# TARGET T0454 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2180 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.806 0.150 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 2 T 0.793 0.151 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 3 R 0.691 0.218 0.063 0.023 0.005 0.001 0.001 4 A 0.817 0.142 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 5 D 0.838 0.134 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 6 C 0.204 0.407 0.265 0.105 0.018 0.002 0.001 7 R 0.100 0.202 0.252 0.312 0.123 0.011 0.001 8 S 0.303 0.403 0.209 0.069 0.014 0.001 0.001 9 R 0.046 0.252 0.414 0.234 0.049 0.005 0.001 10 L 0.005 0.005 0.015 0.104 0.471 0.381 0.017 11 M 0.006 0.052 0.189 0.427 0.257 0.065 0.003 12 E 0.035 0.429 0.347 0.147 0.035 0.007 0.001 13 V 0.004 0.012 0.108 0.396 0.413 0.066 0.001 14 A 0.002 0.002 0.003 0.014 0.127 0.674 0.177 15 T 0.010 0.068 0.188 0.371 0.263 0.096 0.005 16 E 0.020 0.249 0.357 0.269 0.088 0.014 0.001 17 L 0.003 0.016 0.063 0.227 0.372 0.276 0.043 18 F 0.004 0.010 0.017 0.083 0.259 0.485 0.142 19 A 0.031 0.142 0.246 0.267 0.210 0.087 0.017 20 Q 0.145 0.315 0.232 0.178 0.093 0.029 0.006 21 K 0.055 0.159 0.234 0.272 0.175 0.085 0.020 22 G 0.042 0.119 0.184 0.236 0.228 0.162 0.028 23 F 0.065 0.080 0.103 0.183 0.287 0.223 0.059 24 Y 0.040 0.131 0.201 0.253 0.187 0.140 0.048 25 G 0.019 0.069 0.154 0.243 0.255 0.199 0.063 26 V 0.005 0.025 0.057 0.114 0.279 0.372 0.148 27 S 0.001 0.005 0.023 0.104 0.308 0.431 0.129 28 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.102 0.540 0.342 29 R 0.002 0.035 0.147 0.393 0.307 0.108 0.007 30 E 0.004 0.101 0.374 0.353 0.140 0.026 0.003 31 L 0.001 0.001 0.004 0.028 0.155 0.557 0.255 32 A 0.001 0.005 0.026 0.155 0.422 0.352 0.039 33 Q 0.026 0.261 0.352 0.209 0.096 0.047 0.009 34 A 0.006 0.058 0.217 0.386 0.246 0.079 0.008 35 A 0.002 0.007 0.022 0.095 0.285 0.467 0.123 36 G 0.046 0.165 0.220 0.255 0.206 0.093 0.015 37 A 0.027 0.095 0.192 0.233 0.203 0.190 0.060 38 S 0.014 0.027 0.053 0.140 0.265 0.350 0.151 39 I 0.023 0.049 0.101 0.173 0.231 0.250 0.173 40 S 0.057 0.085 0.082 0.112 0.145 0.258 0.263 41 M 0.023 0.025 0.041 0.074 0.147 0.269 0.421 42 I 0.005 0.011 0.014 0.034 0.090 0.360 0.486 43 S 0.009 0.027 0.084 0.214 0.265 0.258 0.143 44 Y 0.018 0.084 0.110 0.161 0.186 0.328 0.112 45 H 0.008 0.023 0.054 0.160 0.324 0.325 0.106 46 F 0.013 0.043 0.091 0.220 0.295 0.307 0.032 47 G 0.096 0.242 0.269 0.238 0.116 0.034 0.005 48 G 0.033 0.159 0.240 0.253 0.177 