# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2183 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.768 0.140 0.076 0.014 0.003 0.001 0.001 2 T 0.765 0.185 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 3 R 0.789 0.156 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 4 A 0.768 0.174 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 5 D 0.561 0.331 0.085 0.020 0.003 0.001 0.001 6 C 0.173 0.271 0.297 0.162 0.090 0.007 0.001 7 R 0.076 0.201 0.258 0.336 0.107 0.022 0.001 8 S 0.357 0.346 0.217 0.060 0.018 0.002 0.001 9 R 0.033 0.172 0.372 0.296 0.112 0.015 0.001 10 L 0.004 0.008 0.018 0.064 0.303 0.547 0.055 11 M 0.006 0.034 0.126 0.357 0.303 0.158 0.016 12 E 0.119 0.359 0.361 0.107 0.036 0.015 0.003 13 V 0.006 0.048 0.191 0.393 0.265 0.088 0.009 14 A 0.003 0.010 0.018 0.061 0.254 0.509 0.145 15 T 0.016 0.106 0.220 0.321 0.224 0.099 0.014 16 E 0.077 0.293 0.321 0.201 0.077 0.026 0.004 17 L 0.012 0.055 0.152 0.280 0.298 0.181 0.022 18 F 0.008 0.013 0.023 0.069 0.231 0.462 0.195 19 A 0.032 0.098 0.155 0.265 0.264 0.156 0.029 20 Q 0.151 0.266 0.248 0.204 0.088 0.036 0.008 21 K 0.116 0.201 0.245 0.209 0.132 0.081 0.015 22 G 0.084 0.121 0.144 0.205 0.234 0.176 0.037 23 F 0.094 0.146 0.169 0.209 0.207 0.146 0.029 24 Y 0.168 0.252 0.184 0.204 0.117 0.063 0.013 25 G 0.098 0.200 0.303 0.204 0.120 0.064 0.011 26 V 0.034 0.066 0.130 0.215 0.272 0.252 0.029 27 S 0.024 0.098 0.202 0.252 0.255 0.135 0.033 28 I 0.005 0.011 0.025 0.080 0.250 0.521 0.107 29 R 0.029 0.198 0.343 0.283 0.112 0.030 0.005 30 E 0.014 0.147 0.307 0.351 0.133 0.041 0.007 31 L 0.003 0.008 0.022 0.090 0.408 0.420 0.048 32 A 0.005 0.021 0.073 0.250 0.384 0.238 0.029 33 Q 0.105 0.374 0.336 0.132 0.040 0.011 0.001 34 A 0.047 0.237 0.297 0.254 0.121 0.039 0.005 35 A 0.011 0.034 0.061 0.194 0.343 0.325 0.033 36 G 0.078 0.293 0.267 0.216 0.099 0.040 0.007 37 A 0.042 0.078 0.098 0.206 0.272 0.252 0.052 38 S 0.061 0.147 0.173 0.233 0.201 0.138 0.047 39 I 0.066 0.124 0.159 0.235 0.199 0.155 0.062 40 S 0.104 0.160 0.183 0.208 0.184 0.115 0.046 41 M 0.051 0.066 0.087 0.144 0.209 0.285 0.157 42 I 0.048 0.050 0.054 0.097 0.182 0.346 0.223 43 S 0.091 0.130 0.150 0.208 0.178 0.161 0.081 44 Y 0.094 0.129 0.160 0.190 0.186 0.167 0.074 45 H 0.058 0.071 0.114 0.173 0.224 0.266 0.093 46 F 0.070 0.084 0.135 0.198 0.248 0.219 0.047 47 G 0.179 0.271 0.244 0.167 0.084 0.047 0.009 48 G 0.115 0.199 0.233 0.195 0.158 0.082 0.018 49 K 0.038 0.074 0.123 0.240 0.256 