# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.004 0.002 0.010 0.013 0.027 0.065 0.001 0.001 0.002 0.826 2 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.964 3 R 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.055 0.001 0.001 0.001 0.929 4 A 0.015 0.004 0.001 0.004 0.002 0.004 0.102 0.001 0.001 0.002 0.867 5 D 0.042 0.030 0.001 0.004 0.003 0.005 0.182 0.001 0.001 0.003 0.731 6 C 0.108 0.276 0.002 0.007 0.004 0.011 0.101 0.001 0.001 0.003 0.487 7 R 0.037 0.675 0.002 0.007 0.003 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.248 8 S 0.013 0.748 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.218 9 R 0.022 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.099 10 L 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 11 M 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 12 E 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 13 V 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 14 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 15 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 17 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 18 F 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 20 Q 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 21 K 0.154 0.716 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 0.032 22 G 0.385 0.272 0.096 0.007 0.002 0.003 0.009 0.117 0.001 0.003 0.105 23 F 0.047 0.030 0.839 0.009 0.002 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.045 24 Y 0.052 0.061 0.046 0.147 0.053 0.044 0.103 0.005 0.001 0.006 0.483 25 G 0.031 0.057 0.015 0.110 0.017 0.039 0.110 0.003 0.001 0.002 0.616 26 V 0.061 0.101 0.011 0.193 0.037 0.045 0.104 0.002 0.001 0.005 0.442 27 S 0.013 0.112 0.005 0.047 0.018 0.037 0.359 0.001 0.001 0.003 0.406 28 I 0.015 0.349 0.004 0.080 0.011 0.057 0.035 0.001 0.001 0.003 0.446 29 R 0.002 0.410 0.001 0.005 0.003 0.006 0.218 0.001 0.001 0.002 0.353 30 E 0.075 0.415 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.001 0.001 0.004 0.168 31 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 32 A 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 A 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 35 A 0.109 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 0.004 36 G 0.420 0.200 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.325 0.001 0.003 0.032 37 A 0.013 0.010 0.949 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.015 38 S 0.048 0.025 0.082 0.093 0.014 0.012 0.213 0.007 0.001 0.004 0.502 39 I 0.011 0.021 0.006 0.071 0.009 0.014 0.066 0.001 0.001 0.004 0.799 40 S 0.018 0.043 0.005 0.133 0.028 0.037 0.325 0.001 0.001 0.009 0.401 41 M 0.163 0.043 0.003 0.089 0.023 0.032 0.428 0.001 0.001 0.019 0.197 42 I 0.108 0.346 0.005 0.122 0.089 0.128 0.043 0.003 0.001 0.005 0.150 43 S 0.026 0.280 0.006 0.117 0.170 0.244 0.032 0.002 0.001 0.002 0.121 44 Y 0.029 0.247 0.004 0.054 0.297 0.192 0.021 0.005 0.001 0.002 0.148 45 H 0.045 0.201 0.003 0.026 0.158 0.237 0.032 0.014 0.001 0.001 0.283 46 F 0.137 0.115 0.006 0.028 0.131 0.243 0.033 0.015 0.001 0.002 0.290 47 G 0.030 0.023 0.010 0.011 0.014 0.026 0.089 0.005 0.001 0.002 0.790 48 G 0.023 0.005 0.008 0.005 0.003 0.007 0.168 0.003 0.001 0.003 0.775 49 K 0.070 0.007 0.005 0.014 0.002 0.010 0.062 0.001 0.001 0.004 0.826 50 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.001 0.001 0.001 0.717 51 G 0.063 0.062 0.001 0.002 0.001 0.003 0.448 0.001 0.001 0.008 0.411 52 L 0.037 0.863 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.081 53 Y 0.004 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 54 A 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 55 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 56 V 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 57 L 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 58 Q 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 59 E 0.017 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.031 60 Q 0.025 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.024 61 F 0.021 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.034 62 A 0.023 0.897 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.055 63 C 0.098 0.772 0.011 0.002 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.077 64 F 0.113 0.753 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.078 65 G 0.077 0.458 0.037 0.009 0.003 0.003 0.017 0.022 0.001 0.004 0.370 66 Q 0.055 0.212 0.085 0.012 0.002 0.003 0.068 0.014 0.001 0.002 0.548 67 L 0.096 0.450 0.024 0.031 0.004 0.010 0.060 0.007 0.001 0.002 0.316 68 D 0.032 0.546 0.005 0.017 0.006 0.009 0.059 0.004 0.001 0.002 0.321 69 D 0.053 0.590 0.007 0.014 0.004 0.008 