# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.331 0.130 0.015 0.214 0.014 0.029 0.053 0.022 0.048 0.057 2 T 0.033 0.477 0.312 0.016 0.087 0.005 0.005 0.021 0.009 0.014 0.020 3 R 0.038 0.108 0.028 0.008 0.072 0.008 0.018 0.509 0.173 0.027 0.012 4 A 0.001 0.006 0.005 0.002 0.002 0.005 0.011 0.779 0.173 0.013 0.002 5 D 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.892 0.064 0.022 0.002 6 C 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.922 0.043 0.012 0.002 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.001 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.008 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.054 0.005 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.813 0.161 0.017 0.001 20 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.156 0.794 0.032 0.007 0.001 21 K 0.005 0.604 0.278 0.010 0.022 0.007 0.030 0.020 0.009 0.011 0.004 22 G 0.052 0.008 0.013 0.014 0.014 0.005 0.003 0.013 0.016 0.421 0.440 23 F 0.138 0.127 0.062 0.028 0.135 0.029 0.050 0.166 0.137 0.077 0.052 24 Y 0.020 0.105 0.059 0.034 0.044 0.097 0.279 0.169 0.095 0.074 0.023 25 G 0.136 0.100 0.054 0.034 0.153 0.016 0.019 0.099 0.065 0.222 0.104 26 V 0.049 0.352 0.070 0.008 0.273 0.026 0.030 0.113 0.031 0.027 0.019 27 S 0.148 0.392 0.101 0.001 0.267 0.001 0.001 0.036 0.004 0.011 0.038 28 I 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.697 0.270 0.010 0.003 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.087 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.018 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.007 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.903 0.090 0.002 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.844 0.111 0.023 0.001 34 A 0.007 0.007 0.007 0.003 0.004 0.005 0.146 0.730 0.051 0.037 0.002 35 A 0.005 0.801 0.103 0.008 0.036 0.004 0.014 0.013 0.007 0.005 0.004 36 G 0.023 0.005 0.007 0.011 0.007 0.009 0.011 0.034 0.036 0.547 0.310 37 A 0.051 0.402 0.128 0.013 0.178 0.010 0.028 0.054 0.041 0.070 0.025 38 S 0.124 0.305 0.132 0.016 0.256 0.013 0.018 0.052 0.031 0.019 0.033 39 I 0.031 0.055 0.015 0.009 0.056 0.021 0.038 0.314 0.412 0.036 0.014 40 S 0.037 0.035 0.018 0.009 0.061 0.021 0.040 0.482 0.172 0.104 0.023 41 M 0.132 0.077 0.013 0.005 0.253 0.007 0.019 0.332 0.078 0.059 0.026 42 I 0.167 0.052 0.017 0.010 0.215 0.014 0.037 0.355 0.068 0.036 0.030 43 S 0.156 0.088 0.025 0.010 0.265 0.011 0.033 0.277 0.068 0.025 0.043 44 Y 0.127 0.087 0.027 0.012 0.246 0.010 0.046 0.265 0.096 0.048 0.037 45 H 0.210 0.068 0.027 0.017 0.163 0.014 0.092 0.212 0.060 0.076 0.061 46 F 0.064 0.127 0.058 0.031 0.109 0.039 0.102 0.175 0.076 0.150 0.070 47 G 0.011 0.046 0.062 0.224 0.024 0.104 0.079 0.144 0.073 0.205 0.030 48 G 0.036 0.196 0.432 0.102 0.075 0.008 0.005 0.058 0.027 0.044 0.018 49 K 0.004 0.010 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.556 0.381 0.027 0.003 50 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.884 0.091 0.009 0.001 51 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.036 0.005 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.002 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.002 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.055 0.002 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.950 0.019 0.002 0.001 60 Q 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.017 0.875 0.068 0.022 0.002 61 F 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 0.777 0.169 0.020 0.004 62 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.034 0.793 0.133 0.021 0.002 63 C 0.009 0.021 0.013 0.003 0.012 0.008 0.120 0.607 0.096 0.104 0.006 64 F 0.039 0.152 0.040 0.010 0.076 0.012 0.040 0.359 0.122 0.117 0.032 65 G 0.026 0.080 0.071 0.030 0.040 0.031 0.043 0.417 0.131 0.099 0.033 66 Q 0.054 0.149 0.045 0.004 0.085 0.006 0.023 0.461 0.081 0.070 0.022 67 L 0.018 0.024 0.006 0.002 0.024 0.005 0.008 0.575 0.278 0.051 0.009 68 D 0.007 0.016 0.006 0.004 0.012 0.010 0.024 0.718 0.181 0.016 0.004 69 D 0.015 0.017 0.008 0.002 0.028 0.007 0.027 0.636 0.149 0.106 0.008 70 