# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.258 0.304 0.070 0.136 0.030 0.032 0.010 0.034 0.012 0.002 2 T 0.133 0.164 0.515 0.054 0.025 0.063 0.010 0.001 0.027 0.004 0.004 3 R 0.335 0.064 0.422 0.045 0.022 0.057 0.010 0.002 0.031 0.009 0.003 4 A 0.945 0.003 0.030 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.841 0.014 0.023 0.098 0.004 0.006 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 6 C 0.900 0.009 0.017 0.054 0.009 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 7 R 0.991 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.962 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.510 0.007 0.016 0.422 0.004 0.002 0.032 0.001 0.005 0.001 0.001 22 G 0.144 0.003 0.022 0.048 0.043 0.004 0.119 0.494 0.003 0.121 0.001 23 F 0.543 0.084 0.170 0.147 0.009 0.022 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 24 Y 0.473 0.102 0.130 0.218 0.016 0.017 0.031 0.002 0.010 0.001 0.001 25 G 0.250 0.039 0.124 0.059 0.126 0.032 0.100 0.209 0.004 0.056 0.001 26 V 0.593 0.183 0.113 0.050 0.034 0.016 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 27 S 0.242 0.086 0.391 0.015 0.059 0.136 0.004 0.001 0.065 0.002 0.001 28 I 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.220 0.002 0.007 0.758 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.011 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.371 0.552 0.001 0.046 0.001 37 A 0.260 0.128 0.385 0.152 0.016 0.039 0.009 0.002 0.006 0.002 0.001 38 S 0.193 0.123 0.421 0.108 0.018 0.100 0.005 0.002 0.027 0.002 0.001 39 I 0.787 0.040 0.094 0.048 0.008 0.013 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 40 S 0.789 0.060 0.049 0.037 0.031 0.009 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 41 M 0.650 0.204 0.055 0.026 0.043 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 42 I 0.675 0.238 0.050 0.009 0.005 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 43 S 0.685 0.189 0.058 0.019 0.016 0.018 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 44 Y 0.530 0.240 0.062 0.082 0.040 0.013 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 45 H 0.394 0.145 0.176 0.159 0.029 0.045 0.025 0.003 0.022 0.002 0.002 46 F 0.221 0.143 0.170 0.278 0.050 0.019 0.074 0.005 0.033 0.007 0.001 47 G 0.203 0.014 0.138 0.102 0.068 0.017 0.098 0.109 0.007 0.241 0.004 48 G 0.216 0.025 0.222 0.169 0.095 0.051 0.047 0.073 0.018 0.084 0.002 49 K 0.931 0.005 0.038 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.957 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.948 0.003 0.006 0.036 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.967 0.004 0.007 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.752 0.009 0.013 0.214 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 F 0.513 0.019 0.053 0.364 0.004 0.006 0.030 0.002 0.008 0.001 0.001 65 G 0.496 0.017 0.077 0.072 0.030 0.010 0.152 0.104 0.005 0.036 0.001 66 Q 0.509 0.089 0.187 0.125 0.016 0.042 0.017 0.003 0.011 0.002 0.001 67 L 0.746 0.049 0.108 0.073 0.005 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 68 D 0.852 0.036 0.052 0.033 0.004 0.009 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 69 D 0.863 0.023 0.027 0.060 0.011 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 70 I 0.826 0.026 0.036 0.097 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 R 0.635 0.058 0.094 0.162 0.005 0.010 0.023 0.001 0.013 0.001 0.001 72 G 0.390 0.022 0.107 0.083 0.065 0.014 0.079 0.128 0.008 0.103 0.003 73 Q 0.438 0.091 0.259 0.132 0.012 0.021 0.015 0.005 0.022 0.004 0.002 74 A 0.268 0.057 0.267 0.304 0.016 0.016 0.052 0.003 0.008 0.004 0.006 75 G 0.152 0.013 0.107 0.097 0.064 0.013 0.037 0.328 0.004 0.182 0.002 76 D 0.048 0.073 0.625 0.015 0.031 0.033 0.007 0.001 0.160 0.007 0.001 77 P 0.940 0.001 0.050 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.986 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.863 0.008 0.012 0.106 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 92 H 0.727 0.021 0.045 0.172 0.005 0.009 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 93 R 0.769 0.017 0.045 0.130 0.005 0.006 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 94 N 0.389 0.020 0.050 0.471 0.015 0.015 0.023 0.008 0.005 0.004 0.001 95 N 0.142 0.051 0.358 0.032 0.028 0.034 0.031 0.002 0.312 0.009 0.001 96 P 0.968 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.958 0.004 0.007 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.961 0.005 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.977 0.008 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.976 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.951 0.030 0.008 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 Y 0.871 0.037 0.033 0.038 0.006 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.853 0.027 0.029 0.067 0.004 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 104 S 0.867 0.027 0.018 0.058 0.012 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 105 E 0.743 0.039 0.037 0.157 0.006 0.006 