# TARGET T0454 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.211 0.535 0.037 0.054 0.032 0.028 0.004 0.027 0.005 0.001 2 T 0.022 0.053 0.852 0.007 0.009 0.042 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 3 R 0.877 0.009 0.053 0.032 0.004 0.006 0.004 0.005 0.003 0.007 0.001 4 A 0.969 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 5 D 0.909 0.002 0.010 0.067 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 6 C 0.915 0.006 0.016 0.050 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 7 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.940 0.003 0.004 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.207 0.007 0.013 0.763 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 22 G 0.036 0.001 0.016 0.007 0.021 0.001 0.140 0.553 0.001 0.223 0.001 23 F 0.370 0.062 0.163 0.281 0.022 0.062 0.022 0.005 0.008 0.004 0.001 24 Y 0.299 0.080 0.127 0.396 0.043 0.009 0.029 0.008 0.005 0.003 0.001 25 G 0.107 0.130 0.085 0.177 0.262 0.011 0.041 0.078 0.008 0.101 0.001 26 V 0.014 0.695 0.189 0.004 0.082 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 27 S 0.013 0.184 0.649 0.001 0.070 0.061 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 28 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.342 0.001 0.008 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.283 0.673 0.001 0.011 0.001 37 A 0.028 0.216 0.617 0.026 0.023 0.073 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 S 0.117 0.200 0.406 0.028 0.129 0.082 0.009 0.005 0.016 0.007 0.002 39 I 0.818 0.068 0.041 0.038 0.013 0.010 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 40 S 0.854 0.036 0.042 0.034 0.013 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 41 M 0.829 0.069 0.030 0.047 0.014 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 I 0.707 0.167 0.059 0.032 0.014 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 43 S 0.759 0.108 0.036 0.062 0.019 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 44 Y 0.585 0.126 0.057 0.113 0.043 0.023 0.028 0.005 0.018 0.001 0.001 45 H 0.412 0.105 0.077 0.246 0.016 0.057 0.044 0.004 0.036 0.002 0.001 46 F 0.205 0.172 0.168 0.237 0.089 0.026 0.049 0.014 0.024 0.015 0.001 47 G 0.334 0.032 0.159 0.121 0.094 0.013 0.084 0.053 0.004 0.104 0.001 48 G 0.208 0.046 0.266 0.076 0.182 0.031 0.017 0.029 0.014 0.130 0.001 49 K 0.964 0.001 0.003 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.988 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.960 0.002 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.826 0.004 0.006 0.158 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 65 G 0.840 0.005 0.019 0.037 0.007 0.003 0.034 0.041 0.002 0.012 0.001 66 Q 0.807 0.023 0.051 0.091 0.007 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 67 L 0.792 0.025 0.055 0.102 0.004 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 68 D 0.727 0.041 0.059 0.120 0.012 0.015 0.013 0.003 0.009 0.002 0.001 69 D 0.639 0.057 0.098 0.121 0.022 0.025 0.019 0.005 0.012 0.002 0.001 70 I 0.639 0.090 0.100 0.120 0.015 0.014 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 71 R 0.571 0.063 0.140 0.180 0.009 0.013 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 72 G 0.362 0.023 0.151 0.117 0.065 0.014 0.072 0.128 0.007 0.060 0.001 73 Q 0.348 0.126 0.190 0.224 0.024 0.034 0.020 0.005 0.026 0.003 0.001 74 A 0.244 0.085 0.298 0.271 0.035 0.012 0.029 0.009 0.007 0.009 0.001 75 G 0.108 0.017 0.109 0.047 0.099 0.005 0.031 0.262 0.002 0.319 0.001 76 D 0.040 0.088 0.659 0.007 0.032 0.066 0.004 0.001 0.098 0.004 0.002 77 P 0.962 0.001 0.015 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 L 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.834 0.005 0.008 0.140 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 93 R 0.862 0.019 0.029 0.070 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.275 0.019 0.030 0.618 0.011 0.020 0.014 0.006 0.006 0.001 0.001 95 N 0.015 0.072 0.295 0.009 0.012 0.105 0.007 0.001 0.484 0.001 0.001 96 P 0.964 0.001 0.010 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.940 0.003 0.008 0.040 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 98 L 0.952 0.006 0.009 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.968 0.006 0.009 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.973 0.010 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.969 0.011 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.918 0.018 0.008 0.045 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 T 0.842 0.044 0.023 0.068 0.008 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 104 S 0.814 0.036 0.039 0.068 0.021 0.005 0.008 0.003 0.003 0.003 0.001 105 E 0.647 0.055 0.076 0.166 0.025 0.010 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 106 L 0.561 0.067 0.113 0.194 0.020 0.019 0.011 0.004 