# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.030 0.007 0.022 0.018 0.101 0.019 0.772 2 T 0.116 0.361 0.005 0.009 0.012 0.053 0.054 0.389 3 R 0.133 0.657 0.002 0.002 0.003 0.024 0.037 0.141 4 A 0.032 0.489 0.007 0.005 0.006 0.044 0.191 0.227 5 D 0.009 0.651 0.003 0.003 0.004 0.026 0.200 0.104 6 C 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 7 R 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.004 8 S 0.001 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 9 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 10 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 11 M 0.001 0.253 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.001 12 E 0.001 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.001 13 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 14 A 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 15 T 0.009 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 16 E 0.007 0.905 0.008 0.001 0.001 0.004 0.043 0.033 17 L 0.064 0.620 0.092 0.002 0.002 0.020 0.157 0.043 18 F 0.302 0.074 0.180 0.003 0.002 0.039 0.291 0.109 19 A 0.559 0.021 0.022 0.001 0.001 0.029 0.026 0.342 20 Q 0.052 0.007 0.015 0.001 0.001 0.027 0.009 0.889 21 K 0.004 0.004 0.013 0.001 0.002 0.121 0.008 0.846 22 G 0.055 0.013 0.039 0.006 0.013 0.120 0.040 0.715 23 F 0.050 0.023 0.039 0.028 0.016 0.109 0.098 0.638 24 Y 0.014 0.194 0.097 0.014 0.025 0.069 0.059 0.528 25 G 0.013 0.353 0.061 0.020 0.027 0.058 0.064 0.404 26 V 0.008 0.484 0.152 0.050 0.019 0.036 0.071 0.180 27 S 0.007 0.960 0.005 0.001 0.002 0.001 0.019 0.005 28 I 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 29 R 0.002 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 30 E 0.002 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 31 L 0.085 0.871 0.015 0.001 0.001 0.003 0.016 0.008 32 A 0.254 0.072 0.255 0.007 0.002 0.011 0.352 0.047 33 Q 0.685 0.030 0.003 0.001 0.001 0.011 0.010 0.260 34 A 0.129 0.003 0.005 0.001 0.001 0.022 0.037 0.804 35 A 0.008 0.007 0.004 0.001 0.002 0.130 0.018 0.829 36 G 0.006 0.007 0.003 0.001 0.004 0.063 0.011 0.904 37 A 0.011 0.022 0.012 0.008 0.003 0.099 0.033 0.814 38 S 0.255 0.450 0.024 0.008 0.009 0.037 0.138 0.081 39 I 0.136 0.258 0.023 0.006 0.010 0.086 0.118 0.362 40 S 0.016 0.152 0.212 0.024 0.068 0.074 0.205 0.248 41 M 0.023 0.259 0.135 0.049 0.108 0.055 0.188 0.182 42 I 0.019 0.119 0.147 0.137 0.221 0.057 0.115 0.186 43 S 0.036 0.044 0.190 0.180 0.225 0.046 0.083 0.197 44 Y 0.021 0.021 0.092 0.215 0.224 0.079 0.069 0.280 45 H 0.067 0.027 0.065 0.045 0.086 0.121 0.047 0.541 46 F 0.127 0.059 0.023 0.056 0.054 0.122 0.051 0.508 47 G 0.009 0.045 0.006 0.006 0.009 0.077 0.019 0.829 48 G 0.038 0.789 0.002 0.003 0.003 0.015 0.046 0.104 49 K 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.015 50 E 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.016 51 G 0.002 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 52 L 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 53 Y 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 54 A 0.002 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.004 55 A 0.002 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.054 0.004 56 V 0.012 0.945 0.004 0.001 0.001 0.002 0.032 0.005 57 L 0.021 0.892 0.006 0.001 0.001 0.003 0.062 0.016 58 Q 0.022 0.867 0.006 0.001 0.001 0.007 0.044 0.053 59 E 0.041 0.732 0.018 0.001 0.001 0.019 0.063 0.125 60 Q 0.092 0.631 0.027 0.002 0.001 0.024 0.123 0.100 61 F 0.288 0.299 0.029 0.001 0.001 0.039 0.090 0.253 62 A 0.053 0.167 0.031 0.003 0.002 0.066 0.078 0.600 63 C 0.050 0.278 0.020 0.001 0.001 0.056 0.058 0.536 64 F 0.177 0.376 0.017 0.002 0.002 0.067 0.090 0.269 65 G 0.051 0.395 0.020 0.004 0.003 0.062 0.055 0.410 66 Q 0.047 0.668 0.010 0.001 0.002 0.028 0.030 0.214 67 L 0.085 0.758 0.016 0.002 0.002 0.021 0.046 0.071 68 D 0.082 0.611 