# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10160 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.725 0.200 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 2 T 0.797 0.166 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 3 R 0.725 0.192 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 4 A 0.729 0.221 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 5 D 0.542 0.358 0.077 0.020 0.003 0.001 0.001 6 C 0.115 0.161 0.321 0.269 0.117 0.017 0.001 7 R 0.155 0.261 0.276 0.211 0.081 0.016 0.001 8 S 0.591 0.342 0.050 0.012 0.004 0.001 0.001 9 R 0.063 0.186 0.346 0.315 0.078 0.011 0.001 10 L 0.012 0.022 0.043 0.081 0.313 0.456 0.073 11 M 0.008 0.042 0.153 0.344 0.297 0.140 0.014 12 E 0.128 0.386 0.267 0.135 0.063 0.019 0.002 13 V 0.005 0.029 0.120 0.276 0.375 0.170 0.025 14 A 0.002 0.006 0.009 0.025 0.147 0.566 0.246 15 T 0.008 0.069 0.255 0.372 0.204 0.081 0.010 16 E 0.054 0.258 0.338 0.252 0.071 0.025 0.002 17 L 0.006 0.022 0.078 0.230 0.399 0.250 0.017 18 F 0.013 0.022 0.041 0.136 0.331 0.390 0.066 19 A 0.049 0.191 0.271 0.280 0.147 0.056 0.006 20 Q 0.227 0.375 0.226 0.119 0.042 0.011 0.001 21 K 0.096 0.215 0.298 0.273 0.089 0.027 0.002 22 G 0.077 0.121 0.149 0.233 0.273 0.136 0.012 23 F 0.057 0.099 0.189 0.267 0.252 0.120 0.016 24 Y 0.151 0.288 0.253 0.164 0.096 0.043 0.005 25 G 0.084 0.238 0.261 0.212 0.137 0.060 0.009 26 V 0.017 0.040 0.091 0.211 0.350 0.244 0.048 27 S 0.015 0.075 0.179 0.253 0.282 0.162 0.035 28 I 0.003 0.010 0.018 0.050 0.187 0.538 0.194 29 R 0.014 0.107 0.274 0.346 0.193 0.062 0.004 30 E 0.026 0.167 0.281 0.330 0.143 0.048 0.005 31 L 0.001 0.005 0.020 0.071 0.305 0.522 0.075 32 A 0.006 0.024 0.070 0.235 0.337 0.290 0.038 33 Q 0.120 0.434 0.257 0.122 0.048 0.017 0.002 34 A 0.060 0.191 0.285 0.332 0.098 0.031 0.003 35 A 0.017 0.024 0.057 0.149 0.347 0.369 0.037 36 G 0.171 0.354 0.247 0.139 0.060 0.024 0.003 37 A 0.071 0.089 0.131 0.237 0.264 0.162 0.046 38 S 0.075 0.167 0.179 0.193 0.210 0.141 0.035 39 I 0.055 0.108 0.182 0.228 0.222 0.161 0.044 40 S 0.108 0.164 0.162 0.165 0.192 0.148 0.062 41 M 0.055 0.058 0.082 0.157 0.183 0.262 0.203 42 I 0.021 0.018 0.027 0.069 0.129 0.325 0.411 43 S 0.038 0.067 0.104 0.156 0.214 0.276 0.146 44 Y 0.063 0.132 0.176 0.208 0.219 0.151 0.052 45 H 0.056 0.115 0.129 0.218 0.213 0.212 0.057 46 F 0.045 0.064 0.129 0.241 0.284 0.200 0.036 47 G 0.223 0.291 0.229 0.155 0.075 0.024 0.003 48 G 0.176 0.249 0.218 0.176 0.124 0.050 0.006 49 K 0.073 