# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.063 0.009 0.013 0.013 0.107 0.028 0.752 2 T 0.086 0.662 0.003 0.006 0.006 0.033 0.051 0.154 3 R 0.127 0.779 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.046 4 A 0.013 0.399 0.005 0.004 0.003 0.033 0.383 0.160 5 D 0.003 0.711 0.009 0.004 0.004 0.016 0.192 0.062 6 C 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.009 7 R 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 8 S 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 9 R 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 10 L 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 11 M 0.001 0.243 0.002 0.001 0.001 0.002 0.746 0.004 12 E 0.001 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.004 13 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 14 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 15 T 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 16 E 0.015 0.876 0.003 0.001 0.001 0.004 0.086 0.015 17 L 0.031 0.721 0.011 0.002 0.002 0.012 0.176 0.047 18 F 0.085 0.414 0.032 0.004 0.004 0.039 0.288 0.134 19 A 0.164 0.197 0.024 0.004 0.004 0.073 0.112 0.421 20 Q 0.094 0.110 0.035 0.004 0.005 0.093 0.048 0.610 21 K 0.053 0.107 0.040 0.004 0.006 0.100 0.042 0.648 22 G 0.120 0.129 0.039 0.007 0.006 0.126 0.039 0.534 23 F 0.095 0.082 0.080 0.004 0.009 0.100 0.180 0.449 24 Y 0.009 0.122 0.120 0.009 0.011 0.082 0.121 0.525 25 G 0.014 0.302 0.102 0.013 0.019 0.073 0.097 0.380 26 V 0.006 0.366 0.261 0.021 0.016 0.038 0.081 0.212 27 S 0.010 0.919 0.007 0.001 0.001 0.002 0.047 0.012 28 I 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 29 R 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 30 E 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 31 L 0.025 0.827 0.010 0.001 0.001 0.006 0.104 0.027 32 A 0.057 0.071 0.137 0.011 0.003 0.032 0.637 0.052 33 Q 0.836 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.112 34 A 0.029 0.003 0.015 0.001 0.001 0.084 0.030 0.838 35 A 0.008 0.008 0.057 0.001 0.002 0.142 0.017 0.765 36 G 0.020 0.011 0.013 0.002 0.002 0.149 0.025 0.779 37 A 0.006 0.008 0.058 0.005 0.003 0.156 0.014 0.749 38 S 0.134 0.249 0.091 0.011 0.031 0.065 0.138 0.282 39 I 0.035 0.065 0.236 0.011 0.016 0.100 0.196 0.341 40 S 0.008 0.054 0.418 0.055 0.090 0.063 0.139 0.172 41 M 0.020 0.058 0.290 0.072 0.247 0.041 0.132 0.139 42 I 0.011 0.051 0.292 0.210 0.198 0.042 0.079 0.116 43 S 0.016 0.023 0.169 0.169 0.263 0.083 0.061 0.217 44 Y 0.020 0.032 0.142 0.171 0.218 0.073 0.096 0.247 45 H 0.042 0.025 0.055 0.072 0.088 0.101 0.050 0.567 46 F 0.073 0.106 0.052 0.068 0.070 0.123 0.090 0.417 47 G 0.018 0.133 0.016 0.010 0.012 0.084 0.023 0.704 48 G 0.061 0.768 0.003 0.002 0.003 0.017 0.057 0.088 49 K 0.038 0.801 0.001 0.002 0.001 0.008 0.108 0.041 50 E 0.009 0.923 0.002 0.002 0.001 0.004 0.034 0.027 51 G 0.010 0.960 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.013 52 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 53 Y 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 54 A 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 55 A 0.007 0.917 0.002 0.001 0.001 0.002 0.064 0.007 56 V 0.012 0.912 0.003 0.001 0.001 0.003 0.060 0.009 57 L 0.015 0.904 0.004 0.001 0.001 0.006 0.051 0.019 58 Q 0.038 0.812 0.005 0.002 0.001 0.014 0.055 0.073 59 E 0.060 0.750 0.006 0.001 0.002 0.016 0.047 0.118 60 Q 0.075 0.728 0.011 0.002 0.002 0.021 0.046 0.117 61 F 0.251 0.320 0.016 0.004 0.003 0.049 0.126 0.233 62 A 0.075 0.256 0.017 0.003 0.004 0.066 0.066 0.512 63 C 0.080 0.394 0.014 0.002 0.003 0.049 0.032 0.427 64 F 0.189 0.453 0.008 0.003 0.002 0.046 0.072 0.226 65 G 0.038 0.457 0.012 0.003 0.004 0.052 0.062 0.373 66 Q 0.055 0.586 0.013 0.002 0.005 0.035 0.055 0.248 67 L 0.056 0.710 0.014 0.007 0.005 0.026 0.080 0.102 68 D 0.054 0.542 0.028 0.010 0.011 0.040 0.090 0.225 