# TARGET T0454 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.027 0.020 0.034 0.041 0.068 0.184 0.221 0.180 0.133 0.060 2 T 0.177 0.590 0.069 0.086 0.036 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 3 R 0.122 0.122 0.119 0.189 0.164 0.152 0.080 0.030 0.014 0.006 0.002 4 A 0.843 0.082 0.028 0.024 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.111 0.136 0.303 0.353 0.076 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.033 0.029 0.091 0.049 0.042 0.104 0.254 0.195 0.115 0.065 0.023 7 R 0.001 0.003 0.259 0.088 0.126 0.234 0.213 0.054 0.015 0.005 0.001 8 S 0.002 0.015 0.871 0.077 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.007 0.117 0.317 0.285 0.187 0.066 0.015 0.003 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.044 0.002 0.002 0.006 0.064 0.115 0.277 0.292 0.197 11 M 0.001 0.001 0.156 0.079 0.139 0.218 0.308 0.070 0.020 0.006 0.002 12 E 0.001 0.011 0.872 0.087 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.004 0.059 0.036 0.082 0.196 0.421 0.129 0.050 0.018 0.006 14 A 0.001 0.001 0.020 0.002 0.002 0.004 0.058 0.110 0.289 0.304 0.211 15 T 0.001 0.001 0.096 0.098 0.202 0.252 0.252 0.066 0.021 0.009 0.003 16 E 0.002 0.017 0.597 0.247 0.094 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.010 0.008 0.018 0.064 0.302 0.224 0.204 0.117 0.049 18 F 0.001 0.002 0.020 0.012 0.010 0.015 0.079 0.144 0.229 0.256 0.231 19 A 0.003 0.015 0.342 0.139 0.176 0.125 0.119 0.045 0.020 0.010 0.005 20 Q 0.016 0.050 0.388 0.247 0.152 0.088 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 21 K 0.047 0.055 0.045 0.069 0.103 0.146 0.254 0.130 0.089 0.044 0.017 22 G 0.260 0.117 0.068 0.103 0.068 0.065 0.088 0.068 0.070 0.053 0.041 23 F 0.039 0.059 0.051 0.074 0.107 0.111 0.168 0.117 0.114 0.089 0.071 24 Y 0.061 0.171 0.085 0.168 0.119 0.108 0.123 0.073 0.047 0.029 0.016 25 G 0.168 0.081 0.041 0.099 0.126 0.151 0.156 0.069 0.055 0.032 0.022 26 V 0.120 0.035 0.033 0.046 0.040 0.050 0.112 0.115 0.155 0.149 0.146 27 S 0.003 0.048 0.033 0.120 0.134 0.144 0.160 0.128 0.109 0.073 0.050 28 I 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.017 0.069 0.119 0.208 0.253 0.316 29 R 0.048 0.029 0.086 0.211 0.272 0.202 0.108 0.027 0.011 0.004 0.002 30 E 0.009 0.034 0.140 0.316 0.233 0.132 0.096 0.023 0.010 0.004 0.003 31 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.005 0.027 0.067 0.179 0.281 0.429 32 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.032 0.176 0.192 0.243 0.185 0.157 33 Q 0.024 0.021 0.687 0.204 0.049 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.004 0.018 0.024 0.079 0.232 0.451 0.121 0.046 0.017 0.008 35 A 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.052 0.148 0.271 0.500 36 G 0.544 0.221 0.050 0.069 0.044 0.035 0.022 0.006 0.004 0.003 0.003 37 A 0.012 0.020 0.050 0.055 0.048 0.059 0.117 0.145 0.192 0.164 0.138 38 S 0.051 0.115 0.040 0.086 0.115 0.131 0.193 0.104 0.071 0.050 0.043 39 I 0.057 0.063 0.043 0.112 0.102 0.131 0.178 0.087 0.086 0.067 0.074 40 S 0.056 0.031 0.031 0.056 0.074 0.112 0.178 