# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.011 0.026 0.016 0.020 0.092 0.005 0.785 2 T 0.021 0.011 0.012 0.008 0.015 0.120 0.003 0.810 3 R 0.021 0.011 0.007 0.003 0.014 0.042 0.002 0.899 4 A 0.018 0.018 0.004 0.001 0.005 0.150 0.002 0.800 5 D 0.035 0.041 0.001 0.001 0.002 0.486 0.003 0.432 6 C 0.075 0.630 0.002 0.001 0.002 0.057 0.003 0.230 7 R 0.020 0.862 0.003 0.001 0.003 0.013 0.002 0.097 8 S 0.006 0.912 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.069 9 R 0.035 0.835 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.103 10 L 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 11 M 0.004 0.963 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 12 E 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 13 V 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 14 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 15 T 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 16 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 19 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 20 Q 0.044 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 21 K 0.131 0.733 0.020 0.005 0.001 0.002 0.073 0.035 22 G 0.172 0.273 0.099 0.011 0.008 0.016 0.114 0.308 23 F 0.128 0.121 0.332 0.024 0.030 0.059 0.022 0.285 24 Y 0.035 0.066 0.138 0.027 0.030 0.092 0.012 0.601 25 G 0.061 0.046 0.065 0.012 0.022 0.072 0.008 0.715 26 V 0.125 0.081 0.210 0.039 0.034 0.127 0.009 0.375 27 S 0.034 0.103 0.044 0.034 0.037 0.264 0.007 0.477 28 I 0.046 0.185 0.061 0.027 0.122 0.053 0.006 0.501 29 R 0.013 0.139 0.012 0.007 0.028 0.286 0.004 0.511 30 E 0.035 0.169 0.002 0.001 0.004 0.296 0.004 0.489 31 L 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 32 A 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 33 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 34 A 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 35 A 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 36 G 0.841 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.121 0.012 37 A 0.021 0.031 0.915 0.004 0.002 0.005 0.004 0.018 38 S 0.020 0.131 0.101 0.024 0.055 0.180 0.013 0.475 39 I 0.012 0.039 0.132 0.007 0.013 0.042 0.005 0.751 40 S 0.011 0.129 0.116 0.014 0.012 0.346 0.006 0.367 41 M 0.099 0.157 0.144 0.013 0.017 0.317 0.019 0.234 42 I 0.079 0.650 0.048 0.040 0.049 0.036 0.009 0.088 43 S 0.034 0.640 0.060 0.061 0.116 0.029 0.006 0.054 44 Y 0.070 0.473 0.053 0.148 0.123 0.014 0.021 0.098 45 H 0.129 0.250 0.067 0.075 0.120 0.031 0.046 0.282 46 F 0.148 0.139 0.075 0.120 0.157 0.038 0.031 0.293 47 G 0.024 0.028 0.030 0.020 0.028 0.062 0.011 0.797 48 G 0.076 0.024 0.011 0.009 0.017 0.141 0.016 0.706 49 K 0.130 0.030 0.018 0.003 0.009 0.069 0.009 0.732 50 E 0.009 0.033 0.007 0.001 0.003 0.150 0.002 0.795 51 G 0.030 0.127 0.003 0.002 0.002 0.256 0.004 0.577 52 L 0.040 0.649 0.003 0.002 0.003 0.049 0.002 0.251 53 Y 0.006 0.849 0.002 0.001 0.004 0.019 0.001 0.118 54 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 58 Q 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 59 E 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 60 Q 0.019 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 61 F 0.012 0.948 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 62 A 0.023 0.886 0.008 0.002 0.002 0.009 0.010 0.061 63 C 0.111 0.731 0.014 0.001 0.002 0.013 0.029 0.100 64 F 0.080 0.778 0.034 0.002 0.003 0.006 0.015 0.081 65 G 0.028 0.464 0.035 0.004 0.005 0.039 0.016 0.408 66 Q 0.084 0.319 0.021 0.004 0.005 0.075 0.018 0.474 67 L 0.148 0.520 0.031 0.005 0.011 0.038 0.015 0.232 68 D 0.039 0.536 0.026 0.005 0.011 0.057 0.010 0.315 69 D 0.058 0.445 0.013 0.003 0.006 0.057 0.012 0.404 70 I 0.104 0.647 0.013 0.004 0.006 