# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.273 0.176 0.026 0.188 0.013 0.024 0.049 0.041 0.102 0.037 2 T 0.044 0.491 0.225 0.008 0.151 0.005 0.007 0.025 0.013 0.015 0.015 3 R 0.053 0.280 0.108 0.010 0.126 0.009 0.016 0.225 0.134 0.022 0.017 4 A 0.003 0.009 0.004 0.001 0.005 0.006 0.030 0.709 0.217 0.014 0.002 5 D 0.006 0.015 0.007 0.002 0.008 0.003 0.014 0.786 0.079 0.072 0.008 6 C 0.008 0.017 0.005 0.001 0.010 0.001 0.003 0.850 0.061 0.039 0.007 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.001 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.010 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.062 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.864 0.115 0.005 0.001 20 Q 0.004 0.009 0.008 0.002 0.006 0.008 0.224 0.629 0.076 0.027 0.007 21 K 0.021 0.364 0.180 0.024 0.051 0.028 0.155 0.083 0.026 0.052 0.016 22 G 0.041 0.022 0.017 0.028 0.021 0.014 0.015 0.075 0.041 0.434 0.293 23 F 0.088 0.118 0.039 0.024 0.116 0.015 0.021 0.228 0.153 0.123 0.076 24 Y 0.030 0.097 0.055 0.035 0.067 0.096 0.081 0.304 0.138 0.075 0.024 25 G 0.083 0.066 0.036 0.022 0.080 0.016 0.034 0.287 0.116 0.194 0.067 26 V 0.047 0.277 0.099 0.007 0.202 0.010 0.019 0.239 0.051 0.033 0.016 27 S 0.051 0.445 0.095 0.002 0.098 0.002 0.005 0.254 0.012 0.012 0.024 28 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.893 0.094 0.003 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.078 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.810 0.056 0.040 0.007 35 A 0.002 0.819 0.119 0.002 0.015 0.002 0.024 0.010 0.002 0.003 0.001 36 G 0.012 0.002 0.003 0.013 0.003 0.011 0.006 0.019 0.011 0.514 0.406 37 A 0.025 0.433 0.183 0.037 0.113 0.007 0.010 0.063 0.034 0.072 0.023 38 S 0.082 0.355 0.194 0.008 0.206 0.008 0.004 0.092 0.015 0.011 0.024 39 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.710 0.261 0.005 0.001 40 S 0.003 0.007 0.004 0.001 0.007 0.002 0.010 0.862 0.096 0.008 0.001 41 M 0.010 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.003 0.872 0.071 0.014 0.005 42 I 0.018 0.008 0.002 0.001 0.016 0.002 0.016 0.819 0.104 0.010 0.005 43 S 0.009 0.010 0.003 0.001 0.022 0.006 0.013 0.716 0.203 0.013 0.003 44 Y 0.025 0.034 0.012 0.002 0.042 0.008 0.118 0.594 0.132 0.024 0.008 45 H 0.061 0.034 0.031 0.010 0.049 0.018 0.271 0.261 0.085 0.134 0.047 46 F 0.060 0.278 0.136 0.060 0.154 0.025 0.057 0.060 0.036 0.092 0.041 47 G 0.013 0.052 0.048 0.372 0.013 0.129 0.093 0.075 0.054 0.121 0.030 48 G 0.029 0.267 0.371 0.067 0.074 0.007 0.006 0.033 0.013 0.095 0.037 49 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.662 0.293 0.020 0.004 50 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.870 0.107 0.009 0.001 51 G 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.911 0.049 0.026 0.002 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.020 0.003 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.963 0.025 0.001 0.001 60 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.915 0.054 0.013 0.002 61 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.828 0.139 0.017 0.003 62 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.033 0.856 0.087 0.009 0.001 63 C 0.012 0.018 0.009 0.003 0.013 0.005 0.077 0.666 0.092 0.096 0.011 64 F 0.043 0.045 0.016 0.009 0.062 0.010 0.022 0.505 0.154 0.098 0.037 65 G 0.011 0.019 0.012 0.010 0.014 0.020 0.044 0.671 0.134 0.052 0.012 66 Q 0.026 0.032 0.013 0.005 0.032 0.005 0.025 0.556 0.105 0.177 0.023 67 L 0.053 0.031 0.008 0.004 0.068 0.006 0.011 0.570 0.174 0.052 0.023 68 D 0.008 0.010 0.005 0.003 0.016 0.011 0.021 0.746 0.157 0.019 0.004 69 D 0.009 0.009 0.005 0.002 0.017 0.003 0.022 0.721 0.160 0.049 0.004 70 I 