# TARGET T0454 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5302 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.785 0.151 0.046 0.015 0.002 0.001 0.001 2 T 0.801 0.155 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 3 R 0.788 0.151 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 4 A 0.801 0.156 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 5 D 0.753 0.202 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 6 C 0.273 0.326 0.214 0.143 0.039 0.005 0.001 7 R 0.097 0.256 0.321 0.246 0.072 0.008 0.001 8 S 0.326 0.482 0.160 0.029 0.003 0.001 0.001 9 R 0.073 0.314 0.365 0.206 0.040 0.003 0.001 10 L 0.015 0.026 0.039 0.155 0.443 0.311 0.010 11 M 0.003 0.032 0.128 0.384 0.369 0.081 0.002 12 E 0.034 0.398 0.391 0.147 0.027 0.003 0.001 13 V 0.004 0.030 0.185 0.483 0.263 0.034 0.001 14 A 0.004 0.005 0.005 0.027 0.196 0.671 0.092 15 T 0.009 0.079 0.220 0.416 0.221 0.051 0.003 16 E 0.072 0.462 0.317 0.121 0.024 0.003 0.001 17 L 0.005 0.035 0.164 0.400 0.313 0.081 0.002 18 F 0.017 0.048 0.071 0.202 0.420 0.228 0.013 19 A 0.096 0.274 0.285 0.245 0.082 0.016 0.001 20 Q 0.246 0.467 0.186 0.077 0.020 0.004 0.001 21 K 0.065 0.197 0.330 0.283 0.104 0.020 0.002 22 G 0.117 0.191 0.189 0.213 0.193 0.089 0.007 23 F 0.043 0.074 0.134 0.258 0.298 0.168 0.024 24 Y 0.093 0.244 0.223 0.227 0.145 0.060 0.008 25 G 0.031 0.100 0.187 0.264 0.250 0.144 0.024 26 V 0.046 0.096 0.136 0.204 0.234 0.229 0.056 27 S 0.022 0.091 0.145 0.280 0.268 0.148 0.046 28 I 0.024 0.039 0.058 0.126 0.269 0.365 0.120 29 R 0.046 0.177 0.259 0.293 0.162 0.056 0.006 30 E 0.058 0.264 0.311 0.225 0.104 0.033 0.006 31 L 0.005 0.015 0.045 0.174 0.398 0.331 0.032 32 A 0.009 0.049 0.136 0.337 0.333 0.125 0.011 33 Q 0.180 0.518 0.222 0.066 0.012 0.003 0.001 34 A 0.233 0.330 0.222 0.144 0.055 0.014 0.002 35 A 0.049 0.125 0.200 0.285 0.250 0.086 0.007 36 G 0.274 0.364 0.220 0.098 0.035 0.008 0.001 37 A 0.192 0.188 0.212 0.226 0.131 0.046 0.005 38 S 0.199 0.265 0.209 0.184 0.104 0.036 0.003 39 I 0.126 0.230 0.243 0.224 0.122 0.045 0.009 40 S 0.229 0.242 0.185 0.165 0.112 0.053 0.014 41 M 0.076 0.154 0.187 0.240 0.206 0.112 0.025 42 I 0.059 0.062 0.086 0.159 0.243 0.305 0.087 43 S 0.056 0.110 0.160 0.241 0.243 0.160 0.030 44 Y 0.072 0.155 0.184 0.213 0.212 0.142 0.023 45 H 0.037 0.110 0.192 0.319 0.235 0.095 0.012 46 F 0.027 0.089 0.180 0.317 0.277 0.102 0.008 47 G 0.258 0.399 0.200 0.096 0.034 0.012 0.002 48 G 0.092 0.260 0.269 0.231 0.113 0.031 0.005 49 K 0.010 0.049 0.123 