# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.109 0.001 0.010 0.013 0.013 0.103 0.003 0.001 0.041 0.686 2 T 0.061 0.556 0.002 0.004 0.007 0.009 0.027 0.009 0.001 0.042 0.281 3 R 0.060 0.814 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.019 0.091 4 A 0.029 0.443 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 0.003 0.001 0.312 0.177 5 D 0.006 0.825 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.098 0.051 6 C 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 7 R 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 8 S 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 9 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 10 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 11 M 0.004 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.792 0.011 12 E 0.001 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.003 13 V 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 14 A 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 15 T 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 16 E 0.003 0.961 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.006 17 L 0.010 0.766 0.069 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.017 0.100 0.024 18 F 0.075 0.123 0.364 0.007 0.001 0.004 0.023 0.025 0.144 0.167 0.067 19 A 0.510 0.106 0.045 0.006 0.001 0.003 0.042 0.018 0.034 0.031 0.204 20 Q 0.151 0.035 0.006 0.025 0.003 0.004 0.067 0.011 0.006 0.035 0.657 21 K 0.018 0.019 0.006 0.031 0.004 0.005 0.139 0.004 0.005 0.037 0.732 22 G 0.095 0.034 0.005 0.023 0.005 0.016 0.139 0.020 0.003 0.059 0.600 23 F 0.101 0.023 0.004 0.023 0.011 0.007 0.096 0.014 0.001 0.065 0.654 24 Y 0.040 0.057 0.001 0.099 0.024 0.024 0.131 0.004 0.001 0.045 0.575 25 G 0.008 0.139 0.001 0.088 0.018 0.029 0.109 0.002 0.001 0.035 0.572 26 V 0.008 0.281 0.005 0.043 0.052 0.044 0.062 0.011 0.002 0.057 0.433 27 S 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 28 I 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 29 R 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.040 0.015 30 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 31 L 0.016 0.773 0.092 0.003 0.005 0.002 0.004 0.006 0.010 0.066 0.024 32 A 0.188 0.135 0.343 0.004 0.006 0.024 0.013 0.028 0.134 0.074 0.052 33 Q 0.664 0.022 0.007 0.002 0.002 0.005 0.028 0.007 0.007 0.022 0.235 34 A 0.028 0.005 0.002 0.010 0.005 0.003 0.051 0.002 0.001 0.036 0.856 35 A 0.007 0.003 0.001 0.017 0.003 0.005 0.247 0.001 0.001 0.032 0.682 36 G 0.009 0.007 0.002 0.029 0.005 0.017 0.145 0.003 0.001 0.051 0.732 37 A 0.009 0.040 0.002 0.023 0.013 0.005 0.179 0.003 0.001 0.039 0.688 38 S 0.110 0.492 0.003 0.082 0.013 0.023 0.048 0.009 0.001 0.078 0.141 39 I 0.079 0.251 0.003 0.130 0.016 0.027 0.047 0.006 0.001 0.158 0.283 40 S 0.012 0.274 0.006 0.203 0.047 0.072 0.048 0.003 0.001 0.108 0.226 41 M 0.030 0.132 0.010 0.167 0.073 0.228 0.044 0.010 0.002 0.112 0.191 42 I 0.027 0.078 0.007 0.126 0.220 0.216 0.047 0.010 0.002 0.063 0.203 43 S 0.023 0.040 0.003 0.115 0.193 0.201 0.072 0.005 0.002 0.062 0.284 44 Y 0.021 0.041 0.009 0.097 0.183 0.182 0.107 0.007 0.003 0.053 0.295 45 H 0.092 0.071 0.005 0.048 0.072 0.086 0.087 0.017 0.003 0.038 0.482 46 F 0.251 0.129 0.004 0.031 0.033 0.034 0.072 0.016 0.003 0.045 0.383 47 G 0.030 0.192 0.003 0.014 0.013 0.013 0.110 0.006 0.002 0.028 0.590 48 G 0.031 0.815 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.007 0.001 0.015 0.109 49 K 0.042 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.016 50 E 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 51 G 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 