# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4968 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.659 0.202 0.085 0.042 0.011 0.001 0.001 2 T 0.763 0.183 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 3 R 0.674 0.207 0.080 0.031 0.007 0.001 0.001 4 A 0.780 0.191 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 5 D 0.532 0.377 0.068 0.020 0.003 0.001 0.001 6 C 0.087 0.140 0.295 0.292 0.162 0.025 0.001 7 R 0.074 0.182 0.294 0.292 0.129 0.029 0.001 8 S 0.494 0.384 0.087 0.025 0.009 0.002 0.001 9 R 0.057 0.177 0.330 0.333 0.088 0.014 0.001 10 L 0.010 0.019 0.036 0.070 0.285 0.500 0.079 11 M 0.009 0.041 0.151 0.359 0.293 0.136 0.011 12 E 0.153 0.437 0.240 0.109 0.047 0.013 0.001 13 V 0.007 0.033 0.131 0.320 0.358 0.136 0.015 14 A 0.003 0.008 0.014 0.035 0.180 0.582 0.178 15 T 0.013 0.091 0.288 0.373 0.169 0.060 0.006 16 E 0.100 0.329 0.307 0.195 0.050 0.017 0.002 17 L 0.008 0.027 0.088 0.250 0.385 0.227 0.015 18 F 0.017 0.027 0.045 0.135 0.323 0.386 0.068 19 A 0.042 0.144 0.229 0.294 0.189 0.089 0.011 20 Q 0.208 0.348 0.238 0.134 0.054 0.016 0.001 21 K 0.076 0.178 0.297 0.292 0.111 0.042 0.004 22 G 0.080 0.104 0.127 0.213 0.279 0.175 0.023 23 F 0.061 0.097 0.168 0.244 0.259 0.146 0.025 24 Y 0.140 0.252 0.242 0.180 0.113 0.063 0.010 25 G 0.096 0.213 0.237 0.210 0.151 0.080 0.014 26 V 0.025 0.047 0.091 0.192 0.323 0.257 0.065 27 S 0.020 0.068 0.148 0.217 0.283 0.203 0.061 28 I 0.004 0.013 0.020 0.050 0.174 0.507 0.232 29 R 0.018 0.107 0.259 0.323 0.204 0.081 0.008 30 E 0.022 0.127 0.258 0.338 0.174 0.072 0.009 31 L 0.002 0.005 0.017 0.056 0.255 0.554 0.111 32 A 0.007 0.024 0.063 0.207 0.318 0.325 0.056 33 Q 0.099 0.365 0.278 0.157 0.069 0.029 0.003 34 A 0.047 0.154 0.279 0.358 0.113 0.044 0.005 35 A 0.017 0.021 0.046 0.119 0.318 0.427 0.052 36 G 0.152 0.321 0.252 0.163 0.073 0.033 0.006 37 A 0.066 0.077 0.109 0.215 0.265 0.201 0.068 38 S 0.061 0.144 0.160 0.195 0.228 0.168 0.044 39 I 0.048 0.092 0.159 0.221 0.234 0.186 0.059 40 S 0.078 0.117 0.123 0.152 0.213 0.209 0.110 41 M 0.052 0.050 0.063 0.127 0.164 0.280 0.264 42 I 0.022 0.020 0.028 0.067 0.118 0.312 0.433 43 S 0.047 0.070 0.101 0.145 0.190 0.273 0.174 44 Y 0.060 0.104 0.147 0.203 0.225 0.183 0.078 45 H 0.065 0.114 0.118 0.179 0.203 0.240 0.082 46 F 0.051 0.069 0.136 0.240 0.275 0.189 0.039 47 G 0.270 0.320 0.199 0.126 0.060 0.021 0.003 48 G 0.136 0.202 0.216 0.203 0.162 0.071 0.010 49 K 0.069 0.098 0.143 0.247 0.247 0.168 0.028 