# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.670 0.087 0.034 0.050 0.039 0.025 0.040 0.025 0.016 0.009 0.005 2 T 0.200 0.425 0.108 0.142 0.059 0.030 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 3 R 0.095 0.286 0.097 0.176 0.125 0.086 0.077 0.032 0.016 0.007 0.003 4 A 0.813 0.072 0.037 0.039 0.018 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 5 D 0.332 0.160 0.227 0.185 0.062 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 6 C 0.006 0.039 0.071 0.110 0.143 0.164 0.199 0.136 0.069 0.052 0.011 7 R 0.003 0.008 0.029 0.051 0.098 0.233 0.324 0.141 0.066 0.040 0.006 8 S 0.009 0.016 0.845 0.096 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.004 0.018 0.193 0.211 0.198 0.209 0.131 0.029 0.006 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.153 0.249 0.545 11 M 0.001 0.001 0.006 0.011 0.064 0.182 0.389 0.171 0.097 0.058 0.022 12 E 0.003 0.007 0.924 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.014 0.016 0.047 0.204 0.479 0.139 0.057 0.028 0.014 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.198 0.333 0.428 15 T 0.001 0.003 0.029 0.052 0.140 0.229 0.348 0.115 0.049 0.027 0.007 16 E 0.001 0.009 0.839 0.103 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.002 0.002 0.013 0.014 0.036 0.150 0.398 0.197 0.097 0.061 0.030 18 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.029 0.064 0.218 0.325 0.344 19 A 0.004 0.006 0.039 0.046 0.091 0.143 0.254 0.149 0.126 0.096 0.047 20 Q 0.016 0.054 0.458 0.194 0.106 0.079 0.050 0.018 0.012 0.009 0.004 21 K 0.026 0.042 0.070 0.098 0.117 0.182 0.249 0.118 0.055 0.028 0.015 22 G 0.183 0.088 0.037 0.083 0.072 0.076 0.128 0.119 0.092 0.068 0.052 23 F 0.022 0.026 0.024 0.048 0.065 0.087 0.144 0.142 0.153 0.155 0.133 24 Y 0.053 0.116 0.088 0.155 0.162 0.129 0.135 0.075 0.046 0.030 0.013 25 G 0.202 0.126 0.070 0.156 0.123 0.111 0.106 0.049 0.030 0.017 0.010 26 V 0.080 0.022 0.022 0.037 0.047 0.069 0.147 0.148 0.157 0.147 0.125 27 S 0.023 0.119 0.029 0.195 0.203 0.122 0.131 0.087 0.046 0.029 0.017 28 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.042 0.087 0.214 0.273 0.358 29 R 0.056 0.035 0.091 0.219 0.265 0.161 0.111 0.037 0.016 0.006 0.003 30 E 0.025 0.042 0.208 0.300 0.184 0.095 0.101 0.029 0.009 0.004 0.002 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.025 0.037 0.204 0.289 0.432 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.055 0.202 0.362 0.335 33 Q 0.001 0.015 0.503 0.245 0.143 0.061 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 34 A 0.001 0.008 0.114 0.087 0.131 0.245 0.231 0.091 0.043 0.030 0.017 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.054 0.230 0.264 0.413 36 G 0.265 0.149 0.043 0.180 0.138 0.066 0.089 0.041 0.017 0.006 0.006 37 A 0.006 0.004 0.025 0.014 0.023 0.024 0.054 0.076 0.177 0.211 0.386 38 S 0.027 0.088 0.059 0.138 0.169 0.128 0.154 0.092 0.064 0.045 0.035 39 I 0.011 0.019 0.017 0.052 0.066 0.120 0.175 0.162 0.167 0.130 0.082 40 S 0.045 0.052 0.047 0.119 0.121 0.145 0.157 0.131 0.081 0.057 0.045 41 M 