I 0.021 0.019 0.010 0.003 0.028 0.008 0.048 0.616 0.152 0.084 0.010 71 R 0.033 0.127 0.047 0.022 0.072 0.029 0.066 0.319 0.149 0.109 0.027 72 G 0.044 0.067 0.080 0.046 0.053 0.026 0.052 0.253 0.146 0.189 0.046 73 Q 0.041 0.110 0.106 0.027 0.081 0.034 0.070 0.226 0.119 0.146 0.041 74 A 0.041 0.186 0.067 0.022 0.076 0.022 0.094 0.219 0.103 0.135 0.036 75 G 0.018 0.053 0.069 0.058 0.026 0.052 0.055 0.133 0.089 0.383 0.062 76 D 0.041 0.509 0.183 0.006 0.184 0.003 0.002 0.038 0.009 0.012 0.013 77 P 0.008 0.019 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.570 0.339 0.044 0.004 78 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.080 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.004 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.004 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.007 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.016 0.002 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.072 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.940 0.039 0.002 0.001 91 R 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.043 0.840 0.074 0.020 0.002 92 H 0.016 0.017 0.006 0.003 0.020 0.005 0.038 0.653 0.171 0.059 0.013 93 R 0.012 0.031 0.011 0.006 0.023 0.010 0.060 0.647 0.145 0.045 0.012 94 N 0.016 0.056 0.044 0.011 0.027 0.025 0.089 0.218 0.108 0.382 0.024 95 N 0.137 0.245 0.041 0.004 0.406 0.003 0.006 0.075 0.026 0.026 0.032 96 P 0.004 0.009 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.542 0.403 0.018 0.003 97 Q 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.004 0.021 0.790 0.135 0.031 0.003 98 L 0.014 0.016 0.004 0.001 0.021 0.003 0.005 0.786 0.096 0.048 0.007 99 L 0.018 0.012 0.004 0.002 0.023 0.004 0.008 0.836 0.075 0.011 0.006 100 R 0.013 0.017 0.006 0.003 0.030 0.004 0.021 0.828 0.065 0.008 0.004 101 F 0.035 0.013 0.004 0.003 0.023 0.001 0.040 0.835 0.030 0.014 0.004 102 Y 0.035 0.029 0.006 0.004 0.034 0.004 0.025 0.765 0.062 0.028 0.009 103 T 0.021 0.034 0.008 0.005 0.035 0.007 0.017 0.687 0.142 0.031 0.012 104 S 0.010 0.028 0.009 0.005 0.025 0.009 0.028 0.646 0.203 0.030 0.008 105 E 0.023 0.033 0.013 0.004 0.042 0.011 0.091 0.473 0.213 0.084 0.013 106 L 0.066 0.056 0.016 0.005 0.107 0.011 0.063 0.247 0.198 0.198 0.033 107 T 0.040 0.124 0.063 0.026 0.088 0.049 0.122 0.138 0.127 0.171 0.051 108 N 0.081 0.236 0.212 0.021 0.175 0.010 0.024 0.055 0.029 0.095 0.061 109 P 0.030 0.272 0.146 0.022 0.048 0.014 0.036 0.095 0.109 0.205 0.023 110 T 0.040 0.428 0.197 0.012 0.141 0.005 0.008 0.103 0.031 0.020 0.017 111 P 0.003 0.013 0.003 0.001 0.005 0.003 0.009 0.712 0.239 0.010 0.002 112 C 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.015 0.802 0.121 0.041 0.003 113 F 0.005 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.756 0.140 0.073 0.003 114 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.833 0.121 0.011 0.002 115 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.003 0.021 0.825 0.113 0.019 0.002 116 I 0.008 0.007 0.004 0.001 0.008 0.002 0.034 0.785 0.085 0.062 0.003 117 V 0.016 0.032 0.014 0.004 0.018 0.009 0.022 0.519 0.140 0.215 0.011 118 S 0.015 0.089 0.038 0.008 0.040 0.008 0.023 0.648 0.102 0.021 0.008 119 P 0.002 0.011 0.006 0.001 0.005 0.004 0.019 0.811 0.127 0.013 0.002 120 A 0.006 0.012 0.007 0.001 0.005 0.002 0.018 0.776 0.109 0.061 0.004 121 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.883 0.078 0.019 0.002 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.034 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.024 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.025 0.005 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.003 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.002 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 134 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.964 0.009 0.001 0.001 135 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.908 0.055 0.019 0.002 136 M 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.010 0.832 0.129 0.013 0.003 137 T 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.080 