50 E 0.212 0.288 0.212 0.148 0.095 0.041 0.003 51 G 0.145 0.267 0.290 0.210 0.066 0.020 0.003 52 L 0.021 0.034 0.077 0.161 0.323 0.303 0.082 53 Y 0.012 0.028 0.047 0.122 0.258 0.406 0.127 54 A 0.028 0.124 0.260 0.295 0.189 0.094 0.010 55 A 0.028 0.117 0.235 0.309 0.212 0.089 0.011 56 V 0.005 0.013 0.033 0.087 0.236 0.498 0.128 57 L 0.011 0.024 0.056 0.188 0.340 0.311 0.070 58 Q 0.101 0.321 0.298 0.175 0.076 0.025 0.002 59 E 0.072 0.204 0.290 0.280 0.118 0.033 0.002 60 Q 0.042 0.097 0.157 0.254 0.266 0.169 0.013 61 F 0.038 0.081 0.165 0.299 0.297 0.114 0.006 62 A 0.288 0.368 0.205 0.092 0.035 0.010 0.001 63 C 0.118 0.207 0.253 0.255 0.125 0.039 0.003 64 F 0.079 0.087 0.118 0.206 0.310 0.183 0.018 65 G 0.177 0.242 0.252 0.201 0.097 0.029 0.002 66 Q 0.371 0.343 0.161 0.082 0.032 0.011 0.001 67 L 0.153 0.170 0.225 0.253 0.144 0.051 0.004 68 D 0.238 0.206 0.194 0.186 0.133 0.041 0.002 69 D 0.391 0.351 0.153 0.068 0.027 0.008 0.001 70 I 0.242 0.210 0.214 0.199 0.105 0.029 0.001 71 R 0.328 0.262 0.208 0.130 0.057 0.014 0.001 72 G 0.475 0.255 0.155 0.082 0.026 0.006 0.001 73 Q 0.579 0.240 0.105 0.052 0.019 0.005 0.001 74 A 0.494 0.267 0.131 0.072 0.028 0.008 0.001 75 G 0.484 0.275 0.141 0.070 0.024 0.006 0.001 76 D 0.306 0.354 0.195 0.095 0.039 0.010 0.001 77 P 0.066 0.106 0.159 0.249 0.263 0.139 0.017 78 L 0.039 0.130 0.240 0.285 0.201 0.098 0.006 79 A 0.121 0.269 0.243 0.208 0.113 0.042 0.004 80 V 0.013 0.056 0.183 0.303 0.293 0.129 0.023 81 M 0.004 0.009 0.012 0.038 0.174 0.544 0.220 82 T 0.007 0.055 0.199 0.363 0.226 0.135 0.015 83 A 0.021 0.098 0.202 0.312 0.211 0.133 0.024 84 Y 0.004 0.013 0.046 0.122 0.267 0.415 0.133 85 L 0.004 0.009 0.015 0.059 0.193 0.472 0.250 86 R 0.023 0.131 0.260 0.272 0.188 0.105 0.021 87 W 0.021 0.081 0.171 0.291 0.252 0.154 0.030 88 T 0.011 0.035 0.069 0.148 0.287 0.373 0.077 89 I 0.017 0.035 0.064 0.177 0.336 0.315 0.056 90 Q 0.086 0.259 0.284 0.197 0.122 0.048 0.004 91 R 0.057 0.141 0.254 0.309 0.167 0.067 0.006 92 H 0.056 0.076 0.143 0.237 0.298 0.176 0.014 93 R 0.216 0.271 0.237 0.173 0.082 0.019 0.001 94 N 0.457 0.342 0.114 0.054 0.025 0.007 0.001 95 N 0.281 0.268 0.205 0.165 0.062 0.018 0.001 96 P 0.338 0.293 0.197 0.111 0.045 0.015 0.001 97 Q 0.209 0.280 0.239 0.177 0.069 0.023 0.003 98 L 0.041 0.084 0.150 0.242 0.275 0.177 0.032 99 L 0.021 0.038 0.054 0.127 0.250 0.391 0.120 100 R 0.018 0.067 0.143 0.253 0.240 0.221 0.057 101 F 0.013 0.028 0.051 0.111 0.238 0.361 0.198 