0.124 0.015 49 K 0.006 0.029 0.094 0.264 0.377 0.208 0.023 50 E 0.070 0.318 0.300 0.205 0.083 0.023 0.002 51 G 0.020 0.133 0.326 0.335 0.156 0.028 0.002 52 L 0.002 0.005 0.016 0.079 0.335 0.527 0.038 53 Y 0.002 0.017 0.049 0.183 0.386 0.329 0.033 54 A 0.021 0.199 0.295 0.294 0.138 0.050 0.003 55 A 0.004 0.025 0.170 0.441 0.303 0.055 0.002 56 V 0.008 0.012 0.015 0.042 0.186 0.608 0.130 57 L 0.007 0.021 0.057 0.232 0.403 0.262 0.017 58 Q 0.030 0.243 0.334 0.243 0.114 0.032 0.004 59 E 0.022 0.101 0.247 0.389 0.198 0.040 0.003 60 Q 0.007 0.025 0.053 0.155 0.337 0.385 0.038 61 F 0.023 0.084 0.194 0.301 0.289 0.102 0.005 62 A 0.250 0.456 0.194 0.073 0.022 0.005 0.001 63 C 0.053 0.142 0.248 0.334 0.175 0.044 0.004 64 F 0.037 0.086 0.178 0.312 0.271 0.108 0.006 65 G 0.461 0.363 0.124 0.039 0.011 0.002 0.001 66 Q 0.425 0.296 0.163 0.086 0.024 0.004 0.001 67 L 0.080 0.101 0.177 0.312 0.256 0.072 0.003 68 D 0.351 0.331 0.197 0.092 0.025 0.004 0.001 69 D 0.484 0.339 0.124 0.041 0.010 0.002 0.001 70 I 0.124 0.199 0.275 0.253 0.125 0.023 0.001 71 R 0.201 0.277 0.257 0.185 0.068 0.013 0.001 72 G 0.557 0.267 0.109 0.048 0.016 0.003 0.001 73 Q 0.580 0.259 0.104 0.042 0.012 0.002 0.001 74 A 0.521 0.253 0.119 0.072 0.028 0.007 0.001 75 G 0.458 0.263 0.153 0.085 0.031 0.008 0.001 76 D 0.330 0.367 0.180 0.086 0.029 0.007 0.001 77 P 0.046 0.070 0.127 0.284 0.333 0.127 0.012 78 L 0.041 0.175 0.275 0.302 0.155 0.048 0.005 79 A 0.106 0.366 0.313 0.151 0.050 0.012 0.001 80 V 0.007 0.046 0.184 0.341 0.309 0.105 0.008 81 M 0.001 0.002 0.004 0.027 0.184 0.632 0.149 82 T 0.003 0.042 0.190 0.409 0.269 0.082 0.005 83 A 0.010 0.066 0.213 0.359 0.245 0.099 0.008 84 Y 0.003 0.008 0.013 0.034 0.139 0.561 0.242 85 L 0.001 0.003 0.008 0.039 0.164 0.501 0.283 86 R 0.010 0.083 0.218 0.314 0.228 0.115 0.033 87 W 0.015 0.061 0.137 0.264 0.310 0.173 0.039 88 T 0.004 0.019 0.045 0.120 0.271 0.442 0.100 89 I 0.012 0.023 0.049 0.141 0.323 0.378 0.073 90 Q 0.085 0.265 0.275 0.227 0.110 0.032 0.005 91 R 0.052 0.161 0.234 0.300 0.183 0.063 0.008 92 H 0.026 0.055 0.104 0.243 0.330 0.216 0.027 93 R 0.125 0.239 0.268 0.224 0.111 0.029 0.003 94 N 0.468 0.331 0.124 0.052 0.019 0.006 0.001 95 N 0.174 0.262 0.255 0.190 0.087 0.027 0.004 96 P 0.182 0.246 0.230 0.190 0.107 0.039 0.006 97 Q 0.143 0.224 0.219 0.192 0.133 0.071 0.018 98 L 0.029 0.049 0.087 0.159 0.245 0.315 0.116 99 L 0.020 0.033 0.052 0.128 0.241 0.364 0.162 100 R 0.025 0.066 0.136 0.236 0.237 0.212 0.088 101 F 0.030 0.032 0.054 