0.221 0.048 50 E 0.077 0.220 0.261 0.267 0.118 0.050 0.007 51 G 0.072 0.214 0.280 0.249 0.138 0.043 0.005 52 L 0.008 0.017 0.036 0.101 0.300 0.428 0.111 53 Y 0.006 0.025 0.050 0.133 0.218 0.425 0.143 54 A 0.028 0.123 0.244 0.295 0.193 0.095 0.022 55 A 0.023 0.128 0.217 0.303 0.209 0.095 0.025 56 V 0.006 0.017 0.040 0.095 0.253 0.450 0.139 57 L 0.008 0.022 0.036 0.107 0.282 0.430 0.114 58 Q 0.056 0.198 0.278 0.293 0.127 0.041 0.008 59 E 0.066 0.208 0.230 0.248 0.160 0.074 0.015 60 Q 0.048 0.114 0.153 0.214 0.232 0.210 0.029 61 F 0.032 0.069 0.132 0.282 0.318 0.148 0.020 62 A 0.176 0.395 0.247 0.122 0.041 0.016 0.002 63 C 0.060 0.139 0.209 0.271 0.225 0.089 0.007 64 F 0.047 0.075 0.150 0.282 0.289 0.145 0.013 65 G 0.362 0.357 0.185 0.073 0.017 0.006 0.001 66 Q 0.208 0.322 0.268 0.133 0.057 0.011 0.001 67 L 0.048 0.063 0.114 0.271 0.323 0.173 0.008 68 D 0.209 0.292 0.281 0.153 0.050 0.013 0.001 69 D 0.330 0.422 0.158 0.067 0.018 0.004 0.001 70 I 0.124 0.162 0.216 0.276 0.177 0.043 0.001 71 R 0.242 0.250 0.235 0.184 0.072 0.017 0.001 72 G 0.575 0.256 0.110 0.047 0.011 0.002 0.001 73 Q 0.655 0.221 0.086 0.028 0.008 0.002 0.001 74 A 0.514 0.269 0.145 0.053 0.015 0.004 0.001 75 G 0.449 0.276 0.162 0.082 0.026 0.005 0.001 76 D 0.270 0.383 0.193 0.106 0.037 0.009 0.001 77 P 0.043 0.073 0.114 0.218 0.329 0.207 0.015 78 L 0.045 0.132 0.257 0.335 0.174 0.051 0.006 79 A 0.108 0.346 0.280 0.172 0.067 0.023 0.003 80 V 0.010 0.051 0.174 0.324 0.316 0.112 0.013 81 M 0.002 0.005 0.011 0.045 0.220 0.542 0.175 82 T 0.011 0.092 0.246 0.308 0.223 0.099 0.020 83 A 0.019 0.131 0.208 0.299 0.209 0.103 0.032 84 Y 0.005 0.016 0.037 0.086 0.201 0.476 0.180 85 L 0.004 0.013 0.023 0.082 0.208 0.412 0.259 86 R 0.023 0.128 0.217 0.280 0.203 0.109 0.041 87 W 0.024 0.088 0.143 0.246 0.253 0.188 0.059 88 T 0.023 0.067 0.102 0.172 0.239 0.293 0.103 89 I 0.018 0.031 0.065 0.158 0.311 0.325 0.091 90 Q 0.098 0.249 0.264 0.210 0.111 0.056 0.012 91 R 0.072 0.163 0.237 0.255 0.172 0.089 0.012 92 H 0.057 0.070 0.104 0.207 0.312 0.222 0.028 93 R 0.185 0.261 0.236 0.195 0.087 0.032 0.004 94 N 0.386 0.332 0.160 0.078 0.031 0.011 0.002 95 N 0.191 0.215 0.210 0.201 0.119 0.056 0.008 96 P 0.211 0.230 0.210 0.202 0.093 0.046 0.008 97 Q 0.196 0.254 0.246 0.158 0.093 0.043 0.009 98 L 0.044 0.076 0.122 0.195 0.242 0.242 0.080 99 L 0.017 0.033 0.053 0.111 0.217 0.390 0.179 100 R 0.034 0.076 0.121 0.202 0.229 0.217 0.120 101 F 0.023 0.039 0.061 0.111 0.189 0.313 0.263 