102 Y 0.010 0.024 0.046 0.100 0.205 0.381 0.234 103 T 0.015 0.039 0.069 0.152 0.252 0.320 0.153 104 S 0.047 0.127 0.199 0.238 0.214 0.141 0.033 105 E 0.078 0.192 0.234 0.238 0.162 0.085 0.011 106 L 0.054 0.085 0.141 0.227 0.292 0.182 0.020 107 T 0.158 0.195 0.238 0.221 0.135 0.048 0.004 108 N 0.344 0.295 0.196 0.109 0.042 0.014 0.001 109 P 0.344 0.244 0.172 0.143 0.070 0.025 0.002 110 T 0.401 0.274 0.154 0.101 0.051 0.017 0.001 111 P 0.422 0.310 0.159 0.077 0.024 0.007 0.001 112 C 0.170 0.252 0.260 0.196 0.091 0.027 0.003 113 F 0.061 0.091 0.129 0.222 0.299 0.180 0.019 114 A 0.059 0.177 0.258 0.286 0.156 0.061 0.003 115 A 0.172 0.332 0.236 0.158 0.075 0.026 0.002 116 I 0.031 0.087 0.183 0.319 0.256 0.113 0.010 117 V 0.031 0.059 0.100 0.206 0.342 0.241 0.022 118 S 0.108 0.261 0.306 0.208 0.088 0.027 0.002 119 P 0.240 0.362 0.221 0.124 0.042 0.011 0.001 120 A 0.066 0.125 0.193 0.281 0.233 0.096 0.007 121 I 0.043 0.096 0.180 0.277 0.272 0.124 0.007 122 A 0.234 0.340 0.246 0.119 0.046 0.014 0.001 123 S 0.135 0.294 0.275 0.197 0.080 0.017 0.002 124 V 0.024 0.049 0.078 0.168 0.334 0.306 0.042 125 I 0.012 0.061 0.166 0.301 0.295 0.156 0.009 126 R 0.121 0.361 0.271 0.162 0.063 0.020 0.001 127 L 0.010 0.046 0.181 0.325 0.337 0.091 0.011 128 L 0.003 0.009 0.012 0.036 0.204 0.585 0.151 129 A 0.006 0.067 0.256 0.404 0.194 0.069 0.003 130 E 0.051 0.263 0.343 0.272 0.054 0.017 0.001 131 S 0.005 0.021 0.096 0.275 0.389 0.204 0.011 132 I 0.010 0.017 0.028 0.105 0.363 0.430 0.047 133 E 0.068 0.312 0.343 0.189 0.072 0.016 0.001 134 A 0.130 0.391 0.264 0.165 0.041 0.009 0.001 135 G 0.045 0.098 0.234 0.325 0.227 0.068 0.002 136 M 0.090 0.133 0.223 0.301 0.209 0.044 0.002 137 T 0.426 0.373 0.132 0.047 0.018 0.004 0.001 138 R 0.348 0.325 0.183 0.109 0.028 0.006 0.001 139 G 0.389 0.320 0.156 0.089 0.038 0.008 0.001 140 L 0.131 0.279 0.288 0.206 0.075 0.020 0.001 141 F 0.077 0.089 0.138 0.245 0.320 0.124 0.007 142 R 0.136 0.259 0.285 0.222 0.077 0.021 0.001 143 R 0.366 0.327 0.170 0.090 0.036 0.010 0.001 144 D 0.311 0.300 0.210 0.124 0.042 0.013 0.001 145 L 0.113 0.127 0.186 0.273 0.219 0.075 0.007 146 H 0.229 0.348 0.206 0.115 0.067 0.031 0.004 147 A 0.085 0.125 0.163 0.248 0.213 0.138 0.027 148 V 0.105 0.159 0.206 0.227 0.178 0.108 0.018 149 N 0.063 0.119 0.178 0.227 0.203 0.153 0.056 150 S 0.024 0.033 0.057 0.123 0.184 0.300 0.279 151 A 0.015 0.021 0.034 0.089 0.181 0.351 0.308 152 L 0.015 0.031 0.057 0.117 0.196 0.299 0.285 