# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.042 0.002 0.040 0.014 0.022 0.166 0.003 0.001 0.025 0.646 2 T 0.043 0.186 0.003 0.015 0.011 0.010 0.096 0.006 0.001 0.064 0.565 3 R 0.122 0.706 0.001 0.003 0.002 0.003 0.020 0.013 0.001 0.024 0.106 4 A 0.042 0.328 0.001 0.005 0.005 0.006 0.042 0.003 0.001 0.390 0.179 5 D 0.004 0.718 0.003 0.006 0.004 0.005 0.024 0.001 0.001 0.094 0.141 6 C 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.011 7 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 8 S 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.012 9 R 0.001 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.010 10 L 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.002 11 M 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 12 E 0.001 0.662 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.319 0.010 13 V 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.005 14 A 0.002 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.026 0.007 15 T 0.004 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.039 0.019 16 E 0.011 0.860 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.067 0.039 17 L 0.024 0.802 0.025 0.004 0.001 0.002 0.013 0.008 0.005 0.081 0.035 18 F 0.049 0.135 0.369 0.006 0.003 0.003 0.045 0.016 0.116 0.190 0.070 19 A 0.490 0.091 0.005 0.004 0.002 0.003 0.054 0.017 0.004 0.034 0.295 20 Q 0.098 0.052 0.004 0.008 0.002 0.004 0.066 0.005 0.001 0.025 0.735 21 K 0.029 0.035 0.012 0.032 0.005 0.010 0.127 0.003 0.001 0.027 0.720 22 G 0.072 0.062 0.004 0.020 0.007 0.022 0.117 0.009 0.001 0.069 0.614 23 F 0.062 0.038 0.002 0.012 0.019 0.009 0.124 0.003 0.001 0.084 0.645 24 Y 0.030 0.137 0.002 0.117 0.015 0.030 0.088 0.003 0.001 0.071 0.507 25 G 0.024 0.314 0.001 0.026 0.009 0.024 0.061 0.004 0.001 0.057 0.480 26 V 0.006 0.480 0.003 0.074 0.059 0.037 0.047 0.001 0.001 0.035 0.257 27 S 0.003 0.945 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.019 28 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.004 29 R 0.005 0.937 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.035 0.012 30 E 0.012 0.938 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 31 L 0.037 0.838 0.025 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 0.004 0.045 0.021 32 A 0.018 0.020 0.396 0.004 0.002 0.002 0.015 0.007 0.365 0.148 0.024 33 Q 0.810 0.016 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.004 0.001 0.011 0.130 34 A 0.023 0.013 0.001 0.010 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.019 0.878 35 A 0.037 0.010 0.006 0.031 0.004 0.006 0.171 0.001 0.001 0.019 0.715 36 G 0.015 0.018 0.002 0.011 0.005 0.013 0.108 0.003 0.001 0.092 0.732 37 A 0.011 0.027 0.001 0.007 0.017 0.004 0.085 0.002 0.001 0.026 0.819 38 S 0.132 0.435 0.003 0.068 0.008 0.011 0.045 0.022 0.001 0.122 0.156 39 I 0.069 0.202 0.003 0.017 0.008 0.015 0.123 0.014 0.001 0.292 0.257 40 S 0.024 0.200 0.008 0.153 0.024 0.071 0.075 0.007 0.002 0.168 0.268 41 M 0.071 0.145 0.009 0.052 0.055 0.137 0.084 0.011 0.002 0.173 0.261 42 I 0.051 0.109 0.010 0.116 0.091 0.221 0.083 0.013 0.003 0.089 0.215 43 S 0.053 0.054 0.005 0.085 0.085 0.150 0.087 0.004 0.003 0.073 0.402 44 Y 0.015 0.031 0.014 0.095 0.090 0.191 0.103 0.003 0.006 0.062 0.390 45 H 0.113 0.042 0.002 0.054 0.031 0.074 0.104 0.006 0.001 0.064 0.510 46 F 0.193 0.038 0.002 0.025 0.022 0.033 0.126 0.005 0.001 0.032 0.524 47 G 0.003 0.039 0.001 0.022 0.007 0.010 0.088 0.001 0.001 0.005 0.824 48 G 0.033 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.010 0.063 49 K 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 50 E 0.007 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.019 51 G 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 52 L 