52 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 53 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 54 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 55 A 0.002 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 56 V 0.008 0.939 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.007 57 L 0.020 0.910 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.019 0.020 58 Q 0.034 0.854 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.027 0.051 59 E 0.040 0.753 0.017 0.002 0.001 0.001 0.013 0.008 0.014 0.046 0.104 60 Q 0.108 0.574 0.022 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 0.018 0.059 0.172 61 F 0.189 0.323 0.021 0.005 0.001 0.002 0.045 0.020 0.020 0.071 0.303 62 A 0.093 0.184 0.012 0.006 0.002 0.002 0.079 0.014 0.012 0.057 0.538 63 C 0.070 0.411 0.006 0.005 0.002 0.002 0.043 0.012 0.005 0.026 0.418 64 F 0.135 0.409 0.005 0.006 0.002 0.002 0.043 0.016 0.004 0.051 0.326 65 G 0.056 0.506 0.007 0.006 0.002 0.003 0.046 0.012 0.005 0.049 0.307 66 Q 0.043 0.723 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.007 0.002 0.020 0.176 67 L 0.098 0.625 0.007 0.006 0.003 0.003 0.022 0.016 0.004 0.063 0.152 68 D 0.082 0.537 0.012 0.012 0.005 0.007 0.041 0.012 0.006 0.087 0.199 69 D 0.136 0.399 0.008 0.011 0.005 0.008 0.052 0.011 0.005 0.079 0.284 70 I 0.166 0.143 0.014 0.017 0.010 0.010 0.063 0.014 0.007 0.107 0.449 71 R 0.187 0.035 0.012 0.011 0.006 0.010 0.102 0.014 0.008 0.092 0.522 72 G 0.299 0.012 0.003 0.006 0.004 0.006 0.036 0.011 0.003 0.034 0.588 73 Q 0.077 0.002 0.001 0.010 0.003 0.003 0.077 0.002 0.001 0.034 0.793 74 A 0.003 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.276 0.001 0.001 0.009 0.698 75 G 0.004 0.106 0.001 0.004 0.001 0.001 0.085 0.002 0.001 0.025 0.772 76 D 0.030 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.021 77 P 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 78 L 0.005 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.784 0.012 79 A 0.001 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 80 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 81 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 82 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 83 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 84 Y 0.005 0.398 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.574 0.010 85 L 0.003 0.959 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.003 86 R 0.007 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.013 87 W 0.005 0.928 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.030 0.021 88 T 0.027 0.808 0.012 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.012 0.079 0.041 89 I 0.068 0.715 0.023 0.003 0.002 0.002 0.020 0.008 0.014 0.070 0.076 90 Q 0.122 0.296 0.030 0.008 0.004 0.004 0.060 0.018 0.023 0.148 0.286 91 R 0.126 0.109 0.032 0.011 0.007 0.011 0.048 0.027 0.022 0.113 0.494 92 H 0.268 0.037 0.009 0.014 0.007 0.010 0.061 0.012 0.011 0.068 0.504 93 R 0.023 0.016 0.005 0.013 0.005 0.007 0.106 0.003 0.003 0.026 0.793 94 N 0.010 0.063 0.003 0.007 0.004 0.004 0.125 0.004 0.002 0.019 0.759 95 N 0.182 0.559 0.002 0.003 0.003 0.003 0.052 0.013 0.001 0.042 0.139 96 P 0.078 0.624 0.002 0.004 0.003 0.003 0.037 0.004 0.001 0.070 0.174 97 Q 0.012 0.747 0.002 0.007 0.002 0.005 0.017 0.002 0.001 0.063 0.140 98 L 0.010 0.826 0.003 0.009 0.006 0.009 0.008 0.002 0.001 0.052 0.073 99 L 0.010 0.096 0.002 0.019 0.025 0.029 0.025 0.003 0.001 0.714 0.076 100 R 0.006 0.138 0.006 0.043 0.034 0.037 0.027 0.002 0.002 0.631 0.074 101 F 0.017 0.399 0.016 0.077 0.085 0.039 0.038 0.004 0.006 0.169 0.150 