# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.029 0.009 0.024 0.028 0.040 0.062 0.003 0.001 0.003 0.637 2 T 0.008 0.004 0.001 0.005 0.005 0.008 0.045 0.001 0.001 0.001 0.924 3 R 0.012 0.004 0.001 0.005 0.004 0.013 0.035 0.001 0.001 0.001 0.925 4 A 0.016 0.014 0.001 0.007 0.004 0.013 0.187 0.001 0.001 0.002 0.755 5 D 0.122 0.042 0.003 0.005 0.003 0.005 0.249 0.001 0.001 0.006 0.565 6 C 0.159 0.336 0.010 0.006 0.002 0.004 0.136 0.002 0.001 0.003 0.343 7 R 0.028 0.725 0.006 0.003 0.002 0.004 0.053 0.002 0.001 0.001 0.178 8 S 0.017 0.674 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 0.002 0.001 0.001 0.267 9 R 0.024 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.001 0.001 0.180 10 L 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.031 11 M 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 12 E 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 13 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 14 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 15 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 18 F 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.985 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 21 K 0.107 0.777 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.016 22 G 0.493 0.183 0.053 0.002 0.003 0.004 0.006 0.137 0.001 0.001 0.117 23 F 0.037 0.018 0.820 0.010 0.002 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.092 24 Y 0.042 0.025 0.041 0.113 0.044 0.049 0.095 0.005 0.001 0.002 0.583 25 G 0.043 0.013 0.008 0.081 0.017 0.027 0.071 0.002 0.001 0.004 0.734 26 V 0.140 0.069 0.013 0.336 0.033 0.058 0.104 0.002 0.001 0.007 0.237 27 S 0.031 0.030 0.002 0.056 0.008 0.018 0.214 0.001 0.001 0.002 0.638 28 I 0.013 0.095 0.003 0.068 0.005 0.022 0.163 0.001 0.001 0.001 0.630 29 R 0.003 0.051 0.001 0.007 0.001 0.005 0.340 0.001 0.001 0.001 0.592 30 E 0.023 0.124 0.001 0.004 0.001 0.001 0.392 0.001 0.001 0.001 0.454 31 L 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 32 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 33 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 34 A 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 35 A 0.099 0.778 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.009 36 G 0.307 0.148 0.087 0.001 0.002 0.002 0.004 0.375 0.001 0.001 0.074 37 A 0.016 0.015 0.940 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.015 38 S 0.017 0.025 0.020 0.091 0.017 0.013 0.122 0.004 0.001 0.001 0.690 39 I 0.004 0.007 0.003 0.019 0.007 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.924 40 S 0.012 0.044 0.002 0.200 0.030 0.110 0.261 0.001 0.001 0.014 0.327 41 M 0.158 0.047 0.004 0.097 0.020 0.044 0.383 0.001 0.001 0.008 0.238 42 I 0.029 0.676 0.009 0.120 0.040 0.045 0.022 0.003 0.001 0.001 0.055 43 S 0.015 0.528 0.004 0.083 0.082 0.121 0.022 0.004 0.001 0.002 0.141 44 Y 0.033 0.393 0.003 0.068 0.088 0.119 0.030 0.011 0.001 0.002 0.254 45 H 0.071 0.212 0.006 0.016 0.113 0.172 0.055 0.014 0.001 0.002 0.338 46 F 0.045 0.143 0.035 0.028 0.097 0.215 0.053 0.012 0.001 0.002 0.369 47 G 0.033 0.074 0.020 0.010 0.024 0.050 0.089 0.005 0.001 0.002 0.693 48 G 0.037 0.018 0.005 0.006 0.004 0.007 0.136 0.001 0.001 0.002 0.782 49 K 0.185 0.085 0.010 0.006 0.004 0.008 0.093 0.001 0.001 0.003 0.604 50 E 0.024 0.166 0.002 0.003 0.003 0.007 0.234 0.001 0.001 0.002 0.559 51 G 0.072 0.201 0.003 0.005 0.002 0.005 0.285 0.002 0.001 0.002 0.424 52 L 0.030 0.860 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.079 53 Y 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 54 A 0.003 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.046 55 A 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 56 V 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 57 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 58 Q 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 59 E 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 60 Q 0.025 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.018 61 F 0.033 0.904 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.033 62 A 0.032 0.848 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.079 63 C 0.125 0.707 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 0.120 64 F 0.179 0.701 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.074 65 G 0.063 0.421 0.020 0.004 0.002 0.003 0.026 0.016 0.001 0.001 0.444 66 Q 0.074 0.309 0.024 0.006 0.001 0.002 0.077 0.009 0.001 0.001 0.497 67 L 0.131 0.433 0.008 0.012 0.002 0.004 0.028 0.007 0.001 0.001 0.373 68 D 0.064 0.454 0.006 0.015 0.004 0.009 0.059 0.006 0.001 0.001 0.382 