# TARGET T0454 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2180 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.258 0.068 0.034 0.060 0.058 0.075 0.130 0.130 0.096 0.066 0.027 2 T 0.225 0.516 0.062 0.091 0.045 0.024 0.016 0.008 0.006 0.004 0.002 3 R 0.188 0.230 0.092 0.179 0.126 0.093 0.051 0.024 0.012 0.005 0.001 4 A 0.848 0.079 0.023 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.318 0.191 0.290 0.159 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.021 0.034 0.060 0.079 0.068 0.159 0.298 0.162 0.075 0.034 0.010 7 R 0.005 0.008 0.135 0.084 0.137 0.266 0.253 0.078 0.024 0.008 0.002 8 S 0.006 0.029 0.848 0.083 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.002 0.014 0.144 0.360 0.264 0.146 0.054 0.012 0.003 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.022 0.002 0.002 0.005 0.047 0.092 0.249 0.312 0.268 11 M 0.001 0.001 0.097 0.064 0.131 0.241 0.348 0.083 0.026 0.008 0.002 12 E 0.002 0.014 0.836 0.113 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.003 0.030 0.026 0.063 0.180 0.455 0.152 0.060 0.023 0.008 14 A 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.004 0.049 0.105 0.280 0.314 0.233 15 T 0.001 0.002 0.078 0.088 0.185 0.255 0.279 0.076 0.025 0.010 0.003 16 E 0.002 0.018 0.567 0.265 0.100 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.010 0.008 0.018 0.064 0.294 0.227 0.204 0.122 0.050 18 F 0.002 0.002 0.023 0.015 0.013 0.019 0.087 0.151 0.230 0.244 0.213 19 A 0.003 0.016 0.329 0.129 0.163 0.124 0.133 0.055 0.027 0.014 0.007 20 Q 0.017 0.051 0.355 0.261 0.163 0.091 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 21 K 0.053 0.063 0.052 0.074 0.106 0.146 0.244 0.124 0.084 0.040 0.015 22 G 0.275 0.120 0.073 0.112 0.070 0.063 0.081 0.061 0.063 0.047 0.035 23 F 0.042 0.061 0.052 0.074 0.109 0.114 0.175 0.116 0.110 0.083 0.064 24 Y 0.075 0.178 0.097 0.183 0.122 0.102 0.110 0.062 0.037 0.022 0.011 25 G 0.202 0.095 0.048 0.109 0.128 0.144 0.138 0.056 0.042 0.023 0.016 26 V 0.101 0.031 0.031 0.042 0.038 0.048 0.118 0.125 0.163 0.155 0.147 27 S 0.006 0.091 0.056 0.171 0.162 0.150 0.137 0.089 0.067 0.043 0.027 28 I 0.001 0.003 0.005 0.006 0.010 0.023 0.088 0.133 0.214 0.242 0.276 29 R 0.080 0.046 0.115 0.236 0.257 0.159 0.078 0.018 0.007 0.003 0.001 30 E 0.011 0.042 0.142 0.342 0.233 0.122 0.079 0.017 0.006 0.003 0.002 31 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.006 0.029 0.072 0.189 0.284 0.405 32 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.045 0.224 0.205 0.226 0.156 0.125 33 Q 0.023 0.021 0.734 0.177 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.004 0.018 0.024 0.082 0.237 0.452 0.117 0.043 0.016 0.007 35 A 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.055 0.153 0.270 0.491 36 G 0.559 0.224 0.051 0.066 0.042 0.031 0.018 0.004 0.003 0.002 0.002 37 A 0.015 0.023 0.058 0.062 0.051 0.062 0.120 0.143 0.188 0.155 0.125 38 S 0.051 0.113 0.041 0.084 0.114 0.133 0.197 0.104 0.071 0.049 0.042 39 I 0.062 0.071 0.049 0.118 0.102 0.126 0.173 0.084 0.083 0.063 0.070 40 S 0.054 0.030 0.031 0.056 