102 Y 0.064 0.395 0.014 0.048 0.050 0.074 0.032 0.010 0.006 0.114 0.194 103 T 0.115 0.081 0.006 0.026 0.021 0.049 0.075 0.009 0.004 0.305 0.311 104 S 0.072 0.053 0.013 0.040 0.042 0.051 0.124 0.006 0.006 0.201 0.392 105 E 0.108 0.020 0.005 0.033 0.024 0.030 0.118 0.007 0.003 0.100 0.552 106 L 0.049 0.008 0.002 0.019 0.015 0.020 0.080 0.006 0.001 0.047 0.753 107 T 0.019 0.007 0.001 0.011 0.009 0.010 0.073 0.002 0.001 0.025 0.844 108 N 0.042 0.082 0.002 0.014 0.011 0.013 0.107 0.004 0.001 0.046 0.680 109 P 0.030 0.286 0.001 0.007 0.006 0.005 0.100 0.004 0.001 0.034 0.528 110 T 0.053 0.721 0.001 0.003 0.002 0.003 0.035 0.004 0.001 0.057 0.121 111 P 0.040 0.810 0.003 0.003 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.043 0.080 112 C 0.044 0.799 0.006 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.002 0.037 0.087 113 F 0.100 0.750 0.008 0.003 0.003 0.005 0.009 0.010 0.004 0.031 0.078 114 A 0.137 0.247 0.005 0.008 0.016 0.016 0.041 0.014 0.003 0.230 0.282 115 A 0.041 0.259 0.006 0.012 0.012 0.013 0.079 0.006 0.004 0.208 0.359 116 I 0.025 0.499 0.008 0.008 0.009 0.007 0.053 0.005 0.004 0.059 0.323 117 V 0.030 0.743 0.004 0.002 0.003 0.004 0.017 0.009 0.003 0.024 0.162 118 S 0.032 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.040 119 P 0.020 0.700 0.002 0.002 0.002 0.002 0.017 0.003 0.001 0.157 0.096 120 A 0.005 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.039 0.025 121 I 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 122 A 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 123 S 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 124 V 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 125 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 126 R 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 127 L 0.006 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.450 0.025 128 L 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.003 129 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 130 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 131 S 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.004 132 I 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 133 E 0.020 0.197 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.730 0.037 134 A 0.008 0.268 0.065 0.004 0.001 0.001 0.016 0.002 0.022 0.564 0.050 135 G 0.152 0.157 0.249 0.011 0.002 0.003 0.034 0.015 0.107 0.149 0.120 136 M 0.469 0.042 0.029 0.006 0.002 0.003 0.031 0.017 0.019 0.036 0.347 137 T 0.124 0.021 0.003 0.011 0.002 0.003 0.109 0.006 0.004 0.023 0.693 138 R 0.021 0.023 0.001 0.018 0.005 0.008 0.208 0.002 0.001 0.025 0.688 139 G 0.031 0.025 0.002 0.051 0.010 0.019 0.227 0.005 0.001 0.072 0.557 140 L 0.021 0.026 0.006 0.105 0.035 0.036 0.156 0.004 0.001 0.066 0.544 141 F 0.044 0.024 0.003 0.084 0.034 0.053 0.152 0.007 0.001 0.071 0.526 142 R 0.295 0.019 0.001 0.108 0.021 0.035 0.060 0.010 0.001 0.092 0.358 143 R 0.024 0.008 0.001 0.072 0.012 0.010 0.053 0.001 0.001 0.049 0.771 144 D 0.007 0.047 0.001 0.048 0.009 0.013 0.088 0.002 0.001 0.053 0.732 145 L 0.011 0.073 0.001 0.012 0.004 0.004 0.079 0.003 0.001 0.248 0.565 146 H 0.027 0.204 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 0.688 0.056 147 A 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 148 V 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 149 N 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 150 S 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 151 A 0.001 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 152 L 0.002 0.948 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.005 153 A 0.002 