0.039 0.013 0.173 71 R 0.060 0.743 0.012 0.004 0.008 0.016 0.013 0.144 72 G 0.124 0.488 0.020 0.006 0.010 0.032 0.030 0.290 73 Q 0.207 0.423 0.043 0.006 0.007 0.052 0.040 0.222 74 A 0.208 0.282 0.030 0.004 0.006 0.038 0.043 0.388 75 G 0.246 0.102 0.053 0.007 0.005 0.055 0.070 0.461 76 D 0.171 0.045 0.062 0.007 0.008 0.196 0.011 0.500 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 78 L 0.005 0.011 0.005 0.002 0.009 0.572 0.001 0.395 79 A 0.056 0.045 0.002 0.001 0.001 0.575 0.002 0.319 80 V 0.014 0.893 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.077 81 M 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 82 T 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 84 Y 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 85 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 87 W 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 88 T 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 89 I 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 90 Q 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 91 R 0.013 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 92 H 0.029 0.937 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.018 93 R 0.076 0.805 0.012 0.004 0.004 0.009 0.022 0.069 94 N 0.150 0.517 0.018 0.004 0.004 0.024 0.080 0.202 95 N 0.336 0.243 0.022 0.005 0.005 0.025 0.036 0.327 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 97 Q 0.008 0.031 0.007 0.005 0.009 0.418 0.004 0.518 98 L 0.216 0.202 0.016 0.004 0.006 0.205 0.011 0.340 99 L 0.042 0.805 0.012 0.006 0.010 0.026 0.002 0.096 100 R 0.017 0.858 0.016 0.007 0.009 0.017 0.003 0.074 101 F 0.028 0.864 0.014 0.008 0.011 0.010 0.006 0.058 102 Y 0.042 0.864 0.011 0.013 0.020 0.007 0.011 0.032 103 T 0.051 0.781 0.021 0.019 0.034 0.009 0.014 0.070 104 S 0.060 0.618 0.033 0.021 0.033 0.020 0.025 0.191 105 E 0.160 0.398 0.029 0.018 0.022 0.057 0.061 0.255 106 L 0.286 0.316 0.046 0.017 0.022 0.053 0.042 0.218 107 T 0.217 0.178 0.054 0.018 0.027 0.116 0.058 0.330 108 N 0.179 0.085 0.044 0.023 0.023 0.057 0.026 0.563 109 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.989 110 T 0.028 0.011 0.013 0.008 0.021 0.486 0.005 0.428 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 112 C 0.007 0.027 0.003 0.003 0.009 0.410 0.001 0.538 113 F 0.221 0.156 0.008 0.003 0.008 0.249 0.007 0.348 114 A 0.053 0.805 0.003 0.002 0.005 0.018 0.002 0.113 115 A 0.043 0.810 0.003 0.003 0.005 0.020 0.005 0.109 116 I 0.124 0.746 0.005 0.003 0.003 0.009 0.014 0.097 117 V 0.068 0.852 0.007 0.003 0.005 0.005 0.015 0.045 118 S 0.053 0.715 0.014 0.009 0.014 0.017 0.010 0.167 119 P 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.982 120 A 0.023 0.569 0.005 0.004 0.008 0.079 0.006 0.305 121 I 0.061 0.754 0.008 0.002 0.002 0.022 0.010 0.142 122 A 0.013 0.899 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.073 123 S 0.023 0.864 0.002 0.001 0.001 0.014 0.003 0.092 124 V 0.022 0.919 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.047 125 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 126 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 127 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 128 L 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 129 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 E 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 131 S 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 132 I 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 133 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 134 A 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 135 G 0.057 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 136 M 0.029 0.914 0.012 0.002 0.004 0.003 