0.053 0.008 0.001 0.002 0.262 70 I 0.153 0.638 0.006 0.012 0.003 0.007 0.025 0.015 0.001 0.002 0.138 71 R 0.116 0.697 0.008 0.006 0.005 0.006 0.026 0.016 0.001 0.002 0.117 72 G 0.145 0.523 0.020 0.007 0.005 0.007 0.027 0.045 0.001 0.005 0.216 73 Q 0.254 0.303 0.033 0.010 0.004 0.007 0.030 0.088 0.001 0.003 0.269 74 A 0.217 0.143 0.034 0.010 0.004 0.007 0.041 0.054 0.001 0.004 0.486 75 G 0.174 0.086 0.109 0.018 0.005 0.009 0.096 0.021 0.001 0.013 0.468 76 D 0.123 0.026 0.056 0.017 0.003 0.005 0.274 0.005 0.001 0.005 0.487 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.984 78 L 0.003 0.016 0.002 0.005 0.001 0.004 0.592 0.001 0.001 0.003 0.374 79 A 0.075 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.590 0.001 0.001 0.007 0.246 80 V 0.026 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.079 81 M 0.003 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 82 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 83 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 Y 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 85 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 86 R 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 87 W 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 88 T 0.011 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 89 I 0.010 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 90 Q 0.009 0.955 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 91 R 0.032 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.039 92 H 0.074 0.837 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.001 0.001 0.042 93 R 0.131 0.685 0.022 0.005 0.005 0.005 0.009 0.050 0.001 0.001 0.088 94 N 0.195 0.416 0.109 0.006 0.003 0.004 0.030 0.068 0.001 0.002 0.167 95 N 0.332 0.257 0.067 0.019 0.003 0.008 0.028 0.039 0.001 0.006 0.241 96 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.990 97 Q 0.005 0.007 0.015 0.004 0.001 0.002 0.543 0.001 0.001 0.004 0.419 98 L 0.248 0.107 0.004 0.011 0.002 0.005 0.310 0.001 0.001 0.008 0.304 99 L 0.040 0.791 0.002 0.015 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.122 100 R 0.015 0.815 0.002 0.017 0.008 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.118 101 F 0.027 0.873 0.001 0.008 0.007 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.069 102 Y 0.042 0.885 0.002 0.004 0.005 0.008 0.005 0.006 0.001 0.001 0.043 103 T 0.033 0.876 0.007 0.008 0.007 0.010 0.006 0.007 0.001 0.001 0.045 104 S 0.054 0.718 0.009 0.013 0.011 0.017 0.013 0.019 0.001 0.001 0.144 105 E 0.177 0.493 0.015 0.016 0.008 0.013 0.028 0.051 0.001 0.002 0.198 106 L 0.194 0.424 0.024 0.009 0.006 0.011 0.033 0.051 0.001 0.002 0.247 107 T 0.211 0.255 0.053 0.015 0.007 0.015 0.055 0.055 0.001 0.004 0.331 108 N 0.251 0.132 0.062 0.016 0.010 0.012 0.034 0.048 0.001 0.007 0.430 109 P 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.959 110 T 0.035 0.012 0.018 0.016 0.004 0.012 0.501 0.002 0.001 0.002 0.398 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.991 112 C 0.005 0.009 0.003 0.005 0.001 0.003 0.365 0.001 0.001 0.002 0.607 113 F 0.223 0.101 0.002 0.016 0.002 0.008 0.327 0.001 0.001 0.009 0.312 114 A 0.048 0.732 0.001 0.008 0.004 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.187 115 A 0.040 0.735 0.001 0.004 0.003 0.004 0.017 0.002 0.001 0.001 0.192 116 I 0.133 0.705 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.133 117 V 0.112 0.769 0.013 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.001 0.001 0.075 118 S 0.054 0.734 0.027 0.006 0.002 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.156 119 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 120 A 0.045 0.387 0.015 0.004 0.001 0.004 0.093 0.004 0.001 0.002 0.445 121 I 0.060 0.752 0.003 0.003 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.160 122 A 0.009 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.096 123 S 0.010 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.082 124 V 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 125 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 126 R 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 127 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 128 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 129 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 130 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 131 S 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 132 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 133 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 135 G 0.033 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.010 136 M 0.012 0.974 