0.004 0.007 0.012 0.035 0.045 0.058 0.138 0.188 0.205 0.179 0.130 42 I 0.003 0.004 0.008 0.013 0.019 0.027 0.065 0.102 0.205 0.255 0.299 43 S 0.019 0.024 0.046 0.108 0.141 0.126 0.164 0.119 0.113 0.080 0.059 44 Y 0.034 0.032 0.053 0.086 0.099 0.136 0.183 0.126 0.120 0.081 0.050 45 H 0.019 0.031 0.029 0.088 0.112 0.088 0.188 0.178 0.121 0.076 0.072 46 F 0.042 0.030 0.024 0.033 0.040 0.059 0.138 0.116 0.184 0.186 0.148 47 G 0.182 0.192 0.116 0.246 0.140 0.057 0.035 0.014 0.009 0.005 0.004 48 G 0.214 0.176 0.079 0.127 0.097 0.069 0.084 0.059 0.045 0.033 0.016 49 K 0.018 0.033 0.017 0.066 0.091 0.137 0.219 0.143 0.130 0.099 0.047 50 E 0.109 0.128 0.157 0.202 0.119 0.114 0.085 0.040 0.025 0.015 0.005 51 G 0.066 0.079 0.153 0.248 0.157 0.142 0.101 0.032 0.014 0.007 0.003 52 L 0.002 0.003 0.008 0.010 0.020 0.024 0.085 0.156 0.205 0.241 0.247 53 Y 0.001 0.003 0.009 0.023 0.055 0.086 0.181 0.185 0.196 0.187 0.073 54 A 0.010 0.021 0.271 0.185 0.161 0.154 0.114 0.039 0.027 0.013 0.005 55 A 0.011 0.016 0.163 0.163 0.165 0.162 0.201 0.075 0.026 0.012 0.006 56 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.012 0.042 0.066 0.238 0.314 0.319 57 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.020 0.085 0.106 0.248 0.292 0.238 58 Q 0.004 0.018 0.427 0.202 0.153 0.102 0.054 0.017 0.013 0.007 0.003 59 E 0.013 0.029 0.286 0.156 0.144 0.163 0.139 0.043 0.015 0.007 0.003 60 Q 0.006 0.011 0.018 0.029 0.038 0.093 0.219 0.192 0.186 0.140 0.069 61 F 0.007 0.005 0.010 0.018 0.029 0.069 0.204 0.183 0.195 0.176 0.104 62 A 0.038 0.086 0.502 0.210 0.096 0.037 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 63 C 0.034 0.066 0.158 0.126 0.136 0.152 0.180 0.080 0.037 0.021 0.010 64 F 0.029 0.027 0.023 0.040 0.056 0.090 0.184 0.173 0.163 0.127 0.089 65 G 0.324 0.117 0.104 0.130 0.100 0.067 0.075 0.043 0.022 0.011 0.006 66 Q 0.114 0.140 0.210 0.225 0.135 0.070 0.055 0.026 0.014 0.007 0.004 67 L 0.018 0.016 0.021 0.035 0.057 0.074 0.187 0.184 0.174 0.134 0.099 68 D 0.148 0.119 0.120 0.181 0.139 0.099 0.101 0.047 0.026 0.014 0.006 69 D 0.078 0.117 0.297 0.254 0.125 0.060 0.037 0.016 0.008 0.005 0.002 70 I 0.041 0.031 0.044 0.064 0.080 0.123 0.197 0.143 0.124 0.101 0.053 71 R 0.090 0.096 0.062 0.136 0.121 0.105 0.163 0.102 0.066 0.040 0.017 72 G 0.151 0.159 0.201 0.177 0.106 0.073 0.061 0.032 0.019 0.013 0.006 73 Q 0.170 0.263 0.128 0.177 0.106 0.064 0.047 0.023 0.012 0.007 0.004 74 A 0.410 0.173 0.043 0.100 0.073 0.054 0.063 0.041 0.023 0.013 0.007 75 G 0.542 0.099 0.042 0.075 0.059 0.049 0.059 0.035 0.021 0.012 0.007 76 D 0.127 0.212 0.098 0.227 0.145 0.079 0.056 0.029 0.015 0.009 0.005 77 P 0.017 0.034 0.021 0.039 0.060 0.090 0.179 0.163 0.172 0.143 0.082 78 L 0.049 0.038 0.045 0.136 0.181 0.197 0.191 0.085 0.046 0.023 0.011 79 A 0.107 0.084 0.350 0.244 0.102 0.049 0.036 0.017 0.007 0.004 0.001 80 V 0.003 0.011 0.021 0.084 0.120 0.211 0.271 0.123 0.084 0.049 0.021 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.056 0.198 0.307 0.408 82 T 0.004 0.014 0.172 0.206 