0.074 0.114 0.179 0.121 0.126 0.113 0.101 41 M 0.011 0.015 0.018 0.051 0.051 0.072 0.145 0.157 0.185 0.164 0.130 42 I 0.004 0.004 0.008 0.012 0.011 0.015 0.058 0.118 0.212 0.274 0.285 43 S 0.005 0.010 0.030 0.072 0.088 0.121 0.182 0.152 0.148 0.112 0.080 44 Y 0.010 0.021 0.062 0.085 0.115 0.132 0.207 0.144 0.122 0.069 0.034 45 H 0.011 0.017 0.022 0.058 0.066 0.085 0.208 0.188 0.179 0.115 0.052 46 F 0.031 0.018 0.013 0.037 0.039 0.062 0.173 0.158 0.207 0.162 0.100 47 G 0.200 0.161 0.090 0.173 0.131 0.082 0.078 0.042 0.026 0.011 0.004 48 G 0.048 0.209 0.044 0.123 0.100 0.113 0.128 0.096 0.068 0.047 0.023 49 K 0.017 0.037 0.026 0.081 0.127 0.187 0.217 0.142 0.094 0.050 0.022 50 E 0.342 0.192 0.070 0.150 0.108 0.070 0.047 0.013 0.007 0.002 0.001 51 G 0.111 0.136 0.135 0.347 0.156 0.064 0.037 0.010 0.003 0.001 0.001 52 L 0.005 0.005 0.022 0.018 0.016 0.022 0.084 0.150 0.237 0.249 0.193 53 Y 0.001 0.001 0.008 0.009 0.017 0.050 0.248 0.231 0.198 0.151 0.088 54 A 0.001 0.005 0.316 0.271 0.195 0.129 0.058 0.016 0.007 0.003 0.001 55 A 0.001 0.007 0.069 0.090 0.148 0.268 0.293 0.082 0.027 0.012 0.004 56 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.006 0.055 0.134 0.276 0.306 0.209 57 L 0.001 0.001 0.012 0.006 0.010 0.026 0.175 0.177 0.210 0.220 0.163 58 Q 0.001 0.006 0.511 0.221 0.169 0.060 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 59 E 0.016 0.037 0.383 0.143 0.139 0.141 0.107 0.022 0.008 0.003 0.001 60 Q 0.002 0.004 0.022 0.019 0.021 0.048 0.218 0.212 0.252 0.145 0.056 61 F 0.003 0.004 0.019 0.024 0.037 0.084 0.261 0.209 0.171 0.120 0.068 62 A 0.053 0.086 0.669 0.121 0.048 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 63 C 0.025 0.070 0.137 0.125 0.147 0.171 0.186 0.070 0.042 0.021 0.007 64 F 0.017 0.015 0.012 0.027 0.039 0.066 0.177 0.177 0.200 0.163 0.107 65 G 0.443 0.178 0.116 0.091 0.059 0.045 0.036 0.014 0.008 0.005 0.003 66 Q 0.117 0.164 0.177 0.190 0.145 0.095 0.062 0.023 0.015 0.009 0.004 67 L 0.019 0.020 0.013 0.024 0.032 0.056 0.133 0.151 0.200 0.196 0.156 68 D 0.279 0.146 0.146 0.187 0.116 0.061 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 69 D 0.194 0.167 0.240 0.186 0.101 0.051 0.033 0.012 0.007 0.004 0.004 70 I 0.023 0.020 0.024 0.043 0.054 0.102 0.207 0.157 0.139 0.126 0.104 71 R 0.062 0.065 0.064 0.115 0.117 0.130 0.196 0.103 0.075 0.046 0.027 72 G 0.176 0.167 0.301 0.144 0.078 0.049 0.040 0.018 0.013 0.009 0.006 73 Q 0.252 0.184 0.134 0.163 0.104 0.066 0.050 0.019 0.014 0.009 0.005 74 A 0.527 0.112 0.040 0.074 0.051 0.045 0.055 0.030 0.029 0.022 0.015 75 G 0.336 0.119 0.042 0.113 0.101 0.093 0.086 0.045 0.036 0.019 0.011 76 D 0.091 0.339 0.079 0.166 0.113 0.076 0.060 0.032 0.024 0.013 0.006 77 P 0.015 0.029 0.009 0.041 0.060 0.107 0.171 0.161 0.173 0.135 0.098 78 L 0.034 0.028 0.018 0.097 0.184 0.228 0.227 0.092 0.057 0.024 0.011 79 A 0.127 0.121 0.153 0.273 0.147 0.082 0.056 0.022 0.012 0.004 0.002 80 V 0.001 0.006 0.020 0.074 0.086 0.118 0.215 0.195 0.149 0.087 0.049 81 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.047 0.121 0.228 