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 53 Y 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 54 A 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.008 55 A 0.002 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.007 56 V 0.007 0.864 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.093 0.015 57 L 0.010 0.913 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.037 0.017 58 Q 0.020 0.838 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.046 0.070 59 E 0.027 0.830 0.014 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.025 0.081 60 Q 0.067 0.761 0.013 0.004 0.001 0.002 0.023 0.017 0.002 0.032 0.078 61 F 0.118 0.499 0.028 0.008 0.003 0.004 0.055 0.014 0.007 0.047 0.217 62 A 0.070 0.339 0.015 0.011 0.005 0.005 0.057 0.007 0.004 0.024 0.464 63 C 0.127 0.386 0.006 0.009 0.002 0.004 0.046 0.010 0.001 0.021 0.387 64 F 0.157 0.390 0.006 0.010 0.004 0.006 0.066 0.014 0.001 0.030 0.316 65 G 0.037 0.425 0.007 0.012 0.006 0.007 0.052 0.005 0.001 0.023 0.425 66 Q 0.076 0.676 0.003 0.007 0.004 0.005 0.026 0.010 0.001 0.018 0.174 67 L 0.133 0.593 0.005 0.010 0.006 0.006 0.035 0.021 0.001 0.040 0.152 68 D 0.068 0.568 0.010 0.014 0.008 0.008 0.034 0.009 0.002 0.050 0.228 69 D 0.141 0.514 0.009 0.012 0.005 0.009 0.038 0.017 0.002 0.041 0.210 70 I 0.239 0.299 0.017 0.016 0.008 0.011 0.059 0.027 0.007 0.048 0.270 71 R 0.244 0.095 0.057 0.024 0.010 0.015 0.072 0.020 0.026 0.066 0.371 72 G 0.247 0.023 0.002 0.011 0.004 0.009 0.066 0.009 0.001 0.025 0.603 73 Q 0.178 0.009 0.001 0.015 0.005 0.007 0.076 0.003 0.001 0.048 0.658 74 A 0.005 0.006 0.001 0.018 0.003 0.006 0.116 0.001 0.001 0.016 0.829 75 G 0.006 0.033 0.001 0.023 0.003 0.004 0.138 0.001 0.001 0.010 0.781 76 D 0.109 0.630 0.002 0.004 0.005 0.001 0.033 0.021 0.001 0.088 0.106 77 P 0.026 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.010 78 L 0.010 0.259 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.699 0.025 79 A 0.002 0.844 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.118 0.025 80 V 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.008 81 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 82 T 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.011 83 A 0.003 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.007 84 Y 0.001 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.918 0.002 85 L 0.002 0.866 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.103 0.010 86 R 0.007 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.023 0.019 87 W 0.006 0.832 0.007 0.003 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.085 0.047 88 T 0.012 0.834 0.007 0.002 0.001 0.002 0.016 0.012 0.001 0.082 0.031 89 I 0.047 0.787 0.011 0.005 0.001 0.003 0.019 0.019 0.003 0.050 0.055 90 Q 0.070 0.392 0.032 0.008 0.004 0.006 0.043 0.011 0.010 0.258 0.165 91 R 0.119 0.159 0.057 0.012 0.007 0.015 0.084 0.021 0.012 0.182 0.332 92 H 0.327 0.028 0.006 0.011 0.004 0.006 0.083 0.010 0.001 0.066 0.459 93 R 0.012 0.016 0.003 0.018 0.006 0.015 0.153 0.001 0.001 0.026 0.750 94 N 0.004 0.084 0.001 0.004 0.002 0.003 0.060 0.001 0.001 0.013 0.829 95 N 0.097 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.020 0.023 96 P 0.023 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.018 0.028 97 Q 0.003 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.029 98 L 0.014 0.903 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.035 0.027 99 L 0.004 0.249 0.002 0.006 0.002 0.006 0.010 0.002 0.001 0.703 0.017 100 R 0.003 0.224 0.002 0.006 0.004 0.006 0.013 0.001 0.001 0.709 0.032 101 F 0.026 0.586 0.011 0.008 0.010 0.007 0.037 0.011 0.001 0.171 0.132 102 Y 0.050 0.544 0.025 0.019 0.013 0.022 0.046 0.040 0.004 0.099 0.138 103 T 0.080 0.175 0.016 