# TARGET T0454 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2180 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.515 0.174 0.005 0.211 0.002 0.004 0.013 0.005 0.011 0.014 2 T 0.006 0.677 0.259 0.001 0.045 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 3 R 0.003 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.748 0.216 0.008 0.002 4 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.064 0.003 0.001 5 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.926 0.042 0.022 0.001 6 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.030 0.014 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.019 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.002 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.011 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.002 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.003 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.838 0.138 0.005 0.001 20 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.148 0.744 0.079 0.014 0.001 21 K 0.002 0.540 0.355 0.014 0.040 0.005 0.016 0.016 0.006 0.005 0.001 22 G 0.030 0.006 0.007 0.026 0.006 0.012 0.021 0.066 0.043 0.532 0.252 23 F 0.085 0.091 0.018 0.020 0.111 0.057 0.058 0.175 0.164 0.140 0.082 24 Y 0.004 0.022 0.015 0.056 0.014 0.083 0.128 0.391 0.223 0.050 0.015 25 G 0.087 0.068 0.089 0.031 0.066 0.024 0.017 0.085 0.099 0.334 0.100 26 V 0.036 0.439 0.189 0.017 0.208 0.009 0.015 0.042 0.012 0.017 0.016 27 S 0.006 0.779 0.159 0.001 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.003 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.123 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.002 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.918 0.070 0.003 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.875 0.074 0.007 0.001 35 A 0.001 0.703 0.256 0.003 0.032 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 36 G 0.049 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.444 0.490 37 A 0.060 0.479 0.160 0.008 0.225 0.003 0.005 0.012 0.010 0.018 0.020 38 S 0.023 0.331 0.157 0.027 0.130 0.030 0.038 0.145 0.068 0.036 0.015 39 I 0.037 0.031 0.010 0.005 0.055 0.009 0.032 0.378 0.386 0.038 0.018 40 S 0.094 0.089 0.029 0.010 0.217 0.011 0.017 0.299 0.122 0.053 0.059 41 M 0.105 0.097 0.013 0.006 0.318 0.005 0.019 0.247 0.078 0.094 0.019 42 I 0.303 0.048 0.005 0.003 0.316 0.004 0.009 0.178 0.046 0.034 0.055 43 S 0.099 0.116 0.014 0.010 0.329 0.016 0.049 0.205 0.079 0.044 0.039 44 Y 0.090 0.070 0.019 0.007 0.118 0.019 0.115 0.373 0.105 0.053 0.031 45 H 0.145 0.085 0.033 0.016 0.135 0.016 0.069 0.166 0.071 0.169 0.096 46 F 0.067 0.251 0.083 0.065 0.148 0.056 0.046 0.076 0.045 0.106 0.058 47 G 0.019 0.045 0.041 0.100 0.031 0.161 0.176 0.118 0.095 0.151 0.062 48 G 0.052 0.124 0.163 0.047 0.057 0.012 0.017 0.113 0.104 0.228 0.082 49 K 0.007 0.023 0.013 0.005 0.013 0.007 0.010 0.573 0.276 0.064 0.009 50 E 0.001 0.018 0.007 0.004 0.005 0.021 0.031 0.790 0.114 0.008 0.001 51 G 0.002 0.003 0.002 0.004 0.003 0.004 0.013 0.841 0.074 0.050 0.005 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.050 0.013 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.057 0.003 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.946 0.043 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.912 0.054 0.005 0.001 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.024 0.810 0.116 0.040 0.002 61 F 0.004 0.023 0.003 0.002 0.009 0.006 0.022 0.638 0.258 0.031 0.005 62 A 0.002 0.010 0.006 0.004 0.003 0.010 0.070 0.722 0.154 0.015 0.003 63 C 0.007 0.013 0.009 0.006 0.009 0.008 0.065 0.576 0.144 0.151 0.012 64 F 0.035 0.062 0.014 0.006 0.053 0.008 0.024 0.415 0.264 0.087 0.031 65 G 0.002 0.008 0.004 0.006 0.004 0.023 0.052 0.669 0.212 0.017 0.003 66 Q 0.009 0.018 0.009 0.002 0.013 0.002 0.014 0.566 0.176 0.182 0.009 67 L 0.021 0.016 0.005 0.001 0.022 0.002 0.008 0.551 0.265 0.093 0.016 68 D 0.003 0.019 0.004 0.003 0.012 0.009 0.024 0.667 0.237 0.017 0.003 69 D 0.023 0.015 0.006 0.002 0.026 0.002 0.028 