0.301 0.291 82 T 0.001 0.003 0.082 0.166 0.232 0.247 0.177 0.051 0.026 0.011 0.004 83 A 0.001 0.009 0.160 0.177 0.175 0.197 0.191 0.055 0.022 0.009 0.004 84 Y 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.084 0.155 0.252 0.285 0.210 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.062 0.155 0.251 0.319 0.206 86 R 0.001 0.003 0.143 0.233 0.286 0.198 0.078 0.030 0.017 0.008 0.004 87 W 0.001 0.005 0.047 0.039 0.075 0.194 0.381 0.134 0.076 0.036 0.013 88 T 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.017 0.108 0.199 0.300 0.242 0.111 89 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.017 0.105 0.156 0.224 0.268 0.213 90 Q 0.004 0.016 0.301 0.264 0.216 0.107 0.055 0.022 0.011 0.004 0.002 91 R 0.004 0.018 0.076 0.073 0.115 0.203 0.299 0.111 0.066 0.027 0.009 92 H 0.004 0.004 0.006 0.016 0.019 0.039 0.153 0.195 0.240 0.204 0.120 93 R 0.046 0.052 0.037 0.106 0.125 0.159 0.222 0.120 0.074 0.039 0.019 94 N 0.209 0.225 0.229 0.165 0.087 0.042 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 95 N 0.044 0.108 0.030 0.128 0.131 0.145 0.188 0.106 0.065 0.040 0.015 96 P 0.148 0.093 0.027 0.108 0.146 0.149 0.148 0.078 0.058 0.030 0.016 97 Q 0.187 0.143 0.086 0.188 0.143 0.109 0.085 0.030 0.016 0.007 0.004 98 L 0.004 0.008 0.010 0.042 0.057 0.095 0.210 0.188 0.182 0.130 0.072 99 L 0.004 0.003 0.007 0.012 0.015 0.028 0.105 0.170 0.248 0.240 0.167 100 R 0.005 0.015 0.062 0.157 0.166 0.179 0.173 0.107 0.071 0.043 0.022 101 F 0.002 0.007 0.046 0.042 0.047 0.073 0.166 0.172 0.186 0.157 0.103 102 Y 0.001 0.001 0.006 0.011 0.012 0.020 0.086 0.150 0.244 0.267 0.202 103 T 0.002 0.004 0.014 0.022 0.031 0.057 0.172 0.177 0.220 0.179 0.122 104 S 0.009 0.021 0.123 0.120 0.122 0.136 0.159 0.116 0.103 0.061 0.031 105 E 0.007 0.015 0.024 0.042 0.063 0.113 0.274 0.194 0.154 0.081 0.033 106 L 0.018 0.016 0.022 0.032 0.030 0.042 0.116 0.145 0.216 0.222 0.141 107 T 0.059 0.063 0.047 0.122 0.134 0.134 0.170 0.112 0.086 0.049 0.025 108 N 0.150 0.143 0.066 0.140 0.122 0.112 0.111 0.074 0.047 0.027 0.010 109 P 0.201 0.191 0.056 0.110 0.092 0.087 0.091 0.064 0.049 0.039 0.020 110 T 0.155 0.169 0.036 0.112 0.113 0.103 0.124 0.073 0.059 0.037 0.019 111 P 0.680 0.121 0.042 0.070 0.038 0.019 0.014 0.007 0.005 0.003 0.002 112 C 0.089 0.097 0.048 0.143 0.132 0.126 0.156 0.083 0.064 0.037 0.025 113 F 0.009 0.011 0.017 0.031 0.036 0.072 0.178 0.194 0.209 0.151 0.091 114 A 0.022 0.028 0.083 0.230 0.226 0.183 0.129 0.053 0.028 0.012 0.004 115 A 0.043 0.072 0.566 0.158 0.075 0.043 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 116 I 0.007 0.014 0.046 0.070 0.097 0.152 0.250 0.150 0.111 0.069 0.034 117 V 0.003 0.006 0.013 0.015 0.018 0.037 0.129 0.162 0.215 0.229 0.172 118 S 0.028 0.093 0.319 0.242 0.169 0.087 0.043 0.011 0.005 0.002 0.001 119 P 0.363 0.127 0.294 0.112 0.051 0.026 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 120 A 0.021 0.038 0.029 0.058 0.071 0.123 0.252 0.147 0.124 0.088 0.050 121 I 0.006 0.012 0.024 0.035 0.049 0.120 0.271 0.188 0.153 0.091 0.052 122 A 0.080 0.101 