# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.208 0.319 0.049 0.143 0.032 0.030 0.022 0.041 0.041 0.001 2 T 0.185 0.060 0.592 0.059 0.019 0.057 0.007 0.001 0.012 0.003 0.005 3 R 0.466 0.066 0.238 0.084 0.049 0.038 0.020 0.007 0.016 0.013 0.002 4 A 0.842 0.018 0.070 0.042 0.008 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 5 D 0.773 0.011 0.048 0.134 0.006 0.016 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 6 C 0.868 0.023 0.040 0.048 0.007 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 7 R 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.932 0.001 0.001 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.230 0.003 0.012 0.726 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.049 0.001 0.007 0.020 0.020 0.001 0.246 0.492 0.001 0.163 0.001 23 F 0.457 0.073 0.230 0.156 0.020 0.041 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 24 Y 0.377 0.117 0.136 0.276 0.032 0.030 0.020 0.001 0.009 0.002 0.001 25 G 0.329 0.046 0.104 0.117 0.138 0.043 0.097 0.080 0.010 0.034 0.001 26 V 0.364 0.248 0.187 0.137 0.039 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 S 0.326 0.203 0.287 0.025 0.088 0.050 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 28 I 0.995 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.157 0.001 0.007 0.806 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.009 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.596 0.341 0.001 0.030 0.001 37 A 0.055 0.204 0.539 0.168 0.012 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 38 S 0.082 0.167 0.551 0.031 0.063 0.066 0.006 0.001 0.027 0.007 0.001 39 I 0.795 0.025 0.102 0.031 0.015 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 40 S 0.716 0.062 0.057 0.084 0.054 0.009 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 41 M 0.495 0.251 0.087 0.052 0.086 0.017 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 42 I 0.391 0.412 0.089 0.014 0.018 0.047 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 43 S 0.262 0.564 0.063 0.035 0.045 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 Y 0.256 0.443 0.076 0.060 0.106 0.038 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 45 H 0.291 0.241 0.138 0.095 0.033 0.095 0.042 0.003 0.060 0.001 0.001 46 F 0.235 0.108 0.104 0.375 0.036 0.040 0.066 0.003 0.031 0.002 0.001 47 G 0.128 0.015 0.085 0.280 0.088 0.014 0.123 0.137 0.004 0.127 0.001 48 G 0.085 0.034 0.246 0.051 0.174 0.025 0.049 0.038 0.014 0.284 0.001 49 K 0.937 0.004 0.037 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.951 0.004 0.008 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.981 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.966 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.920 0.001 0.002 0.069 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.904 0.003 0.008 0.075 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.847 0.005 0.011 0.119 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.708 0.009 0.031 0.223 0.003 0.007 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 65 G 0.748 0.006 0.042 0.069 0.027 0.007 0.051 0.031 0.002 0.018 0.001 66 Q 0.718 0.032 0.071 0.128 0.012 0.027 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 67 L 0.844 0.029 0.061 0.041 0.005 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 68 D 0.920 0.007 0.026 0.031 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.842 0.014 0.030 0.076 0.006 0.014 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 70 I 0.774 0.034 0.067 0.098 0.004 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 71 R 0.713 0.028 0.105 0.105 0.006 0.017 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 72 G 0.637 0.012 0.075 0.104 0.026 0.011 0.043 0.055 0.004 0.033 0.001 73 Q 0.508 0.060 0.142 0.213 0.020 0.018 0.019 0.005 0.011 0.004 0.001 74 A 0.263 0.040 0.226 0.316 0.022 0.024 0.083 0.007 0.011 0.006 0.002 75 G 0.155 0.019 0.103 0.098 0.074 0.015 0.061 0.310 0.007 0.158 0.001 76 D 0.056 0.076 0.686 0.041 0.030 0.045 0.005 0.001 0.057 0.003 0.001 77 P 0.970 0.001 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.905 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.813 0.006 0.009 0.156 0.002 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 93 R 0.839 0.006 0.020 0.117 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.448 0.014 0.026 0.468 0.005 0.013 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 95 N 0.069 0.053 0.210 0.038 0.018 0.043 0.031 0.001 0.536 0.001 0.001 96 P 0.930 0.001 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 Q 0.969 0.003 0.006 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.968 0.004 0.007 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.987 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.989 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.969 0.004 0.004 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 Y 0.866 0.015 0.011 0.087 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 103 T 0.838 0.023 0.019 0.086 0.007 0.011 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 104 S 0.858 0.019 0.022 