69 D 0.081 0.440 0.010 0.014 0.002 0.005 0.076 0.007 0.001 0.002 0.364 70 I 0.150 0.605 0.006 0.011 0.002 0.004 0.034 0.008 0.001 0.002 0.177 71 R 0.106 0.718 0.005 0.011 0.002 0.005 0.025 0.013 0.001 0.001 0.114 72 G 0.131 0.530 0.018 0.011 0.006 0.009 0.026 0.030 0.001 0.002 0.237 73 Q 0.179 0.424 0.027 0.006 0.004 0.006 0.027 0.042 0.001 0.002 0.283 74 A 0.136 0.200 0.032 0.011 0.004 0.006 0.036 0.024 0.001 0.002 0.549 75 G 0.152 0.078 0.035 0.014 0.004 0.008 0.080 0.017 0.001 0.003 0.608 76 D 0.066 0.051 0.014 0.006 0.006 0.002 0.208 0.004 0.001 0.003 0.640 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 L 0.003 0.021 0.001 0.003 0.003 0.028 0.573 0.001 0.001 0.002 0.365 79 A 0.111 0.089 0.001 0.002 0.001 0.002 0.306 0.001 0.001 0.007 0.481 80 V 0.020 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.056 81 M 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 82 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 83 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 84 Y 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 85 L 0.002 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 86 R 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 87 W 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 88 T 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 89 I 0.004 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 90 Q 0.006 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 91 R 0.016 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 92 H 0.040 0.916 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.014 93 R 0.061 0.785 0.033 0.002 0.002 0.004 0.004 0.044 0.001 0.001 0.066 94 N 0.233 0.430 0.046 0.003 0.002 0.004 0.021 0.082 0.001 0.001 0.178 95 N 0.392 0.219 0.051 0.004 0.005 0.005 0.039 0.042 0.001 0.002 0.242 96 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 97 Q 0.009 0.013 0.011 0.003 0.003 0.008 0.540 0.001 0.001 0.002 0.412 98 L 0.271 0.093 0.005 0.005 0.003 0.004 0.220 0.001 0.001 0.008 0.389 99 L 0.029 0.768 0.006 0.010 0.013 0.013 0.042 0.002 0.001 0.001 0.116 100 R 0.011 0.790 0.006 0.013 0.014 0.018 0.033 0.002 0.001 0.001 0.111 101 F 0.014 0.852 0.001 0.015 0.008 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.079 102 Y 0.015 0.892 0.001 0.017 0.011 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.034 103 T 0.018 0.863 0.004 0.019 0.013 0.027 0.006 0.009 0.001 0.001 0.042 104 S 0.044 0.750 0.014 0.015 0.018 0.032 0.012 0.016 0.001 0.001 0.098 105 E 0.173 0.579 0.017 0.011 0.010 0.020 0.026 0.029 0.001 0.002 0.133 106 L 0.270 0.455 0.045 0.013 0.016 0.033 0.019 0.036 0.001 0.002 0.110 107 T 0.290 0.270 0.037 0.016 0.011 0.026 0.026 0.070 0.001 0.002 0.252 108 N 0.244 0.095 0.072 0.019 0.014 0.016 0.049 0.039 0.001 0.004 0.447 109 P 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.980 110 T 0.009 0.005 0.004 0.009 0.007 0.011 0.421 0.001 0.001 0.001 0.532 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 112 C 0.033 0.030 0.001 0.009 0.003 0.009 0.162 0.001 0.001 0.001 0.751 113 F 0.214 0.118 0.003 0.010 0.003 0.007 0.101 0.001 0.001 0.005 0.538 114 A 0.085 0.506 0.002 0.015 0.008 0.021 0.040 0.002 0.001 0.001 0.320 115 A 0.075 0.544 0.003 0.014 0.005 0.008 0.028 0.004 0.001 0.001 0.317 116 I 0.123 0.706 0.003 0.004 0.002 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.136 117 V 0.081 0.808 0.006 0.003 0.001 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.071 118 S 0.076 0.678 0.015 0.003 0.005 0.009 0.018 0.019 0.001 0.001 0.175 119 P 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.970 120 A 0.054 0.332 0.008 0.002 0.001 0.003 0.134 0.004 0.001 0.001 0.461 121 I 0.102 0.646 0.006 0.001 0.001 0.001 0.071 0.004 0.001 0.001 0.168 122 A 0.017 0.842 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.121 123 S 0.012 0.811 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.154 124 V 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.043 125 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 126 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 127 L 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 128 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 129 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 130 E 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 131 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 132 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 135 G 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 136 M 0.001 0.960 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 137 T 0.004 0.965 