0.249 0.348 0.203 0.018 50 E 0.076 0.370 0.312 0.167 0.060 0.013 0.001 51 G 0.063 0.359 0.371 0.163 0.036 0.007 0.001 52 L 0.003 0.012 0.039 0.157 0.410 0.346 0.033 53 Y 0.002 0.012 0.028 0.115 0.297 0.458 0.087 54 A 0.016 0.186 0.355 0.315 0.101 0.025 0.002 55 A 0.016 0.105 0.288 0.365 0.190 0.036 0.001 56 V 0.002 0.004 0.009 0.052 0.254 0.571 0.107 57 L 0.004 0.014 0.048 0.197 0.370 0.321 0.046 58 Q 0.036 0.327 0.360 0.208 0.059 0.010 0.001 59 E 0.026 0.152 0.304 0.337 0.149 0.030 0.002 60 Q 0.008 0.040 0.073 0.175 0.344 0.324 0.036 61 F 0.014 0.061 0.151 0.305 0.323 0.138 0.008 62 A 0.168 0.446 0.241 0.106 0.031 0.007 0.001 63 C 0.080 0.240 0.319 0.244 0.095 0.021 0.002 64 F 0.020 0.040 0.071 0.185 0.372 0.288 0.025 65 G 0.058 0.148 0.258 0.311 0.178 0.045 0.003 66 Q 0.288 0.434 0.177 0.072 0.022 0.005 0.001 67 L 0.067 0.151 0.269 0.308 0.160 0.043 0.003 68 D 0.041 0.052 0.099 0.242 0.360 0.195 0.011 69 D 0.255 0.316 0.217 0.134 0.058 0.017 0.001 70 I 0.429 0.317 0.151 0.071 0.025 0.007 0.001 71 R 0.154 0.206 0.221 0.245 0.133 0.039 0.002 72 G 0.206 0.199 0.207 0.196 0.143 0.046 0.003 73 Q 0.503 0.271 0.136 0.068 0.019 0.003 0.001 74 A 0.518 0.288 0.121 0.055 0.015 0.003 0.001 75 G 0.569 0.235 0.106 0.061 0.023 0.006 0.001 76 D 0.425 0.330 0.154 0.063 0.022 0.005 0.001 77 P 0.044 0.125 0.204 0.309 0.241 0.071 0.006 78 L 0.029 0.171 0.317 0.297 0.155 0.030 0.002 79 A 0.142 0.459 0.256 0.110 0.028 0.005 0.001 80 V 0.007 0.044 0.181 0.349 0.309 0.101 0.008 81 M 0.001 0.003 0.007 0.043 0.234 0.587 0.124 82 T 0.002 0.045 0.208 0.417 0.262 0.062 0.004 83 A 0.010 0.117 0.284 0.347 0.179 0.060 0.003 84 Y 0.001 0.002 0.005 0.029 0.171 0.603 0.189 85 L 0.001 0.001 0.002 0.019 0.136 0.594 0.248 86 R 0.005 0.082 0.282 0.376 0.187 0.062 0.006 87 W 0.006 0.042 0.128 0.323 0.345 0.141 0.015 88 T 0.001 0.003 0.006 0.025 0.132 0.563 0.271 89 I 0.004 0.014 0.048 0.187 0.378 0.336 0.034 90 Q 0.049 0.299 0.290 0.222 0.104 0.032 0.004 91 R 0.051 0.115 0.196 0.311 0.230 0.087 0.010 92 H 0.029 0.066 0.120 0.242 0.327 0.197 0.019 93 R 0.180 0.264 0.226 0.194 0.099 0.032 0.004 94 N 0.402 0.337 0.137 0.080 0.032 0.010 0.002 95 N 0.173 0.227 0.239 0.194 0.113 0.044 0.009 96 P 0.264 0.239 0.195 0.158 0.094 0.042 0.009 97 Q 0.148 0.149 0.167 0.199 0.193 0.118 0.026 98 L 0.070 0.082 0.113 0.194 0.245 0.232 0.064 99 L 0.038 0.045 0.059 0.123 0.235 0.352 0.148 100 R 0.037 0.061 0.097 0.161 0.214 0.277 0.152 101 F 0.044 0.055 0.071 0.127 0.195 0.310 0.198 102 Y 0.030 