0.119 0.128 0.113 0.103 41 M 0.010 0.013 0.015 0.046 0.047 0.068 0.140 0.157 0.190 0.172 0.143 42 I 0.003 0.004 0.007 0.011 0.010 0.014 0.055 0.113 0.211 0.275 0.297 43 S 0.005 0.010 0.028 0.068 0.085 0.120 0.184 0.154 0.150 0.112 0.083 44 Y 0.010 0.022 0.068 0.094 0.122 0.137 0.198 0.136 0.113 0.065 0.034 45 H 0.009 0.015 0.019 0.052 0.062 0.083 0.206 0.190 0.184 0.122 0.058 46 F 0.030 0.017 0.012 0.033 0.035 0.056 0.158 0.154 0.212 0.176 0.116 47 G 0.179 0.145 0.081 0.162 0.134 0.092 0.094 0.054 0.036 0.017 0.007 48 G 0.040 0.186 0.041 0.116 0.097 0.112 0.131 0.106 0.082 0.059 0.031 49 K 0.016 0.037 0.023 0.075 0.126 0.188 0.216 0.142 0.097 0.054 0.026 50 E 0.353 0.190 0.067 0.147 0.107 0.069 0.045 0.013 0.007 0.002 0.001 51 G 0.105 0.131 0.117 0.339 0.167 0.076 0.046 0.013 0.004 0.001 0.001 52 L 0.004 0.004 0.016 0.014 0.012 0.018 0.068 0.134 0.231 0.264 0.235 53 Y 0.001 0.001 0.007 0.009 0.018 0.054 0.241 0.227 0.198 0.151 0.093 54 A 0.001 0.006 0.339 0.265 0.185 0.122 0.057 0.015 0.007 0.003 0.001 55 A 0.001 0.007 0.068 0.088 0.139 0.257 0.301 0.088 0.031 0.015 0.005 56 V 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.007 0.056 0.132 0.267 0.301 0.222 57 L 0.001 0.001 0.011 0.006 0.011 0.029 0.177 0.182 0.212 0.217 0.153 58 Q 0.001 0.007 0.488 0.220 0.171 0.072 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 59 E 0.016 0.034 0.384 0.133 0.129 0.136 0.123 0.028 0.011 0.004 0.002 60 Q 0.002 0.003 0.018 0.015 0.016 0.040 0.191 0.202 0.261 0.177 0.075 61 F 0.002 0.003 0.029 0.022 0.030 0.073 0.234 0.198 0.180 0.144 0.084 62 A 0.019 0.040 0.696 0.138 0.063 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 63 C 0.015 0.043 0.184 0.122 0.143 0.179 0.176 0.067 0.042 0.022 0.008 64 F 0.010 0.011 0.022 0.020 0.021 0.034 0.115 0.145 0.234 0.228 0.160 65 G 0.066 0.045 0.120 0.098 0.105 0.142 0.189 0.092 0.073 0.044 0.025 66 Q 0.048 0.078 0.413 0.175 0.111 0.071 0.051 0.022 0.016 0.010 0.005 67 L 0.029 0.033 0.069 0.061 0.067 0.105 0.185 0.132 0.141 0.111 0.068 68 D 0.123 0.064 0.113 0.095 0.076 0.092 0.136 0.097 0.097 0.068 0.039 69 D 0.119 0.118 0.237 0.163 0.119 0.086 0.076 0.034 0.024 0.014 0.009 70 I 0.063 0.056 0.113 0.093 0.085 0.109 0.157 0.105 0.096 0.074 0.049 71 R 0.096 0.078 0.075 0.111 0.108 0.104 0.165 0.100 0.083 0.053 0.029 72 G 0.217 0.103 0.107 0.105 0.092 0.082 0.104 0.064 0.058 0.041 0.028 73 Q 0.217 0.203 0.097 0.148 0.113 0.078 0.070 0.032 0.023 0.014 0.006 74 A 0.585 0.107 0.041 0.075 0.049 0.041 0.041 0.022 0.019 0.012 0.007 75 G 0.420 0.095 0.032 0.085 0.079 0.072 0.084 0.053 0.041 0.025 0.014 76 D 0.111 0.353 0.064 0.150 0.107 0.067 0.059 0.038 0.028 0.016 0.007 77 P 0.027 0.072 0.018 0.077 0.102 0.147 0.170 0.139 0.120 0.081 0.047 78 L 0.047 0.033 0.019 0.094 0.185 0.219 0.210 0.092 0.061 0.026 0.013 79 A 0.230 0.139 0.157 0.228 0.114 0.058 0.042 0.017 0.010 0.003 0.002 80 V 0.001 0.008 0.018 0.103 0.121 0.148 0.225 0.175 0.115 0.057 0.027 81 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.052 0.131 0.233 0.285 0.283 82 T 