0.038 0.005 0.004 0.030 0.078 0.152 69 D 0.095 0.434 0.047 0.004 0.005 0.045 0.078 0.292 70 I 0.202 0.188 0.079 0.008 0.009 0.076 0.175 0.263 71 R 0.242 0.053 0.053 0.009 0.009 0.075 0.089 0.471 72 G 0.127 0.016 0.011 0.003 0.005 0.063 0.033 0.743 73 Q 0.078 0.020 0.009 0.002 0.003 0.103 0.044 0.742 74 A 0.013 0.034 0.006 0.002 0.003 0.138 0.016 0.787 75 G 0.014 0.087 0.003 0.001 0.001 0.070 0.007 0.817 76 D 0.038 0.919 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.025 77 P 0.037 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 78 L 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.005 79 A 0.002 0.664 0.001 0.001 0.001 0.004 0.318 0.010 80 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 81 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 82 T 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 83 A 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.005 84 Y 0.003 0.310 0.007 0.001 0.001 0.003 0.674 0.003 85 L 0.003 0.870 0.002 0.001 0.001 0.002 0.118 0.005 86 R 0.004 0.954 0.005 0.001 0.001 0.003 0.017 0.015 87 W 0.005 0.876 0.034 0.002 0.002 0.009 0.043 0.030 88 T 0.021 0.847 0.023 0.002 0.002 0.012 0.071 0.022 89 I 0.139 0.601 0.031 0.003 0.003 0.021 0.113 0.090 90 Q 0.109 0.176 0.106 0.009 0.007 0.074 0.195 0.322 91 R 0.101 0.058 0.041 0.006 0.008 0.085 0.262 0.438 92 H 0.248 0.043 0.031 0.004 0.005 0.103 0.119 0.447 93 R 0.016 0.013 0.010 0.004 0.004 0.115 0.023 0.814 94 N 0.007 0.026 0.002 0.001 0.001 0.050 0.013 0.902 95 N 0.108 0.779 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.065 96 P 0.033 0.849 0.003 0.001 0.001 0.022 0.016 0.075 97 Q 0.009 0.907 0.005 0.001 0.002 0.008 0.026 0.040 98 L 0.011 0.883 0.008 0.001 0.003 0.009 0.066 0.019 99 L 0.009 0.274 0.017 0.004 0.006 0.012 0.655 0.023 100 R 0.004 0.135 0.019 0.005 0.008 0.012 0.800 0.018 101 F 0.020 0.503 0.050 0.011 0.021 0.037 0.273 0.085 102 Y 0.074 0.402 0.112 0.027 0.056 0.070 0.123 0.136 103 T 0.051 0.058 0.067 0.026 0.038 0.065 0.448 0.247 104 S 0.057 0.047 0.030 0.016 0.029 0.123 0.297 0.400 105 E 0.177 0.022 0.025 0.014 0.021 0.183 0.074 0.484 106 L 0.036 0.006 0.014 0.010 0.014 0.179 0.086 0.655 107 T 0.028 0.008 0.009 0.003 0.007 0.138 0.048 0.758 108 N 0.039 0.028 0.011 0.006 0.009 0.187 0.047 0.674 109 P 0.047 0.131 0.007 0.003 0.003 0.096 0.026 0.685 110 T 0.157 0.682 0.004 0.001 0.002 0.026 0.025 0.103 111 P 0.045 0.770 0.011 0.002 0.003 0.030 0.020 0.118 112 C 0.058 0.764 0.016 0.003 0.005 0.021 0.042 0.092 113 F 0.153 0.625 0.014 0.003 0.004 0.019 0.120 0.061 114 A 0.081 0.406 0.016 0.007 0.011 0.035 0.280 0.165 115 A 0.034 0.307 0.024 0.008 0.012 0.062 0.170 0.384 116 I 0.016 0.499 0.017 0.010 0.010 0.078 0.066 0.304 117 V 0.023 0.783 0.007 0.003 0.004 0.022 0.031 0.128 118 S 0.050 0.886 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.031 119 P 0.020 0.487 0.005 0.002 0.002 0.019 0.391 0.074 120 A 0.007 0.832 0.002 0.001 0.001 0.005 0.136 0.016 121 I 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 122 A 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.013 123 S 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.005 124 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 125 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 126 R 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 127 L 0.004 0.340 0.004 0.001 0.001 0.003 0.643 0.005 128 L 0.004 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.003 129 A 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 130 E 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 131 S 0.013 0.848 0.009 0.001 0.001 0.007 0.112 0.011 132 I 0.046 0.913 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.010 133 E 0.075 0.293 0.029 0.001 0.001 0.024 0.443 0.135 134 A 0.015 0.387 0.029 0.002 0.002 0.056 0.272 0.236 135 G 0.114 0.201 0.158 0.004 0.006 0.072 