0.034 0.048 0.099 0.182 0.341 0.266 103 T 0.032 0.040 0.063 0.121 0.201 0.330 0.213 104 S 0.069 0.100 0.121 0.174 0.211 0.222 0.102 105 E 0.090 0.113 0.127 0.166 0.199 0.217 0.089 106 L 0.086 0.108 0.124 0.172 0.209 0.229 0.072 107 T 0.137 0.148 0.150 0.199 0.190 0.144 0.032 108 N 0.260 0.250 0.180 0.141 0.099 0.057 0.014 109 P 0.267 0.252 0.192 0.159 0.089 0.034 0.006 110 T 0.334 0.277 0.185 0.121 0.056 0.023 0.004 111 P 0.617 0.237 0.085 0.038 0.015 0.006 0.001 112 C 0.356 0.304 0.182 0.099 0.042 0.014 0.003 113 F 0.090 0.110 0.160 0.244 0.251 0.131 0.015 114 A 0.150 0.247 0.251 0.206 0.104 0.038 0.005 115 A 0.417 0.353 0.137 0.059 0.023 0.009 0.001 116 I 0.083 0.151 0.229 0.279 0.185 0.065 0.007 117 V 0.041 0.060 0.112 0.228 0.311 0.221 0.027 118 S 0.172 0.276 0.222 0.188 0.099 0.038 0.005 119 P 0.238 0.321 0.215 0.130 0.065 0.026 0.004 120 A 0.040 0.078 0.127 0.242 0.298 0.189 0.026 121 I 0.028 0.083 0.157 0.251 0.275 0.182 0.024 122 A 0.180 0.308 0.232 0.171 0.080 0.026 0.003 123 S 0.070 0.210 0.284 0.254 0.137 0.040 0.005 124 V 0.003 0.012 0.027 0.102 0.316 0.479 0.061 125 I 0.003 0.027 0.110 0.278 0.374 0.194 0.014 126 R 0.052 0.334 0.357 0.180 0.060 0.016 0.001 127 L 0.003 0.029 0.135 0.386 0.332 0.109 0.007 128 L 0.001 0.001 0.002 0.016 0.161 0.684 0.135 129 A 0.002 0.043 0.222 0.415 0.250 0.064 0.004 130 E 0.020 0.307 0.387 0.211 0.063 0.012 0.001 131 S 0.001 0.007 0.041 0.214 0.437 0.284 0.016 132 I 0.001 0.004 0.013 0.092 0.399 0.467 0.025 133 E 0.037 0.349 0.338 0.197 0.063 0.014 0.002 134 A 0.089 0.334 0.331 0.185 0.049 0.010 0.001 135 G 0.017 0.075 0.150 0.306 0.331 0.115 0.005 136 M 0.082 0.212 0.295 0.266 0.122 0.021 0.001 137 T 0.566 0.282 0.093 0.044 0.012 0.003 0.001 138 R 0.361 0.352 0.190 0.073 0.020 0.004 0.001 139 G 0.447 0.259 0.144 0.101 0.039 0.009 0.001 140 L 0.265 0.283 0.211 0.142 0.075 0.023 0.002 141 F 0.115 0.120 0.170 0.286 0.233 0.070 0.005 142 R 0.244 0.288 0.221 0.157 0.071 0.018 0.002 143 R 0.420 0.285 0.161 0.091 0.033 0.009 0.001 144 D 0.347 0.309 0.174 0.106 0.048 0.014 0.002 145 L 0.124 0.154 0.184 0.243 0.204 0.079 0.012 146 H 0.096 0.207 0.238 0.223 0.151 0.069 0.016 147 A 0.036 0.091 0.141 0.236 0.284 0.178 0.033 148 V 0.045 0.151 0.195 0.274 0.225 0.094 0.016 149 N 0.015 0.049 0.106 0.212 0.309 0.241 0.067 150 S 0.002 0.005 0.009 0.031 0.130 0.492 0.331 151 A 0.002 0.008 0.023 0.086 0.218 0.424 0.239 152 L 0.003 0.019 0.056 0.160 0.248 0.338 0.176 153 A 0.001 0.002 0.005 0.023 0.108 0.384 0.476 154 