0.001 0.004 0.086 0.176 0.231 0.247 0.168 0.048 0.025 0.011 0.004 83 A 0.001 0.011 0.202 0.183 0.165 0.167 0.173 0.056 0.026 0.012 0.005 84 Y 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.079 0.142 0.235 0.285 0.241 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.063 0.149 0.255 0.313 0.211 86 R 0.001 0.004 0.162 0.234 0.264 0.191 0.081 0.031 0.018 0.009 0.004 87 W 0.001 0.004 0.046 0.039 0.077 0.195 0.372 0.133 0.079 0.039 0.015 88 T 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.011 0.077 0.160 0.287 0.280 0.169 89 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.025 0.128 0.168 0.224 0.245 0.190 90 Q 0.005 0.017 0.374 0.233 0.176 0.097 0.056 0.022 0.012 0.005 0.002 91 R 0.004 0.016 0.072 0.068 0.107 0.194 0.300 0.118 0.074 0.034 0.013 92 H 0.006 0.006 0.009 0.018 0.019 0.038 0.144 0.181 0.235 0.214 0.131 93 R 0.041 0.041 0.039 0.095 0.111 0.151 0.222 0.132 0.088 0.052 0.028 94 N 0.156 0.192 0.248 0.168 0.101 0.058 0.037 0.018 0.011 0.006 0.003 95 N 0.043 0.103 0.030 0.106 0.118 0.135 0.188 0.116 0.082 0.056 0.023 96 P 0.211 0.102 0.030 0.105 0.127 0.121 0.123 0.070 0.058 0.034 0.019 97 Q 0.170 0.121 0.064 0.154 0.139 0.126 0.115 0.052 0.035 0.017 0.009 98 L 0.009 0.015 0.016 0.063 0.078 0.115 0.200 0.171 0.162 0.109 0.064 99 L 0.007 0.005 0.010 0.015 0.016 0.028 0.095 0.155 0.246 0.246 0.178 100 R 0.007 0.014 0.072 0.140 0.148 0.170 0.177 0.112 0.086 0.050 0.024 101 F 0.004 0.013 0.108 0.072 0.065 0.085 0.148 0.138 0.154 0.126 0.088 102 Y 0.002 0.002 0.011 0.019 0.024 0.045 0.137 0.165 0.223 0.216 0.156 103 T 0.004 0.006 0.029 0.031 0.035 0.060 0.164 0.174 0.216 0.171 0.109 104 S 0.009 0.018 0.126 0.107 0.116 0.144 0.169 0.113 0.100 0.062 0.035 105 E 0.016 0.025 0.057 0.063 0.077 0.126 0.241 0.154 0.130 0.075 0.036 106 L 0.021 0.020 0.034 0.042 0.040 0.059 0.140 0.146 0.197 0.187 0.115 107 T 0.069 0.060 0.053 0.092 0.091 0.104 0.157 0.121 0.118 0.083 0.051 108 N 0.198 0.145 0.077 0.130 0.108 0.097 0.098 0.063 0.044 0.027 0.012 109 P 0.269 0.179 0.062 0.109 0.092 0.083 0.078 0.049 0.037 0.027 0.014 110 T 0.149 0.165 0.036 0.105 0.101 0.094 0.118 0.081 0.073 0.052 0.027 111 P 0.544 0.128 0.051 0.099 0.065 0.039 0.029 0.016 0.014 0.008 0.005 112 C 0.101 0.092 0.044 0.112 0.107 0.109 0.151 0.095 0.087 0.058 0.042 113 F 0.017 0.017 0.021 0.043 0.048 0.086 0.180 0.182 0.191 0.135 0.080 114 A 0.039 0.035 0.084 0.189 0.179 0.165 0.150 0.076 0.049 0.024 0.010 115 A 0.050 0.075 0.475 0.171 0.089 0.058 0.041 0.019 0.012 0.006 0.003 116 I 0.012 0.018 0.057 0.066 0.081 0.123 0.208 0.152 0.132 0.095 0.055 117 V 0.007 0.011 0.020 0.025 0.030 0.056 0.147 0.159 0.200 0.200 0.146 118 S 0.044 0.107 0.275 0.201 0.155 0.104 0.069 0.023 0.014 0.006 0.002 119 P 0.354 0.122 0.243 0.129 0.068 0.038 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 120 A 0.026 0.041 0.032 0.061 0.072 0.114 0.220 0.141 0.134 0.098 0.061 121 I 0.007 0.011 0.025 0.037 0.049 0.114 0.248 0.186 0.164 0.101 0.058 122 A 0.066 0.078 0.330 0.222 0.147 0.090 0.046 0.012 0.006 0.002 0.001 