0.177 0.268 136 M 0.515 0.045 0.040 0.006 0.004 0.061 0.044 0.286 137 T 0.193 0.019 0.007 0.001 0.002 0.045 0.024 0.708 138 R 0.013 0.011 0.016 0.002 0.006 0.115 0.010 0.828 139 G 0.023 0.018 0.065 0.014 0.027 0.148 0.049 0.656 140 L 0.022 0.015 0.089 0.074 0.031 0.128 0.059 0.583 141 F 0.059 0.023 0.076 0.016 0.020 0.072 0.036 0.698 142 R 0.443 0.064 0.047 0.018 0.015 0.050 0.101 0.263 143 R 0.055 0.091 0.024 0.009 0.010 0.081 0.033 0.699 144 D 0.028 0.168 0.011 0.003 0.007 0.064 0.023 0.696 145 L 0.034 0.192 0.016 0.007 0.006 0.099 0.220 0.427 146 H 0.018 0.272 0.003 0.001 0.001 0.013 0.658 0.034 147 A 0.010 0.901 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 0.013 148 V 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 149 N 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 150 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 151 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 152 L 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 153 A 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 154 L 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 155 A 0.003 0.659 0.007 0.001 0.001 0.003 0.319 0.008 156 G 0.002 0.892 0.005 0.001 0.001 0.004 0.083 0.012 157 M 0.007 0.955 0.005 0.001 0.001 0.004 0.018 0.009 158 V 0.015 0.893 0.011 0.002 0.001 0.008 0.044 0.026 159 N 0.012 0.871 0.007 0.001 0.002 0.013 0.044 0.049 160 Y 0.025 0.355 0.031 0.003 0.005 0.037 0.447 0.097 161 F 0.005 0.099 0.026 0.007 0.005 0.027 0.805 0.026 162 F 0.028 0.606 0.032 0.007 0.016 0.037 0.163 0.112 163 L 0.110 0.538 0.032 0.010 0.022 0.056 0.049 0.183 164 S 0.015 0.055 0.066 0.028 0.030 0.049 0.584 0.174 165 T 0.058 0.140 0.030 0.017 0.028 0.117 0.314 0.296 166 L 0.154 0.073 0.047 0.025 0.031 0.166 0.114 0.389 167 A 0.094 0.030 0.018 0.011 0.014 0.128 0.037 0.670 168 T 0.168 0.030 0.013 0.006 0.013 0.081 0.128 0.561 169 E 0.035 0.020 0.019 0.009 0.014 0.187 0.068 0.648 170 G 0.053 0.014 0.040 0.013 0.022 0.126 0.055 0.677 171 L 0.110 0.014 0.022 0.018 0.017 0.127 0.050 0.642 172 T 0.115 0.021 0.030 0.009 0.015 0.130 0.084 0.595 173 S 0.041 0.016 0.028 0.010 0.017 0.145 0.043 0.701 174 H 0.038 0.013 0.015 0.006 0.008 0.110 0.028 0.782 175 S 0.235 0.121 0.012 0.006 0.006 0.097 0.124 0.398 176 P 0.088 0.250 0.008 0.002 0.004 0.108 0.040 0.498 177 D 0.034 0.336 0.005 0.003 0.003 0.074 0.033 0.513 178 Q 0.015 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.035 179 D 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 180 E 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 181 E 0.001 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.005 182 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 183 I 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 184 R 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 185 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 186 Y 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 187 V 0.004 0.269 0.003 0.001 0.001 0.002 0.720 0.003 188 A 0.003 0.709 0.006 0.001 0.001 0.004 0.263 0.014 189 I 0.037 0.742 0.061 0.001 0.002 0.018 0.095 0.044 190 F 0.101 0.586 0.078 0.006 0.004 0.043 0.078 0.104 191 T 0.118 0.210 0.038 0.003 0.005 0.053 0.066 0.507 192 R 0.046 0.175 0.035 0.004 0.005 0.102 0.038 0.595 193 G 0.066 0.086 0.128 0.017 0.020 0.142 0.143 0.398 194 I 0.081 0.044 0.085 0.031 0.022 0.139 0.108 0.490 195 M 0.089 0.020 0.070 0.012 0.017 0.097 0.066 0.629 196 A 0.109 0.017 0.051 0.012 0.013 0.093 0.060 0.645 197 D 0.145 0.013 0.017 0.006 0.009 0.090 0.034 0.686 198 G 0.080 0.006 0.014 0.006 0.008 0.096 0.031 0.758 199 G 0.038 0.010 0.014 0.011 0.019 0.122 0.027 0.758 200 A 0.038 0.008 0.019 0.011 0.018 0.097 0.034 0.776 201 A 0.059 0.017 0.030 0.049 0.045 0.132 0.056 0.612 202 P 0.049 0.018 0.028 0.021 0.037 0.090 0.059 0.698 203 A 0.050 0.021 0.038 0.041 0.054 0.115 0.059 0.622