# TARGET T0454 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1474 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.001 0.007 0.004 0.031 0.003 0.020 0.936 3 R 0.001 0.001 0.026 0.298 0.265 0.107 0.303 4 A 0.001 0.001 0.037 0.645 0.070 0.158 0.089 5 D 0.001 0.002 0.041 0.745 0.048 0.092 0.073 6 C 0.001 0.002 0.012 0.860 0.029 0.035 0.060 7 R 0.001 0.001 0.002 0.973 0.006 0.008 0.010 8 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 9 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 10 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.003 18 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.003 19 A 0.001 0.001 0.005 0.969 0.002 0.020 0.003 20 Q 0.001 0.001 0.009 0.790 0.005 0.191 0.004 21 K 0.001 0.001 0.005 0.238 0.017 0.732 0.007 22 G 0.001 0.002 0.009 0.049 0.089 0.738 0.113 23 F 0.006 0.005 0.026 0.010 0.113 0.041 0.799 24 Y 0.079 0.007 0.129 0.028 0.272 0.165 0.320 25 G 0.248 0.021 0.122 0.035 0.100 0.223 0.250 26 V 0.406 0.053 0.007 0.022 0.132 0.010 0.369 27 S 0.328 0.073 0.001 0.031 0.042 0.003 0.522 28 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.001 29 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.030 0.001 34 A 0.001 0.001 0.007 0.873 0.005 0.111 0.003 35 A 0.001 0.002 0.016 0.307 0.036 0.620 0.019 36 G 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.895 0.073 37 A 0.002 0.007 0.001 0.002 0.067 0.006 0.914 38 S 0.024 0.014 0.002 0.004 0.032 0.004 0.919 39 I 0.024 0.006 0.176 0.562 0.075 0.068 0.089 40 S 0.034 0.002 0.161 0.700 0.027 0.045 0.030 41 M 0.062 0.004 0.170 0.699 0.014 0.029 0.022 42 I 0.082 0.002 0.067 0.789 0.008 0.027 0.025 43 S 0.110 0.007 0.108 0.658 0.019 0.058 0.041 44 Y 0.128 0.008 0.142 0.494 0.061 0.121 0.046 45 H 0.086 0.007 0.121 0.308 0.095 0.242 0.142 46 F 0.031 0.021 0.064 0.090 0.193 0.271 0.328 47 G 0.009 0.008 0.028 0.030 0.436 0.305 0.184 48 G 0.013 0.010 0.010 0.053 0.397 0.085 0.431 49 K 0.001 0.001 0.027 0.937 0.012 0.012 0.011 50 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.006 0.002 51 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.954 0.003 0.041 0.002 59 E 0.001 0.001 0.001 0.889 0.009 0.081 0.019 60 Q 0.001 0.002 0.003 0.849 0.018 0.065 0.063 61 F 0.001 0.002 0.008 0.837 0.036 0.055 0.060 62 A 0.002 0.001 0.014 0.833 0.039 0.072 0.040 63 C 0.001 0.001 0.009 0.861 0.022 0.061 0.044 64 F 0.001 0.002 0.007 0.870 0.024 0.039 0.057 65 G 0.002 0.001 0.008 0.889 0.021 0.048 0.031 66 Q 0.003 0.001 0.010 0.871 0.018 0.064 0.033 67 L 0.002 0.002 0.012 0.868 0.021 0.054 0.042 68 D 0.003 0.003 0.022 0.841 0.027 0.056 0.049 69 D 0.004 0.002 0.055 0.757 0.028 0.106 0.048 70 I 0.003 0.003 0.081 0.587 0.044 0.217 0.066 71 R 0.003 0.005 0.089 0.430 0.067 0.276 0.130 72 G 0.002 0.004 0.105 0.182 0.126 0.188 0.393 73 Q 0.002 0.003 0.158 0.107 0.088 0.299 0.343 74 A 0.002 0.003 0.091 0.050 0.153 0.460 0.240 75 G 0.002 0.009 0.025 0.023 0.460 0.158 0.323 76 D 0.003 0.021 0.003 0.025 0.222 0.012 0.714 77 P 0.001 0.001 0.026 0.906 0.015 0.022 0.030 78 L 0.001 0.001 0.011 0.965 0.005 0.012 0.006 79 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.003 0.006 0.003 80 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.004 0.003 81 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 82 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 85 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 86 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.003 89 I 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.011 0.003 90 Q 0.001 0.001 0.007 0.942 0.004 0.042 0.005 91 R 0.001 0.001 0.010 0.883 0.011 0.085 0.010 92 H 0.002 0.002 0.023 0.814 0.025 0.102 0.032 93 R 0.002 0.002 0.047 0.595 0.054 0.252 0.048 94 N 0.003 0.003 0.035 0.494 0.148 0.224 0.094 95 N 0.002 0.003 0.012 0.158 0.276 0.059 0.491 96 P 0.002 0.001 0.043 0.470 0.087 0.265 0.132 97 Q 0.006 0.003 0.045 0.593 0.052 0.225 0.076 98 L 0.013 0.003 0.029 0.820 0.035 0.039 0.062 99 L 0.036 0.003 0.008 0.893 0.008 0.011 0.040 100 R 0.055 0.003 0.005 0.899 0.011 0.007 0.020 101 F 0.076 0.002 0.007 0.889 0.006 0.007 0.013 102 Y 0.055 0.001 0.006 0.911 0.005 0.011 0.011 103 T 0.044 0.001 0.008 0.912 0.008 0.018 0.010 104 S 0.031 0.001 0.012 0.893 0.014 0.031 0.019 105 E 0.020 0.002 0.025 0.820 0.025 