0.010 0.027 137 T 0.039 0.827 0.014 0.003 0.004 0.010 0.022 0.081 138 R 0.134 0.597 0.036 0.006 0.005 0.012 0.085 0.127 139 G 0.628 0.116 0.019 0.005 0.002 0.005 0.133 0.093 140 L 0.124 0.026 0.645 0.011 0.009 0.043 0.021 0.120 141 F 0.031 0.032 0.149 0.035 0.060 0.098 0.006 0.589 142 R 0.038 0.047 0.123 0.041 0.124 0.112 0.005 0.510 143 R 0.021 0.034 0.041 0.014 0.026 0.125 0.005 0.735 144 D 0.089 0.055 0.026 0.007 0.011 0.180 0.014 0.618 145 L 0.451 0.079 0.020 0.010 0.011 0.065 0.017 0.346 146 H 0.057 0.140 0.031 0.016 0.018 0.256 0.011 0.470 147 A 0.025 0.089 0.012 0.005 0.014 0.075 0.004 0.776 148 V 0.024 0.456 0.011 0.006 0.013 0.100 0.003 0.388 149 N 0.018 0.584 0.005 0.003 0.004 0.137 0.004 0.246 150 S 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 151 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 152 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 155 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 156 G 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 157 M 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 158 V 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 159 N 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 160 Y 0.009 0.957 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 161 F 0.011 0.952 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.018 162 F 0.015 0.926 0.009 0.004 0.006 0.007 0.006 0.026 163 L 0.023 0.919 0.011 0.006 0.008 0.006 0.005 0.021 164 S 0.035 0.882 0.012 0.012 0.009 0.007 0.012 0.033 165 T 0.074 0.754 0.028 0.017 0.018 0.011 0.024 0.076 166 L 0.093 0.661 0.042 0.032 0.041 0.021 0.023 0.089 167 A 0.130 0.472 0.049 0.041 0.063 0.053 0.039 0.153 168 T 0.150 0.363 0.049 0.035 0.047 0.044 0.040 0.272 169 E 0.136 0.196 0.060 0.025 0.033 0.066 0.034 0.448 170 G 0.159 0.098 0.045 0.019 0.023 0.113 0.044 0.499 171 L 0.286 0.089 0.099 0.025 0.034 0.099 0.026 0.343 172 T 0.075 0.081 0.062 0.028 0.037 0.163 0.018 0.537 173 S 0.081 0.034 0.040 0.013 0.028 0.081 0.015 0.707 174 H 0.153 0.039 0.058 0.013 0.024 0.183 0.029 0.502 175 S 0.180 0.013 0.018 0.009 0.014 0.458 0.011 0.298 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 D 0.007 0.003 0.005 0.005 0.017 0.434 0.002 0.528 178 Q 0.253 0.003 0.003 0.001 0.003 0.320 0.005 0.411 179 D 0.132 0.055 0.005 0.002 0.010 0.099 0.002 0.695 180 E 0.024 0.050 0.004 0.001 0.006 0.093 0.002 0.820 181 E 0.021 0.077 0.001 0.001 0.001 0.246 0.002 0.650 182 L 0.049 0.503 0.001 0.001 0.002 0.162 0.003 0.280 183 I 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.061 184 R 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 185 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 186 Y 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 187 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 188 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 189 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 190 F 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 191 T 0.005 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 192 R 0.015 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 193 G 0.146 0.736 0.015 0.004 0.003 0.004 0.048 0.044 194 I 0.163 0.652 0.058 0.011 0.010 0.011 0.035 0.062 195 M 0.096 0.444 0.152 0.027 0.034 0.035 0.039 0.173 196 A 0.120 0.224 0.095 0.025 0.035 0.059 0.036 0.406 197 D 0.084 0.124 0.063 0.013 0.018 0.065 0.024 0.609 198 G 0.082 0.039 0.030 0.007 0.009 0.053 0.022 0.757 199 G 0.147 0.026 0.042 0.009 0.012 0.176 0.035 0.554 200 A 0.199 0.026 0.043 0.010 0.020 0.176 0.025 0.501 201 A 0.091 0.033 0.030 0.022 0.029 0.101 0.006 0.688 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 203 A 0.047 0.020 0.033 0.034 0.088 0.125 0.005 0.648