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.006 138 R 0.128 0.748 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 0.028 139 G 0.515 0.231 0.028 0.005 0.004 0.004 0.005 0.121 0.001 0.002 0.086 140 L 0.040 0.041 0.761 0.011 0.005 0.004 0.033 0.010 0.001 0.002 0.095 141 F 0.018 0.017 0.021 0.055 0.023 0.043 0.044 0.003 0.001 0.001 0.776 142 R 0.037 0.021 0.010 0.073 0.062 0.119 0.070 0.002 0.001 0.004 0.602 143 R 0.058 0.019 0.002 0.060 0.017 0.034 0.049 0.001 0.001 0.004 0.756 144 D 0.175 0.016 0.006 0.030 0.016 0.040 0.110 0.002 0.001 0.010 0.594 145 L 0.382 0.040 0.020 0.063 0.010 0.017 0.122 0.003 0.001 0.012 0.329 146 H 0.022 0.022 0.002 0.015 0.010 0.011 0.543 0.001 0.001 0.005 0.368 147 A 0.012 0.013 0.002 0.003 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.002 0.861 148 V 0.008 0.080 0.001 0.004 0.003 0.012 0.435 0.001 0.001 0.004 0.452 149 N 0.043 0.150 0.001 0.003 0.002 0.003 0.486 0.001 0.001 0.002 0.310 150 S 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.043 151 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 152 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 153 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 155 A 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 156 G 0.007 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.006 157 M 0.014 0.947 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 158 V 0.016 0.939 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.017 159 N 0.054 0.790 0.018 0.003 0.003 0.004 0.009 0.031 0.001 0.001 0.089 160 Y 0.082 0.669 0.038 0.005 0.003 0.004 0.019 0.029 0.001 0.001 0.150 161 F 0.077 0.653 0.053 0.008 0.005 0.008 0.040 0.016 0.001 0.001 0.139 162 F 0.054 0.509 0.023 0.013 0.009 0.013 0.075 0.012 0.001 0.001 0.290 163 L 0.071 0.583 0.021 0.017 0.012 0.018 0.047 0.012 0.001 0.002 0.217 164 S 0.084 0.560 0.013 0.021 0.012 0.020 0.052 0.011 0.001 0.003 0.223 165 T 0.115 0.415 0.014 0.016 0.011 0.018 0.065 0.010 0.001 0.003 0.333 166 L 0.095 0.428 0.016 0.026 0.013 0.022 0.095 0.009 0.001 0.003 0.294 167 A 0.087 0.530 0.013 0.033 0.020 0.035 0.074 0.011 0.001 0.002 0.195 168 T 0.074 0.630 0.012 0.027 0.019 0.033 0.034 0.011 0.001 0.003 0.157 169 E 0.107 0.521 0.012 0.029 0.022 0.039 0.038 0.014 0.001 0.004 0.213 170 G 0.182 0.310 0.014 0.030 0.022 0.046 0.074 0.019 0.001 0.005 0.299 171 L 0.246 0.285 0.043 0.029 0.031 0.059 0.059 0.018 0.001 0.005 0.224 172 T 0.087 0.186 0.015 0.044 0.030 0.049 0.114 0.017 0.001 0.004 0.454 173 S 0.101 0.056 0.015 0.023 0.016 0.027 0.045 0.009 0.001 0.004 0.703 174 H 0.085 0.028 0.015 0.021 0.008 0.018 0.092 0.005 0.001 0.005 0.726 175 S 0.075 0.014 0.007 0.012 0.011 0.008 0.325 0.002 0.001 0.006 0.540 176 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 177 D 0.013 0.009 0.002 0.015 0.005 0.015 0.368 0.001 0.001 0.003 0.569 178 Q 0.139 0.022 0.002 0.003 0.002 0.002 0.318 0.001 0.001 0.010 0.501 179 D 0.033 0.134 0.002 0.003 0.001 0.002 0.141 0.001 0.001 0.003 0.681 180 E 0.012 0.126 0.002 0.002 0.001 0.005 0.344 0.001 0.001 0.006 0.502 181 E 0.037 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.001 0.001 0.002 0.269 182 L 0.012 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.035 183 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 184 R 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 185 Q 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 186 Y 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 187 V 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 189 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 190 F 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 191 T 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 192 R 0.016 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.014 193 G 0.109 0.765 0.010 0.002 0.001 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.057 194 I 0.128 0.620 0.121 0.004 0.004 0.005 0.010 0.044 0.001 0.001 0.064 195 M 0.079 0.400 0.122 0.023 0.013 0.023 0.035 0.042 0.001 0.002 0.261 196 A 0.114 0.204 0.038 0.036 0.023 0.040 0.057 0.032 0.001 0.003 0.454 197 D 0.152 0.124 0.025 0.044 0.032 0.039 0.062 0.019 0.001 0.005 0.498 198 G 0.109 0.032 0.018 0.024 0.015 0.024 0.057 0.006 0.001 0.005 0.711 199 G 0.061 0.012 0.018 0.049 0.010 0.017 0.298 0.002 0.001 0.010 0.523 200 A 0.170 0.008 0.021 0.044 0.014 0.020 0.137 0.002 0.001 0.016 0.568 201 A 0.090 0.013 0.012 0.040 0.048 0.038 0.121 0.002 0.001 0.006 0.630 202 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 203 A 0.006 0.001 0.001 0.024 0.017 0.084 0.025 0.001 0.001 0.001 0.844