# TARGET T0454 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.153 0.143 0.080 0.112 0.055 0.041 0.132 0.049 0.068 0.084 2 T 0.061 0.208 0.171 0.048 0.091 0.023 0.014 0.134 0.062 0.128 0.059 3 R 0.062 0.202 0.106 0.014 0.117 0.009 0.012 0.268 0.102 0.078 0.028 4 A 0.017 0.120 0.037 0.016 0.040 0.017 0.020 0.510 0.131 0.075 0.018 5 D 0.014 0.075 0.024 0.009 0.041 0.012 0.046 0.649 0.065 0.052 0.013 6 C 0.017 0.089 0.034 0.002 0.019 0.001 0.005 0.674 0.073 0.073 0.014 7 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.926 0.058 0.005 0.001 8 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.953 0.032 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.041 0.006 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.002 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.033 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.021 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.015 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.970 0.023 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.063 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.872 0.104 0.004 0.001 20 Q 0.001 0.056 0.016 0.002 0.005 0.010 0.335 0.516 0.051 0.009 0.001 21 K 0.014 0.512 0.289 0.022 0.038 0.004 0.013 0.016 0.009 0.065 0.018 22 G 0.043 0.060 0.040 0.029 0.030 0.016 0.026 0.043 0.037 0.341 0.334 23 F 0.108 0.132 0.012 0.016 0.195 0.044 0.022 0.146 0.186 0.086 0.054 24 Y 0.023 0.037 0.024 0.041 0.050 0.127 0.177 0.238 0.180 0.081 0.022 25 G 0.143 0.077 0.012 0.002 0.082 0.004 0.015 0.031 0.061 0.445 0.127 26 V 0.046 0.483 0.101 0.016 0.291 0.009 0.008 0.010 0.007 0.019 0.010 27 S 0.004 0.590 0.384 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.789 0.191 0.013 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.001 0.001 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.030 0.004 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.049 0.003 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.866 0.096 0.004 0.001 34 A 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.079 0.761 0.132 0.014 0.001 35 A 0.001 0.873 0.094 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 36 G 0.053 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.506 0.423 37 A 0.077 0.410 0.209 0.006 0.237 0.002 0.002 0.004 0.006 0.022 0.026 38 S 0.021 0.540 0.247 0.041 0.104 0.006 0.003 0.010 0.005 0.009 0.014 39 I 0.023 0.018 0.013 0.008 0.030 0.016 0.038 0.454 0.371 0.021 0.008 40 S 0.013 0.019 0.017 0.014 0.022 0.005 0.014 0.527 0.249 0.098 0.021 41 M 0.017 0.080 0.016 0.003 0.104 0.004 0.055 0.603 0.085 0.030 0.003 42 I 0.064 0.017 0.003 0.001 0.086 0.003 0.016 0.665 0.111 0.024 0.011 43 S 0.034 0.013 0.003 0.015 0.056 0.021 0.080 0.511 0.204 0.035 0.027 44 Y 0.028 0.060 0.014 0.005 0.091 0.017 0.082 0.515 0.164 0.016 0.008 45 H 0.043 0.026 0.007 0.003 0.052 0.008 0.091 0.279 0.167 0.278 0.046 46 F 0.199 0.153 0.016 0.004 0.318 0.006 0.017 0.057 0.059 0.102 0.071 47 G 0.012 0.072 0.053 0.087 0.045 0.174 0.148 0.177 0.118 0.097 0.019 48 G 0.132 0.328 0.244 0.005 0.190 0.001 0.001 0.009 0.005 0.030 0.056 49 K 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.529 0.374 0.058 0.009 50 E 0.001 0.013 0.005 0.002 0.004 0.004 0.010 0.861 0.093 0.006 0.001 51 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.889 0.073 0.023 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.051 0.006 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.053 0.004 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.031 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.025 0.002 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.041 0.004 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.060 0.007 0.001 58 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.932 0.041 0.005 0.001 59 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.889 0.049 0.015 0.002 60 Q 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.016 0.855 0.082 0.025 0.005 61 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.859 0.089 0.027 0.003 62 A 0.001 0.009 0.003 0.002 0.004 0.005 0.022 0.880 0.064 0.009 0.002 63 C 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 0.881 0.060 0.019 0.003 64 F 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.008 0.863 0.087 0.024 0.003 65 G 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.877 0.087 0.014 0.002 66 Q 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.004 0.022 0.880 0.069 0.008 0.001 67 L 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.025 0.847 0.080 0.026 0.002 68 D 0.006 0.011 0.004 0.001 0.010 0.002 0.012 0.735 0.161 0.052 0.006 69 D 0.005 0.018 0.005 0.003 0.011 0.005 0.022 0.707 0.184 0.033 0.005 70 I 0.004 0.016 0.009 0.005 0.012 0.009 0.061 0.647 0.162 0.068 0.005 71 