# TARGET T0454 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.001 0.006 0.007 0.042 0.005 0.035 0.904 3 R 0.001 0.002 0.020 0.161 0.197 0.077 0.543 4 A 0.001 0.001 0.047 0.578 0.078 0.160 0.136 5 D 0.001 0.002 0.047 0.701 0.057 0.093 0.099 6 C 0.001 0.003 0.016 0.821 0.039 0.035 0.086 7 R 0.001 0.001 0.002 0.964 0.009 0.009 0.015 8 S 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.004 9 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 10 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 11 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 18 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 19 A 0.001 0.001 0.005 0.969 0.002 0.022 0.002 20 Q 0.001 0.001 0.008 0.786 0.006 0.195 0.004 21 K 0.001 0.001 0.005 0.266 0.021 0.698 0.009 22 G 0.001 0.002 0.011 0.061 0.102 0.701 0.123 23 F 0.008 0.006 0.049 0.016 0.120 0.056 0.745 24 Y 0.081 0.006 0.183 0.035 0.248 0.162 0.284 25 G 0.252 0.027 0.146 0.039 0.083 0.203 0.251 26 V 0.348 0.069 0.007 0.020 0.162 0.014 0.380 27 S 0.253 0.068 0.001 0.026 0.057 0.003 0.593 28 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 0.002 29 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.003 0.959 0.001 0.037 0.001 34 A 0.001 0.001 0.008 0.867 0.004 0.117 0.003 35 A 0.001 0.002 0.022 0.324 0.039 0.579 0.033 36 G 0.001 0.003 0.009 0.015 0.042 0.832 0.100 37 A 0.005 0.019 0.006 0.010 0.177 0.023 0.761 38 S 0.022 0.013 0.010 0.012 0.098 0.009 0.838 39 I 0.031 0.007 0.183 0.439 0.111 0.113 0.117 40 S 0.055 0.004 0.160 0.625 0.043 0.070 0.044 41 M 0.105 0.008 0.147 0.641 0.021 0.037 0.040 42 I 0.111 0.004 0.079 0.716 0.011 0.036 0.044 43 S 0.126 0.011 0.160 0.542 0.026 0.077 0.059 44 Y 0.148 0.009 0.198 0.334 0.089 0.158 0.063 45 H 0.105 0.008 0.149 0.186 0.114 0.242 0.197 46 F 0.037 0.027 0.057 0.042 0.201 0.165 0.471 47 G 0.013 0.013 0.033 0.019 0.468 0.232 0.223 48 G 0.015 0.012 0.008 0.032 0.441 0.062 0.430 49 K 0.001 0.001 0.034 0.929 0.013 0.011 0.012 50 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.002 0.006 0.002 51 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.967 0.002 0.028 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.926 0.006 0.055 0.012 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.900 0.011 0.046 0.040 61 F 0.001 0.001 0.004 0.899 0.023 0.042 0.032 62 A 0.001 0.001 0.006 0.882 0.025 0.057 0.027 63 C 0.001 0.001 0.005 0.894 0.017 0.048 0.036 64 F 0.001 0.002 0.004 0.897 0.018 0.033 0.045 65 G 0.002 0.001 0.006 0.910 0.017 0.041 0.023 66 Q 0.003 0.001 0.008 0.894 0.014 0.056 0.024 67 L 0.002 0.001 0.010 0.884 0.017 0.052 0.033 68 D 0.003 0.003 0.019 0.850 0.026 0.054 0.044 69 D 0.005 0.002 0.048 0.768 0.028 0.103 0.045 70 I 0.004 0.003 0.072 0.613 0.045 0.199 0.064 71 R 0.004 0.005 0.086 0.459 0.083 0.224 0.139 72 G 0.003 0.006 0.118 0.238 0.129 0.243 