0.026 0.015 0.008 0.004 0.027 0.008 0.043 0.631 0.166 0.059 0.013 71 R 0.025 0.096 0.035 0.018 0.055 0.027 0.062 0.443 0.154 0.070 0.015 72 G 0.025 0.053 0.036 0.020 0.033 0.018 0.065 0.364 0.180 0.167 0.039 73 Q 0.033 0.098 0.086 0.018 0.073 0.017 0.068 0.222 0.133 0.205 0.047 74 A 0.041 0.229 0.102 0.022 0.119 0.026 0.067 0.150 0.089 0.121 0.034 75 G 0.028 0.132 0.104 0.060 0.040 0.044 0.055 0.092 0.076 0.320 0.049 76 D 0.034 0.391 0.326 0.010 0.118 0.003 0.004 0.064 0.013 0.020 0.017 77 P 0.004 0.028 0.005 0.001 0.007 0.002 0.004 0.755 0.179 0.012 0.003 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.090 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.002 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.016 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.035 0.005 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.873 0.116 0.004 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.889 0.078 0.004 0.001 91 R 0.006 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.071 0.748 0.124 0.025 0.004 92 H 0.025 0.016 0.007 0.005 0.025 0.008 0.043 0.480 0.229 0.130 0.032 93 R 0.012 0.035 0.013 0.006 0.023 0.013 0.089 0.589 0.156 0.052 0.012 94 N 0.020 0.040 0.030 0.017 0.022 0.024 0.081 0.107 0.085 0.534 0.040 95 N 0.063 0.358 0.237 0.004 0.269 0.002 0.002 0.031 0.011 0.012 0.011 96 P 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.021 0.621 0.305 0.027 0.002 97 Q 0.003 0.009 0.005 0.001 0.006 0.002 0.016 0.833 0.101 0.023 0.002 98 L 0.011 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.848 0.075 0.035 0.009 99 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.883 0.095 0.006 0.001 100 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.903 0.076 0.004 0.001 101 F 0.007 0.007 0.003 0.001 0.012 0.003 0.030 0.854 0.062 0.020 0.003 102 Y 0.024 0.019 0.008 0.003 0.029 0.005 0.036 0.718 0.099 0.046 0.012 103 T 0.023 0.023 0.008 0.004 0.035 0.006 0.018 0.618 0.204 0.049 0.013 104 S 0.009 0.023 0.009 0.003 0.018 0.009 0.062 0.636 0.202 0.024 0.005 105 E 0.021 0.029 0.015 0.005 0.032 0.010 0.077 0.454 0.209 0.128 0.019 106 L 0.050 0.056 0.018 0.005 0.074 0.007 0.036 0.300 0.273 0.145 0.037 107 T 0.035 0.072 0.039 0.018 0.048 0.038 0.074 0.177 0.192 0.259 0.048 108 N 0.057 0.272 0.171 0.014 0.188 0.011 0.034 0.105 0.054 0.073 0.020 109 P 0.029 0.143 0.052 0.012 0.054 0.021 0.053 0.090 0.176 0.344 0.025 110 T 0.046 0.362 0.246 0.003 0.265 0.002 0.002 0.042 0.018 0.008 0.007 111 P 0.003 0.014 0.003 0.001 0.007 0.004 0.024 0.584 0.346 0.012 0.002 112 C 0.009 0.020 0.009 0.002 0.014 0.004 0.043 0.674 0.136 0.082 0.007 113 F 0.035 0.023 0.004 0.002 0.032 0.003 0.007 0.542 0.181 0.138 0.033 114 A 0.005 0.010 0.004 0.002 0.011 0.004 0.009 0.728 0.200 0.023 0.004 115 A 0.005 0.010 0.004 0.001 0.011 0.004 0.023 0.774 0.139 0.028 0.002 116 I 0.012 0.020 0.007 0.002 0.022 0.003 0.032 0.711 0.118 0.068 0.007 117 V 0.023 0.046 0.016 0.004 0.040 0.004 0.012 0.552 0.197 0.088 0.017 118 S 0.016 0.103 0.046 0.002 0.053 0.004 0.011 0.649 0.101 0.011 0.005 119 P 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.023 0.859 0.092 0.007 0.001 120 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.011 0.872 0.065 0.030 0.003 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.071 0.006 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.009 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.965 0.022 0.001 0.001 135 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.901 0.037 0.018 0.004 136 M 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.755 0.212 0.013 0.002 137 T 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.011 0.114 0.713 0.101 