0.111 0.202 0.361 0.211 102 Y 0.030 0.027 0.033 0.063 0.150 0.388 0.308 103 T 0.044 0.049 0.079 0.146 0.217 0.294 0.172 104 S 0.073 0.132 0.153 0.199 0.199 0.164 0.078 105 E 0.063 0.104 0.141 0.206 0.239 0.193 0.053 106 L 0.055 0.080 0.117 0.191 0.261 0.242 0.054 107 T 0.144 0.202 0.200 0.202 0.151 0.083 0.018 108 N 0.227 0.257 0.204 0.161 0.098 0.043 0.010 109 P 0.268 0.268 0.192 0.146 0.082 0.038 0.008 110 T 0.253 0.294 0.217 0.142 0.065 0.025 0.004 111 P 0.588 0.242 0.091 0.043 0.022 0.011 0.004 112 C 0.122 0.217 0.238 0.222 0.135 0.056 0.009 113 F 0.040 0.049 0.084 0.239 0.348 0.217 0.024 114 A 0.075 0.269 0.336 0.229 0.073 0.016 0.002 115 A 0.237 0.457 0.219 0.068 0.015 0.003 0.001 116 I 0.020 0.063 0.173 0.340 0.297 0.101 0.005 117 V 0.018 0.019 0.047 0.166 0.397 0.330 0.023 118 S 0.128 0.355 0.331 0.151 0.032 0.004 0.001 119 P 0.269 0.432 0.203 0.074 0.018 0.004 0.001 120 A 0.019 0.066 0.139 0.263 0.306 0.193 0.015 121 I 0.013 0.040 0.095 0.256 0.368 0.212 0.015 122 A 0.167 0.368 0.289 0.130 0.038 0.007 0.001 123 S 0.099 0.219 0.294 0.250 0.111 0.025 0.002 124 V 0.014 0.021 0.033 0.085 0.269 0.499 0.079 125 I 0.008 0.040 0.113 0.331 0.343 0.156 0.008 126 R 0.023 0.243 0.403 0.240 0.077 0.013 0.001 127 L 0.002 0.011 0.070 0.305 0.467 0.139 0.006 128 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.653 0.273 129 A 0.002 0.027 0.134 0.407 0.321 0.105 0.004 130 E 0.008 0.161 0.413 0.318 0.090 0.010 0.001 131 S 0.001 0.009 0.040 0.196 0.404 0.322 0.027 132 I 0.001 0.002 0.004 0.048 0.321 0.538 0.086 133 E 0.039 0.322 0.400 0.187 0.046 0.006 0.001 134 A 0.096 0.480 0.286 0.114 0.021 0.002 0.001 135 G 0.007 0.038 0.127 0.371 0.344 0.109 0.004 136 M 0.025 0.134 0.314 0.339 0.165 0.023 0.001 137 T 0.490 0.378 0.099 0.026 0.006 0.001 0.001 138 R 0.237 0.348 0.265 0.117 0.028 0.004 0.001 139 G 0.211 0.290 0.233 0.166 0.074 0.025 0.002 140 L 0.108 0.259 0.266 0.214 0.113 0.037 0.003 141 F 0.016 0.030 0.093 0.283 0.405 0.164 0.010 142 R 0.118 0.271 0.301 0.207 0.080 0.021 0.002 143 R 0.338 0.346 0.177 0.090 0.036 0.012 0.002 144 D 0.261 0.283 0.212 0.137 0.071 0.030 0.006 145 L 0.037 0.065 0.130 0.251 0.302 0.187 0.028 146 H 0.054 0.158 0.193 0.205 0.180 0.161 0.049 147 A 0.031 0.059 0.088 0.166 0.253 0.282 0.122 148 V 0.023 0.075 0.122 0.195 0.254 0.249 0.083 149 N 0.011 0.045 0.119 0.210 0.276 0.240 0.100 150 S 0.007 0.013 0.027 0.062 0.130 0.346 0.416 151 A 0.008 0.014 0.019 0.044 0.136 0.357 0.421 152 L 0.004 0.010 0.034 0.108 0.208 