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 137 T 0.020 0.924 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.019 138 R 0.105 0.752 0.009 0.003 0.001 0.001 0.006 0.061 0.001 0.001 0.062 139 G 0.436 0.308 0.017 0.008 0.002 0.003 0.007 0.101 0.001 0.009 0.110 140 L 0.092 0.027 0.734 0.008 0.002 0.002 0.052 0.009 0.001 0.001 0.073 141 F 0.058 0.043 0.098 0.143 0.022 0.025 0.181 0.008 0.001 0.006 0.415 142 R 0.062 0.058 0.013 0.127 0.027 0.079 0.073 0.002 0.001 0.003 0.554 143 R 0.010 0.032 0.001 0.038 0.009 0.014 0.140 0.003 0.001 0.002 0.752 144 D 0.076 0.040 0.002 0.029 0.013 0.025 0.289 0.004 0.001 0.007 0.516 145 L 0.322 0.137 0.012 0.027 0.009 0.020 0.102 0.003 0.001 0.008 0.360 146 H 0.071 0.196 0.021 0.030 0.023 0.028 0.248 0.002 0.001 0.013 0.368 147 A 0.019 0.143 0.008 0.013 0.006 0.011 0.087 0.001 0.001 0.003 0.708 148 V 0.022 0.389 0.003 0.012 0.006 0.021 0.104 0.001 0.001 0.003 0.440 149 N 0.050 0.539 0.002 0.004 0.001 0.003 0.139 0.002 0.001 0.002 0.258 150 S 0.016 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.046 151 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 152 L 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 153 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 154 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 155 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 156 G 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 157 M 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 158 V 0.010 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 159 N 0.012 0.953 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 160 Y 0.024 0.912 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 161 F 0.025 0.928 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 162 F 0.015 0.933 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.031 163 L 0.019 0.907 0.007 0.005 0.004 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.044 164 S 0.046 0.857 0.005 0.005 0.005 0.005 0.006 0.011 0.001 0.001 0.059 165 T 0.072 0.791 0.008 0.008 0.007 0.009 0.009 0.018 0.001 0.001 0.077 166 L 0.078 0.695 0.026 0.017 0.016 0.019 0.020 0.023 0.001 0.001 0.105 167 A 0.086 0.555 0.033 0.029 0.023 0.024 0.042 0.025 0.001 0.003 0.179 168 T 0.143 0.448 0.024 0.020 0.018 0.031 0.046 0.038 0.001 0.004 0.229 169 E 0.156 0.186 0.021 0.020 0.014 0.025 0.063 0.047 0.001 0.008 0.458 170 G 0.150 0.070 0.053 0.017 0.012 0.020 0.109 0.038 0.001 0.012 0.519 171 L 0.256 0.051 0.061 0.028 0.017 0.029 0.130 0.009 0.001 0.008 0.411 172 T 0.066 0.050 0.010 0.031 0.026 0.030 0.157 0.009 0.001 0.009 0.612 173 S 0.087 0.025 0.006 0.020 0.014 0.029 0.083 0.007 0.001 0.007 0.721 174 H 0.150 0.019 0.009 0.027 0.009 0.022 0.152 0.006 0.001 0.011 0.595 175 S 0.158 0.007 0.006 0.016 0.006 0.009 0.252 0.003 0.001 0.007 0.537 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 177 D 0.009 0.003 0.002 0.010 0.004 0.008 0.370 0.001 0.001 0.003 0.592 178 Q 0.178 0.010 0.001 0.009 0.002 0.005 0.314 0.001 0.001 0.012 0.469 179 D 0.032 0.058 0.002 0.009 0.001 0.005 0.130 0.001 0.001 0.005 0.758 180 E 0.017 0.093 0.001 0.005 0.001 0.003 0.192 0.001 0.001 0.007 0.681 181 E 0.057 0.215 0.001 0.001 0.001 0.001 0.404 0.001 0.001 0.004 0.317 182 L 0.058 0.839 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.081 183 I 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 184 R 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 185 Q 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 186 Y 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 187 V 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 189 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 190 F 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 191 T 0.011 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 192 R 0.030 0.916 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.027 193 G 0.140 0.729 0.019 0.005 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.056 194 I 0.087 0.730 0.060 0.010 0.005 0.005 0.011 0.030 0.001 0.001 0.062 195 M 0.065 0.555 0.058 0.036 0.030 0.026 0.031 0.028 0.001 0.002 0.169 196 A 0.068 0.396 0.026 0.030 0.028 0.035 0.054 0.036 0.001 0.002 0.326 197 D 0.108 0.225 0.009 0.019 0.020 0.036 0.070 0.031 0.001 0.004 0.477 198 G 0.126 0.060 0.011 0.014 0.012 0.019 0.073 0.019 0.001 0.023 0.644 199 G 0.167 0.026 0.090 0.014 0.006 0.008 0.201 0.008 0.001 0.014 0.467 200 A 0.192 0.017 0.024 0.021 0.007 0.015 0.151 0.004 0.001 0.014 0.556 201 A 0.105 0.016 0.012 0.036 0.016 0.023 0.128 0.002 0.001 0.005 0.657 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 203 A 0.024 0.007 0.001 0.034 0.027 0.068 0.119 0.001 0.001 0.002 0.718