0.009 0.001 0.001 107 T 0.270 0.118 0.135 0.363 0.030 0.037 0.020 0.006 0.018 0.004 0.001 108 N 0.031 0.248 0.339 0.007 0.055 0.034 0.048 0.001 0.235 0.003 0.001 109 P 0.278 0.007 0.534 0.055 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 110 T 0.138 0.107 0.565 0.016 0.054 0.035 0.007 0.003 0.067 0.008 0.001 111 P 0.938 0.001 0.039 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 C 0.935 0.003 0.013 0.039 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 113 F 0.919 0.003 0.008 0.064 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.982 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.972 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.930 0.003 0.004 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.792 0.020 0.027 0.146 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 118 S 0.903 0.010 0.046 0.003 0.007 0.002 0.005 0.002 0.007 0.015 0.001 119 P 0.986 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 120 A 0.945 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.968 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.943 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 136 M 0.946 0.010 0.018 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 T 0.954 0.008 0.011 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.308 0.009 0.019 0.651 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 139 G 0.018 0.001 0.009 0.010 0.010 0.001 0.201 0.724 0.002 0.023 0.001 140 L 0.424 0.139 0.221 0.128 0.023 0.044 0.009 0.001 0.007 0.002 0.001 141 F 0.137 0.282 0.336 0.073 0.040 0.090 0.006 0.002 0.030 0.002 0.001 142 R 0.250 0.161 0.373 0.076 0.030 0.054 0.009 0.001 0.042 0.002 0.001 143 R 0.567 0.064 0.221 0.075 0.031 0.014 0.009 0.008 0.005 0.005 0.001 144 D 0.289 0.074 0.127 0.282 0.021 0.076 0.062 0.014 0.052 0.003 0.001 145 L 0.287 0.184 0.316 0.124 0.024 0.042 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 146 H 0.239 0.107 0.346 0.052 0.044 0.108 0.028 0.003 0.061 0.011 0.001 147 A 0.960 0.002 0.010 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.976 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 F 0.975 0.004 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 F 0.950 0.008 0.006 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 L 0.885 0.014 0.010 0.082 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 164 S 0.804 0.030 0.032 0.097 0.009 0.007 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 165 T 0.751 0.061 0.072 0.069 0.014 0.012 0.010 0.002 0.008 0.001 0.001 166 L 0.698 0.042 0.117 0.097 0.006 0.024 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 167 A 0.570 0.057 0.134 0.176 0.014 0.027 0.007 0.003 0.009 0.002 0.001 168 T 0.308 0.171 0.170 0.220 0.050 0.022 0.018 0.005 0.030 0.007 0.001 169 E 0.344 0.048 0.245 0.238 0.026 0.012 0.051 0.015 0.009 0.010 0.001 170 G 0.155 0.025 0.150 0.082 0.075 0.010 0.095 0.318 0.007 0.081 0.001 171 L 0.299 0.122 0.386 0.110 0.018 0.037 0.008 0.002 0.015 0.001 0.003 172 T 0.248 0.174 0.343 0.118 0.035 0.035 0.012 0.004 0.024 0.005 0.001 173 S 0.293 0.094 0.352 0.143 0.045 0.038 0.012 0.005 0.010 0.006 0.002 174 H 0.257 0.117 0.215 0.305 0.026 0.039 0.012 0.004 0.023 0.002 0.001 175 S 0.053 0.147 0.613 0.009 0.055 0.016 0.006 0.002 0.087 0.012 0.001 176 P 0.777 0.002 0.184 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 177 D 0.623 0.014 0.084 0.208 0.008 0.020 0.014 0.019 0.007 0.003 0.001 178 Q 0.724 0.033 0.083 0.106 0.010 0.015 0.008 0.003 0.013 0.005 0.001 179 D 0.936 0.004 0.026 0.024 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.983 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.966 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.861 0.019 0.016 0.077 0.003 0.008 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 191 T 0.659 0.038 0.045 0.228 0.007 0.007 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 192 R 0.332 0.033 0.136 0.247 0.038 0.008 0.145 0.043 0.007 0.012 0.001 193 G 0.203 0.019 0.077 0.064 0.083 0.009 0.155 0.280 0.004 0.106 0.001 194 I 0.314 0.265 0.218 0.132 0.024 0.028 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 195 M 0.115 0.187 0.358 0.040 0.046 0.071 0.054 0.004 0.116 0.009 0.001 196 A 0.248 0.058 0.594 0.033 0.011 0.030 0.004 0.002 0.006 0.004 0.010 197 D 0.213 0.106 0.343 0.237 0.019 0.033 0.017 0.003 0.023 0.002 0.004 198 G 0.050 0.013 0.069 0.029 0.104 0.001 0.036 0.407 0.003 0.288 0.001 199 G 0.162 0.030 0.356 0.079 0.077 0.010 0.027 0.086 0.003 0.165 0.005 200 A 0.203 0.089 0.347 0.232 0.036 0.026 0.024 0.015 0.014 0.009 0.005 201 A 0.057 0.224 0.491 0.003 0.114 0.011 0.016 0.002 0.063 0.017 0.001 202 P 0.101 0.007 0.698 0.015 0.001 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.131 203 A 0.121 0.155 0.506 0.045 0.069 0.038 0.017 0.018 0.022 0.008 0.001