# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4968 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.368 0.176 0.019 0.196 0.014 0.017 0.037 0.016 0.057 0.029 2 T 0.044 0.491 0.219 0.014 0.127 0.006 0.008 0.036 0.019 0.019 0.016 3 R 0.023 0.123 0.053 0.008 0.044 0.007 0.016 0.403 0.281 0.029 0.013 4 A 0.003 0.012 0.004 0.002 0.005 0.004 0.016 0.702 0.219 0.028 0.003 5 D 0.010 0.023 0.006 0.001 0.016 0.002 0.012 0.760 0.077 0.087 0.007 6 C 0.007 0.023 0.003 0.001 0.012 0.001 0.004 0.818 0.087 0.037 0.006 7 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.912 0.074 0.004 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.002 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.030 0.004 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.898 0.095 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.814 0.149 0.006 0.001 20 Q 0.007 0.016 0.011 0.002 0.008 0.004 0.142 0.621 0.126 0.059 0.004 21 K 0.020 0.344 0.126 0.022 0.051 0.031 0.086 0.163 0.052 0.084 0.021 22 G 0.062 0.039 0.037 0.030 0.050 0.016 0.016 0.088 0.056 0.395 0.209 23 F 0.120 0.133 0.039 0.009 0.182 0.010 0.034 0.208 0.125 0.085 0.055 24 Y 0.033 0.116 0.049 0.039 0.075 0.080 0.146 0.252 0.112 0.070 0.028 25 G 0.102 0.079 0.047 0.020 0.138 0.013 0.025 0.305 0.080 0.126 0.064 26 V 0.061 0.226 0.056 0.009 0.198 0.014 0.024 0.304 0.048 0.045 0.015 27 S 0.028 0.413 0.080 0.003 0.087 0.002 0.004 0.317 0.032 0.017 0.017 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.099 0.002 0.002 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.064 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.884 0.112 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.304 0.597 0.077 0.018 0.001 35 A 0.002 0.842 0.102 0.002 0.010 0.003 0.008 0.015 0.005 0.010 0.002 36 G 0.027 0.007 0.007 0.021 0.010 0.007 0.005 0.021 0.019 0.405 0.471 37 A 0.074 0.275 0.097 0.011 0.170 0.012 0.032 0.109 0.049 0.140 0.031 38 S 0.043 0.460 0.142 0.016 0.170 0.005 0.017 0.074 0.034 0.019 0.020 39 I 0.033 0.015 0.005 0.003 0.028 0.006 0.027 0.585 0.269 0.015 0.014 40 S 0.025 0.043 0.014 0.006 0.047 0.018 0.029 0.663 0.110 0.034 0.011 41 M 0.133 0.079 0.005 0.001 0.128 0.002 0.008 0.524 0.054 0.050 0.017 42 I 0.083 0.058 0.004 0.001 0.122 0.005 0.015 0.611 0.054 0.030 0.015 43 S 0.097 0.039 0.007 0.005 0.144 0.013 0.033 0.504 0.101 0.033 0.024 44 Y 0.058 0.088 0.020 0.005 0.118 0.008 0.038 0.480 0.110 0.050 0.026 45 H 0.106 0.064 0.033 0.013 0.131 0.021 0.088 0.226 0.092 0.160 0.066 46 F 0.064 0.215 0.118 0.034 0.117 0.026 0.042 0.158 0.065 0.110 0.050 47 G 0.020 0.087 0.082 0.139 0.032 0.089 0.106 0.157 0.064 0.184 0.039 48 G 0.028 0.344 0.362 0.017 0.087 0.004 0.007 0.066 0.027 0.046 0.014 49 K 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.573 0.393 0.007 0.003 50 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.875 0.107 0.004 0.001 51 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.054 0.014 0.001 52 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.015 0.008 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.002 0.001 60 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.043 0.014 0.001 61 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.877 0.107 0.009 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.881 0.099 0.004 0.001 63 C 0.004 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.044 0.788 0.093 0.052 0.002 64 F 0.019 0.062 0.013 0.002 0.028 0.004 0.021 0.631 0.114 0.088 0.017 65 G 0.012 0.019 0.013 0.014 0.016 0.018 0.037 0.639 0.165 0.049 0.017 66 Q 0.039 0.040 0.013 0.002 0.050 0.003 0.029 0.600 0.105 0.103 0.014 67 L 0.043 0.051 0.009 0.002 0.057 0.004 0.038 0.532 0.178 0.067 0.019 68 D 0.023 0.036 0.018 0.014 0.039 0.029 0.073 0.523 0.177 0.047 0.019 69 D 0.054 0.042 0.020 0.006 0.065 0.008 0.050 0.498 0.148 0.086 0.022 70 I 0.050 0.095 