0.036 0.011 138 R 0.007 0.469 0.210 0.021 0.030 0.015 0.125 0.077 0.026 0.016 0.003 139 G 0.023 0.015 0.024 0.037 0.015 0.017 0.014 0.052 0.040 0.497 0.266 140 L 0.062 0.249 0.067 0.010 0.171 0.006 0.024 0.158 0.090 0.124 0.038 141 F 0.085 0.265 0.076 0.017 0.181 0.025 0.025 0.094 0.065 0.096 0.072 142 R 0.104 0.218 0.226 0.026 0.212 0.014 0.011 0.094 0.055 0.020 0.020 143 R 0.006 0.042 0.017 0.005 0.018 0.016 0.063 0.520 0.285 0.023 0.005 144 D 0.059 0.067 0.041 0.008 0.080 0.008 0.032 0.311 0.103 0.248 0.044 145 L 0.045 0.244 0.056 0.007 0.137 0.010 0.021 0.243 0.099 0.106 0.031 146 H 0.047 0.220 0.131 0.008 0.091 0.008 0.014 0.381 0.042 0.032 0.024 147 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.875 0.101 0.007 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.033 0.002 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.001 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.009 0.001 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.039 0.001 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.948 0.031 0.003 0.001 161 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.916 0.052 0.007 0.003 162 F 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.867 0.091 0.009 0.004 163 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.003 0.019 0.842 0.100 0.010 0.003 164 S 0.009 0.014 0.007 0.002 0.015 0.005 0.037 0.768 0.116 0.023 0.006 165 T 0.022 0.023 0.008 0.003 0.033 0.005 0.030 0.675 0.141 0.045 0.014 166 L 0.037 0.041 0.012 0.004 0.053 0.010 0.059 0.557 0.147 0.060 0.021 167 A 0.044 0.063 0.035 0.011 0.054 0.016 0.076 0.411 0.144 0.110 0.035 168 T 0.055 0.120 0.091 0.029 0.101 0.032 0.086 0.258 0.103 0.088 0.038 169 E 0.027 0.151 0.096 0.079 0.051 0.065 0.144 0.171 0.103 0.088 0.024 170 G 0.054 0.049 0.052 0.066 0.059 0.023 0.031 0.092 0.078 0.387 0.110 171 L 0.086 0.178 0.074 0.023 0.177 0.013 0.026 0.128 0.136 0.109 0.050 172 T 0.070 0.143 0.087 0.029 0.141 0.040 0.060 0.147 0.128 0.106 0.050 173 S 0.072 0.141 0.076 0.024 0.127 0.020 0.057 0.182 0.150 0.111 0.041 174 H 0.046 0.133 0.086 0.025 0.092 0.031 0.058 0.097 0.129 0.260 0.044 175 S 0.068 0.339 0.242 0.007 0.253 0.004 0.005 0.025 0.019 0.021 0.017 176 P 0.023 0.099 0.024 0.004 0.044 0.014 0.054 0.362 0.303 0.058 0.016 177 D 0.016 0.093 0.059 0.012 0.043 0.018 0.104 0.359 0.140 0.139 0.017 178 Q 0.039 0.256 0.080 0.006 0.059 0.004 0.011 0.321 0.065 0.120 0.040 179 D 0.004 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.795 0.152 0.021 0.003 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.078 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.982 0.011 0.001 0.001 190 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.927 0.063 0.004 0.001 191 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.848 0.119 0.007 0.002 192 R 0.006 0.027 0.014 0.004 0.009 0.013 0.194 0.584 0.108 0.035 0.006 193 G 0.048 0.041 0.029 0.011 0.045 0.011 0.074 0.314 0.095 0.257 0.075 194 I 0.099 0.099 0.022 0.007 0.151 0.009 0.030 0.223 0.137 0.145 0.078 195 M 0.092 0.128 0.067 0.019 0.136 0.030 0.065 0.194 0.106 0.102 0.061 196 A 0.060 0.131 0.136 0.038 0.088 0.038 0.112 0.196 0.096 0.069 0.036 197 D 0.035 0.128 0.123 0.091 0.066 0.054 0.113 0.148 0.115 0.095 0.031 198 G 0.028 0.068 0.079 0.179 0.037 0.067 0.066 0.109 0.119 0.202 0.046 199 G 0.040 0.084 0.083 0.082 0.070 0.027 0.040 0.094 0.095 0.321 0.064 200 A 0.085 0.180 0.106 0.035 0.149 0.018 0.026 0.062 0.075 0.200 0.064 201 A 0.049 0.296 0.260 0.035 0.143 0.025 0.024 0.063 0.052 0.033 0.020 202 P 0.081 0.153 0.080 0.026 0.109 0.025 0.068 0.176 0.140 0.095 0.047 203 A 0.088 0.131 0.056 0.021 0.136 0.022 0.048 0.170 0.140 0.132 0.056