0.115 0.162 0.270 0.234 0.128 0.018 50 E 0.222 0.303 0.218 0.137 0.083 0.034 0.003 51 G 0.108 0.229 0.313 0.244 0.080 0.023 0.003 52 L 0.017 0.029 0.065 0.143 0.332 0.325 0.090 53 Y 0.008 0.025 0.047 0.127 0.264 0.405 0.124 54 A 0.024 0.115 0.255 0.292 0.195 0.105 0.014 55 A 0.019 0.093 0.222 0.308 0.232 0.110 0.016 56 V 0.003 0.009 0.024 0.068 0.212 0.513 0.170 57 L 0.008 0.021 0.050 0.175 0.320 0.331 0.094 58 Q 0.089 0.294 0.302 0.193 0.085 0.032 0.004 59 E 0.066 0.187 0.279 0.291 0.129 0.043 0.003 60 Q 0.045 0.099 0.146 0.245 0.276 0.176 0.013 61 F 0.056 0.105 0.207 0.297 0.246 0.084 0.005 62 A 0.320 0.372 0.184 0.082 0.032 0.009 0.001 63 C 0.173 0.244 0.219 0.206 0.117 0.038 0.003 64 F 0.099 0.126 0.190 0.282 0.222 0.077 0.005 65 G 0.387 0.365 0.149 0.065 0.027 0.007 0.001 66 Q 0.203 0.281 0.241 0.179 0.073 0.022 0.002 67 L 0.081 0.092 0.148 0.255 0.296 0.120 0.009 68 D 0.225 0.331 0.242 0.135 0.053 0.013 0.001 69 D 0.313 0.365 0.195 0.092 0.028 0.007 0.001 70 I 0.094 0.121 0.207 0.298 0.219 0.059 0.002 71 R 0.174 0.226 0.277 0.208 0.093 0.021 0.001 72 G 0.444 0.304 0.156 0.069 0.022 0.005 0.001 73 Q 0.560 0.276 0.099 0.046 0.016 0.003 0.001 74 A 0.412 0.263 0.168 0.105 0.041 0.011 0.001 75 G 0.455 0.285 0.161 0.072 0.022 0.005 0.001 76 D 0.257 0.352 0.232 0.109 0.039 0.009 0.001 77 P 0.047 0.078 0.124 0.231 0.316 0.181 0.024 78 L 0.027 0.121 0.238 0.303 0.198 0.106 0.007 79 A 0.097 0.250 0.246 0.226 0.124 0.052 0.005 80 V 0.009 0.046 0.168 0.289 0.313 0.145 0.030 81 M 0.002 0.005 0.007 0.024 0.147 0.544 0.271 82 T 0.004 0.042 0.175 0.367 0.238 0.154 0.020 83 A 0.014 0.078 0.183 0.305 0.229 0.159 0.033 84 Y 0.002 0.008 0.030 0.091 0.238 0.458 0.173 85 L 0.002 0.005 0.010 0.044 0.172 0.481 0.286 86 R 0.017 0.115 0.249 0.276 0.198 0.117 0.028 87 W 0.015 0.067 0.155 0.281 0.271 0.174 0.038 88 T 0.007 0.023 0.045 0.113 0.263 0.441 0.108 89 I 0.013 0.033 0.066 0.184 0.338 0.308 0.057 90 Q 0.101 0.297 0.280 0.178 0.100 0.041 0.004 91 R 0.051 0.130 0.242 0.316 0.180 0.074 0.007 92 H 0.051 0.074 0.140 0.241 0.301 0.177 0.016 93 R 0.202 0.267 0.249 0.178 0.083 0.020 0.001 94 N 0.462 0.346 0.111 0.050 0.023 0.007 0.001 95 N 0.218 0.256 0.214 0.197 0.085 0.027 0.003 96 P 0.229 0.258 0.224 0.163 0.089 0.034 0.003 97 Q 0.121 0.220 0.254 0.231 0.119 0.047 0.007 98 L 0.023 0.047 0.090 0.170 0.290 0.297 0.083 99 L 0.010 0.021 0.038 0.095 0.213 0.429 0.194 100 R 0.015 0.054 0.118 0.198 0.231 0.268 0.116 101 F 0.009 0.020 0.037 