# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.299 0.134 0.055 0.108 0.098 0.079 0.098 0.063 0.035 0.022 0.011 2 T 0.282 0.383 0.071 0.101 0.058 0.033 0.034 0.018 0.011 0.007 0.003 3 R 0.158 0.265 0.046 0.116 0.121 0.102 0.108 0.051 0.020 0.009 0.004 4 A 0.842 0.067 0.033 0.029 0.012 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 5 D 0.377 0.131 0.129 0.199 0.081 0.046 0.023 0.008 0.003 0.002 0.001 6 C 0.005 0.023 0.033 0.058 0.066 0.114 0.237 0.161 0.161 0.098 0.045 7 R 0.003 0.009 0.030 0.051 0.114 0.195 0.306 0.145 0.085 0.045 0.018 8 S 0.074 0.036 0.689 0.124 0.041 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 9 R 0.003 0.010 0.095 0.178 0.254 0.212 0.182 0.047 0.014 0.004 0.001 10 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.034 0.069 0.230 0.346 0.311 11 M 0.001 0.002 0.025 0.032 0.062 0.186 0.385 0.130 0.102 0.052 0.025 12 E 0.008 0.011 0.854 0.086 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.002 0.014 0.022 0.041 0.207 0.494 0.128 0.058 0.024 0.009 14 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.044 0.204 0.327 0.399 15 T 0.001 0.002 0.050 0.066 0.184 0.246 0.300 0.081 0.041 0.023 0.008 16 E 0.003 0.011 0.723 0.135 0.075 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.021 0.013 0.018 0.077 0.345 0.206 0.158 0.106 0.053 18 F 0.002 0.002 0.010 0.004 0.004 0.008 0.057 0.101 0.217 0.274 0.322 19 A 0.003 0.009 0.213 0.130 0.169 0.162 0.153 0.073 0.043 0.031 0.014 20 Q 0.011 0.023 0.380 0.191 0.210 0.090 0.064 0.018 0.009 0.004 0.002 21 K 0.047 0.032 0.088 0.070 0.089 0.122 0.274 0.117 0.080 0.060 0.022 22 G 0.223 0.083 0.052 0.080 0.053 0.086 0.161 0.086 0.084 0.053 0.040 23 F 0.026 0.026 0.039 0.039 0.035 0.062 0.109 0.114 0.198 0.184 0.169 24 Y 0.088 0.191 0.114 0.172 0.136 0.114 0.095 0.038 0.027 0.016 0.008 25 G 0.176 0.131 0.077 0.207 0.149 0.107 0.081 0.031 0.021 0.012 0.008 26 V 0.027 0.012 0.013 0.018 0.027 0.034 0.096 0.175 0.167 0.185 0.247 27 S 0.017 0.191 0.072 0.184 0.175 0.100 0.113 0.055 0.046 0.034 0.014 28 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.057 0.115 0.236 0.270 0.296 29 R 0.100 0.057 0.189 0.352 0.151 0.076 0.042 0.013 0.009 0.009 0.002 30 E 0.012 0.041 0.112 0.298 0.222 0.136 0.116 0.038 0.015 0.007 0.003 31 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.028 0.052 0.169 0.253 0.487 32 A 0.001 0.002 0.026 0.021 0.028 0.095 0.257 0.119 0.174 0.127 0.150 33 Q 0.001 0.005 0.509 0.210 0.172 0.066 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 34 A 0.003 0.015 0.098 0.117 0.160 0.277 0.260 0.042 0.018 0.008 0.003 35 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.046 0.210 0.212 0.276 0.237 36 G 0.428 0.245 0.108 0.108 0.049 0.026 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 37 A 0.006 0.008 0.037 0.021 0.013 0.022 0.047 0.056 0.174 0.298 0.318 38 S 0.054 0.075 0.044 0.107 0.118 0.101 0.164 0.092 0.115 0.072 0.060 39 I 0.037 0.056 0.037 0.072 0.097 0.115 0.159 0.109 0.133 0.107 0.079 40 S 0.034 0.048 0.074 0.115 0.128 0.151 0.153 0.102 0.086 