0.625 0.185 0.076 0.012 70 I 0.015 0.017 0.009 0.005 0.025 0.015 0.075 0.538 0.190 0.100 0.010 71 R 0.031 0.085 0.034 0.025 0.051 0.022 0.074 0.362 0.179 0.112 0.027 72 G 0.018 0.068 0.084 0.072 0.036 0.055 0.079 0.221 0.146 0.199 0.023 73 Q 0.038 0.095 0.057 0.022 0.091 0.038 0.092 0.221 0.135 0.179 0.031 74 A 0.069 0.172 0.089 0.033 0.134 0.034 0.104 0.169 0.065 0.089 0.041 75 G 0.010 0.061 0.136 0.195 0.026 0.095 0.050 0.049 0.041 0.303 0.035 76 D 0.119 0.359 0.150 0.002 0.293 0.001 0.004 0.036 0.007 0.007 0.022 77 P 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.755 0.213 0.010 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.062 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.019 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.002 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.009 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.003 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.002 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.048 0.001 0.001 91 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.875 0.078 0.011 0.001 92 H 0.011 0.011 0.006 0.003 0.015 0.008 0.040 0.598 0.232 0.072 0.005 93 R 0.006 0.024 0.007 0.004 0.011 0.015 0.091 0.627 0.161 0.050 0.004 94 N 0.007 0.033 0.041 0.030 0.016 0.084 0.244 0.103 0.067 0.346 0.026 95 N 0.439 0.034 0.008 0.001 0.379 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.123 96 P 0.004 0.016 0.003 0.001 0.011 0.002 0.003 0.494 0.445 0.019 0.003 97 Q 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.028 0.771 0.139 0.045 0.002 98 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.886 0.083 0.016 0.001 99 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.918 0.061 0.007 0.001 100 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.952 0.031 0.001 0.001 101 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.958 0.018 0.002 0.001 102 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.918 0.043 0.017 0.002 103 T 0.012 0.012 0.002 0.001 0.010 0.003 0.017 0.729 0.178 0.031 0.005 104 S 0.004 0.013 0.004 0.003 0.008 0.009 0.056 0.695 0.192 0.015 0.003 105 E 0.016 0.021 0.010 0.007 0.027 0.018 0.151 0.502 0.165 0.076 0.007 106 L 0.074 0.068 0.024 0.009 0.097 0.014 0.089 0.351 0.127 0.113 0.035 107 T 0.036 0.088 0.045 0.028 0.066 0.065 0.119 0.186 0.137 0.194 0.036 108 N 0.088 0.262 0.195 0.025 0.194 0.013 0.029 0.059 0.029 0.055 0.050 109 P 0.032 0.292 0.180 0.020 0.109 0.010 0.020 0.118 0.093 0.100 0.027 110 T 0.024 0.411 0.157 0.007 0.112 0.005 0.016 0.176 0.057 0.027 0.009 111 P 0.004 0.018 0.008 0.002 0.013 0.006 0.021 0.671 0.227 0.025 0.005 112 C 0.006 0.019 0.009 0.003 0.009 0.004 0.016 0.775 0.099 0.053 0.006 113 F 0.007 0.013 0.003 0.001 0.010 0.002 0.004 0.687 0.167 0.101 0.005 114 A 0.002 0.010 0.003 0.001 0.006 0.002 0.005 0.820 0.139 0.012 0.001 115 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 0.030 0.852 0.094 0.008 0.001 116 I 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.037 0.837 0.065 0.040 0.002 117 V 0.016 0.025 0.007 0.003 0.019 0.002 0.010 0.463 0.170 0.271 0.014 118 S 0.002 0.055 0.027 0.003 0.010 0.002 0.005 0.787 0.099 0.009 0.001 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.895 0.091 0.002 0.001 120 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.927 0.044 0.015 0.001 121 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.087 0.028 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.002 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.002 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.038 0.002 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.031 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.017 0.002 0.001 135 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.035 0.011 0.001 136 M 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.856 0.106 0.009 0.001 137 T 0.002 0.004 0.005 0.004 0.002 0.007 0.041 0.800 0.109 0.024 0.002 138 R 0.002 0.720 0.144 0.019 0.037 0.010 0.025 0.030 0.007 0.006 0.001 139 G 0.029 0.009 0.008 