0.074 0.033 106 L 0.018 0.006 0.039 0.699 0.049 0.124 0.065 107 T 0.014 0.006 0.046 0.524 0.101 0.187 0.123 108 N 0.009 0.006 0.043 0.320 0.158 0.263 0.200 109 P 0.004 0.006 0.030 0.192 0.241 0.137 0.391 110 T 0.003 0.005 0.039 0.264 0.172 0.085 0.433 111 P 0.001 0.002 0.081 0.612 0.070 0.145 0.089 112 C 0.001 0.002 0.069 0.704 0.037 0.098 0.089 113 F 0.001 0.002 0.038 0.816 0.021 0.046 0.076 114 A 0.001 0.001 0.013 0.910 0.018 0.028 0.030 115 A 0.002 0.001 0.011 0.926 0.011 0.024 0.025 116 I 0.001 0.001 0.008 0.941 0.011 0.020 0.018 117 V 0.001 0.001 0.005 0.949 0.007 0.025 0.012 118 S 0.001 0.001 0.006 0.925 0.009 0.049 0.009 119 P 0.001 0.001 0.009 0.887 0.010 0.079 0.014 120 A 0.001 0.001 0.014 0.854 0.019 0.073 0.039 121 I 0.001 0.001 0.012 0.869 0.024 0.059 0.034 122 A 0.001 0.001 0.012 0.871 0.026 0.062 0.029 123 S 0.001 0.001 0.009 0.900 0.016 0.047 0.027 124 V 0.001 0.001 0.004 0.943 0.010 0.021 0.022 125 I 0.001 0.001 0.001 0.973 0.007 0.011 0.007 126 R 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.009 0.004 127 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.003 128 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 129 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.968 0.003 0.025 0.004 135 G 0.001 0.001 0.002 0.948 0.012 0.020 0.017 136 M 0.001 0.001 0.011 0.928 0.011 0.030 0.017 137 T 0.001 0.001 0.018 0.845 0.012 0.109 0.013 138 R 0.001 0.001 0.014 0.392 0.033 0.534 0.026 139 G 0.002 0.003 0.012 0.086 0.121 0.634 0.143 140 L 0.012 0.013 0.019 0.026 0.209 0.071 0.651 141 F 0.029 0.071 0.057 0.041 0.176 0.038 0.587 142 R 0.015 0.015 0.089 0.020 0.145 0.057 0.658 143 R 0.007 0.003 0.180 0.029 0.132 0.449 0.200 144 D 0.009 0.008 0.124 0.021 0.155 0.472 0.212 145 L 0.007 0.027 0.012 0.012 0.371 0.023 0.549 146 H 0.005 0.007 0.001 0.014 0.062 0.004 0.907 147 A 0.001 0.001 0.016 0.958 0.006 0.012 0.008 148 V 0.001 0.001 0.006 0.981 0.003 0.007 0.002 149 N 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.001 157 M 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.015 0.004 158 V 0.002 0.001 0.005 0.960 0.004 0.022 0.006 159 N 0.003 0.001 0.009 0.926 0.006 0.050 0.006 160 Y 0.004 0.001 0.012 0.908 0.012 0.050 0.012 161 F 0.005 0.001 0.014 0.924 0.011 0.028 0.015 162 F 0.009 0.002 0.021 0.899 0.014 0.039 0.017 163 L 0.015 0.003 0.035 0.795 0.022 0.102 0.028 164 S 0.013 0.003 0.032 0.730 0.035 0.138 0.049 165 T 0.008 0.002 0.031 0.792 0.041 0.071 0.055 166 L 0.009 0.002 0.055 0.792 0.029 0.067 0.047 167 A 0.009 0.003 0.065 0.748 0.033 0.088 0.054 168 T 0.012 0.005 0.068 0.723 0.034 0.089 0.070 169 E 0.014 0.003 0.093 0.663 0.047 0.122 0.057 170 G 0.014 0.004 0.106 0.613 0.053 0.142 0.069 171 L 0.010 0.009 0.096 0.555 0.081 0.136 0.113 172 T 0.014 0.011 0.058 0.335 0.129 0.294 0.159 173 S 0.009 0.005 0.053 0.115 0.139 0.373 0.306 174 H 0.008 0.011 0.082 0.114 0.233 0.143 0.408 175 S 0.011 0.013 0.087 0.118 0.205 0.113 0.454 176 P 0.007 0.008 0.138 0.174 0.161 0.243 0.271 177 D 0.004 0.008 0.073 0.176 0.130 0.142 0.466 178 Q 0.002 0.003 0.016 0.219 0.080 0.028 0.653 179 D 0.001 0.001 0.012 0.908 0.014 0.028 0.036 180 E 0.001 0.001 0.006 0.944 0.010 0.021 0.017 181 E 0.001 0.001 0.004 0.964 0.005 0.014 0.012 182 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.005 0.004 183 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 184 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.019 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.023 0.003 189 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 190 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 191 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 192 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 193 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 194 I 0.001 0.001 0.005 0.973 0.002 0.018 0.001 195 M 0.001 0.001 0.010 0.903 0.004 0.079 0.003 196 A 0.001 0.001 0.017 0.811 0.015 0.137 0.017 197 D 0.006 0.011 0.025 0.493 0.136 0.187 0.142 198 G 0.010 0.012 0.019 0.110 0.218 0.223 0.408 199 G 0.014 0.009 0.025 0.086 0.228 0.110 0.528 200 A 0.022 0.017 0.037 0.081 0.259 0.103 0.481 201 A 0.023 0.015 0.040 0.099 0.207 0.142 0.475 202 P 0.009 0.007 0.015 0.051 0.008 0.094 0.817 203 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997