R 0.011 0.035 0.019 0.008 0.030 0.014 0.092 0.499 0.185 0.093 0.013 72 G 0.041 0.090 0.031 0.012 0.072 0.015 0.062 0.296 0.181 0.165 0.034 73 Q 0.025 0.106 0.052 0.026 0.073 0.056 0.124 0.227 0.151 0.144 0.016 74 A 0.067 0.179 0.096 0.026 0.135 0.024 0.056 0.112 0.065 0.190 0.051 75 G 0.041 0.240 0.169 0.050 0.101 0.041 0.041 0.077 0.053 0.135 0.051 76 D 0.026 0.435 0.223 0.012 0.102 0.004 0.009 0.097 0.037 0.037 0.019 77 P 0.019 0.054 0.035 0.003 0.027 0.001 0.002 0.554 0.200 0.089 0.015 78 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.903 0.081 0.004 0.001 79 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.046 0.003 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.057 0.011 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.055 0.003 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.034 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.023 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.036 0.002 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.032 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.971 0.022 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.058 0.003 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.888 0.099 0.005 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.874 0.091 0.008 0.001 91 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.005 0.071 0.745 0.121 0.046 0.002 92 H 0.012 0.036 0.006 0.003 0.030 0.007 0.072 0.549 0.207 0.068 0.010 93 R 0.014 0.030 0.009 0.008 0.025 0.018 0.115 0.491 0.186 0.092 0.012 94 N 0.019 0.067 0.048 0.026 0.041 0.065 0.172 0.234 0.098 0.207 0.024 95 N 0.133 0.213 0.095 0.020 0.207 0.013 0.018 0.102 0.058 0.082 0.059 96 P 0.021 0.082 0.037 0.013 0.041 0.029 0.061 0.426 0.206 0.067 0.017 97 Q 0.017 0.046 0.025 0.006 0.040 0.007 0.020 0.572 0.159 0.093 0.014 98 L 0.010 0.025 0.008 0.002 0.017 0.002 0.008 0.747 0.143 0.033 0.006 99 L 0.004 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.867 0.095 0.010 0.002 100 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.922 0.059 0.002 0.001 101 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.931 0.045 0.003 0.001 102 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.921 0.054 0.007 0.001 103 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.875 0.097 0.010 0.001 104 S 0.002 0.009 0.004 0.003 0.005 0.004 0.017 0.835 0.109 0.010 0.002 105 E 0.004 0.008 0.005 0.003 0.007 0.008 0.056 0.746 0.123 0.037 0.004 106 L 0.014 0.028 0.008 0.005 0.027 0.009 0.067 0.558 0.188 0.083 0.013 107 T 0.018 0.070 0.017 0.011 0.047 0.026 0.098 0.401 0.190 0.107 0.016 108 N 0.041 0.102 0.049 0.025 0.078 0.032 0.088 0.222 0.110 0.207 0.046 109 P 0.057 0.223 0.166 0.034 0.119 0.018 0.027 0.093 0.059 0.155 0.049 110 T 0.046 0.352 0.124 0.013 0.153 0.008 0.013 0.159 0.072 0.038 0.023 111 P 0.008 0.028 0.013 0.005 0.022 0.011 0.020 0.646 0.206 0.034 0.007 112 C 0.005 0.013 0.005 0.001 0.010 0.002 0.018 0.789 0.116 0.036 0.004 113 F 0.003 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.004 0.809 0.111 0.051 0.003 114 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.908 0.068 0.006 0.001 115 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.919 0.054 0.004 0.001 116 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.899 0.062 0.018 0.001 117 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.872 0.091 0.022 0.002 118 S 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.895 0.071 0.008 0.001 119 P 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.006 0.028 0.868 0.062 0.021 0.002 120 A 0.004 0.008 0.005 0.002 0.007 0.003 0.017 0.836 0.079 0.035 0.004 121 I 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.007 0.834 0.107 0.030 0.003 122 A 0.001 0.007 0.003 0.002 0.003 0.005 0.014 0.885 0.072 0.009 0.001 123 S 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.906 0.057 0.011 0.002 124 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.893 0.082 0.015 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.054 0.003 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.953 0.035 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.034 0.005 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.059 0.004 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.037 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.020 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.028 0.004 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.060 0.004 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.048 0.003 0.001 134 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.013 0.929 0.037 0.008 0.001 135 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.903 0.057 0.016 0.001 136 M 0.008 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.023 0.767 0.152 