0.071 0.010 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 105 E 0.773 0.028 0.033 0.122 0.007 0.017 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 106 L 0.597 0.041 0.079 0.220 0.009 0.022 0.022 0.001 0.007 0.001 0.001 107 T 0.419 0.081 0.087 0.327 0.020 0.016 0.033 0.004 0.010 0.003 0.001 108 N 0.049 0.147 0.330 0.019 0.059 0.062 0.039 0.002 0.290 0.003 0.001 109 P 0.310 0.005 0.533 0.065 0.001 0.051 0.003 0.001 0.003 0.001 0.028 110 T 0.148 0.124 0.481 0.024 0.034 0.022 0.005 0.001 0.156 0.005 0.001 111 P 0.836 0.001 0.122 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 112 C 0.893 0.010 0.023 0.056 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 113 F 0.894 0.013 0.023 0.053 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 114 A 0.969 0.005 0.013 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.974 0.004 0.006 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.912 0.009 0.015 0.050 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 V 0.843 0.029 0.039 0.059 0.004 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 118 S 0.859 0.011 0.077 0.010 0.005 0.012 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 119 P 0.980 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.957 0.002 0.004 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.986 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.941 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.895 0.001 0.008 0.075 0.003 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 136 M 0.911 0.007 0.035 0.032 0.001 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 137 T 0.804 0.014 0.030 0.132 0.002 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 138 R 0.262 0.011 0.042 0.645 0.007 0.004 0.024 0.002 0.003 0.001 0.001 139 G 0.034 0.002 0.014 0.014 0.030 0.002 0.137 0.668 0.001 0.097 0.001 140 L 0.264 0.190 0.394 0.070 0.023 0.027 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 141 F 0.186 0.207 0.403 0.079 0.018 0.072 0.006 0.001 0.024 0.001 0.003 142 R 0.247 0.154 0.396 0.063 0.038 0.053 0.008 0.002 0.034 0.003 0.003 143 R 0.610 0.045 0.203 0.074 0.019 0.021 0.010 0.005 0.006 0.003 0.005 144 D 0.337 0.084 0.134 0.209 0.033 0.073 0.083 0.013 0.028 0.003 0.003 145 L 0.284 0.153 0.302 0.193 0.009 0.027 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 146 H 0.207 0.099 0.456 0.035 0.044 0.082 0.016 0.001 0.057 0.003 0.001 147 A 0.961 0.002 0.025 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.964 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.962 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 161 F 0.973 0.003 0.002 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 F 0.929 0.006 0.004 0.045 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 163 L 0.839 0.014 0.008 0.126 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 164 S 0.791 0.019 0.018 0.142 0.011 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 165 T 0.764 0.045 0.035 0.106 0.020 0.010 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 166 L 0.705 0.058 0.086 0.102 0.009 0.023 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 167 A 0.588 0.056 0.111 0.180 0.014 0.023 0.016 0.002 0.009 0.001 0.001 168 T 0.487 0.109 0.108 0.194 0.035 0.022 0.025 0.004 0.014 0.003 0.001 169 E 0.331 0.045 0.155 0.305 0.022 0.023 0.094 0.008 0.014 0.003 0.001 170 G 0.089 0.012 0.050 0.044 0.052 0.013 0.138 0.459 0.006 0.137 0.001 171 L 0.246 0.121 0.404 0.145 0.019 0.036 0.011 0.002 0.013 0.002 0.001 172 T 0.229 0.181 0.304 0.129 0.040 0.042 0.027 0.004 0.031 0.008 0.004 173 S 0.348 0.101 0.240 0.143 0.062 0.030 0.033 0.014 0.016 0.011 0.003 174 H 0.147 0.108 0.267 0.293 0.035 0.070 0.031 0.012 0.028 0.006 0.002 175 S 0.038 0.205 0.521 0.014 0.060 0.026 0.007 0.001 0.114 0.013 0.001 176 P 0.680 0.005 0.241 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 177 D 0.399 0.036 0.109 0.369 0.015 0.023 0.020 0.013 0.014 0.003 0.001 178 Q 0.262 0.096 0.398 0.101 0.026 0.039 0.011 0.002 0.060 0.003 0.001 179 D 0.940 0.002 0.048 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 T 0.919 0.001 0.003 0.066 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 192 R 0.484 0.004 0.010 0.480 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 193 G 0.481 0.010 0.043 0.174 0.051 0.004 0.072 0.133 0.002 0.031 0.001 194 I 0.490 0.105 0.207 0.136 0.011 0.031 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 195 M 0.290 0.199 0.279 0.110 0.034 0.045 0.015 0.001 0.022 0.003 0.001 196 A 0.357 0.120 0.301 0.103 0.046 0.029 0.012 0.004 0.020 0.006 0.001 197 D 0.225 0.042 0.310 0.264 0.016 0.036 0.069 0.006 0.025 0.003 0.003 198 G 0.071 0.008 0.052 0.066 0.041 0.007 0.137 0.449 0.005 0.163 0.001 199 G 0.167 0.041 0.239 0.120 0.093 0.023 0.060 0.092 0.009 0.154 0.001 200 A 0.126 0.152 0.454 0.131 0.038 0.046 0.010 0.002 0.026 0.009 0.007 201 A 0.044 0.144 0.641 0.006 0.044 0.016 0.004 0.001 0.090 0.007 0.003 202 P 0.277 0.004 0.618 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 203 A 0.206 0.196 0.310 0.076 0.075 0.026 0.022 0.029 0.050 0.008 0.001