0.835 0.047 0.016 0.002 138 R 0.004 0.654 0.180 0.011 0.025 0.011 0.054 0.038 0.013 0.007 0.003 139 G 0.029 0.017 0.016 0.021 0.016 0.012 0.006 0.030 0.031 0.433 0.389 140 L 0.120 0.204 0.065 0.012 0.190 0.010 0.058 0.142 0.060 0.090 0.048 141 F 0.100 0.334 0.104 0.018 0.180 0.017 0.027 0.048 0.036 0.077 0.061 142 R 0.057 0.351 0.206 0.057 0.151 0.023 0.023 0.054 0.043 0.013 0.022 143 R 0.016 0.043 0.026 0.014 0.034 0.055 0.176 0.356 0.212 0.052 0.016 144 D 0.080 0.064 0.033 0.007 0.109 0.007 0.033 0.107 0.064 0.416 0.081 145 L 0.056 0.274 0.050 0.011 0.172 0.017 0.027 0.140 0.086 0.129 0.038 146 H 0.126 0.286 0.081 0.005 0.339 0.004 0.004 0.092 0.019 0.014 0.031 147 A 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.613 0.346 0.014 0.003 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.053 0.004 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.025 0.003 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.015 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.039 0.002 0.001 157 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.961 0.025 0.001 0.001 158 V 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.016 0.905 0.055 0.006 0.002 159 N 0.006 0.007 0.003 0.002 0.006 0.002 0.023 0.866 0.064 0.016 0.004 160 Y 0.010 0.017 0.007 0.004 0.018 0.003 0.015 0.794 0.102 0.024 0.006 161 F 0.014 0.018 0.006 0.004 0.016 0.003 0.034 0.793 0.092 0.017 0.005 162 F 0.013 0.020 0.008 0.003 0.017 0.004 0.025 0.775 0.097 0.030 0.008 163 L 0.011 0.019 0.008 0.004 0.014 0.006 0.018 0.737 0.128 0.048 0.008 164 S 0.014 0.034 0.012 0.005 0.023 0.007 0.018 0.727 0.115 0.036 0.008 165 T 0.014 0.034 0.009 0.003 0.030 0.004 0.017 0.742 0.114 0.027 0.008 166 L 0.019 0.024 0.006 0.002 0.031 0.003 0.023 0.774 0.092 0.022 0.006 167 A 0.034 0.024 0.008 0.004 0.035 0.007 0.034 0.688 0.103 0.053 0.011 168 T 0.033 0.031 0.012 0.009 0.043 0.018 0.043 0.590 0.144 0.062 0.014 169 E 0.022 0.053 0.021 0.015 0.040 0.028 0.084 0.479 0.166 0.075 0.016 170 G 0.053 0.071 0.037 0.012 0.101 0.016 0.049 0.246 0.148 0.222 0.045 171 L 0.112 0.128 0.046 0.012 0.150 0.014 0.053 0.183 0.118 0.135 0.048 172 T 0.060 0.209 0.135 0.035 0.136 0.040 0.062 0.112 0.078 0.079 0.055 173 S 0.098 0.186 0.076 0.028 0.178 0.022 0.068 0.134 0.089 0.083 0.039 174 H 0.040 0.085 0.071 0.045 0.073 0.043 0.118 0.122 0.158 0.207 0.037 175 S 0.071 0.267 0.289 0.019 0.214 0.005 0.009 0.025 0.020 0.034 0.048 176 P 0.040 0.084 0.019 0.006 0.071 0.007 0.030 0.291 0.320 0.103 0.030 177 D 0.012 0.097 0.105 0.030 0.035 0.065 0.100 0.224 0.125 0.184 0.022 178 Q 0.088 0.419 0.101 0.006 0.147 0.004 0.006 0.105 0.022 0.081 0.021 179 D 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.739 0.215 0.018 0.003 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.056 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.004 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.025 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.007 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.979 0.009 0.001 0.001 190 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.927 0.047 0.007 0.001 191 T 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.017 0.845 0.109 0.011 0.002 192 R 0.008 0.035 0.016 0.008 0.014 0.011 0.112 0.606 0.135 0.049 0.006 193 G 0.052 0.104 0.053 0.015 0.111 0.011 0.048 0.298 0.130 0.132 0.046 194 I 0.117 0.125 0.026 0.008 0.190 0.009 0.057 0.232 0.104 0.093 0.039 195 M 0.108 0.187 0.121 0.018 0.204 0.013 0.037 0.133 0.052 0.055 0.074 196 A 0.054 0.193 0.139 0.044 0.105 0.039 0.069 0.197 0.071 0.052 0.037 197 D 0.035 0.196 0.113 0.077 0.065 0.065 0.117 0.147 0.081 0.074 0.030 198 G 0.035 0.115 0.102 0.124 0.051 0.048 0.056 0.097 0.081 0.229 0.062 199 G 0.053 0.132 0.118 0.067 0.081 0.026 0.042 0.094 0.091 0.236 0.060 200 A 0.075 0.227 0.164 0.042 0.152 0.017 0.035 0.068 0.073 0.102 0.046 201 A 0.039 0.344 0.333 0.046 0.102 0.011 0.020 0.033 0.028 0.025 0.020 202 P 0.047 0.333 0.276 0.027 0.106 0.012 0.028 0.065 0.051 0.029 0.026 203 A 0.062 0.264 0.098 0.017 0.139 0.019 0.050 0.151 0.115 0.054 0.031