0.350 0.231 0.132 0.066 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 123 S 0.059 0.094 0.337 0.239 0.128 0.078 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.008 0.006 0.008 0.020 0.104 0.147 0.250 0.257 0.197 125 I 0.001 0.002 0.031 0.027 0.050 0.136 0.370 0.176 0.115 0.061 0.032 126 R 0.004 0.018 0.690 0.202 0.062 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.001 0.002 0.030 0.034 0.077 0.193 0.367 0.167 0.081 0.036 0.014 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.083 0.243 0.329 0.311 129 A 0.001 0.001 0.052 0.068 0.166 0.310 0.308 0.062 0.022 0.008 0.002 130 E 0.002 0.015 0.448 0.311 0.150 0.053 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.021 0.167 0.215 0.260 0.205 0.123 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.059 0.119 0.239 0.284 0.289 133 E 0.001 0.008 0.459 0.230 0.185 0.075 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 134 A 0.002 0.021 0.179 0.237 0.228 0.210 0.099 0.017 0.005 0.002 0.001 135 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.063 0.136 0.273 0.295 0.219 136 M 0.001 0.002 0.006 0.031 0.063 0.143 0.307 0.207 0.119 0.076 0.045 137 T 0.011 0.058 0.719 0.115 0.057 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 138 R 0.027 0.048 0.048 0.161 0.182 0.224 0.204 0.064 0.025 0.013 0.005 139 G 0.629 0.090 0.022 0.036 0.028 0.031 0.051 0.037 0.034 0.024 0.017 140 L 0.053 0.169 0.086 0.227 0.180 0.126 0.090 0.032 0.019 0.011 0.008 141 F 0.003 0.004 0.004 0.008 0.014 0.024 0.076 0.114 0.192 0.246 0.315 142 R 0.043 0.100 0.067 0.229 0.223 0.146 0.119 0.041 0.019 0.007 0.005 143 R 0.238 0.125 0.110 0.158 0.117 0.090 0.084 0.038 0.023 0.012 0.007 144 D 0.157 0.119 0.052 0.193 0.151 0.128 0.098 0.043 0.030 0.019 0.011 145 L 0.010 0.010 0.005 0.023 0.039 0.065 0.142 0.172 0.219 0.186 0.129 146 H 0.024 0.120 0.042 0.096 0.107 0.123 0.169 0.104 0.099 0.065 0.051 147 A 0.010 0.011 0.009 0.032 0.050 0.083 0.192 0.162 0.185 0.145 0.120 148 V 0.064 0.033 0.019 0.103 0.165 0.191 0.193 0.092 0.077 0.040 0.022 149 N 0.005 0.017 0.031 0.122 0.136 0.154 0.220 0.136 0.102 0.050 0.027 150 S 0.001 0.001 0.009 0.008 0.010 0.016 0.068 0.116 0.216 0.259 0.295 151 A 0.001 0.001 0.011 0.013 0.018 0.042 0.193 0.172 0.207 0.205 0.138 152 L 0.001 0.003 0.111 0.099 0.120 0.148 0.223 0.118 0.092 0.057 0.029 153 A 0.001 0.001 0.011 0.005 0.007 0.017 0.115 0.140 0.194 0.243 0.268 154 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.085 0.218 0.351 0.310 155 A 0.001 0.001 0.060 0.019 0.018 0.034 0.133 0.146 0.210 0.217 0.161 156 G 0.001 0.002 0.046 0.018 0.029 0.069 0.223 0.177 0.175 0.147 0.114 157 M 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.009 0.078 0.124 0.241 0.291 0.243 158 V 0.001 0.002 0.011 0.008 0.006 0.009 0.045 0.107 0.231 0.312 0.269 159 N 0.003 0.008 0.036 0.041 0.066 0.125 0.237 0.161 0.150 0.104 0.068 160 Y 0.008 0.012 0.069 0.039 0.045 0.074 0.189 0.161 0.190 0.136 0.077 161 F 0.007 0.008 0.017 0.027 0.030 0.050 0.143 0.161 0.218 0.203 0.136 162 F 0.009 0.008 0.013 0.019 0.020 0.041 0.124 0.143 