0.022 0.010 137 T 0.001 0.006 0.004 0.003 0.004 0.006 0.047 0.811 0.102 0.014 0.001 138 R 0.001 0.723 0.176 0.015 0.018 0.005 0.022 0.028 0.005 0.005 0.001 139 G 0.022 0.032 0.026 0.009 0.014 0.002 0.003 0.014 0.013 0.632 0.232 140 L 0.076 0.171 0.082 0.022 0.117 0.031 0.061 0.150 0.104 0.121 0.066 141 F 0.057 0.387 0.132 0.017 0.220 0.007 0.014 0.050 0.037 0.050 0.029 142 R 0.053 0.411 0.164 0.020 0.199 0.013 0.019 0.048 0.036 0.021 0.016 143 R 0.018 0.074 0.034 0.013 0.064 0.048 0.138 0.279 0.244 0.074 0.014 144 D 0.095 0.052 0.033 0.006 0.120 0.005 0.024 0.087 0.107 0.383 0.087 145 L 0.028 0.401 0.154 0.010 0.147 0.017 0.028 0.060 0.042 0.094 0.018 146 H 0.106 0.407 0.113 0.002 0.293 0.001 0.001 0.023 0.009 0.015 0.032 147 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.669 0.301 0.013 0.002 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.930 0.061 0.002 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.057 0.010 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.003 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.036 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.027 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.050 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.048 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.956 0.034 0.001 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.942 0.041 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.884 0.093 0.007 0.001 159 N 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.884 0.075 0.013 0.001 160 Y 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.010 0.890 0.069 0.017 0.001 161 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.881 0.085 0.005 0.001 162 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.018 0.873 0.083 0.009 0.002 163 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.004 0.020 0.844 0.091 0.021 0.003 164 S 0.008 0.018 0.006 0.003 0.018 0.005 0.016 0.722 0.165 0.034 0.005 165 T 0.008 0.021 0.007 0.004 0.021 0.006 0.041 0.672 0.178 0.036 0.006 166 L 0.011 0.018 0.007 0.004 0.022 0.010 0.116 0.575 0.161 0.067 0.008 167 A 0.030 0.066 0.021 0.013 0.053 0.028 0.168 0.381 0.109 0.111 0.019 168 T 0.044 0.314 0.143 0.037 0.140 0.023 0.042 0.101 0.052 0.077 0.026 169 E 0.061 0.107 0.089 0.056 0.080 0.040 0.053 0.133 0.117 0.191 0.074 170 G 0.056 0.179 0.111 0.027 0.138 0.018 0.040 0.139 0.110 0.138 0.046 171 L 0.070 0.185 0.078 0.017 0.153 0.014 0.034 0.145 0.121 0.139 0.044 172 T 0.032 0.249 0.154 0.030 0.098 0.040 0.064 0.145 0.086 0.077 0.026 173 S 0.085 0.289 0.123 0.012 0.188 0.008 0.015 0.092 0.053 0.082 0.053 174 H 0.042 0.181 0.094 0.014 0.096 0.012 0.017 0.214 0.154 0.144 0.032 175 S 0.044 0.156 0.056 0.009 0.112 0.009 0.016 0.400 0.133 0.046 0.019 176 P 0.010 0.034 0.011 0.005 0.024 0.008 0.019 0.666 0.165 0.048 0.010 177 D 0.010 0.035 0.015 0.003 0.019 0.005 0.022 0.689 0.107 0.086 0.010 178 Q 0.008 0.040 0.012 0.002 0.015 0.002 0.004 0.780 0.094 0.038 0.006 179 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.916 0.062 0.005 0.001 180 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.941 0.044 0.004 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.046 0.006 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.051 0.003 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.037 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.028 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.038 0.003 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.080 0.005 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.891 0.094 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.887 0.077 0.004 0.001 189 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.094 0.797 0.077 0.018 0.001 190 F 0.011 0.008 0.002 0.002 0.014 0.005 0.042 0.640 0.170 0.093 0.012 191 T 0.013 0.051 0.022 0.015 0.029 0.031 0.083 0.544 0.140 0.065 0.008 192 R 0.015 0.165 0.113 0.048 0.060 0.037 0.105 0.255 0.104 0.084 0.013 193 G 0.060 0.058 0.047 0.036 0.060 0.023 0.061 0.183 0.120 0.268 0.084 194 I 0.075 0.197 0.049 0.017 0.188 0.017 0.060 0.143 0.103 0.110 0.041 195 M 0.068 0.190 0.106 0.053 0.170 0.024 0.040 0.102 0.069 0.136 0.041 196 A 0.060 0.276 0.184 0.038 0.134 0.023 0.042 0.087 0.055 0.069 0.032 197 D 0.033 0.185 0.237 0.086 0.081 0.042 0.075 0.120 0.065 0.054 0.022 198 G 0.029 0.123 0.129 0.094 0.060 0.070 0.104 0.113 0.089 0.150 0.040 199 G 0.049 0.109 0.102 0.072 0.089 0.051 0.060 0.118 0.091 0.197 0.061 200 A 0.072 0.108 0.088 0.054 0.096 0.033 0.029 0.075 0.084 0.271 0.090 201 A 0.041 0.157 0.182 0.107 0.099 0.051 0.045 0.118 0.082 0.085 0.033 202 P 0.068 0.121 0.094 0.027 0.124 0.017 0.028 0.173 0.131 0.160 0.057 203 A 0.098 0.151 0.082 0.026 0.164 0.016 0.025 0.161 0.104 0.116 0.056