0.265 0.172 0.101 0.035 0.017 0.009 0.004 83 A 0.005 0.016 0.372 0.160 0.122 0.122 0.117 0.044 0.022 0.014 0.005 84 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.044 0.119 0.120 0.254 0.256 0.185 85 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.060 0.092 0.248 0.303 0.276 86 R 0.006 0.020 0.273 0.214 0.203 0.128 0.078 0.034 0.022 0.014 0.008 87 W 0.006 0.009 0.081 0.058 0.093 0.161 0.271 0.157 0.082 0.055 0.026 88 T 0.003 0.009 0.013 0.030 0.041 0.077 0.181 0.182 0.203 0.164 0.099 89 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.033 0.106 0.130 0.234 0.252 0.223 90 Q 0.030 0.052 0.308 0.248 0.172 0.090 0.055 0.022 0.013 0.007 0.004 91 R 0.016 0.024 0.087 0.100 0.120 0.172 0.252 0.112 0.062 0.036 0.019 92 H 0.004 0.005 0.008 0.010 0.014 0.031 0.079 0.098 0.219 0.256 0.277 93 R 0.046 0.046 0.048 0.112 0.144 0.142 0.216 0.112 0.069 0.043 0.021 94 N 0.088 0.216 0.317 0.212 0.083 0.041 0.020 0.009 0.006 0.004 0.002 95 N 0.068 0.082 0.051 0.109 0.129 0.148 0.190 0.104 0.059 0.037 0.024 96 P 0.360 0.124 0.044 0.102 0.079 0.073 0.085 0.059 0.037 0.023 0.013 97 Q 0.119 0.120 0.104 0.190 0.140 0.113 0.106 0.052 0.029 0.016 0.009 98 L 0.009 0.015 0.028 0.050 0.068 0.095 0.168 0.147 0.178 0.148 0.095 99 L 0.003 0.006 0.012 0.024 0.038 0.068 0.153 0.154 0.214 0.188 0.139 100 R 0.009 0.033 0.112 0.167 0.165 0.159 0.145 0.083 0.062 0.041 0.024 101 F 0.003 0.004 0.018 0.023 0.041 0.066 0.150 0.185 0.194 0.184 0.134 102 Y 0.001 0.002 0.006 0.012 0.019 0.030 0.082 0.136 0.238 0.260 0.213 103 T 0.004 0.006 0.015 0.029 0.045 0.064 0.135 0.143 0.217 0.189 0.153 104 S 0.027 0.032 0.086 0.128 0.143 0.132 0.166 0.107 0.088 0.057 0.036 105 E 0.011 0.019 0.034 0.068 0.092 0.115 0.214 0.174 0.128 0.090 0.054 106 L 0.010 0.010 0.014 0.025 0.032 0.053 0.122 0.144 0.207 0.209 0.175 107 T 0.073 0.091 0.084 0.144 0.134 0.124 0.148 0.075 0.061 0.040 0.025 108 N 0.110 0.142 0.104 0.171 0.135 0.102 0.097 0.056 0.040 0.026 0.016 109 P 0.213 0.172 0.045 0.106 0.084 0.084 0.113 0.070 0.053 0.039 0.021 110 T 0.268 0.164 0.047 0.128 0.094 0.084 0.091 0.051 0.038 0.023 0.013 111 P 0.394 0.161 0.087 0.149 0.088 0.048 0.036 0.019 0.010 0.005 0.003 112 C 0.064 0.066 0.049 0.126 0.132 0.140 0.163 0.106 0.074 0.051 0.029 113 F 0.006 0.012 0.013 0.031 0.049 0.085 0.180 0.171 0.190 0.166 0.096 114 A 0.023 0.032 0.080 0.151 0.175 0.183 0.180 0.083 0.051 0.031 0.011 115 A 0.054 0.063 0.297 0.218 0.130 0.096 0.075 0.033 0.018 0.011 0.005 116 I 0.014 0.021 0.036 0.078 0.096 0.153 0.231 0.141 0.117 0.077 0.037 117 V 0.005 0.010 0.011 0.014 0.021 0.043 0.127 0.134 0.227 0.242 0.167 118 S 0.054 0.120 0.243 0.252 0.170 0.081 0.046 0.017 0.009 0.005 0.002 119 P 0.420 0.136 0.191 0.133 0.064 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 120 A 0.079 0.069 0.039 0.088 0.104 0.118 0.186 0.137 0.089 0.059 0.032 121 I 0.017 0.034 0.023 0.062 0.087 0.146 0.245 0.163 0.114 0.078 0.031 122 A 0.094 0.066 0.321 0.213 0.132 0.082 0.054 0.021 0.010 0.005 0.002 123 S 0.076 0.120 0.249 