0.060 0.049 41 M 0.008 0.015 0.026 0.044 0.053 0.071 0.160 0.170 0.182 0.155 0.115 42 I 0.002 0.002 0.006 0.009 0.009 0.015 0.056 0.104 0.217 0.268 0.311 43 S 0.006 0.013 0.043 0.093 0.101 0.133 0.188 0.123 0.141 0.093 0.068 44 Y 0.007 0.020 0.050 0.068 0.083 0.131 0.215 0.157 0.138 0.083 0.048 45 H 0.012 0.023 0.032 0.071 0.076 0.102 0.203 0.152 0.142 0.120 0.068 46 F 0.013 0.010 0.015 0.028 0.030 0.056 0.138 0.178 0.213 0.171 0.148 47 G 0.184 0.223 0.139 0.196 0.122 0.048 0.038 0.023 0.013 0.010 0.004 48 G 0.092 0.177 0.071 0.151 0.122 0.109 0.127 0.058 0.047 0.032 0.014 49 K 0.016 0.018 0.012 0.040 0.060 0.097 0.182 0.169 0.186 0.130 0.092 50 E 0.260 0.163 0.149 0.197 0.098 0.053 0.042 0.016 0.010 0.008 0.002 51 G 0.032 0.058 0.114 0.266 0.217 0.136 0.109 0.047 0.014 0.005 0.002 52 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.018 0.074 0.104 0.248 0.285 0.250 53 Y 0.001 0.001 0.014 0.017 0.026 0.056 0.222 0.151 0.236 0.156 0.119 54 A 0.001 0.007 0.318 0.188 0.236 0.100 0.087 0.029 0.019 0.011 0.003 55 A 0.002 0.006 0.088 0.086 0.133 0.225 0.327 0.083 0.033 0.012 0.005 56 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.008 0.056 0.101 0.237 0.317 0.265 57 L 0.001 0.002 0.014 0.012 0.015 0.041 0.189 0.166 0.244 0.177 0.140 58 Q 0.003 0.010 0.355 0.201 0.224 0.087 0.062 0.029 0.016 0.010 0.004 59 E 0.005 0.012 0.104 0.103 0.169 0.216 0.286 0.064 0.026 0.011 0.004 60 Q 0.006 0.006 0.029 0.019 0.016 0.034 0.132 0.138 0.224 0.234 0.163 61 F 0.013 0.011 0.035 0.034 0.042 0.083 0.228 0.197 0.165 0.110 0.082 62 A 0.029 0.045 0.451 0.194 0.135 0.053 0.039 0.025 0.014 0.010 0.003 63 C 0.017 0.041 0.079 0.080 0.074 0.177 0.252 0.122 0.082 0.051 0.024 64 F 0.030 0.026 0.026 0.048 0.051 0.098 0.206 0.175 0.155 0.120 0.067 65 G 0.521 0.148 0.107 0.073 0.038 0.035 0.032 0.018 0.013 0.010 0.004 66 Q 0.098 0.166 0.132 0.232 0.152 0.095 0.066 0.027 0.017 0.010 0.005 67 L 0.014 0.013 0.011 0.021 0.022 0.043 0.113 0.145 0.220 0.190 0.209 68 D 0.134 0.156 0.097 0.223 0.185 0.085 0.066 0.026 0.014 0.009 0.004 69 D 0.141 0.157 0.231 0.224 0.108 0.055 0.038 0.019 0.014 0.008 0.004 70 I 0.020 0.024 0.025 0.053 0.060 0.110 0.194 0.136 0.163 0.122 0.093 71 R 0.073 0.106 0.060 0.176 0.149 0.114 0.157 0.076 0.046 0.029 0.014 72 G 0.217 0.142 0.132 0.151 0.105 0.071 0.072 0.045 0.033 0.022 0.011 73 Q 0.172 0.227 0.107 0.175 0.114 0.080 0.064 0.026 0.018 0.011 0.005 74 A 0.292 0.136 0.038 0.117 0.102 0.083 0.108 0.058 0.035 0.020 0.011 75 G 0.490 0.125 0.047 0.082 0.066 0.055 0.056 0.032 0.023 0.015 0.009 76 D 0.122 0.226 0.095 0.218 0.152 0.079 0.058 0.024 0.014 0.008 0.003 77 P 0.029 0.027 0.019 0.037 0.045 0.064 0.174 0.189 0.196 0.124 0.094 78 L 0.048 0.068 0.055 0.173 0.208 0.204 0.135 0.052 0.031 0.019 0.008 79 A 0.121 0.111 0.235 0.226 0.097 0.083 0.065 0.027 0.017 0.012 0.005 80 V 0.002 0.006 0.014 0.056 0.099 0.143 0.247 0.211 0.125 0.063 0.034 81 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.033 0.077 0.214 0.332 0.330 82 T 0.001 0.005 0.106 0.177 0.292 0.190 