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.183 0.797 155 A 0.001 0.003 0.010 0.039 0.120 0.370 0.457 156 G 0.002 0.007 0.018 0.062 0.177 0.365 0.368 157 M 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.231 0.711 158 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.054 0.256 0.665 159 N 0.008 0.020 0.041 0.094 0.173 0.307 0.358 160 Y 0.010 0.015 0.027 0.064 0.144 0.315 0.426 161 F 0.011 0.013 0.024 0.049 0.107 0.327 0.469 162 F 0.026 0.027 0.045 0.097 0.176 0.338 0.291 163 L 0.048 0.060 0.072 0.115 0.196 0.300 0.208 164 S 0.060 0.065 0.078 0.135 0.205 0.298 0.159 165 T 0.091 0.102 0.115 0.163 0.198 0.240 0.091 166 L 0.170 0.154 0.154 0.186 0.175 0.128 0.031 167 A 0.222 0.172 0.157 0.173 0.157 0.098 0.020 168 T 0.271 0.203 0.165 0.162 0.120 0.066 0.012 169 E 0.416 0.234 0.147 0.106 0.061 0.030 0.006 170 G 0.449 0.242 0.142 0.092 0.050 0.021 0.003 171 L 0.406 0.235 0.159 0.113 0.060 0.024 0.003 172 T 0.328 0.209 0.168 0.159 0.094 0.037 0.004 173 S 0.464 0.255 0.137 0.081 0.043 0.018 0.002 174 H 0.301 0.206 0.182 0.177 0.099 0.031 0.004 175 S 0.450 0.272 0.141 0.086 0.036 0.013 0.002 176 P 0.512 0.255 0.118 0.069 0.032 0.011 0.002 177 D 0.294 0.265 0.188 0.139 0.079 0.030 0.005 178 Q 0.097 0.157 0.200 0.251 0.201 0.084 0.011 179 D 0.085 0.233 0.281 0.240 0.120 0.036 0.004 180 E 0.227 0.371 0.214 0.122 0.049 0.014 0.002 181 E 0.028 0.084 0.190 0.291 0.273 0.116 0.017 182 L 0.006 0.010 0.021 0.080 0.274 0.499 0.111 183 I 0.016 0.068 0.155 0.299 0.289 0.152 0.021 184 R 0.041 0.124 0.194 0.254 0.227 0.141 0.019 185 Q 0.009 0.015 0.027 0.083 0.228 0.469 0.168 186 Y 0.004 0.004 0.008 0.030 0.114 0.476 0.364 187 V 0.020 0.054 0.119 0.227 0.257 0.244 0.078 188 A 0.026 0.054 0.101 0.199 0.286 0.258 0.075 189 I 0.004 0.006 0.012 0.042 0.124 0.411 0.400 190 F 0.009 0.015 0.030 0.081 0.184 0.408 0.274 191 T 0.042 0.076 0.109 0.183 0.247 0.235 0.108 192 R 0.051 0.086 0.123 0.206 0.246 0.215 0.074 193 G 0.068 0.087 0.134 0.197 0.220 0.227 0.067 194 I 0.109 0.110 0.138 0.199 0.235 0.181 0.029 195 M 0.149 0.235 0.252 0.211 0.118 0.032 0.003 196 A 0.203 0.189 0.206 0.221 0.143 0.037 0.002 197 D 0.521 0.293 0.124 0.050 0.011 0.002 0.001 198 G 0.599 0.214 0.114 0.056 0.014 0.002 0.001 199 G 0.827 0.131 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 200 A 0.772 0.166 0.041 0.015 0.005 0.001 0.001 201 A 0.480 0.210 0.156 0.111 0.036 0.006 0.001 202 P 0.632 0.254 0.078 0.028 0.007 0.001 0.001 203 A 0.463 0.225 0.140 0.114 0.048 0.009 0.001