0.253 0.148 0.075 0.052 0.018 0.006 0.003 0.001 124 V 0.001 0.003 0.006 0.009 0.017 0.026 0.090 0.147 0.246 0.269 0.185 125 I 0.004 0.005 0.015 0.039 0.102 0.225 0.330 0.130 0.083 0.051 0.016 126 R 0.012 0.025 0.764 0.146 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.002 0.004 0.016 0.026 0.056 0.260 0.377 0.124 0.075 0.047 0.015 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.064 0.229 0.320 0.353 129 A 0.004 0.006 0.074 0.101 0.222 0.257 0.225 0.068 0.026 0.012 0.004 130 E 0.011 0.023 0.787 0.129 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.001 0.002 0.006 0.009 0.023 0.092 0.256 0.171 0.200 0.140 0.101 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.045 0.186 0.288 0.456 133 E 0.007 0.022 0.469 0.224 0.166 0.066 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 134 A 0.007 0.022 0.414 0.180 0.133 0.127 0.082 0.021 0.008 0.004 0.002 135 G 0.003 0.003 0.007 0.007 0.012 0.035 0.109 0.135 0.232 0.228 0.230 136 M 0.017 0.012 0.014 0.041 0.073 0.104 0.233 0.198 0.142 0.112 0.054 137 T 0.023 0.140 0.434 0.199 0.087 0.058 0.030 0.012 0.008 0.006 0.002 138 R 0.047 0.058 0.078 0.144 0.177 0.183 0.174 0.075 0.035 0.018 0.011 139 G 0.597 0.096 0.036 0.051 0.035 0.035 0.059 0.044 0.025 0.016 0.007 140 L 0.073 0.091 0.057 0.194 0.152 0.148 0.137 0.065 0.044 0.024 0.014 141 F 0.005 0.006 0.009 0.009 0.015 0.028 0.072 0.098 0.199 0.258 0.300 142 R 0.037 0.099 0.085 0.215 0.219 0.136 0.099 0.051 0.030 0.018 0.010 143 R 0.169 0.127 0.141 0.157 0.109 0.098 0.095 0.050 0.029 0.016 0.007 144 D 0.135 0.117 0.056 0.206 0.150 0.115 0.104 0.055 0.032 0.019 0.012 145 L 0.018 0.012 0.008 0.019 0.026 0.052 0.118 0.141 0.214 0.218 0.175 146 H 0.070 0.148 0.083 0.247 0.188 0.103 0.076 0.041 0.023 0.014 0.008 147 A 0.005 0.008 0.018 0.024 0.040 0.071 0.134 0.139 0.202 0.192 0.167 148 V 0.024 0.032 0.046 0.140 0.176 0.166 0.186 0.106 0.063 0.037 0.023 149 N 0.011 0.023 0.047 0.106 0.115 0.130 0.230 0.136 0.103 0.068 0.033 150 S 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.033 0.079 0.094 0.218 0.253 0.293 151 A 0.001 0.002 0.005 0.012 0.025 0.050 0.126 0.127 0.234 0.232 0.188 152 L 0.001 0.006 0.040 0.060 0.089 0.117 0.220 0.145 0.149 0.105 0.067 153 A 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.027 0.091 0.128 0.224 0.238 0.264 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.043 0.186 0.288 0.454 155 A 0.001 0.001 0.006 0.012 0.031 0.045 0.120 0.170 0.216 0.192 0.207 156 G 0.001 0.003 0.021 0.026 0.042 0.059 0.139 0.179 0.200 0.187 0.142 157 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.024 0.078 0.128 0.214 0.251 0.275 158 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.022 0.060 0.112 0.227 0.275 0.281 159 N 0.003 0.011 0.030 0.064 0.098 0.105 0.185 0.173 0.149 0.107 0.074 160 Y 0.003 0.006 0.024 0.034 0.053 0.074 0.161 0.193 0.173 0.158 0.121 161 F 0.005 0.008 0.022 0.038 0.051 0.082 0.167 0.162 0.175 0.162 0.128 162 F 0.005 0.008 0.018 0.029 0.041 0.060 0.135 0.145 0.197 0.189 0.171 163 L 0.004 0.008 