0.150 0.034 0.023 0.016 0.005 83 A 0.001 0.009 0.184 0.130 0.148 0.177 0.199 0.084 0.042 0.018 0.008 84 Y 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.015 0.082 0.168 0.243 0.287 0.191 85 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.014 0.073 0.124 0.252 0.298 0.219 86 R 0.004 0.012 0.204 0.202 0.218 0.140 0.107 0.052 0.032 0.021 0.008 87 W 0.003 0.009 0.055 0.052 0.075 0.214 0.332 0.138 0.074 0.035 0.014 88 T 0.002 0.003 0.016 0.010 0.009 0.015 0.073 0.106 0.232 0.318 0.216 89 I 0.002 0.003 0.011 0.013 0.016 0.053 0.162 0.205 0.222 0.173 0.140 90 Q 0.017 0.038 0.358 0.227 0.151 0.079 0.057 0.035 0.020 0.014 0.005 91 R 0.009 0.021 0.064 0.083 0.097 0.167 0.285 0.122 0.083 0.050 0.021 92 H 0.012 0.010 0.021 0.021 0.018 0.034 0.122 0.126 0.219 0.224 0.193 93 R 0.050 0.044 0.089 0.126 0.135 0.151 0.195 0.100 0.057 0.035 0.018 94 N 0.125 0.172 0.270 0.178 0.089 0.063 0.049 0.024 0.016 0.011 0.005 95 N 0.059 0.055 0.037 0.086 0.099 0.142 0.215 0.130 0.090 0.055 0.032 96 P 0.344 0.121 0.051 0.094 0.076 0.082 0.093 0.054 0.041 0.028 0.016 97 Q 0.089 0.105 0.108 0.218 0.158 0.137 0.096 0.041 0.025 0.015 0.007 98 L 0.006 0.011 0.027 0.043 0.054 0.075 0.152 0.192 0.189 0.135 0.118 99 L 0.001 0.003 0.009 0.013 0.020 0.042 0.122 0.159 0.225 0.226 0.179 100 R 0.004 0.017 0.100 0.153 0.167 0.172 0.161 0.092 0.069 0.044 0.022 101 F 0.001 0.005 0.030 0.027 0.031 0.069 0.152 0.183 0.204 0.177 0.122 102 Y 0.002 0.003 0.010 0.012 0.013 0.025 0.091 0.157 0.236 0.253 0.197 103 T 0.005 0.009 0.029 0.040 0.038 0.070 0.141 0.166 0.190 0.181 0.130 104 S 0.013 0.026 0.073 0.116 0.121 0.140 0.171 0.114 0.101 0.080 0.043 105 E 0.049 0.056 0.067 0.134 0.120 0.128 0.177 0.104 0.084 0.055 0.025 106 L 0.032 0.026 0.024 0.054 0.050 0.072 0.147 0.149 0.182 0.162 0.101 107 T 0.097 0.092 0.059 0.119 0.104 0.109 0.144 0.092 0.082 0.063 0.040 108 N 0.174 0.189 0.093 0.154 0.110 0.078 0.081 0.048 0.034 0.025 0.014 109 P 0.202 0.147 0.050 0.108 0.085 0.092 0.114 0.073 0.060 0.044 0.025 110 T 0.217 0.146 0.045 0.121 0.119 0.101 0.103 0.062 0.042 0.029 0.016 111 P 0.469 0.147 0.071 0.112 0.064 0.049 0.040 0.022 0.013 0.009 0.004 112 C 0.052 0.067 0.061 0.168 0.161 0.157 0.151 0.084 0.051 0.032 0.015 113 F 0.005 0.010 0.016 0.026 0.031 0.048 0.139 0.186 0.216 0.184 0.141 114 A 0.014 0.026 0.078 0.143 0.159 0.197 0.190 0.083 0.057 0.038 0.015 115 A 0.056 0.056 0.363 0.222 0.118 0.075 0.055 0.023 0.017 0.012 0.004 116 I 0.006 0.015 0.037 0.065 0.079 0.135 0.258 0.169 0.118 0.077 0.040 117 V 0.003 0.008 0.019 0.019 0.021 0.040 0.132 0.177 0.221 0.224 0.136 118 S 0.033 0.042 0.223 0.191 0.191 0.133 0.107 0.044 0.018 0.013 0.004 119 P 0.246 0.104 0.403 0.147 0.046 0.026 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 120 A 0.011 0.017 0.022 0.045 0.050 0.121 0.253 0.161 0.157 0.112 0.051 121 I 0.007 0.013 0.022 0.030 0.049 0.080 0.201 0.193 0.184 0.139 0.082 122 A 0.077 0.056 0.468 0.166 0.091 0.069 0.041 0.016 0.008 0.006 0.002 123 S 0.019 0.038 0.277 0.222 0.162 0.132 0.098 0.031 0.013 