0.264 73 Q 0.002 0.003 0.139 0.110 0.110 0.270 0.366 74 A 0.002 0.004 0.095 0.062 0.136 0.426 0.275 75 G 0.002 0.008 0.028 0.030 0.457 0.147 0.327 76 D 0.002 0.018 0.005 0.034 0.223 0.020 0.697 77 P 0.001 0.001 0.036 0.886 0.018 0.029 0.031 78 L 0.001 0.001 0.013 0.959 0.006 0.015 0.008 79 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.004 0.007 0.004 80 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.004 81 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 82 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 89 I 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.013 0.003 90 Q 0.001 0.001 0.005 0.928 0.004 0.058 0.004 91 R 0.001 0.001 0.010 0.844 0.011 0.122 0.012 92 H 0.001 0.002 0.023 0.767 0.036 0.129 0.042 93 R 0.002 0.002 0.060 0.576 0.064 0.230 0.067 94 N 0.003 0.003 0.042 0.485 0.177 0.164 0.126 95 N 0.004 0.003 0.017 0.261 0.204 0.087 0.424 96 P 0.003 0.002 0.034 0.558 0.075 0.185 0.142 97 Q 0.010 0.004 0.035 0.704 0.042 0.110 0.096 98 L 0.017 0.003 0.023 0.853 0.028 0.028 0.050 99 L 0.031 0.002 0.008 0.912 0.007 0.010 0.029 100 R 0.039 0.002 0.006 0.920 0.010 0.008 0.016 101 F 0.056 0.001 0.006 0.909 0.007 0.009 0.011 102 Y 0.032 0.001 0.006 0.933 0.006 0.013 0.010 103 T 0.025 0.001 0.008 0.925 0.009 0.022 0.011 104 S 0.018 0.001 0.013 0.883 0.017 0.047 0.022 105 E 0.011 0.002 0.027 0.792 0.030 0.096 0.041 106 L 0.010 0.006 0.050 0.645 0.059 0.144 0.085 107 T 0.009 0.005 0.057 0.478 0.103 0.221 0.127 108 N 0.007 0.006 0.060 0.314 0.140 0.268 0.205 109 P 0.004 0.006 0.030 0.205 0.264 0.102 0.389 110 T 0.002 0.004 0.021 0.234 0.150 0.064 0.525 111 P 0.001 0.001 0.051 0.762 0.036 0.104 0.045 112 C 0.001 0.001 0.043 0.827 0.019 0.070 0.038 113 F 0.001 0.001 0.024 0.899 0.013 0.029 0.035 114 A 0.001 0.001 0.006 0.951 0.011 0.015 0.015 115 A 0.002 0.001 0.005 0.955 0.007 0.018 0.013 116 I 0.001 0.001 0.005 0.960 0.006 0.017 0.011 117 V 0.001 0.001 0.003 0.966 0.005 0.018 0.008 118 S 0.001 0.001 0.003 0.947 0.007 0.036 0.006 119 P 0.001 0.001 0.004 0.916 0.008 0.062 0.010 120 A 0.001 0.001 0.005 0.897 0.013 0.053 0.031 121 I 0.001 0.001 0.005 0.920 0.016 0.037 0.022 122 A 0.001 0.001 0.004 0.921 0.016 0.042 0.017 123 S 0.001 0.001 0.003 0.938 0.010 0.031 0.017 124 V 0.001 0.001 0.002 0.964 0.007 0.014 0.014 125 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.007 0.004 126 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 0.003 127 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 128 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.002 132 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 133 E 0.001 0.001 0.001 0.970 0.002 0.024 0.002 134 A 0.001 0.001 0.002 0.932 0.005 0.053 0.008 135 G 0.001 0.002 0.005 0.879 0.028 0.045 0.040 136 M 0.003 0.003 0.022 0.836 0.031 0.050 0.055 137 T 0.003 0.003 0.040 0.759 