# TARGET T0454 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.004 0.004 0.088 0.118 0.782 2 T 0.004 0.008 0.017 0.429 0.122 0.420 3 R 0.002 0.002 0.035 0.716 0.114 0.132 4 A 0.001 0.001 0.025 0.738 0.106 0.129 5 D 0.001 0.001 0.015 0.755 0.091 0.138 6 C 0.001 0.004 0.011 0.792 0.057 0.136 7 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.007 8 S 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.005 9 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 10 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 11 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.002 20 Q 0.001 0.001 0.005 0.973 0.015 0.007 21 K 0.001 0.001 0.005 0.891 0.038 0.065 22 G 0.002 0.004 0.005 0.058 0.211 0.720 23 F 0.011 0.009 0.023 0.015 0.478 0.464 24 Y 0.052 0.008 0.091 0.021 0.587 0.241 25 G 0.245 0.021 0.105 0.015 0.446 0.168 26 V 0.516 0.052 0.019 0.008 0.141 0.264 27 S 0.330 0.063 0.004 0.015 0.058 0.531 28 I 0.003 0.001 0.018 0.950 0.020 0.009 29 R 0.001 0.001 0.007 0.981 0.011 0.001 30 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.011 0.001 31 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 32 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 33 Q 0.001 0.001 0.011 0.964 0.021 0.003 34 A 0.001 0.001 0.018 0.939 0.028 0.013 35 A 0.001 0.001 0.011 0.845 0.041 0.100 36 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.933 37 A 0.010 0.011 0.001 0.008 0.073 0.898 38 S 0.064 0.035 0.002 0.016 0.178 0.705 39 I 0.015 0.002 0.021 0.775 0.116 0.070 40 S 0.007 0.001 0.018 0.893 0.069 0.013 41 M 0.008 0.002 0.016 0.931 0.039 0.005 42 I 0.005 0.001 0.005 0.983 0.005 0.001 43 S 0.007 0.001 0.012 0.969 0.010 0.002 44 Y 0.007 0.001 0.020 0.948 0.019 0.005 45 H 0.009 0.002 0.013 0.877 0.047 0.053 46 F 0.006 0.010 0.007 0.277 0.214 0.486 47 G 0.001 0.006 0.004 0.081 0.199 0.710 48 G 0.001 0.005 0.003 0.065 0.145 0.781 49 K 0.001 0.001 0.015 0.961 0.019 0.004 50 E 0.001 0.001 0.008 0.972 0.016 0.004 51 G 0.001 0.001 0.012 0.975 0.011 0.002 52 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 54 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 55 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 56 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 57 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.007 0.007 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.965 0.015 0.019 59 E 0.001 0.001 0.002 0.959 0.017 0.021 60 Q 0.001 0.001 0.003 0.951 0.017 0.029 61 F 0.001 0.001 0.007 0.880 0.046 0.066 62 A 0.001 0.001 0.007 0.888 0.050 0.055 63 C 0.001 0.001 0.009 0.877 0.051 0.062 64 F 0.001 0.001 0.005 0.920 0.031 0.042 65 G 0.002 0.001 0.009 0.906 0.039 0.044 66 Q 0.001 0.001 0.008 0.914 0.037 0.039 67 L 0.001 0.001 0.008 0.935 0.025 0.031 68 D 0.001 0.001 0.012 0.918 0.034 0.034 69 D 0.001 0.001 0.032 0.883 0.054 0.029 70 I 0.001 0.001 0.040 0.850 0.068 0.041 71 R 0.001 0.001 0.052 0.767 0.105 0.074 72 G 0.001 0.003 0.113 0.593 0.200 0.090 73 Q 0.002 0.001 0.102 0.334 0.339 0.221 74 A 0.002 0.002 0.036 0.122 0.335 0.504 75 G 0.002 0.003 0.014 0.066 0.253 0.662 76 D 0.003 0.006 0.006 0.047 0.116 0.821 77 P 0.001 0.001 0.024 0.915 0.034 0.026 78 L 0.001 0.001 0.015 0.960 0.018 0.006 79 A 0.001 0.001 0.013 0.962 0.018 0.007 80 V 0.001 0.001 0.009 0.980 0.008 0.003 81 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 82 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 83 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 84 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 85 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.006 86 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 87 W 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.007 88 T 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.006 89 I 0.001 0.001 0.006 0.976 0.009 0.008 90 Q 0.001 0.001 0.012 0.951 0.024 0.012 91 R 0.001 0.001 0.022 0.921 0.034 0.022 92 H 0.002 0.001 0.030 0.832 0.083 0.052 93 R 0.002 0.002 0.033 0.767 0.130 0.067 94 N 0.002 0.001 0.023 0.564 0.220 0.190 95 N 0.002 0.002 0.013 0.199 0.332 0.451 96 P 0.004 0.002 0.028 0.467 0.261 0.239 97 Q 0.008 0.004 0.028 0.665 0.161 0.134 98 L 0.011 0.003 0.038 0.852 0.057 0.039 99 L 0.028 0.003 0.028 0.894 0.023 0.024 100 R 0.037 0.001 0.022 0.910 0.014 0.017 101 F 0.029 0.001 0.019 0.930 0.010 0.011 102 Y 0.024 0.001 0.013 0.941 0.009 0.012 103 T 0.024 0.001 0.012 0.934 