123 S 0.046 0.079 0.358 0.230 0.125 0.080 0.054 0.017 0.007 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.008 0.007 0.009 0.024 0.111 0.150 0.246 0.253 0.191 125 I 0.001 0.001 0.030 0.022 0.040 0.107 0.336 0.190 0.143 0.084 0.047 126 R 0.003 0.017 0.648 0.218 0.078 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 127 L 0.001 0.003 0.033 0.040 0.087 0.198 0.346 0.160 0.081 0.037 0.014 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.076 0.238 0.331 0.324 129 A 0.001 0.001 0.036 0.050 0.138 0.301 0.352 0.078 0.029 0.010 0.004 130 E 0.002 0.016 0.493 0.294 0.132 0.045 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.030 0.203 0.225 0.243 0.183 0.104 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.042 0.101 0.235 0.301 0.312 133 E 0.002 0.008 0.366 0.235 0.225 0.101 0.047 0.011 0.004 0.001 0.001 134 A 0.003 0.027 0.261 0.233 0.196 0.173 0.083 0.016 0.005 0.002 0.001 135 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.091 0.159 0.267 0.275 0.186 136 M 0.002 0.003 0.005 0.024 0.046 0.113 0.270 0.223 0.147 0.103 0.064 137 T 0.017 0.074 0.647 0.127 0.068 0.033 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 138 R 0.049 0.061 0.063 0.155 0.163 0.196 0.190 0.066 0.032 0.018 0.007 139 G 0.644 0.098 0.025 0.040 0.028 0.027 0.040 0.030 0.030 0.023 0.017 140 L 0.080 0.141 0.066 0.166 0.143 0.124 0.122 0.059 0.046 0.030 0.023 141 F 0.015 0.015 0.012 0.024 0.032 0.050 0.115 0.133 0.188 0.200 0.215 142 R 0.073 0.124 0.073 0.203 0.189 0.132 0.113 0.047 0.026 0.012 0.007 143 R 0.223 0.115 0.128 0.152 0.117 0.091 0.080 0.040 0.027 0.016 0.009 144 D 0.170 0.122 0.058 0.169 0.134 0.112 0.101 0.050 0.039 0.026 0.017 145 L 0.020 0.018 0.010 0.039 0.061 0.094 0.163 0.170 0.189 0.147 0.089 146 H 0.036 0.137 0.047 0.104 0.111 0.118 0.154 0.098 0.090 0.061 0.043 147 A 0.015 0.013 0.013 0.039 0.062 0.103 0.205 0.156 0.168 0.125 0.102 148 V 0.069 0.030 0.018 0.086 0.142 0.176 0.206 0.102 0.093 0.051 0.028 149 N 0.006 0.020 0.037 0.135 0.144 0.161 0.210 0.121 0.093 0.046 0.027 150 S 0.001 0.002 0.013 0.013 0.016 0.026 0.092 0.132 0.220 0.235 0.250 151 A 0.002 0.001 0.014 0.015 0.021 0.045 0.184 0.170 0.208 0.203 0.140 152 L 0.001 0.003 0.117 0.102 0.122 0.151 0.225 0.114 0.088 0.053 0.024 153 A 0.001 0.001 0.018 0.008 0.012 0.028 0.153 0.149 0.189 0.218 0.226 154 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.039 0.096 0.228 0.342 0.285 155 A 0.001 0.002 0.074 0.023 0.022 0.040 0.151 0.148 0.202 0.200 0.137 156 G 0.001 0.002 0.067 0.021 0.031 0.069 0.225 0.168 0.166 0.143 0.107 157 M 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.010 0.084 0.124 0.240 0.287 0.232 158 V 0.001 0.002 0.022 0.009 0.007 0.010 0.053 0.112 0.230 0.301 0.252 159 N 0.003 0.008 0.066 0.035 0.052 0.096 0.222 0.157 0.163 0.120 0.077 160 Y 0.007 0.011 0.120 0.036 0.038 0.062 0.181 0.141 0.181 0.137 0.086 161 F 0.006 0.007 0.041 0.025 0.021 0.030 0.101 0.128 0.218 0.233 0.190 162 F 0.007 0.006 0.036 0.025 0.023 0.043 0.133 0.139 0.207 0.205 0.175 163 L 0.006 0.009 0.085 