102 Y 0.013 0.019 0.030 0.059 0.137 0.377 0.365 103 T 0.024 0.034 0.052 0.113 0.207 0.321 0.249 104 S 0.071 0.130 0.156 0.208 0.191 0.162 0.082 105 E 0.079 0.129 0.178 0.207 0.194 0.166 0.048 106 L 0.070 0.084 0.120 0.206 0.260 0.223 0.037 107 T 0.223 0.249 0.208 0.176 0.095 0.043 0.006 108 N 0.336 0.279 0.188 0.114 0.057 0.024 0.003 109 P 0.254 0.197 0.178 0.183 0.119 0.060 0.008 110 T 0.367 0.250 0.196 0.126 0.043 0.016 0.002 111 P 0.467 0.301 0.152 0.055 0.018 0.007 0.001 112 C 0.094 0.155 0.252 0.258 0.175 0.060 0.005 113 F 0.046 0.061 0.091 0.191 0.322 0.257 0.032 114 A 0.104 0.211 0.290 0.244 0.113 0.035 0.004 115 A 0.207 0.364 0.230 0.130 0.048 0.017 0.002 116 I 0.047 0.107 0.213 0.289 0.237 0.098 0.009 117 V 0.040 0.050 0.085 0.191 0.343 0.254 0.036 118 S 0.152 0.300 0.266 0.193 0.068 0.019 0.002 119 P 0.312 0.353 0.201 0.087 0.034 0.012 0.001 120 A 0.080 0.142 0.201 0.249 0.208 0.107 0.012 121 I 0.073 0.119 0.182 0.266 0.222 0.121 0.018 122 A 0.235 0.330 0.233 0.137 0.049 0.015 0.002 123 S 0.116 0.257 0.310 0.191 0.093 0.030 0.003 124 V 0.018 0.031 0.049 0.128 0.312 0.403 0.060 125 I 0.019 0.067 0.201 0.315 0.269 0.113 0.017 126 R 0.117 0.411 0.289 0.122 0.040 0.017 0.003 127 L 0.007 0.045 0.184 0.351 0.296 0.106 0.010 128 L 0.002 0.005 0.011 0.046 0.246 0.564 0.127 129 A 0.010 0.106 0.324 0.334 0.174 0.046 0.005 130 E 0.049 0.315 0.355 0.193 0.068 0.019 0.003 131 S 0.004 0.021 0.079 0.222 0.386 0.264 0.025 132 I 0.002 0.007 0.021 0.095 0.354 0.457 0.064 133 E 0.054 0.319 0.379 0.185 0.051 0.011 0.001 134 A 0.065 0.344 0.308 0.200 0.067 0.014 0.001 135 G 0.017 0.047 0.108 0.282 0.374 0.166 0.006 136 M 0.057 0.197 0.245 0.310 0.145 0.042 0.003 137 T 0.339 0.409 0.164 0.062 0.022 0.004 0.001 138 R 0.232 0.357 0.209 0.150 0.043 0.008 0.001 139 G 0.194 0.356 0.217 0.152 0.061 0.019 0.001 140 L 0.069 0.177 0.288 0.273 0.154 0.037 0.002 141 F 0.026 0.035 0.077 0.214 0.416 0.219 0.013 142 R 0.076 0.236 0.300 0.256 0.104 0.026 0.002 143 R 0.279 0.339 0.208 0.111 0.046 0.015 0.002 144 D 0.220 0.317 0.236 0.145 0.057 0.023 0.003 145 L 0.036 0.070 0.116 0.279 0.319 0.162 0.019 146 H 0.104 0.267 0.284 0.190 0.095 0.049 0.011 147 A 0.026 0.054 0.088 0.174 0.276 0.297 0.084 148 V 0.035 0.119 0.158 0.260 0.233 0.150 0.047 149 N 0.017 0.047 0.079 0.156 0.253 0.273 0.176 150 S 0.005 0.008 0.015 0.030 0.080 0.328 0.534 151 A 0.003 0.009 0.019 0.057 0.133 0.329 0.451 152 L 0.003 0.010 0.019 0.059 0.150 0.288 0.471 153 A 