0.973 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.004 154 L 0.004 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 155 A 0.017 0.543 0.020 0.004 0.002 0.003 0.009 0.008 0.016 0.339 0.038 156 G 0.020 0.683 0.044 0.006 0.003 0.003 0.020 0.006 0.023 0.145 0.046 157 M 0.052 0.678 0.017 0.007 0.002 0.003 0.023 0.009 0.012 0.088 0.110 158 V 0.027 0.713 0.011 0.007 0.003 0.003 0.018 0.009 0.010 0.059 0.141 159 N 0.018 0.733 0.005 0.008 0.004 0.006 0.018 0.005 0.004 0.059 0.139 160 Y 0.027 0.272 0.004 0.011 0.007 0.010 0.047 0.007 0.002 0.466 0.147 161 F 0.016 0.093 0.008 0.015 0.006 0.006 0.036 0.005 0.005 0.711 0.099 162 F 0.035 0.574 0.015 0.019 0.007 0.006 0.030 0.006 0.011 0.135 0.162 163 L 0.060 0.567 0.008 0.020 0.013 0.013 0.018 0.009 0.004 0.080 0.209 164 S 0.037 0.060 0.002 0.011 0.011 0.023 0.052 0.006 0.002 0.604 0.192 165 T 0.031 0.259 0.017 0.026 0.020 0.024 0.091 0.004 0.007 0.322 0.200 166 L 0.085 0.285 0.024 0.035 0.029 0.024 0.095 0.009 0.008 0.118 0.288 167 A 0.124 0.214 0.012 0.020 0.024 0.036 0.059 0.016 0.004 0.077 0.414 168 T 0.124 0.045 0.003 0.018 0.021 0.040 0.102 0.009 0.002 0.160 0.477 169 E 0.045 0.036 0.005 0.044 0.044 0.048 0.133 0.003 0.002 0.142 0.496 170 G 0.044 0.019 0.004 0.044 0.034 0.047 0.168 0.005 0.002 0.106 0.529 171 L 0.078 0.008 0.003 0.034 0.032 0.046 0.081 0.008 0.001 0.083 0.628 172 T 0.094 0.004 0.001 0.036 0.023 0.025 0.089 0.002 0.001 0.061 0.664 173 S 0.018 0.003 0.001 0.023 0.010 0.017 0.145 0.001 0.001 0.023 0.759 174 H 0.019 0.005 0.001 0.010 0.005 0.006 0.113 0.002 0.001 0.024 0.816 175 S 0.328 0.033 0.001 0.012 0.008 0.009 0.065 0.008 0.001 0.060 0.476 176 P 0.052 0.047 0.001 0.007 0.003 0.004 0.105 0.002 0.001 0.027 0.752 177 D 0.018 0.288 0.001 0.008 0.002 0.004 0.096 0.002 0.001 0.041 0.539 178 Q 0.014 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.047 179 D 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 180 E 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 181 E 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 182 L 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 183 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 184 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 185 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 186 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 187 V 0.005 0.230 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.747 0.008 188 A 0.006 0.650 0.034 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.274 0.011 189 I 0.035 0.674 0.069 0.007 0.002 0.001 0.010 0.005 0.043 0.091 0.062 190 F 0.108 0.488 0.044 0.006 0.002 0.004 0.023 0.021 0.045 0.080 0.179 191 T 0.158 0.332 0.014 0.005 0.002 0.003 0.046 0.018 0.017 0.053 0.352 192 R 0.101 0.236 0.014 0.012 0.006 0.008 0.130 0.014 0.010 0.078 0.392 193 G 0.107 0.108 0.013 0.023 0.007 0.015 0.136 0.021 0.008 0.095 0.466 194 I 0.088 0.043 0.012 0.037 0.015 0.016 0.130 0.014 0.005 0.073 0.567 195 M 0.088 0.026 0.010 0.045 0.019 0.026 0.129 0.010 0.006 0.063 0.577 196 A 0.101 0.013 0.004 0.024 0.012 0.014 0.111 0.009 0.003 0.034 0.675 197 D 0.234 0.019 0.002 0.016 0.009 0.012 0.082 0.013 0.002 0.032 0.580 198 G 0.218 0.009 0.001 0.013 0.009 0.012 0.081 0.007 0.001 0.037 0.613 199 G 0.063 0.005 0.001 0.023 0.011 0.021 0.108 0.003 0.001 0.034 0.729 200 A 0.020 0.004 0.001 0.018 0.012 0.020 0.103 0.002 0.001 0.022 0.798 201 A 0.038 0.005 0.001 0.018 0.028 0.027 0.134 0.003 0.001 0.032 0.713 202 P 0.088 0.009 0.001 0.018 0.025 0.030 0.132 0.003 0.001 0.043 0.652 203 A 0.054 0.013 0.001 0.020 0.028 0.032 0.121 0.002 0.001 0.033 0.696