0.015 0.005 0.016 0.074 0.013 0.009 0.325 0.271 104 S 0.098 0.062 0.019 0.016 0.012 0.015 0.125 0.011 0.007 0.167 0.467 105 E 0.138 0.024 0.008 0.016 0.007 0.014 0.108 0.010 0.002 0.073 0.600 106 L 0.045 0.010 0.005 0.018 0.009 0.017 0.144 0.004 0.001 0.050 0.697 107 T 0.035 0.005 0.001 0.015 0.005 0.010 0.121 0.001 0.001 0.033 0.775 108 N 0.012 0.009 0.001 0.010 0.007 0.012 0.161 0.001 0.001 0.029 0.758 109 P 0.013 0.053 0.001 0.009 0.007 0.005 0.099 0.003 0.001 0.018 0.792 110 T 0.189 0.658 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 0.018 0.001 0.018 0.087 111 P 0.059 0.771 0.002 0.004 0.002 0.003 0.027 0.007 0.001 0.015 0.109 112 C 0.036 0.783 0.008 0.005 0.004 0.005 0.018 0.004 0.001 0.022 0.114 113 F 0.127 0.665 0.005 0.011 0.004 0.010 0.020 0.022 0.001 0.046 0.090 114 A 0.101 0.469 0.006 0.011 0.008 0.011 0.037 0.009 0.001 0.165 0.181 115 A 0.029 0.133 0.005 0.012 0.012 0.014 0.048 0.002 0.001 0.353 0.392 116 I 0.013 0.304 0.007 0.019 0.007 0.008 0.115 0.006 0.001 0.152 0.368 117 V 0.029 0.795 0.004 0.003 0.003 0.003 0.015 0.021 0.001 0.037 0.091 118 S 0.031 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.016 0.042 119 P 0.011 0.456 0.003 0.003 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.415 0.079 120 A 0.004 0.829 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.130 0.023 121 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 122 A 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.010 123 S 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 124 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 125 I 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.005 126 R 0.002 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.013 127 L 0.003 0.219 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.748 0.016 128 L 0.003 0.855 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.117 0.005 129 A 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.012 0.011 130 E 0.004 0.890 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.048 0.039 131 S 0.008 0.799 0.023 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.002 0.108 0.033 132 I 0.024 0.904 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.023 0.011 133 E 0.022 0.329 0.007 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.001 0.553 0.063 134 A 0.018 0.468 0.013 0.003 0.001 0.002 0.040 0.004 0.004 0.308 0.140 135 G 0.069 0.148 0.351 0.004 0.003 0.003 0.036 0.078 0.087 0.115 0.107 136 M 0.503 0.053 0.013 0.005 0.003 0.004 0.055 0.017 0.008 0.031 0.309 137 T 0.180 0.045 0.002 0.006 0.002 0.003 0.046 0.005 0.001 0.017 0.694 138 R 0.015 0.024 0.001 0.016 0.002 0.005 0.107 0.002 0.001 0.011 0.818 139 G 0.042 0.050 0.004 0.029 0.012 0.032 0.122 0.005 0.001 0.089 0.614 140 L 0.029 0.030 0.005 0.019 0.069 0.034 0.141 0.003 0.002 0.062 0.607 141 F 0.061 0.060 0.003 0.095 0.013 0.016 0.104 0.005 0.001 0.038 0.605 142 R 0.451 0.116 0.008 0.028 0.008 0.011 0.055 0.021 0.003 0.061 0.239 143 R 0.094 0.100 0.003 0.039 0.005 0.008 0.089 0.006 0.001 0.034 0.621 144 D 0.052 0.275 0.003 0.015 0.004 0.007 0.061 0.006 0.001 0.045 0.530 145 L 0.028 0.233 0.002 0.020 0.011 0.009 0.078 0.003 0.001 0.323 0.293 146 H 0.005 0.258 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.672 0.042 147 A 0.006 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.074 0.019 148 V 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 149 N 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 150 S 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 151 A 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 152 L 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.004 153 A 0.002 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.006 154 