0.026 0.132 0.037 138 R 0.002 0.002 0.026 0.307 0.043 0.587 0.033 139 G 0.004 0.002 0.015 0.071 0.100 0.702 0.105 140 L 0.022 0.018 0.018 0.025 0.226 0.072 0.618 141 F 0.057 0.128 0.037 0.033 0.148 0.025 0.573 142 R 0.031 0.017 0.060 0.016 0.119 0.052 0.706 143 R 0.011 0.004 0.175 0.028 0.145 0.455 0.182 144 D 0.012 0.011 0.115 0.019 0.193 0.437 0.213 145 L 0.011 0.035 0.015 0.012 0.471 0.032 0.424 146 H 0.005 0.007 0.001 0.012 0.096 0.007 0.870 147 A 0.001 0.001 0.031 0.928 0.010 0.020 0.011 148 V 0.001 0.001 0.010 0.972 0.005 0.010 0.003 149 N 0.001 0.001 0.005 0.987 0.002 0.005 0.002 150 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 151 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.016 0.003 158 V 0.001 0.001 0.002 0.967 0.003 0.021 0.006 159 N 0.002 0.001 0.004 0.922 0.005 0.061 0.005 160 Y 0.004 0.001 0.005 0.899 0.013 0.064 0.014 161 F 0.007 0.002 0.007 0.925 0.014 0.021 0.025 162 F 0.016 0.001 0.016 0.915 0.014 0.020 0.017 163 L 0.024 0.002 0.035 0.855 0.015 0.049 0.021 164 S 0.023 0.002 0.046 0.806 0.022 0.070 0.031 165 T 0.023 0.003 0.052 0.756 0.034 0.091 0.041 166 L 0.021 0.004 0.054 0.670 0.059 0.120 0.072 167 A 0.020 0.007 0.052 0.509 0.109 0.168 0.135 168 T 0.017 0.009 0.039 0.255 0.172 0.245 0.263 169 E 0.012 0.007 0.038 0.120 0.205 0.260 0.358 170 G 0.011 0.013 0.055 0.098 0.222 0.174 0.428 171 L 0.009 0.014 0.065 0.103 0.231 0.142 0.436 172 T 0.007 0.009 0.069 0.123 0.233 0.145 0.414 173 S 0.006 0.010 0.086 0.133 0.145 0.161 0.459 174 H 0.003 0.005 0.134 0.238 0.105 0.149 0.366 175 S 0.002 0.003 0.083 0.339 0.092 0.103 0.379 176 P 0.001 0.002 0.077 0.647 0.058 0.112 0.103 177 D 0.001 0.003 0.027 0.765 0.045 0.063 0.096 178 Q 0.001 0.001 0.009 0.859 0.019 0.031 0.081 179 D 0.001 0.001 0.001 0.972 0.006 0.010 0.010 180 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.005 181 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.003 182 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 187 V 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.013 0.001 188 A 0.002 0.001 0.006 0.953 0.003 0.034 0.002 189 I 0.003 0.001 0.019 0.905 0.010 0.047 0.014 190 F 0.014 0.008 0.034 0.822 0.018 0.079 0.027 191 T 0.025 0.005 0.066 0.567 0.062 0.214 0.060 192 R 0.026 0.005 0.050 0.311 0.121 0.372 0.114 193 G 0.027 0.012 0.052 0.130 0.188 0.184 0.407 194 I 0.046 0.097 0.059 0.104 0.177 0.112 0.405 195 M 0.033 0.040 0.037 0.046 0.289 0.132 0.423 196 A 0.014 0.028 0.022 0.024 0.209 0.118 0.585 197 D 0.007 0.021 0.041 0.032 0.279 0.136 0.483 198 G 0.007 0.013 0.062 0.044 0.268 0.250 0.356 199 G 0.007 0.008 0.112 0.064 0.190 0.331 0.287 200 A 0.009 0.021 0.088 0.050 0.283 0.151 0.397 201 A 0.011 0.025 0.048 0.057 0.314 0.150 0.396 202 P 0.009 0.014 0.019 0.041 0.007 0.102 0.808 203 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998