0.006 0.002 124 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.013 0.083 0.121 0.266 0.278 0.223 125 I 0.002 0.004 0.032 0.044 0.080 0.170 0.310 0.139 0.115 0.069 0.035 126 R 0.017 0.019 0.750 0.124 0.047 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 127 L 0.001 0.003 0.030 0.040 0.060 0.224 0.407 0.128 0.065 0.032 0.011 128 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.025 0.079 0.221 0.330 0.336 129 A 0.002 0.004 0.095 0.102 0.203 0.243 0.228 0.064 0.030 0.023 0.005 130 E 0.005 0.013 0.733 0.135 0.069 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 131 S 0.001 0.002 0.012 0.008 0.011 0.056 0.298 0.217 0.186 0.144 0.064 132 I 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.013 0.090 0.134 0.250 0.259 0.237 133 E 0.013 0.016 0.469 0.187 0.141 0.085 0.050 0.022 0.009 0.006 0.002 134 A 0.008 0.023 0.344 0.184 0.196 0.128 0.087 0.017 0.008 0.003 0.001 135 G 0.008 0.010 0.028 0.016 0.016 0.036 0.168 0.146 0.207 0.216 0.151 136 M 0.012 0.013 0.032 0.036 0.049 0.129 0.279 0.204 0.124 0.077 0.045 137 T 0.067 0.130 0.616 0.116 0.030 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 138 R 0.054 0.054 0.071 0.157 0.186 0.208 0.179 0.058 0.020 0.009 0.004 139 G 0.728 0.084 0.041 0.037 0.021 0.020 0.026 0.014 0.013 0.010 0.005 140 L 0.076 0.115 0.079 0.174 0.165 0.141 0.122 0.051 0.039 0.026 0.014 141 F 0.009 0.019 0.046 0.037 0.029 0.047 0.121 0.137 0.196 0.178 0.181 142 R 0.050 0.118 0.098 0.213 0.216 0.120 0.103 0.040 0.022 0.013 0.006 143 R 0.312 0.237 0.180 0.127 0.059 0.037 0.024 0.011 0.007 0.005 0.002 144 D 0.196 0.118 0.057 0.188 0.150 0.121 0.096 0.033 0.021 0.014 0.008 145 L 0.013 0.010 0.009 0.020 0.026 0.056 0.145 0.217 0.201 0.155 0.147 146 H 0.136 0.279 0.175 0.230 0.109 0.034 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 147 A 0.036 0.035 0.064 0.080 0.088 0.117 0.169 0.130 0.127 0.088 0.066 148 V 0.101 0.097 0.075 0.189 0.187 0.131 0.107 0.040 0.036 0.025 0.012 149 N 0.021 0.044 0.056 0.156 0.169 0.171 0.187 0.092 0.058 0.030 0.016 150 S 0.002 0.006 0.030 0.030 0.040 0.055 0.122 0.157 0.203 0.188 0.165 151 A 0.001 0.002 0.018 0.018 0.027 0.052 0.153 0.173 0.219 0.185 0.152 152 L 0.001 0.007 0.079 0.090 0.114 0.172 0.224 0.148 0.091 0.052 0.022 153 A 0.001 0.002 0.022 0.013 0.018 0.056 0.143 0.168 0.220 0.223 0.133 154 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.008 0.039 0.108 0.225 0.310 0.296 155 A 0.001 0.002 0.018 0.012 0.019 0.042 0.121 0.194 0.237 0.226 0.128 156 G 0.001 0.006 0.044 0.027 0.034 0.084 0.195 0.186 0.179 0.158 0.086 157 M 0.001 0.002 0.015 0.009 0.009 0.020 0.084 0.109 0.219 0.282 0.249 158 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.007 0.018 0.067 0.108 0.242 0.252 0.290 159 N 0.003 0.009 0.035 0.050 0.072 0.135 0.213 0.166 0.153 0.098 0.065 160 Y 0.004 0.009 0.035 0.036 0.047 0.106 0.226 0.176 0.163 0.118 0.080 161 F 0.004 0.005 0.021 0.022 0.022 0.041 0.115 0.138 0.216 0.225 0.193 162 F 0.002 0.004 0.013 0.017 0.017 0.038 0.101 0.147 0.226 0.220 0.215 163 L 0.002 0.005 