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 106 L 0.500 0.081 0.106 0.221 0.020 0.019 0.036 0.003 0.012 0.001 0.001 107 T 0.324 0.110 0.108 0.381 0.016 0.015 0.028 0.003 0.011 0.001 0.001 108 N 0.035 0.111 0.432 0.022 0.056 0.044 0.060 0.003 0.220 0.014 0.001 109 P 0.512 0.004 0.409 0.039 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 110 T 0.199 0.075 0.510 0.019 0.014 0.033 0.015 0.002 0.128 0.005 0.001 111 P 0.942 0.001 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 C 0.880 0.012 0.017 0.079 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 113 F 0.933 0.005 0.010 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.974 0.007 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.973 0.007 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.882 0.012 0.029 0.066 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.832 0.031 0.043 0.078 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 118 S 0.661 0.045 0.182 0.013 0.004 0.030 0.017 0.001 0.045 0.002 0.001 119 P 0.961 0.001 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.869 0.009 0.038 0.067 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 121 I 0.979 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.948 0.002 0.009 0.029 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 136 M 0.957 0.006 0.013 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 T 0.932 0.009 0.011 0.040 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.264 0.011 0.026 0.660 0.004 0.002 0.026 0.002 0.004 0.001 0.001 139 G 0.019 0.002 0.009 0.008 0.028 0.002 0.096 0.778 0.001 0.058 0.001 140 L 0.223 0.227 0.396 0.080 0.014 0.035 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 141 F 0.110 0.285 0.405 0.088 0.017 0.069 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 142 R 0.154 0.287 0.345 0.038 0.043 0.073 0.010 0.002 0.043 0.004 0.002 143 R 0.525 0.076 0.243 0.075 0.027 0.026 0.009 0.003 0.006 0.006 0.004 144 D 0.140 0.079 0.143 0.341 0.083 0.095 0.078 0.016 0.017 0.007 0.001 145 L 0.452 0.096 0.239 0.149 0.022 0.017 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 146 H 0.172 0.084 0.494 0.032 0.025 0.070 0.018 0.001 0.093 0.009 0.001 147 A 0.977 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.988 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.919 0.004 0.006 0.059 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.848 0.011 0.013 0.101 0.008 0.004 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 161 F 0.894 0.019 0.025 0.040 0.003 0.006 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 162 F 0.880 0.023 0.027 0.044 0.006 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 163 L 0.821 0.021 0.036 0.097 0.005 0.008 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 164 S 0.836 0.016 0.032 0.085 0.009 0.006 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 165 T 0.846 0.027 0.028 0.071 0.006 0.006 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 166 L 0.822 0.056 0.043 0.051 0.006 0.009 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 167 A 0.755 0.076 0.081 0.052 0.012 0.011 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 168 T 0.611 0.109 0.087 0.137 0.014 0.019 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 169 E 0.483 0.102 0.098 0.206 0.023 0.015 0.048 0.003 0.019 0.002 0.001 170 G 0.404 0.038 0.101 0.080 0.091 0.020 0.075 0.122 0.012 0.055 0.002 171 L 0.417 0.124 0.197 0.191 0.016 0.023 0.015 0.002 0.013 0.001 0.002 172 T 0.254 0.228 0.227 0.150 0.048 0.026 0.025 0.004 0.032 0.004 0.002 173 S 0.272 0.116 0.262 0.150 0.051 0.042 0.054 0.013 0.019 0.013 0.008 174 H 0.186 0.098 0.230 0.348 0.027 0.045 0.029 0.013 0.014 0.005 0.005 175 S 0.019 0.142 0.469 0.009 0.047 0.027 0.013 0.001 0.264 0.008 0.001 176 P 0.581 0.002 0.350 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 177 D 0.422 0.059 0.141 0.287 0.018 0.021 0.024 0.017 0.009 0.002 0.001 178 Q 0.426 0.085 0.307 0.089 0.032 0.019 0.005 0.001 0.035 0.002 0.001 179 D 0.925 0.004 0.050 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 T 0.972 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 R 0.832 0.002 0.003 0.143 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 193 G 0.811 0.007 0.022 0.105 0.013 0.003 0.016 0.018 0.002 0.003 0.001 194 I 0.535 0.088 0.077 0.248 0.006 0.019 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 195 M 0.338 0.192 0.260 0.062 0.028 0.037 0.043 0.002 0.035 0.003 0.001 196 A 0.403 0.076 0.307 0.088 0.032 0.029 0.013 0.007 0.019 0.019 0.007 197 D 0.213 0.076 0.340 0.165 0.020 0.038 0.074 0.011 0.038 0.012 0.012 198 G 0.144 0.020 0.127 0.092 0.078 0.008 0.088 0.205 0.012 0.220 0.007 199 G 0.207 0.053 0.233 0.069 0.064 0.015 0.080 0.140 0.012 0.111 0.018 200 A 0.137 0.178 0.299 0.277 0.034 0.024 0.021 0.005 0.014 0.002 0.010 201 A 0.010 0.241 0.463 0.005 0.076 0.014 0.004 0.001 0.179 0.007 0.001 202 P 0.056 0.004 0.845 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 203 A 0.171 0.094 0.537 0.071 0.032 0.035 0.016 0.012 0.018 0.008 0.005