 0.008 0.001 0.003 0.556 0.001 0.394 79 A 0.036 0.109 0.010 0.001 0.002 0.675 0.002 0.165 80 V 0.020 0.875 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.092 81 M 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 82 T 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 83 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 86 R 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 87 W 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 88 T 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 89 I 0.004 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 Q 0.006 0.974 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 91 R 0.033 0.913 0.004 0.001 0.001 0.006 0.015 0.027 92 H 0.091 0.841 0.009 0.002 0.002 0.005 0.019 0.032 93 R 0.147 0.667 0.037 0.006 0.005 0.014 0.034 0.090 94 N 0.214 0.297 0.036 0.005 0.006 0.061 0.108 0.273 95 N 0.354 0.130 0.038 0.008 0.010 0.056 0.041 0.364 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 97 Q 0.009 0.013 0.015 0.004 0.005 0.469 0.003 0.482 98 L 0.300 0.115 0.032 0.006 0.014 0.147 0.010 0.375 99 L 0.072 0.604 0.023 0.015 0.028 0.045 0.003 0.208 100 R 0.035 0.659 0.035 0.011 0.028 0.060 0.004 0.169 101 F 0.036 0.804 0.020 0.010 0.022 0.012 0.006 0.090 102 Y 0.027 0.867 0.012 0.009 0.021 0.006 0.007 0.050 103 T 0.024 0.843 0.021 0.014 0.022 0.013 0.008 0.054 104 S 0.034 0.796 0.024 0.013 0.017 0.016 0.013 0.087 105 E 0.132 0.608 0.023 0.013 0.020 0.034 0.030 0.140 106 L 0.273 0.442 0.029 0.015 0.021 0.035 0.052 0.133 107 T 0.305 0.279 0.041 0.014 0.014 0.055 0.065 0.226 108 N 0.288 0.122 0.037 0.017 0.020 0.043 0.041 0.432 109 P 0.019 0.008 0.010 0.001 0.002 0.016 0.005 0.939 110 T 0.033 0.011 0.016 0.008 0.012 0.157 0.005 0.759 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 112 C 0.018 0.027 0.007 0.004 0.007 0.294 0.003 0.639 113 F 0.281 0.091 0.019 0.004 0.010 0.295 0.011 0.290 114 A 0.094 0.653 0.008 0.007 0.013 0.031 0.004 0.191 115 A 0.106 0.661 0.006 0.004 0.008 0.034 0.007 0.173 116 I 0.193 0.625 0.006 0.005 0.007 0.018 0.019 0.126 117 V 0.139 0.704 0.009 0.004 0.008 0.010 0.032 0.095 118 S 0.108 0.536 0.022 0.009 0.014 0.034 0.013 0.264 119 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 120 A 0.029 0.221 0.010 0.002 0.004 0.232 0.007 0.495 121 I 0.225 0.515 0.018 0.001 0.003 0.086 0.007 0.145 122 A 0.020 0.845 0.005 0.001 0.001 0.016 0.002 0.111 123 S 0.023 0.817 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.136 124 V 0.018 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.043 125 I 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 126 R 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 127 L 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 128 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 130 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 131 S 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 135 G 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 136 M 0.035 0.936 0.009 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 137 T 0.050 0.841 0.025 0.001 0.001 0.004 0.033 0.045 138 R 0.118 0.652 0.025 0.002 0.002 0.007 0.097 0.096 139 G 0.350 0.251 0.087 0.007 0.004 0.021 0.134 0.145 140 L 0.106 0.080 0.486 0.025 0.008 0.097 0.018 0.179 141 F 0.035 0.049 0.302 0.033 0.028 0.112 0.008 0.433 142 R 0.081 0.070 