0.001 0.002 0.005 0.014 0.049 0.229 0.699 154 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.181 0.801 155 A 0.001 0.003 0.005 0.019 0.060 0.213 0.699 156 G 0.001 0.003 0.005 0.014 0.044 0.194 0.740 157 M 0.001 0.002 0.005 0.013 0.041 0.198 0.740 158 V 0.002 0.004 0.006 0.018 0.055 0.243 0.672 159 N 0.012 0.029 0.043 0.099 0.166 0.238 0.413 160 Y 0.019 0.027 0.037 0.072 0.139 0.299 0.407 161 F 0.030 0.047 0.059 0.110 0.177 0.278 0.298 162 F 0.039 0.058 0.071 0.121 0.187 0.273 0.252 163 L 0.050 0.067 0.074 0.120 0.174 0.256 0.259 164 S 0.060 0.079 0.092 0.145 0.185 0.233 0.205 165 T 0.088 0.129 0.146 0.178 0.172 0.168 0.120 166 L 0.041 0.055 0.096 0.153 0.208 0.272 0.175 167 A 0.026 0.028 0.038 0.070 0.151 0.373 0.314 168 T 0.041 0.068 0.107 0.173 0.232 0.233 0.147 169 E 0.083 0.158 0.171 0.208 0.169 0.139 0.072 170 G 0.054 0.088 0.153 0.216 0.234 0.201 0.055 171 L 0.052 0.059 0.095 0.171 0.288 0.280 0.055 172 T 0.132 0.224 0.240 0.211 0.130 0.054 0.007 173 S 0.303 0.296 0.195 0.125 0.058 0.021 0.002 174 H 0.295 0.263 0.196 0.160 0.066 0.018 0.001 175 S 0.485 0.299 0.131 0.062 0.018 0.005 0.001 176 P 0.557 0.267 0.114 0.045 0.014 0.002 0.001 177 D 0.513 0.286 0.113 0.070 0.015 0.002 0.001 178 Q 0.572 0.277 0.105 0.035 0.010 0.002 0.001 179 D 0.267 0.275 0.229 0.162 0.058 0.009 0.001 180 E 0.513 0.305 0.120 0.051 0.009 0.001 0.001 181 E 0.196 0.370 0.264 0.117 0.044 0.008 0.001 182 L 0.021 0.052 0.132 0.283 0.356 0.149 0.007 183 I 0.013 0.058 0.168 0.316 0.303 0.129 0.012 184 R 0.121 0.365 0.305 0.143 0.050 0.015 0.002 185 Q 0.015 0.093 0.214 0.307 0.278 0.082 0.012 186 Y 0.003 0.007 0.016 0.050 0.190 0.522 0.212 187 V 0.005 0.028 0.079 0.186 0.291 0.318 0.094 188 A 0.019 0.117 0.218 0.291 0.205 0.109 0.040 189 I 0.003 0.013 0.030 0.078 0.208 0.424 0.245 190 F 0.002 0.004 0.008 0.022 0.074 0.378 0.512 191 T 0.007 0.027 0.056 0.150 0.254 0.301 0.206 192 R 0.024 0.098 0.168 0.250 0.214 0.155 0.091 193 G 0.015 0.040 0.094 0.160 0.261 0.323 0.108 194 I 0.015 0.023 0.047 0.110 0.275 0.414 0.116 195 M 0.066 0.155 0.223 0.246 0.207 0.092 0.012 196 A 0.190 0.252 0.219 0.196 0.102 0.037 0.005 197 D 0.405 0.279 0.173 0.093 0.036 0.012 0.002 198 G 0.541 0.246 0.109 0.069 0.026 0.007 0.001 199 G 0.579 0.245 0.101 0.053 0.018 0.004 0.001 200 A 0.669 0.194 0.089 0.033 0.011 0.003 0.001 201 A 0.499 0.242 0.133 0.088 0.031 0.007 0.001 202 P 0.570 0.243 0.107 0.051 0.023 0.006 0.001 203 A 0.469 0.245 0.135 0.097 0.042 0.011 0.001