0.023 0.027 0.031 0.066 0.137 0.170 0.203 0.183 0.154 164 S 0.005 0.011 0.045 0.060 0.064 0.103 0.195 0.154 0.156 0.126 0.079 165 T 0.008 0.011 0.035 0.046 0.044 0.075 0.170 0.154 0.186 0.159 0.114 166 L 0.010 0.014 0.030 0.042 0.042 0.071 0.156 0.172 0.182 0.166 0.113 167 A 0.020 0.027 0.053 0.088 0.075 0.110 0.178 0.146 0.128 0.107 0.067 168 T 0.044 0.053 0.065 0.124 0.113 0.123 0.161 0.109 0.092 0.070 0.046 169 E 0.233 0.158 0.082 0.145 0.110 0.074 0.081 0.045 0.035 0.025 0.013 170 G 0.335 0.119 0.047 0.117 0.086 0.073 0.085 0.051 0.041 0.030 0.017 171 L 0.069 0.058 0.030 0.077 0.069 0.094 0.143 0.119 0.140 0.113 0.087 172 T 0.173 0.197 0.061 0.148 0.118 0.088 0.097 0.051 0.034 0.021 0.012 173 S 0.347 0.144 0.059 0.119 0.091 0.062 0.071 0.046 0.030 0.020 0.011 174 H 0.179 0.112 0.043 0.109 0.096 0.102 0.127 0.087 0.071 0.047 0.027 175 S 0.122 0.187 0.047 0.118 0.105 0.105 0.136 0.071 0.053 0.038 0.018 176 P 0.351 0.136 0.054 0.113 0.099 0.076 0.081 0.046 0.023 0.015 0.007 177 D 0.588 0.142 0.069 0.083 0.047 0.025 0.021 0.012 0.007 0.005 0.002 178 Q 0.133 0.352 0.059 0.136 0.100 0.067 0.082 0.034 0.020 0.012 0.005 179 D 0.077 0.124 0.035 0.083 0.118 0.124 0.212 0.127 0.058 0.027 0.013 180 E 0.559 0.077 0.135 0.101 0.042 0.047 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 181 E 0.118 0.066 0.263 0.323 0.095 0.085 0.036 0.009 0.003 0.002 0.001 182 L 0.001 0.002 0.006 0.010 0.016 0.037 0.152 0.203 0.239 0.190 0.146 183 I 0.001 0.001 0.014 0.014 0.038 0.090 0.225 0.213 0.185 0.132 0.088 184 R 0.004 0.008 0.821 0.096 0.042 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.004 0.092 0.082 0.117 0.272 0.305 0.077 0.033 0.013 0.004 186 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.078 0.227 0.328 0.334 187 V 0.001 0.003 0.026 0.026 0.047 0.151 0.271 0.155 0.144 0.121 0.054 188 A 0.002 0.013 0.522 0.190 0.140 0.059 0.039 0.018 0.010 0.005 0.002 189 I 0.001 0.002 0.010 0.008 0.012 0.055 0.226 0.237 0.207 0.154 0.089 190 F 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.008 0.040 0.073 0.223 0.320 0.321 191 T 0.002 0.007 0.046 0.056 0.077 0.151 0.212 0.148 0.139 0.100 0.062 192 R 0.006 0.024 0.127 0.141 0.175 0.169 0.177 0.088 0.052 0.026 0.013 193 G 0.011 0.013 0.028 0.033 0.031 0.057 0.174 0.169 0.205 0.177 0.101 194 I 0.008 0.007 0.011 0.015 0.013 0.026 0.091 0.134 0.230 0.235 0.231 195 M 0.021 0.051 0.076 0.141 0.122 0.135 0.159 0.114 0.084 0.059 0.039 196 A 0.040 0.061 0.069 0.126 0.120 0.135 0.158 0.104 0.085 0.063 0.038 197 D 0.258 0.202 0.066 0.149 0.107 0.064 0.067 0.035 0.025 0.018 0.009 198 G 0.405 0.163 0.034 0.085 0.067 0.054 0.067 0.046 0.035 0.026 0.016 199 G 0.343 0.201 0.054 0.119 0.086 0.060 0.054 0.033 0.024 0.017 0.010 200 A 0.193 0.176 0.059 0.154 0.109 0.086 0.092 0.053 0.038 0.026 0.016 201 A 0.247 0.140 0.051 0.113 0.099 0.092 0.103 0.066 0.044 0.027 0.017 202 P 0.485 0.228 0.055 0.116 0.058 0.025 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 203 A 0.078 0.036 0.028 0.067 0.069 0.116 0.153 0.126 0.134 0.110 0.083