0.043 0.009 0.082 0.013 0.083 0.359 0.120 0.119 0.027 71 R 0.059 0.132 0.079 0.041 0.091 0.043 0.084 0.178 0.097 0.139 0.056 72 G 0.050 0.122 0.095 0.060 0.082 0.033 0.048 0.185 0.123 0.154 0.049 73 Q 0.050 0.119 0.077 0.031 0.093 0.029 0.080 0.178 0.146 0.160 0.038 74 A 0.047 0.135 0.104 0.033 0.089 0.024 0.057 0.165 0.122 0.175 0.049 75 G 0.026 0.121 0.094 0.076 0.045 0.054 0.051 0.143 0.070 0.274 0.045 76 D 0.017 0.476 0.352 0.007 0.083 0.002 0.002 0.036 0.010 0.010 0.005 77 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.649 0.332 0.004 0.002 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.003 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.002 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.017 0.005 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.049 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.894 0.090 0.005 0.001 91 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.828 0.120 0.023 0.001 92 H 0.011 0.013 0.005 0.001 0.014 0.003 0.046 0.578 0.252 0.070 0.009 93 R 0.023 0.041 0.020 0.007 0.030 0.013 0.111 0.511 0.142 0.085 0.017 94 N 0.034 0.076 0.053 0.028 0.051 0.030 0.091 0.166 0.064 0.371 0.036 95 N 0.105 0.238 0.153 0.011 0.274 0.004 0.006 0.094 0.046 0.044 0.024 96 P 0.006 0.011 0.005 0.002 0.011 0.004 0.018 0.591 0.336 0.010 0.005 97 Q 0.014 0.020 0.008 0.002 0.017 0.004 0.027 0.705 0.125 0.067 0.013 98 L 0.040 0.030 0.003 0.001 0.037 0.002 0.010 0.719 0.106 0.037 0.017 99 L 0.021 0.020 0.003 0.002 0.035 0.005 0.010 0.831 0.050 0.017 0.006 100 R 0.027 0.019 0.002 0.001 0.040 0.002 0.005 0.841 0.046 0.013 0.004 101 F 0.017 0.018 0.002 0.001 0.025 0.001 0.010 0.861 0.044 0.016 0.005 102 Y 0.042 0.038 0.004 0.001 0.049 0.003 0.017 0.750 0.049 0.035 0.013 103 T 0.039 0.031 0.007 0.004 0.042 0.009 0.028 0.654 0.117 0.050 0.021 104 S 0.014 0.031 0.013 0.007 0.026 0.011 0.044 0.591 0.224 0.030 0.008 105 E 0.025 0.026 0.011 0.003 0.036 0.006 0.082 0.480 0.235 0.083 0.014 106 L 0.050 0.068 0.023 0.004 0.074 0.007 0.074 0.324 0.212 0.137 0.027 107 T 0.046 0.124 0.058 0.034 0.083 0.061 0.115 0.162 0.106 0.162 0.050 108 N 0.104 0.209 0.186 0.022 0.219 0.011 0.025 0.074 0.030 0.085 0.037 109 P 0.053 0.158 0.098 0.026 0.096 0.027 0.051 0.128 0.127 0.193 0.043 110 T 0.022 0.403 0.339 0.018 0.085 0.005 0.009 0.055 0.034 0.018 0.011 111 P 0.005 0.023 0.010 0.003 0.009 0.006 0.023 0.574 0.325 0.017 0.006 112 C 0.013 0.040 0.014 0.003 0.023 0.004 0.024 0.606 0.139 0.123 0.011 113 F 0.028 0.042 0.007 0.002 0.040 0.004 0.012 0.607 0.158 0.084 0.016 114 A 0.010 0.018 0.005 0.003 0.019 0.006 0.016 0.711 0.178 0.026 0.007 115 A 0.010 0.011 0.004 0.001 0.014 0.003 0.020 0.740 0.164 0.029 0.004 116 I 0.013 0.029 0.006 0.001 0.022 0.002 0.032 0.737 0.099 0.052 0.007 117 V 0.052 0.076 0.017 0.004 0.066 0.009 0.030 0.490 0.096 0.130 0.030 118 S 0.021 0.115 0.045 0.008 0.046 0.006 0.012 0.606 0.107 0.023 0.012 119 P 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.849 0.114 0.009 0.002 120 A 0.003 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.857 0.084 0.032 0.002 121 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.934 0.047 0.010 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.002 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.004 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.054 0.001 0.001 134 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.930 0.045 0.007 0.001 135 G 0.004 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.013 0.747 0.136 0.078 0.004 136 M 0.005 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.013 0.780 0.164 0.014 0.004 137 T 0.006 0.005 0.006 0.004 0.004 0.011 0.195 0.636 0.084 0.045 0.004 138 R 0.004 0.656 0.132 0.025 0.019 0.022 0.065 0.043 0.015 0.016 0.003 139 G 0.021 0.015 0.015 0.041 0.015 0.015 0.008 0.027 0.045 0.488 0.312 140 L 0.087 0.269 