69 D 0.167 0.275 0.020 0.008 0.013 0.041 0.103 0.373 70 I 0.222 0.096 0.068 0.021 0.021 0.079 0.120 0.374 71 R 0.172 0.030 0.080 0.010 0.011 0.084 0.041 0.571 72 G 0.386 0.011 0.009 0.001 0.002 0.036 0.024 0.530 73 Q 0.168 0.011 0.009 0.001 0.002 0.063 0.047 0.699 74 A 0.002 0.008 0.011 0.001 0.002 0.121 0.013 0.842 75 G 0.005 0.059 0.003 0.001 0.001 0.089 0.005 0.835 76 D 0.019 0.901 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 0.034 77 P 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 78 L 0.002 0.095 0.003 0.001 0.001 0.001 0.893 0.004 79 A 0.001 0.828 0.009 0.002 0.001 0.004 0.140 0.016 80 V 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 81 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 82 T 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 83 A 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 84 Y 0.008 0.183 0.005 0.001 0.001 0.003 0.794 0.006 85 L 0.002 0.892 0.003 0.002 0.001 0.007 0.075 0.018 86 R 0.013 0.866 0.011 0.001 0.001 0.009 0.057 0.042 87 W 0.005 0.903 0.011 0.003 0.002 0.008 0.035 0.033 88 T 0.021 0.821 0.012 0.002 0.003 0.011 0.093 0.038 89 I 0.058 0.661 0.026 0.010 0.006 0.026 0.117 0.096 90 Q 0.118 0.297 0.044 0.010 0.011 0.048 0.238 0.234 91 R 0.150 0.267 0.045 0.013 0.010 0.063 0.082 0.371 92 H 0.507 0.016 0.009 0.002 0.004 0.058 0.052 0.352 93 R 0.011 0.012 0.024 0.005 0.007 0.168 0.024 0.748 94 N 0.009 0.034 0.008 0.001 0.003 0.082 0.009 0.854 95 N 0.222 0.483 0.002 0.003 0.001 0.035 0.122 0.132 96 P 0.044 0.473 0.005 0.004 0.003 0.060 0.073 0.337 97 Q 0.032 0.642 0.017 0.003 0.012 0.028 0.047 0.218 98 L 0.028 0.738 0.026 0.005 0.017 0.023 0.065 0.099 99 L 0.010 0.321 0.104 0.031 0.051 0.035 0.375 0.074 100 R 0.004 0.236 0.056 0.090 0.087 0.028 0.434 0.064 101 F 0.019 0.338 0.138 0.086 0.121 0.032 0.145 0.121 102 Y 0.071 0.311 0.141 0.101 0.077 0.046 0.105 0.149 103 T 0.124 0.070 0.072 0.051 0.044 0.096 0.290 0.254 104 S 0.101 0.050 0.082 0.029 0.030 0.120 0.155 0.433 105 E 0.121 0.018 0.039 0.008 0.013 0.110 0.057 0.636 106 L 0.042 0.021 0.025 0.013 0.010 0.134 0.030 0.726 107 T 0.023 0.006 0.018 0.004 0.007 0.167 0.025 0.749 108 N 0.011 0.032 0.019 0.004 0.006 0.153 0.044 0.730 109 P 0.044 0.400 0.008 0.002 0.003 0.064 0.060 0.420 110 T 0.048 0.833 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.063 111 P 0.022 0.820 0.003 0.001 0.001 0.013 0.039 0.100 112 C 0.081 0.764 0.011 0.001 0.003 0.012 0.050 0.078 113 F 0.162 0.577 0.016 0.003 0.004 0.017 0.158 0.061 114 A 0.084 0.259 0.020 0.008 0.011 0.059 0.237 0.322 115 A 0.048 0.125 0.019 0.008 0.016 0.093 0.181 0.510 116 I 0.014 0.379 0.037 0.011 0.013 0.091 0.082 0.372 117 V 0.025 0.742 0.010 0.003 0.003 0.033 0.024 0.161 118 S 0.090 0.808 0.002 0.001 0.001 0.010 0.044 0.045 119 P 0.026 0.391 0.014 0.001 0.001 0.034 0.379 0.154 120 A 0.008 0.778 0.012 0.001 0.001 0.014 0.123 0.064 121 I 0.014 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.013 122 A 0.003 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.027 123 S 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 124 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 125 I 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 126 R 0.009 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.106 0.012 127 L 0.004 0.210 0.009 0.001 0.001 0.006 0.748 0.023 128 L 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.007 129 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 130 E 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 131 S 0.004 0.921 0.003 0.001 0.001 0.003 0.062 0.008 132 I 0.023 0.917 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 0.005 133 E 0.024 0.057 0.008 0.001 0.001 0.025 0.775 0.109 134 A 0.006 0.338 0.026 0.002 0.002 0.087 0.203 0.335 135 G 0.043 0.133 0.206 0.003 0.002 0.086 0.353 0.174 136 M 0.535 0.054 0.023 