0.080 0.202 0.368 0.285 102 Y 0.006 0.014 0.024 0.063 0.152 0.405 0.336 103 T 0.016 0.044 0.079 0.162 0.247 0.296 0.155 104 S 0.052 0.128 0.189 0.236 0.208 0.147 0.040 105 E 0.118 0.222 0.217 0.206 0.142 0.083 0.013 106 L 0.084 0.109 0.158 0.227 0.241 0.157 0.024 107 T 0.203 0.201 0.221 0.195 0.122 0.052 0.006 108 N 0.329 0.270 0.197 0.123 0.054 0.023 0.003 109 P 0.332 0.238 0.159 0.142 0.087 0.037 0.005 110 T 0.323 0.259 0.171 0.131 0.077 0.034 0.004 111 P 0.331 0.285 0.194 0.119 0.048 0.020 0.003 112 C 0.138 0.217 0.253 0.216 0.121 0.046 0.008 113 F 0.049 0.070 0.093 0.180 0.307 0.256 0.045 114 A 0.047 0.148 0.232 0.295 0.182 0.089 0.007 115 A 0.139 0.288 0.238 0.186 0.101 0.043 0.004 116 I 0.030 0.080 0.166 0.297 0.269 0.142 0.017 117 V 0.031 0.054 0.091 0.196 0.331 0.264 0.033 118 S 0.132 0.281 0.295 0.187 0.077 0.026 0.002 119 P 0.230 0.351 0.228 0.132 0.045 0.012 0.001 120 A 0.058 0.104 0.160 0.264 0.272 0.129 0.013 121 I 0.040 0.099 0.181 0.276 0.262 0.132 0.010 122 A 0.214 0.338 0.245 0.128 0.054 0.019 0.002 123 S 0.089 0.230 0.289 0.244 0.117 0.027 0.003 124 V 0.015 0.031 0.049 0.122 0.318 0.392 0.074 125 I 0.008 0.052 0.158 0.308 0.296 0.166 0.012 126 R 0.089 0.323 0.280 0.195 0.083 0.028 0.002 127 L 0.006 0.034 0.151 0.299 0.381 0.114 0.015 128 L 0.001 0.006 0.009 0.030 0.190 0.589 0.176 129 A 0.005 0.064 0.258 0.397 0.202 0.069 0.004 130 E 0.034 0.216 0.352 0.314 0.063 0.019 0.001 131 S 0.004 0.017 0.079 0.239 0.414 0.235 0.012 132 I 0.008 0.016 0.028 0.104 0.365 0.433 0.047 133 E 0.075 0.333 0.342 0.174 0.062 0.013 0.001 134 A 0.129 0.368 0.281 0.175 0.038 0.008 0.001 135 G 0.066 0.115 0.249 0.315 0.200 0.053 0.002 136 M 0.172 0.195 0.246 0.239 0.123 0.024 0.001 137 T 0.553 0.328 0.082 0.025 0.009 0.002 0.001 138 R 0.448 0.320 0.137 0.072 0.019 0.004 0.001 139 G 0.425 0.326 0.144 0.073 0.027 0.005 0.001 140 L 0.151 0.318 0.287 0.171 0.058 0.013 0.001 141 F 0.058 0.082 0.146 0.262 0.330 0.115 0.007 142 R 0.101 0.234 0.284 0.260 0.092 0.027 0.001 143 R 0.321 0.337 0.184 0.100 0.044 0.013 0.001 144 D 0.208 0.292 0.259 0.171 0.053 0.016 0.002 145 L 0.057 0.068 0.132 0.259 0.333 0.137 0.014 146 H 0.184 0.354 0.230 0.130 0.066 0.032 0.005 147 A 0.079 0.127 0.172 0.250 0.208 0.136 0.027 148 V 0.116 0.172 0.227 0.233 0.153 0.085 0.014 149 N 0.066 0.125 0.187 0.229 0.202 0.144 0.048 150 S 0.025 0.037 0.068 0.146 0.197 0.286 0.241 151 A 0.016 0.022 0.038 0.097 0.201 0.350 0.276 152 L 0.018 0.040 0.073 0.130 0.214 