0.089 0.009 0.229 0.008 0.023 0.095 0.056 0.094 0.040 141 F 0.145 0.312 0.060 0.012 0.269 0.012 0.034 0.029 0.021 0.065 0.042 142 R 0.073 0.376 0.232 0.028 0.169 0.012 0.013 0.033 0.026 0.016 0.022 143 R 0.017 0.064 0.031 0.018 0.034 0.046 0.088 0.358 0.285 0.044 0.015 144 D 0.070 0.083 0.061 0.012 0.114 0.008 0.028 0.194 0.115 0.265 0.050 145 L 0.037 0.181 0.045 0.007 0.089 0.012 0.022 0.331 0.105 0.142 0.031 146 H 0.033 0.304 0.122 0.009 0.111 0.005 0.008 0.323 0.047 0.022 0.017 147 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.779 0.207 0.004 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.016 0.002 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.022 0.010 0.001 158 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.899 0.071 0.007 0.002 159 N 0.004 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.015 0.863 0.087 0.012 0.003 160 Y 0.016 0.017 0.008 0.002 0.020 0.003 0.013 0.772 0.096 0.046 0.008 161 F 0.025 0.042 0.006 0.001 0.037 0.002 0.018 0.734 0.085 0.041 0.010 162 F 0.045 0.034 0.005 0.003 0.053 0.006 0.030 0.679 0.088 0.039 0.019 163 L 0.056 0.041 0.009 0.005 0.072 0.012 0.043 0.593 0.108 0.040 0.020 164 S 0.061 0.071 0.029 0.011 0.100 0.017 0.048 0.473 0.108 0.059 0.023 165 T 0.081 0.075 0.022 0.005 0.127 0.008 0.034 0.407 0.131 0.081 0.028 166 L 0.067 0.102 0.030 0.007 0.125 0.010 0.061 0.356 0.139 0.070 0.033 167 A 0.098 0.084 0.048 0.020 0.111 0.026 0.095 0.222 0.089 0.150 0.056 168 T 0.064 0.242 0.162 0.057 0.119 0.036 0.045 0.111 0.053 0.076 0.035 169 E 0.039 0.104 0.074 0.106 0.058 0.071 0.106 0.153 0.123 0.126 0.039 170 G 0.065 0.106 0.105 0.054 0.106 0.024 0.035 0.079 0.088 0.270 0.067 171 L 0.099 0.188 0.075 0.016 0.195 0.015 0.034 0.092 0.112 0.125 0.050 172 T 0.072 0.261 0.130 0.032 0.177 0.029 0.042 0.075 0.073 0.069 0.039 173 S 0.101 0.171 0.101 0.020 0.205 0.018 0.039 0.133 0.090 0.081 0.041 174 H 0.064 0.160 0.084 0.025 0.123 0.030 0.047 0.122 0.101 0.200 0.043 175 S 0.057 0.377 0.234 0.014 0.189 0.006 0.008 0.045 0.029 0.026 0.016 176 P 0.014 0.056 0.021 0.005 0.028 0.009 0.028 0.507 0.284 0.036 0.012 177 D 0.021 0.072 0.036 0.007 0.043 0.008 0.027 0.502 0.127 0.139 0.019 178 Q 0.014 0.063 0.014 0.002 0.029 0.002 0.006 0.679 0.131 0.049 0.011 179 D 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.908 0.069 0.006 0.002 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.042 0.002 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.002 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.004 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.029 0.006 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.059 0.002 0.001 188 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.898 0.079 0.007 0.001 189 I 0.006 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.013 0.848 0.070 0.023 0.002 190 F 0.045 0.033 0.008 0.002 0.043 0.004 0.061 0.648 0.076 0.064 0.018 191 T 0.061 0.086 0.052 0.036 0.076 0.042 0.064 0.391 0.103 0.057 0.033 192 R 0.026 0.142 0.075 0.080 0.051 0.081 0.189 0.195 0.087 0.053 0.021 193 G 0.058 0.055 0.078 0.054 0.076 0.019 0.029 0.083 0.077 0.357 0.114 194 I 0.107 0.242 0.070 0.008 0.268 0.009 0.027 0.059 0.050 0.100 0.060 195 M 0.090 0.345 0.204 0.023 0.187 0.011 0.019 0.026 0.015 0.032 0.048 196 A 0.089 0.179 0.201 0.080 0.117 0.051 0.047 0.093 0.047 0.049 0.047 197 D 0.024 0.169 0.145 0.154 0.046 0.094 0.112 0.117 0.075 0.047 0.017 198 G 0.023 0.048 0.060 0.219 0.028 0.078 0.057 0.073 0.092 0.267 0.054 199 G 0.048 0.128 0.133 0.084 0.097 0.032 0.040 0.064 0.090 0.220 0.065 200 A 0.088 0.152 0.113 0.049 0.136 0.030 0.043 0.050 0.075 0.188 0.077 201 A 0.039 0.407 0.275 0.034 0.128 0.015 0.020 0.022 0.023 0.021 0.016 202 P 0.113 0.138 0.088 0.030 0.164 0.029 0.047 0.110 0.130 0.095 0.055 203 A 0.071 0.270 0.142 0.026 0.168 0.021 0.032 0.086 0.083 0.068 0.033