0.209 0.226 0.187 163 L 0.010 0.016 0.031 0.065 0.087 0.114 0.183 0.167 0.165 0.106 0.055 164 S 0.032 0.042 0.067 0.086 0.084 0.104 0.160 0.134 0.143 0.096 0.051 165 T 0.064 0.051 0.064 0.121 0.103 0.115 0.149 0.111 0.105 0.078 0.039 166 L 0.057 0.039 0.046 0.083 0.079 0.101 0.152 0.134 0.134 0.110 0.064 167 A 0.053 0.056 0.074 0.094 0.079 0.092 0.140 0.118 0.123 0.097 0.073 168 T 0.059 0.050 0.073 0.086 0.079 0.097 0.152 0.122 0.121 0.097 0.065 169 E 0.167 0.116 0.106 0.155 0.114 0.097 0.098 0.056 0.048 0.030 0.014 170 G 0.188 0.117 0.100 0.109 0.095 0.083 0.108 0.065 0.065 0.043 0.026 171 L 0.028 0.022 0.019 0.052 0.065 0.078 0.155 0.137 0.172 0.160 0.112 172 T 0.078 0.115 0.068 0.146 0.148 0.127 0.145 0.074 0.056 0.030 0.014 173 S 0.232 0.120 0.104 0.144 0.106 0.085 0.093 0.052 0.038 0.018 0.008 174 H 0.167 0.076 0.031 0.091 0.132 0.127 0.168 0.090 0.060 0.040 0.018 175 S 0.207 0.301 0.072 0.139 0.085 0.054 0.053 0.034 0.028 0.019 0.007 176 P 0.315 0.059 0.022 0.090 0.114 0.116 0.134 0.069 0.047 0.023 0.010 177 D 0.462 0.183 0.065 0.090 0.060 0.039 0.048 0.026 0.015 0.008 0.004 178 Q 0.065 0.379 0.082 0.170 0.110 0.075 0.059 0.029 0.018 0.011 0.005 179 D 0.088 0.100 0.043 0.165 0.190 0.180 0.127 0.060 0.030 0.013 0.005 180 E 0.513 0.178 0.102 0.106 0.057 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 181 E 0.088 0.110 0.298 0.359 0.098 0.030 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 182 L 0.001 0.003 0.011 0.018 0.028 0.074 0.251 0.229 0.189 0.130 0.066 183 I 0.001 0.001 0.022 0.016 0.037 0.104 0.342 0.233 0.140 0.073 0.032 184 R 0.001 0.009 0.532 0.263 0.128 0.049 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.008 0.068 0.107 0.166 0.272 0.276 0.071 0.021 0.008 0.003 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.091 0.268 0.333 0.269 187 V 0.001 0.001 0.022 0.014 0.030 0.083 0.375 0.208 0.131 0.091 0.045 188 A 0.001 0.013 0.499 0.292 0.134 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.019 0.008 0.016 0.047 0.234 0.206 0.209 0.164 0.096 190 F 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.022 0.078 0.225 0.326 0.336 191 T 0.001 0.002 0.030 0.035 0.078 0.184 0.308 0.145 0.108 0.067 0.043 192 R 0.003 0.012 0.174 0.135 0.145 0.191 0.190 0.075 0.045 0.022 0.008 193 G 0.004 0.005 0.010 0.014 0.022 0.053 0.199 0.197 0.214 0.180 0.103 194 I 0.005 0.006 0.008 0.013 0.012 0.021 0.071 0.120 0.204 0.265 0.275 195 M 0.011 0.037 0.053 0.120 0.159 0.158 0.193 0.116 0.082 0.045 0.025 196 A 0.039 0.068 0.108 0.133 0.127 0.141 0.156 0.093 0.072 0.041 0.022 197 D 0.259 0.172 0.092 0.156 0.110 0.071 0.069 0.033 0.020 0.012 0.006 198 G 0.385 0.155 0.053 0.105 0.077 0.062 0.066 0.037 0.030 0.020 0.012 199 G 0.325 0.169 0.049 0.101 0.077 0.063 0.075 0.050 0.041 0.031 0.019 200 A 0.334 0.189 0.052 0.132 0.091 0.062 0.060 0.033 0.024 0.015 0.008 201 A 0.198 0.127 0.041 0.108 0.095 0.088 0.107 0.080 0.074 0.052 0.031 202 P 0.171 0.105 0.033 0.100 0.093 0.086 0.110 0.091 0.091 0.070 0.049 203 A 0.304 0.107 0.030 0.075 0.072 0.065 0.085 0.079 0.080 0.062 0.042