0.003 0.001 0.049 0.066 0.270 137 T 0.108 0.041 0.009 0.001 0.001 0.082 0.023 0.736 138 R 0.007 0.015 0.053 0.003 0.005 0.138 0.018 0.762 139 G 0.058 0.043 0.034 0.016 0.035 0.125 0.056 0.634 140 L 0.016 0.013 0.073 0.035 0.035 0.139 0.033 0.656 141 F 0.072 0.022 0.076 0.028 0.058 0.094 0.058 0.593 142 R 0.249 0.035 0.053 0.018 0.020 0.074 0.159 0.392 143 R 0.095 0.028 0.026 0.005 0.008 0.079 0.022 0.738 144 D 0.019 0.071 0.009 0.005 0.010 0.117 0.035 0.734 145 L 0.016 0.114 0.020 0.007 0.011 0.155 0.100 0.575 146 H 0.020 0.331 0.006 0.004 0.003 0.023 0.557 0.057 147 A 0.011 0.778 0.003 0.001 0.001 0.013 0.139 0.053 148 V 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.009 149 N 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 150 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 151 A 0.002 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 152 L 0.002 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.003 153 A 0.005 0.970 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.005 154 L 0.006 0.943 0.005 0.001 0.002 0.002 0.037 0.005 155 A 0.008 0.304 0.020 0.004 0.004 0.007 0.641 0.013 156 G 0.012 0.707 0.013 0.005 0.004 0.010 0.218 0.032 157 M 0.038 0.806 0.017 0.004 0.005 0.014 0.058 0.058 158 V 0.021 0.765 0.020 0.008 0.007 0.026 0.058 0.096 159 N 0.021 0.787 0.013 0.003 0.008 0.029 0.057 0.082 160 Y 0.048 0.414 0.038 0.006 0.012 0.040 0.368 0.074 161 F 0.014 0.079 0.037 0.016 0.010 0.050 0.710 0.084 162 F 0.020 0.569 0.038 0.019 0.016 0.061 0.127 0.149 163 L 0.087 0.553 0.023 0.006 0.009 0.052 0.066 0.204 164 S 0.044 0.170 0.028 0.012 0.009 0.086 0.416 0.235 165 T 0.020 0.350 0.030 0.019 0.019 0.100 0.121 0.344 166 L 0.141 0.300 0.051 0.011 0.038 0.061 0.094 0.305 167 A 0.079 0.342 0.029 0.033 0.025 0.077 0.081 0.333 168 T 0.078 0.072 0.025 0.017 0.040 0.125 0.168 0.475 169 E 0.048 0.033 0.067 0.035 0.058 0.157 0.149 0.453 170 G 0.058 0.022 0.061 0.019 0.033 0.140 0.086 0.580 171 L 0.065 0.024 0.034 0.025 0.021 0.141 0.057 0.633 172 T 0.155 0.012 0.022 0.009 0.015 0.143 0.049 0.595 173 S 0.012 0.005 0.028 0.005 0.009 0.193 0.037 0.712 174 H 0.011 0.014 0.023 0.003 0.005 0.142 0.032 0.771 175 S 0.193 0.258 0.007 0.004 0.003 0.074 0.145 0.317 176 P 0.073 0.222 0.003 0.001 0.001 0.087 0.060 0.552 177 D 0.018 0.492 0.005 0.001 0.002 0.051 0.072 0.359 178 Q 0.007 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.032 179 D 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 180 E 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 181 E 0.002 0.883 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.007 182 L 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 183 I 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 184 R 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 185 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 186 Y 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 187 V 0.003 0.236 0.004 0.001 0.001 0.002 0.751 0.003 188 A 0.002 0.695 0.011 0.003 0.001 0.006 0.269 0.013 189 I 0.033 0.669 0.058 0.003 0.003 0.011 0.184 0.039 190 F 0.054 0.692 0.040 0.007 0.003 0.026 0.089 0.089 191 T 0.073 0.467 0.034 0.004 0.007 0.068 0.086 0.263 192 R 0.075 0.276 0.065 0.013 0.017 0.087 0.097 0.370 193 G 0.101 0.182 0.048 0.016 0.035 0.084 0.078 0.456 194 I 0.056 0.054 0.060 0.047 0.063 0.119 0.079 0.522 195 M 0.056 0.021 0.046 0.030 0.070 0.133 0.054 0.589 196 A 0.107 0.015 0.051 0.019 0.032 0.106 0.037 0.633 197 D 0.247 0.017 0.021 0.012 0.016 0.072 0.041 0.574 198 G 0.107 0.008 0.014 0.008 0.014 0.100 0.029 0.720 199 G 0.015 0.004 0.019 0.012 0.025 0.119 0.023 0.783 200 A 0.015 0.003 0.029 0.022 0.043 0.139 0.027 0.721 201 A 0.048 0.009 0.023 0.039 0.042 0.138 0.039 0.662 202 P 0.069 0.010 0.017 0.019 0.030 0.119 0.045 0.691 203 A 0.094 0.024 0.031 0.030 0.052 0.111 0.088 0.571