0.018 0.031 0.050 0.062 0.123 0.145 0.196 0.185 0.178 164 S 0.012 0.018 0.029 0.058 0.083 0.110 0.189 0.142 0.154 0.123 0.084 165 T 0.037 0.040 0.059 0.124 0.132 0.129 0.177 0.112 0.089 0.059 0.042 166 L 0.014 0.016 0.023 0.049 0.066 0.097 0.169 0.155 0.161 0.139 0.111 167 A 0.006 0.010 0.013 0.028 0.036 0.045 0.094 0.120 0.204 0.210 0.235 168 T 0.013 0.018 0.023 0.052 0.078 0.102 0.162 0.131 0.167 0.144 0.112 169 E 0.056 0.069 0.090 0.170 0.162 0.134 0.130 0.072 0.059 0.037 0.023 170 G 0.064 0.047 0.049 0.114 0.112 0.127 0.176 0.114 0.091 0.068 0.040 171 L 0.013 0.017 0.012 0.030 0.035 0.080 0.148 0.126 0.202 0.202 0.136 172 T 0.079 0.109 0.052 0.132 0.130 0.125 0.148 0.084 0.069 0.045 0.026 173 S 0.292 0.161 0.088 0.155 0.098 0.064 0.062 0.035 0.023 0.015 0.009 174 H 0.248 0.141 0.046 0.115 0.091 0.091 0.109 0.062 0.046 0.033 0.019 175 S 0.218 0.266 0.041 0.132 0.093 0.071 0.077 0.046 0.029 0.018 0.009 176 P 0.343 0.200 0.052 0.130 0.092 0.064 0.056 0.031 0.017 0.010 0.005 177 D 0.560 0.143 0.051 0.083 0.052 0.037 0.036 0.018 0.010 0.006 0.003 178 Q 0.123 0.369 0.065 0.166 0.100 0.067 0.053 0.029 0.016 0.010 0.004 179 D 0.062 0.098 0.032 0.103 0.124 0.152 0.193 0.115 0.069 0.038 0.015 180 E 0.571 0.082 0.099 0.113 0.061 0.034 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 181 E 0.072 0.092 0.272 0.298 0.148 0.062 0.038 0.013 0.003 0.002 0.001 182 L 0.001 0.003 0.011 0.016 0.031 0.070 0.152 0.163 0.234 0.228 0.091 183 I 0.001 0.001 0.005 0.010 0.031 0.114 0.281 0.178 0.180 0.150 0.050 184 R 0.002 0.013 0.821 0.120 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.002 0.006 0.066 0.079 0.127 0.277 0.311 0.089 0.026 0.014 0.004 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.050 0.208 0.322 0.396 187 V 0.001 0.001 0.006 0.013 0.046 0.111 0.300 0.205 0.151 0.114 0.054 188 A 0.003 0.019 0.619 0.186 0.087 0.039 0.024 0.009 0.007 0.005 0.002 189 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.060 0.194 0.151 0.217 0.198 0.158 190 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.035 0.075 0.224 0.292 0.354 191 T 0.003 0.006 0.019 0.033 0.062 0.098 0.173 0.158 0.180 0.163 0.105 192 R 0.010 0.018 0.077 0.113 0.145 0.175 0.201 0.116 0.075 0.046 0.025 193 G 0.024 0.025 0.031 0.064 0.070 0.104 0.204 0.156 0.138 0.110 0.073 194 I 0.006 0.005 0.006 0.012 0.018 0.041 0.091 0.113 0.217 0.244 0.246 195 M 0.035 0.063 0.042 0.119 0.131 0.143 0.167 0.105 0.093 0.065 0.038 196 A 0.067 0.079 0.070 0.120 0.112 0.120 0.149 0.097 0.082 0.060 0.044 197 D 0.319 0.233 0.064 0.136 0.087 0.055 0.050 0.025 0.015 0.009 0.007 198 G 0.381 0.207 0.031 0.104 0.068 0.050 0.057 0.041 0.028 0.020 0.014 199 G 0.416 0.166 0.029 0.099 0.076 0.051 0.052 0.042 0.030 0.022 0.017 200 A 0.360 0.186 0.046 0.119 0.080 0.063 0.059 0.037 0.025 0.016 0.009 201 A 0.156 0.188 0.064 0.151 0.113 0.101 0.090 0.056 0.042 0.025 0.016 202 P 0.242 0.160 0.043 0.120 0.102 0.078 0.092 0.068 0.047 0.027 0.021 203 A 0.279 0.124 0.048 0.116 0.095 0.067 0.085 0.070 0.055 0.035 0.027