0.289 0.238 153 A 0.009 0.014 0.026 0.073 0.112 0.263 0.502 154 L 0.003 0.004 0.009 0.032 0.056 0.229 0.666 155 A 0.004 0.007 0.014 0.037 0.117 0.306 0.515 156 G 0.008 0.019 0.030 0.062 0.133 0.274 0.473 157 M 0.007 0.011 0.017 0.068 0.067 0.242 0.589 158 V 0.004 0.007 0.013 0.045 0.094 0.293 0.543 159 N 0.012 0.028 0.059 0.117 0.218 0.288 0.279 160 Y 0.014 0.033 0.049 0.096 0.182 0.307 0.319 161 F 0.013 0.020 0.029 0.095 0.119 0.296 0.427 162 F 0.011 0.015 0.022 0.063 0.148 0.343 0.397 163 L 0.017 0.030 0.042 0.092 0.184 0.310 0.324 164 S 0.029 0.062 0.085 0.154 0.209 0.272 0.190 165 T 0.040 0.081 0.102 0.167 0.222 0.274 0.114 166 L 0.055 0.089 0.127 0.203 0.256 0.214 0.057 167 A 0.110 0.146 0.167 0.218 0.198 0.136 0.026 168 T 0.199 0.184 0.218 0.204 0.124 0.062 0.009 169 E 0.472 0.259 0.135 0.084 0.034 0.014 0.002 170 G 0.486 0.233 0.132 0.088 0.043 0.016 0.002 171 L 0.353 0.194 0.184 0.161 0.077 0.029 0.003 172 T 0.508 0.250 0.128 0.071 0.032 0.011 0.001 173 S 0.503 0.258 0.127 0.071 0.030 0.009 0.001 174 H 0.460 0.251 0.145 0.091 0.041 0.012 0.001 175 S 0.375 0.248 0.185 0.118 0.056 0.018 0.001 176 P 0.427 0.277 0.180 0.079 0.029 0.007 0.001 177 D 0.475 0.282 0.152 0.068 0.020 0.004 0.001 178 Q 0.361 0.284 0.193 0.107 0.043 0.011 0.001 179 D 0.161 0.193 0.249 0.251 0.111 0.033 0.002 180 E 0.422 0.375 0.132 0.050 0.017 0.004 0.001 181 E 0.234 0.429 0.203 0.105 0.025 0.004 0.001 182 L 0.015 0.042 0.098 0.227 0.385 0.217 0.015 183 I 0.010 0.049 0.132 0.295 0.318 0.185 0.011 184 R 0.094 0.293 0.306 0.196 0.083 0.025 0.002 185 Q 0.018 0.095 0.275 0.353 0.204 0.048 0.006 186 Y 0.002 0.006 0.011 0.034 0.174 0.567 0.207 187 V 0.003 0.024 0.104 0.266 0.329 0.232 0.041 188 A 0.027 0.148 0.286 0.311 0.131 0.080 0.018 189 I 0.005 0.011 0.042 0.131 0.341 0.360 0.110 190 F 0.002 0.005 0.007 0.026 0.104 0.438 0.419 191 T 0.008 0.041 0.119 0.209 0.281 0.243 0.098 192 R 0.021 0.113 0.259 0.313 0.161 0.106 0.028 193 G 0.027 0.053 0.092 0.198 0.278 0.294 0.057 194 I 0.022 0.028 0.047 0.136 0.283 0.397 0.087 195 M 0.079 0.170 0.250 0.254 0.157 0.080 0.010 196 A 0.207 0.237 0.227 0.191 0.101 0.035 0.003 197 D 0.502 0.301 0.111 0.059 0.021 0.006 0.001 198 G 0.593 0.229 0.094 0.053 0.025 0.007 0.001 199 G 0.588 0.234 0.098 0.052 0.021 0.006 0.001 200 A 0.528 0.241 0.136 0.066 0.023 0.007 0.001 201 A 0.563 0.219 0.122 0.065 0.023 0.007 0.001 202 P 0.631 0.241 0.083 0.030 0.010 0.004 0.001 203 A 0.324 0.141 0.162 0.191 0.118 0.057 0.008