0.086 0.040 0.110 0.084 0.010 0.519 143 R 0.023 0.021 0.024 0.006 0.009 0.053 0.005 0.858 144 D 0.084 0.034 0.060 0.009 0.021 0.118 0.015 0.659 145 L 0.349 0.045 0.047 0.007 0.011 0.110 0.019 0.411 146 H 0.068 0.059 0.019 0.006 0.009 0.341 0.007 0.490 147 A 0.025 0.058 0.023 0.002 0.009 0.121 0.003 0.759 148 V 0.016 0.178 0.011 0.002 0.005 0.336 0.002 0.450 149 N 0.034 0.345 0.011 0.001 0.004 0.394 0.004 0.206 150 S 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.042 151 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 152 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 153 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 157 M 0.013 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 158 V 0.011 0.959 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 159 N 0.010 0.941 0.012 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 160 Y 0.030 0.870 0.021 0.002 0.005 0.008 0.009 0.055 161 F 0.033 0.847 0.025 0.006 0.007 0.016 0.008 0.059 162 F 0.032 0.800 0.035 0.011 0.013 0.024 0.009 0.076 163 L 0.043 0.782 0.032 0.012 0.022 0.012 0.010 0.087 164 S 0.061 0.731 0.025 0.013 0.021 0.017 0.017 0.114 165 T 0.108 0.565 0.037 0.021 0.026 0.025 0.027 0.191 166 L 0.124 0.473 0.065 0.031 0.038 0.036 0.024 0.209 167 A 0.130 0.339 0.060 0.036 0.051 0.072 0.029 0.283 168 T 0.150 0.255 0.052 0.029 0.057 0.085 0.028 0.345 169 E 0.124 0.140 0.042 0.019 0.028 0.054 0.021 0.573 170 G 0.107 0.067 0.037 0.017 0.024 0.116 0.022 0.610 171 L 0.233 0.053 0.050 0.021 0.031 0.106 0.027 0.479 172 T 0.127 0.055 0.032 0.025 0.027 0.165 0.016 0.552 173 S 0.102 0.031 0.026 0.017 0.028 0.088 0.015 0.693 174 H 0.119 0.024 0.028 0.009 0.015 0.187 0.019 0.599 175 S 0.140 0.019 0.015 0.014 0.016 0.303 0.011 0.481 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 177 D 0.009 0.013 0.003 0.002 0.005 0.605 0.003 0.360 178 Q 0.321 0.034 0.008 0.002 0.003 0.352 0.015 0.266 179 D 0.048 0.450 0.005 0.002 0.006 0.114 0.003 0.372 180 E 0.016 0.521 0.003 0.001 0.004 0.137 0.002 0.315 181 E 0.016 0.772 0.001 0.001 0.001 0.090 0.002 0.116 182 L 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 183 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 184 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 185 Q 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 186 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 187 V 0.002 0.984 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 188 A 0.003 0.977 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 189 I 0.014 0.955 0.011 0.002 0.002 0.001 0.003 0.012 190 F 0.019 0.902 0.037 0.008 0.008 0.003 0.006 0.018 191 T 0.035 0.624 0.190 0.025 0.037 0.009 0.019 0.061 192 R 0.102 0.419 0.092 0.030 0.045 0.026 0.065 0.222 193 G 0.184 0.141 0.127 0.030 0.039 0.052 0.055 0.371 194 I 0.096 0.083 0.232 0.052 0.044 0.097 0.017 0.379 195 M 0.064 0.056 0.138 0.044 0.063 0.095 0.010 0.532 196 A 0.091 0.038 0.059 0.041 0.080 0.106 0.013 0.573 197 D 0.093 0.031 0.068 0.023 0.042 0.099 0.014 0.631 198 G 0.049 0.013 0.029 0.007 0.012 0.063 0.009 0.817 199 G 0.138 0.011 0.049 0.013 0.017 0.221 0.024 0.526 200 A 0.155 0.009 0.038 0.008 0.010 0.114 0.023 0.645 201 A 0.101 0.016 0.085 0.031 0.034 0.222 0.005 0.506 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 203 A 0.045 0.010 0.038 0.021 0.081 0.204 0.005 0.596