0.053 0.057 0.078 0.169 0.151 0.182 0.128 0.083 164 S 0.010 0.015 0.103 0.066 0.068 0.099 0.185 0.135 0.148 0.104 0.068 165 T 0.018 0.019 0.066 0.070 0.073 0.112 0.194 0.142 0.145 0.103 0.057 166 L 0.012 0.016 0.036 0.045 0.056 0.092 0.182 0.160 0.170 0.141 0.090 167 A 0.026 0.035 0.070 0.063 0.065 0.087 0.152 0.130 0.142 0.126 0.104 168 T 0.062 0.069 0.076 0.100 0.112 0.118 0.165 0.106 0.092 0.064 0.037 169 E 0.307 0.142 0.089 0.131 0.098 0.076 0.070 0.036 0.027 0.017 0.009 170 G 0.340 0.168 0.073 0.106 0.079 0.061 0.072 0.037 0.031 0.021 0.013 171 L 0.078 0.044 0.031 0.076 0.084 0.090 0.160 0.124 0.131 0.111 0.071 172 T 0.190 0.167 0.063 0.139 0.116 0.090 0.105 0.054 0.040 0.024 0.012 173 S 0.336 0.138 0.088 0.119 0.084 0.064 0.074 0.041 0.032 0.017 0.008 174 H 0.149 0.075 0.034 0.089 0.117 0.128 0.172 0.096 0.067 0.049 0.026 175 S 0.238 0.376 0.078 0.126 0.064 0.037 0.032 0.018 0.015 0.010 0.004 176 P 0.472 0.095 0.038 0.111 0.098 0.072 0.062 0.026 0.016 0.007 0.002 177 D 0.599 0.204 0.060 0.066 0.032 0.016 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 178 Q 0.029 0.155 0.094 0.192 0.137 0.143 0.136 0.061 0.032 0.016 0.006 179 D 0.084 0.080 0.058 0.179 0.211 0.187 0.127 0.045 0.020 0.007 0.002 180 E 0.386 0.170 0.249 0.120 0.043 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 181 E 0.016 0.042 0.191 0.374 0.200 0.102 0.058 0.013 0.004 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.014 0.006 0.008 0.022 0.135 0.190 0.251 0.229 0.142 183 I 0.001 0.001 0.048 0.094 0.170 0.261 0.262 0.099 0.043 0.017 0.005 184 R 0.002 0.015 0.590 0.187 0.112 0.057 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.003 0.024 0.032 0.058 0.145 0.371 0.183 0.107 0.056 0.021 186 Y 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.006 0.065 0.136 0.266 0.307 0.208 187 V 0.002 0.008 0.151 0.095 0.118 0.147 0.210 0.115 0.072 0.053 0.029 188 A 0.002 0.016 0.375 0.160 0.141 0.112 0.098 0.046 0.029 0.015 0.007 189 I 0.001 0.002 0.021 0.008 0.010 0.018 0.093 0.150 0.247 0.264 0.187 190 F 0.002 0.002 0.008 0.014 0.016 0.027 0.109 0.166 0.243 0.233 0.180 191 T 0.004 0.014 0.106 0.094 0.112 0.142 0.176 0.119 0.115 0.072 0.046 192 R 0.013 0.026 0.074 0.107 0.134 0.196 0.240 0.103 0.064 0.031 0.012 193 G 0.076 0.048 0.042 0.067 0.058 0.070 0.152 0.137 0.147 0.123 0.079 194 I 0.029 0.039 0.027 0.056 0.067 0.099 0.178 0.142 0.142 0.124 0.097 195 M 0.039 0.078 0.052 0.137 0.134 0.115 0.146 0.103 0.089 0.059 0.049 196 A 0.079 0.078 0.067 0.101 0.114 0.118 0.149 0.099 0.087 0.062 0.045 197 D 0.329 0.204 0.086 0.161 0.093 0.049 0.040 0.017 0.011 0.006 0.004 198 G 0.257 0.105 0.041 0.128 0.126 0.115 0.099 0.053 0.038 0.026 0.014 199 G 0.256 0.187 0.053 0.118 0.084 0.070 0.075 0.049 0.045 0.036 0.027 200 A 0.209 0.128 0.064 0.168 0.125 0.091 0.093 0.049 0.036 0.023 0.014 201 A 0.084 0.056 0.019 0.052 0.058 0.079 0.125 0.127 0.154 0.138 0.108 202 P 0.131 0.229 0.081 0.222 0.146 0.076 0.054 0.027 0.018 0.010 0.006 203 A 0.185 0.034 0.015 0.034 0.036 0.042 0.082 0.100 0.143 0.159 0.171