0.315 0.320 153 A 0.004 0.005 0.007 0.018 0.057 0.244 0.665 154 L 0.002 0.003 0.003 0.006 0.019 0.131 0.837 155 A 0.003 0.005 0.011 0.032 0.066 0.179 0.704 156 G 0.003 0.006 0.013 0.031 0.064 0.201 0.682 157 M 0.003 0.006 0.009 0.023 0.051 0.207 0.702 158 V 0.002 0.006 0.011 0.033 0.075 0.278 0.595 159 N 0.004 0.017 0.033 0.090 0.157 0.311 0.389 160 Y 0.004 0.014 0.031 0.069 0.142 0.348 0.391 161 F 0.003 0.011 0.026 0.069 0.155 0.427 0.308 162 F 0.010 0.023 0.038 0.078 0.164 0.362 0.324 163 L 0.017 0.041 0.069 0.152 0.251 0.316 0.154 164 S 0.055 0.089 0.115 0.159 0.206 0.244 0.133 165 T 0.069 0.151 0.185 0.206 0.167 0.151 0.070 166 L 0.099 0.135 0.174 0.222 0.198 0.130 0.042 167 A 0.126 0.121 0.139 0.183 0.196 0.170 0.066 168 T 0.260 0.120 0.112 0.147 0.162 0.150 0.048 169 E 0.194 0.223 0.235 0.189 0.107 0.042 0.010 170 G 0.131 0.141 0.170 0.218 0.186 0.120 0.034 171 L 0.102 0.125 0.164 0.217 0.226 0.140 0.026 172 T 0.241 0.232 0.205 0.181 0.102 0.035 0.003 173 S 0.398 0.242 0.161 0.120 0.060 0.017 0.002 174 H 0.364 0.237 0.179 0.130 0.070 0.018 0.002 175 S 0.383 0.311 0.176 0.090 0.032 0.008 0.001 176 P 0.346 0.311 0.184 0.105 0.042 0.011 0.001 177 D 0.480 0.246 0.128 0.080 0.045 0.017 0.002 178 Q 0.390 0.304 0.157 0.100 0.038 0.010 0.001 179 D 0.149 0.209 0.243 0.249 0.119 0.029 0.002 180 E 0.336 0.353 0.195 0.082 0.027 0.007 0.001 181 E 0.211 0.454 0.245 0.070 0.017 0.003 0.001 182 L 0.010 0.038 0.106 0.282 0.366 0.185 0.012 183 I 0.007 0.027 0.074 0.273 0.401 0.203 0.015 184 R 0.033 0.270 0.387 0.229 0.065 0.015 0.001 185 Q 0.007 0.029 0.139 0.367 0.340 0.111 0.006 186 Y 0.001 0.002 0.004 0.010 0.073 0.589 0.321 187 V 0.001 0.006 0.026 0.132 0.327 0.418 0.089 188 A 0.003 0.047 0.192 0.368 0.261 0.108 0.021 189 I 0.001 0.003 0.013 0.073 0.286 0.512 0.111 190 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.349 0.607 191 T 0.004 0.017 0.053 0.152 0.296 0.356 0.121 192 R 0.012 0.086 0.202 0.309 0.251 0.103 0.038 193 G 0.005 0.020 0.053 0.172 0.321 0.346 0.084 194 I 0.006 0.015 0.032 0.119 0.335 0.417 0.077 195 M 0.054 0.167 0.241 0.270 0.192 0.068 0.008 196 A 0.255 0.318 0.215 0.135 0.059 0.015 0.002 197 D 0.364 0.321 0.176 0.098 0.031 0.007 0.001 198 G 0.477 0.269 0.147 0.078 0.025 0.005 0.001 199 G 0.537 0.233 0.122 0.072 0.029 0.007 0.001 200 A 0.531 0.262 0.127 0.057 0.019 0.004 0.001 201 A 0.416 0.289 0.167 0.088 0.031 0.008 0.001 202 P 0.465 0.201 0.132 0.111 0.063 0.025 0.003 203 A 0.534 0.189 0.113 0.085 0.053 0.022 0.004