0.012 0.010 0.004 0.006 0.024 0.040 0.608 0.250 140 L 0.067 0.221 0.053 0.006 0.194 0.020 0.099 0.199 0.091 0.037 0.014 141 F 0.089 0.285 0.102 0.019 0.212 0.006 0.010 0.063 0.062 0.079 0.073 142 R 0.065 0.337 0.190 0.029 0.208 0.010 0.018 0.068 0.047 0.010 0.017 143 R 0.012 0.048 0.018 0.004 0.028 0.023 0.074 0.407 0.338 0.039 0.010 144 D 0.086 0.041 0.013 0.002 0.078 0.003 0.019 0.092 0.077 0.490 0.099 145 L 0.049 0.482 0.140 0.006 0.189 0.004 0.009 0.040 0.018 0.047 0.017 146 H 0.080 0.470 0.175 0.002 0.221 0.001 0.002 0.027 0.004 0.006 0.012 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.739 0.252 0.004 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.038 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.005 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.002 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.055 0.002 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.060 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.034 0.001 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.923 0.051 0.005 0.001 158 V 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 0.847 0.101 0.014 0.002 159 N 0.003 0.009 0.002 0.002 0.006 0.008 0.036 0.787 0.129 0.016 0.002 160 Y 0.012 0.015 0.004 0.003 0.020 0.006 0.032 0.768 0.106 0.030 0.005 161 F 0.017 0.021 0.005 0.003 0.032 0.008 0.038 0.740 0.102 0.024 0.008 162 F 0.035 0.030 0.007 0.004 0.049 0.009 0.041 0.663 0.092 0.052 0.018 163 L 0.042 0.083 0.026 0.013 0.078 0.020 0.055 0.437 0.103 0.111 0.033 164 S 0.064 0.133 0.060 0.014 0.127 0.010 0.028 0.352 0.102 0.082 0.027 165 T 0.024 0.069 0.031 0.007 0.057 0.010 0.034 0.571 0.148 0.038 0.011 166 L 0.030 0.047 0.019 0.009 0.042 0.011 0.051 0.545 0.146 0.081 0.019 167 A 0.045 0.046 0.024 0.016 0.052 0.032 0.091 0.496 0.115 0.059 0.023 168 T 0.044 0.112 0.061 0.040 0.089 0.032 0.059 0.295 0.122 0.119 0.026 169 E 0.032 0.184 0.166 0.084 0.071 0.055 0.061 0.162 0.080 0.081 0.025 170 G 0.070 0.086 0.077 0.061 0.091 0.041 0.051 0.191 0.084 0.178 0.070 171 L 0.116 0.125 0.032 0.014 0.174 0.027 0.073 0.165 0.101 0.114 0.059 172 T 0.076 0.223 0.132 0.040 0.192 0.020 0.028 0.096 0.071 0.086 0.038 173 S 0.051 0.185 0.107 0.024 0.150 0.022 0.043 0.198 0.118 0.084 0.018 174 H 0.054 0.108 0.072 0.025 0.093 0.027 0.079 0.138 0.136 0.215 0.052 175 S 0.086 0.303 0.180 0.014 0.272 0.006 0.015 0.054 0.022 0.020 0.030 176 P 0.022 0.115 0.049 0.006 0.059 0.010 0.030 0.391 0.227 0.075 0.015 177 D 0.030 0.133 0.093 0.016 0.070 0.024 0.075 0.250 0.113 0.160 0.036 178 Q 0.060 0.279 0.122 0.008 0.103 0.006 0.014 0.242 0.061 0.072 0.033 179 D 0.009 0.030 0.014 0.001 0.015 0.001 0.002 0.726 0.152 0.042 0.007 180 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.875 0.107 0.006 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.030 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.028 0.006 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.055 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.014 0.001 0.001 190 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.053 0.004 0.001 191 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.873 0.107 0.006 0.001 192 R 0.001 0.019 0.007 0.004 0.003 0.010 0.060 0.782 0.105 0.009 0.001 193 G 0.006 0.003 0.002 0.007 0.004 0.009 0.082 0.644 0.111 0.122 0.010 194 I 0.031 0.056 0.015 0.009 0.058 0.031 0.141 0.394 0.157 0.089 0.019 195 M 0.053 0.211 0.081 0.019 0.124 0.018 0.035 0.234 0.091 0.098 0.035 196 A 0.031 0.186 0.129 0.030 0.102 0.047 0.112 0.233 0.078 0.043 0.011 197 D 0.057 0.180 0.162 0.054 0.136 0.042 0.107 0.105 0.053 0.072 0.032 198 G 0.024 0.172 0.171 0.124 0.065 0.039 0.041 0.105 0.086 0.139 0.034 199 G 0.020 0.096 0.112 0.104 0.050 0.059 0.053 0.132 0.104 0.236 0.033 200 A 0.052 0.257 0.240 0.037 0.133 0.022 0.049 0.057 0.043 0.078 0.032 201 A 0.017 0.384 0.414 0.026 0.080 0.009 0.025 0.024 0.007 0.006 0.008 202 P 0.020 0.433 0.346 0.020 0.089 0.009 0.010 0.029 0.020 0.012 0.011 203 A 0.044 0.248 0.108 0.014 0.114 0.032 0.057 0.141 0.160 0.057 0.026