0.013 0.016 104 S 0.022 0.001 0.016 0.923 0.020 0.018 105 E 0.014 0.002 0.024 0.877 0.045 0.038 106 L 0.010 0.002 0.028 0.791 0.085 0.083 107 T 0.011 0.004 0.048 0.602 0.189 0.147 108 N 0.007 0.005 0.043 0.375 0.280 0.291 109 P 0.003 0.003 0.026 0.228 0.247 0.493 110 T 0.002 0.002 0.023 0.237 0.223 0.514 111 P 0.001 0.001 0.045 0.734 0.133 0.085 112 C 0.001 0.001 0.044 0.813 0.098 0.042 113 F 0.002 0.001 0.029 0.853 0.076 0.039 114 A 0.003 0.001 0.015 0.886 0.052 0.043 115 A 0.002 0.001 0.013 0.911 0.042 0.031 116 I 0.001 0.002 0.014 0.932 0.028 0.023 117 V 0.002 0.001 0.012 0.910 0.036 0.040 118 S 0.002 0.001 0.008 0.928 0.033 0.029 119 P 0.001 0.001 0.006 0.926 0.031 0.036 120 A 0.001 0.001 0.006 0.894 0.033 0.065 121 I 0.002 0.001 0.007 0.909 0.029 0.053 122 A 0.001 0.001 0.006 0.922 0.031 0.040 123 S 0.001 0.001 0.007 0.929 0.024 0.039 124 V 0.001 0.001 0.007 0.943 0.017 0.031 125 I 0.001 0.001 0.005 0.964 0.011 0.018 126 R 0.001 0.001 0.004 0.973 0.009 0.012 127 L 0.001 0.001 0.005 0.977 0.007 0.011 128 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.005 0.010 129 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 130 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 131 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 132 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 133 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.006 134 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.013 0.009 135 G 0.001 0.001 0.005 0.944 0.028 0.021 136 M 0.002 0.001 0.019 0.914 0.038 0.026 137 T 0.003 0.001 0.025 0.896 0.045 0.031 138 R 0.003 0.001 0.023 0.808 0.065 0.100 139 G 0.009 0.002 0.007 0.066 0.151 0.765 140 L 0.070 0.020 0.007 0.038 0.165 0.700 141 F 0.117 0.060 0.012 0.047 0.199 0.566 142 R 0.054 0.039 0.063 0.031 0.672 0.142 143 R 0.034 0.004 0.091 0.026 0.712 0.134 144 D 0.014 0.005 0.056 0.019 0.756 0.150 145 L 0.017 0.066 0.017 0.021 0.595 0.284 146 H 0.006 0.013 0.003 0.020 0.124 0.835 147 A 0.001 0.001 0.032 0.903 0.038 0.026 148 V 0.001 0.001 0.019 0.943 0.029 0.009 149 N 0.001 0.001 0.017 0.966 0.012 0.004 150 S 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 153 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 157 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 158 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 159 N 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 160 Y 0.001 0.001 0.004 0.979 0.007 0.010 161 F 0.001 0.001 0.006 0.978 0.008 0.007 162 F 0.001 0.001 0.008 0.968 0.013 0.009 163 L 0.002 0.001 0.010 0.958 0.017 0.012 164 S 0.003 0.001 0.013 0.935 0.025 0.023 165 T 0.005 0.002 0.022 0.875 0.048 0.048 166 L 0.010 0.004 0.035 0.775 0.098 0.077 167 A 0.012 0.006 0.042 0.661 0.147 0.131 168 T 0.012 0.006 0.035 0.350 0.299 0.297 169 E 0.010 0.006 0.046 0.157 0.406 0.376 170 G 0.010 0.007 0.040 0.102 0.433 0.408 171 L 0.014 0.013 0.043 0.104 0.401 0.423 172 T 0.015 0.012 0.026 0.117 0.322 0.507 173 S 0.013 0.009 0.025 0.130 0.271 0.553 174 H 0.008 0.006 0.063 0.320 0.288 0.315 175 S 0.006 0.004 0.047 0.395 0.230 0.317 176 P 0.005 0.002 0.049 0.626 0.177 0.140 177 D 0.004 0.004 0.024 0.705 0.116 0.146 178 Q 0.003 0.003 0.014 0.807 0.062 0.112 179 D 0.001 0.001 0.008 0.924 0.024 0.043 180 E 0.001 0.001 0.005 0.938 0.021 0.033 181 E 0.001 0.001 0.006 0.969 0.011 0.013 182 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.005 0.009 183 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 184 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 185 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 186 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 187 V 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 188 A 0.001 0.001 0.007 0.976 0.009 0.007 189 I 0.002 0.001 0.009 0.968 0.012 0.010 190 F 0.007 0.004 0.011 0.920 0.028 0.031 191 T 0.008 0.003 0.024 0.857 0.053 0.056 192 R 0.015 0.003 0.034 0.513 0.166 0.269 193 G 0.032 0.009 0.047 0.206 0.286 0.420 194 I 0.063 0.079 0.043 0.111 0.280 0.425 195 M 0.063 0.028 0.029 0.064 0.293 0.523 196 A 0.044 0.020 0.035 0.033 0.317 0.551 197 D 0.018 0.018 0.028 0.030 0.406 0.499 198 G 0.017 0.012 0.077 0.059 0.531 0.303 199 G 0.010 0.008 0.065 0.059 0.608 0.250 200 A 0.011 0.017 0.093 0.082 0.575 0.223 201 A 0.016 0.019 0.056 0.085 0.347 0.477 202 P 0.011 0.010 0.050 0.079 0.263 0.587 203 A 0.005 0.017 0.037 0.095 0.193 0.654