153 A 0.009 0.013 0.023 0.067 0.105 0.265 0.518 154 L 0.003 0.004 0.008 0.025 0.051 0.229 0.680 155 A 0.004 0.007 0.012 0.034 0.097 0.284 0.562 156 G 0.010 0.018 0.028 0.064 0.125 0.268 0.487 157 M 0.008 0.012 0.017 0.065 0.069 0.249 0.580 158 V 0.007 0.010 0.017 0.054 0.105 0.300 0.507 159 N 0.017 0.038 0.076 0.145 0.209 0.265 0.250 160 Y 0.022 0.040 0.056 0.107 0.184 0.302 0.288 161 F 0.023 0.029 0.038 0.111 0.132 0.296 0.371 162 F 0.024 0.026 0.036 0.096 0.167 0.324 0.327 163 L 0.030 0.044 0.060 0.122 0.188 0.294 0.262 164 S 0.047 0.081 0.104 0.171 0.210 0.245 0.142 165 T 0.063 0.115 0.142 0.200 0.213 0.198 0.068 166 L 0.065 0.100 0.139 0.215 0.245 0.190 0.048 167 A 0.095 0.111 0.135 0.214 0.234 0.175 0.036 168 T 0.171 0.180 0.199 0.209 0.155 0.076 0.010 169 E 0.399 0.290 0.158 0.094 0.041 0.015 0.001 170 G 0.412 0.270 0.146 0.102 0.050 0.017 0.001 171 L 0.297 0.197 0.194 0.175 0.102 0.034 0.002 172 T 0.430 0.264 0.164 0.092 0.039 0.010 0.001 173 S 0.537 0.273 0.116 0.052 0.017 0.004 0.001 174 H 0.381 0.231 0.183 0.138 0.056 0.011 0.001 175 S 0.518 0.280 0.121 0.053 0.023 0.004 0.001 176 P 0.579 0.276 0.096 0.038 0.010 0.002 0.001 177 D 0.563 0.283 0.100 0.040 0.012 0.002 0.001 178 Q 0.344 0.260 0.213 0.133 0.042 0.008 0.001 179 D 0.352 0.289 0.208 0.108 0.035 0.008 0.001 180 E 0.472 0.333 0.124 0.054 0.014 0.003 0.001 181 E 0.105 0.254 0.300 0.230 0.088 0.021 0.001 182 L 0.035 0.053 0.079 0.180 0.337 0.281 0.035 183 I 0.023 0.095 0.212 0.337 0.220 0.106 0.007 184 R 0.068 0.181 0.270 0.254 0.149 0.069 0.009 185 Q 0.021 0.057 0.134 0.255 0.294 0.189 0.050 186 Y 0.008 0.018 0.028 0.074 0.209 0.433 0.229 187 V 0.017 0.059 0.145 0.233 0.258 0.221 0.069 188 A 0.049 0.135 0.203 0.252 0.179 0.136 0.047 189 I 0.016 0.019 0.038 0.111 0.210 0.392 0.215 190 F 0.013 0.021 0.030 0.080 0.180 0.388 0.288 191 T 0.038 0.084 0.145 0.210 0.241 0.200 0.082 192 R 0.061 0.158 0.225 0.251 0.174 0.108 0.023 193 G 0.122 0.163 0.161 0.205 0.187 0.140 0.023 194 I 0.075 0.086 0.128 0.214 0.272 0.199 0.026 195 M 0.157 0.204 0.238 0.211 0.123 0.060 0.005 196 A 0.277 0.212 0.212 0.183 0.087 0.028 0.002 197 D 0.710 0.220 0.045 0.017 0.006 0.001 0.001 198 G 0.767 0.167 0.040 0.018 0.006 0.001 0.001 199 G 0.734 0.181 0.053 0.023 0.008 0.002 0.001 200 A 0.568 0.258 0.107 0.048 0.015 0.004 0.001 201 A 0.421 0.229 0.167 0.111 0.054 0.017 0.002 202 P 0.394 0.244 0.175 0.112 0.050 0.021 0.002 203 A 0.409 0.169 0.148 0.133 0.086 0.048 0.007