L 0.004 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.035 0.007 155 A 0.003 0.507 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.459 0.017 156 G 0.002 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.080 0.015 157 M 0.007 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.023 0.011 158 V 0.005 0.909 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.037 0.024 159 N 0.004 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.023 0.029 160 Y 0.009 0.481 0.005 0.003 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.443 0.038 161 F 0.002 0.063 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.901 0.010 162 F 0.014 0.718 0.014 0.005 0.003 0.004 0.025 0.014 0.002 0.139 0.062 163 L 0.038 0.755 0.008 0.003 0.004 0.003 0.017 0.016 0.001 0.039 0.115 164 S 0.022 0.247 0.010 0.014 0.005 0.017 0.053 0.008 0.003 0.443 0.179 165 T 0.040 0.255 0.018 0.016 0.008 0.015 0.098 0.011 0.007 0.279 0.253 166 L 0.124 0.126 0.071 0.023 0.014 0.016 0.086 0.030 0.021 0.102 0.387 167 A 0.184 0.058 0.008 0.019 0.009 0.018 0.096 0.014 0.004 0.050 0.539 168 T 0.159 0.025 0.003 0.012 0.007 0.012 0.101 0.007 0.001 0.067 0.605 169 E 0.023 0.010 0.002 0.018 0.006 0.013 0.135 0.002 0.001 0.047 0.744 170 G 0.040 0.012 0.003 0.014 0.008 0.016 0.125 0.004 0.001 0.056 0.721 171 L 0.109 0.008 0.002 0.017 0.023 0.020 0.136 0.007 0.001 0.056 0.621 172 T 0.095 0.004 0.001 0.028 0.009 0.015 0.113 0.002 0.001 0.058 0.676 173 S 0.007 0.003 0.001 0.020 0.006 0.016 0.149 0.001 0.001 0.018 0.780 174 H 0.008 0.010 0.001 0.018 0.009 0.009 0.119 0.001 0.001 0.016 0.810 175 S 0.416 0.129 0.001 0.008 0.008 0.005 0.065 0.018 0.001 0.067 0.282 176 P 0.078 0.144 0.001 0.008 0.003 0.005 0.096 0.006 0.001 0.038 0.620 177 D 0.013 0.228 0.002 0.010 0.005 0.006 0.071 0.001 0.001 0.022 0.642 178 Q 0.023 0.858 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.006 0.001 0.029 0.065 179 D 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.004 180 E 0.008 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.015 181 E 0.004 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.047 0.028 182 L 0.006 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.048 0.007 183 I 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.003 184 R 0.002 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.055 0.016 185 Q 0.001 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.009 186 Y 0.005 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.033 0.005 187 V 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.971 0.002 188 A 0.002 0.400 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.554 0.021 189 I 0.040 0.740 0.042 0.002 0.001 0.001 0.012 0.027 0.004 0.072 0.058 190 F 0.073 0.576 0.044 0.010 0.002 0.007 0.039 0.036 0.012 0.083 0.117 191 T 0.103 0.383 0.009 0.006 0.002 0.005 0.059 0.020 0.006 0.041 0.367 192 R 0.098 0.203 0.012 0.031 0.008 0.014 0.097 0.007 0.002 0.043 0.485 193 G 0.072 0.126 0.010 0.047 0.009 0.030 0.123 0.010 0.003 0.099 0.471 194 I 0.044 0.045 0.012 0.064 0.032 0.048 0.177 0.006 0.005 0.083 0.485 195 M 0.090 0.035 0.007 0.057 0.026 0.038 0.122 0.006 0.004 0.067 0.546 196 A 0.141 0.019 0.003 0.022 0.010 0.016 0.094 0.008 0.002 0.040 0.645 197 D 0.182 0.019 0.002 0.021 0.007 0.013 0.100 0.012 0.001 0.040 0.602 198 G 0.092 0.005 0.001 0.009 0.004 0.010 0.091 0.002 0.001 0.039 0.747 199 G 0.018 0.003 0.001 0.010 0.009 0.014 0.117 0.001 0.001 0.029 0.799 200 A 0.020 0.003 0.001 0.016 0.012 0.012 0.112 0.001 0.001 0.024 0.798 201 A 0.276 0.007 0.002 0.015 0.011 0.010 0.118 0.004 0.001 0.059 0.498 202 P 0.053 0.007 0.001 0.012 0.004 0.008 0.109 0.002 0.001 0.029 0.775 203 A 0.030 0.007 0.001 0.013 0.006 0.009 0.126 0.001 0.001 0.022 0.785