# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.038 0.002 0.015 0.034 0.040 0.165 0.002 0.001 0.038 0.660 2 T 0.103 0.614 0.001 0.004 0.003 0.005 0.024 0.008 0.001 0.047 0.191 3 R 0.115 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.015 0.080 4 A 0.030 0.437 0.004 0.003 0.003 0.006 0.046 0.003 0.001 0.244 0.223 5 D 0.018 0.492 0.007 0.011 0.003 0.009 0.030 0.003 0.001 0.269 0.156 6 C 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.040 0.031 7 R 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 8 S 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.013 9 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 10 L 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 11 M 0.002 0.210 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.772 0.005 12 E 0.008 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.146 0.013 13 V 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.036 0.010 14 A 0.002 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.005 15 T 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.022 16 E 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 17 L 0.042 0.723 0.041 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.019 0.106 0.028 18 F 0.192 0.114 0.267 0.003 0.001 0.002 0.024 0.033 0.107 0.141 0.117 19 A 0.583 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.002 0.011 0.315 20 Q 0.058 0.058 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 0.002 0.001 0.015 0.798 21 K 0.011 0.048 0.010 0.008 0.001 0.004 0.114 0.003 0.002 0.022 0.777 22 G 0.163 0.072 0.004 0.015 0.005 0.010 0.103 0.006 0.002 0.032 0.587 23 F 0.074 0.037 0.001 0.039 0.010 0.009 0.084 0.004 0.001 0.067 0.675 24 Y 0.022 0.208 0.001 0.059 0.017 0.030 0.074 0.003 0.001 0.053 0.533 25 G 0.013 0.439 0.001 0.054 0.006 0.011 0.043 0.002 0.001 0.117 0.312 26 V 0.004 0.650 0.001 0.068 0.013 0.015 0.028 0.002 0.001 0.076 0.142 27 S 0.005 0.957 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.011 28 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 29 R 0.003 0.736 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.240 0.008 30 E 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 31 L 0.029 0.898 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.006 0.020 0.014 32 A 0.018 0.011 0.426 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.461 0.019 0.009 33 Q 0.950 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.034 34 A 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 0.949 35 A 0.004 0.010 0.002 0.003 0.001 0.002 0.154 0.001 0.001 0.015 0.808 36 G 0.023 0.015 0.002 0.008 0.001 0.003 0.138 0.002 0.001 0.025 0.783 37 A 0.005 0.009 0.001 0.015 0.005 0.005 0.159 0.001 0.001 0.023 0.779 38 S 0.092 0.305 0.001 0.063 0.010 0.021 0.055 0.007 0.001 0.063 0.383 39 I 0.055 0.191 0.002 0.044 0.007 0.016 0.071 0.003 0.001 0.291 0.320 40 S 0.007 0.122 0.003 0.360 0.008 0.030 0.058 0.001 0.001 0.246 0.166 41 M 0.015 0.155 0.004 0.258 0.062 0.174 0.036 0.002 0.001 0.153 0.141 42 I 0.022 0.081 0.003 0.193 0.142 0.276 0.039 0.004 0.001 0.075 0.165 43 S 0.014 0.018 0.003 0.040 0.193 0.436 0.033 0.001 0.002 0.074 0.186 44 Y 0.010 0.005 0.004 0.047 0.248 0.409 0.032 0.001 0.001 0.053 0.189 45 H 0.224 0.008 0.003 0.026 0.113 0.146 0.054 0.003 0.001 0.062 0.360 46 F 0.303 0.003 0.001 0.023 0.037 0.022 0.088 0.001 0.001 0.046 0.476 47 G 0.003 0.004 0.001 0.009 0.006 0.006 0.051 0.001 0.001 0.010 0.910 48 G 0.133 0.204 0.001 0.002 0.005 0.003 0.028 0.004 0.001 0.014 0.607 49 K 0.097 0.722 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.004 0.001 0.043 0.113 50 E 0.001 0.850 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.084 0.053 51 G 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 52 L 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 53 Y 0.002 0.946 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 54 A 0.003 0.871 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.111 0.009 55 A 0.005 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.008 56 V 0.008 0.833 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.123 0.014 57 L 0.013 0.934 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.018 58 Q 0.036 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.030 0.048 59 E 0.018 0.875 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.014 0.071 60 Q 0.032 0.858 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.002 0.015 0.066 61 F 0.107 0.658 0.014 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.005 0.046 0.138 62 A 0.083 0.520 0.008 0.004 0.002 0.002 0.034 0.006 0.004 0.061 0.276 63 C 0.064 0.632 0.006 0.004 0.001 0.002 0.022 0.017 0.003 0.027 0.221 64 F 0.102 0.540 0.012 0.006 0.001 0.002 0.034 0.024 0.005 0.047 0.226 65 G 0.066 0.374 0.011 0.008 0.003 0.005 0.043 0.009 0.004 0.072 0.405 66 Q 0.069 0.539 0.004 0.006 0.002 0.004 0.030 0.010 0.002 0.030 0.304 67 L 0.097 0.475 0.010 0.007 0.003 0.004 0.045 0.028 0.006 0.061 0.263 68 D 0.159 0.313 0.025 0.008 0.004 0.008 0.052 0.029 0.014 0.063 0.324 69 D 0.215 0.174 0.009 0.012 0.005 0.010 0.051 0.013 0.006 0.053 0.453 70 I 0.157 0.076 0.011 0.021 0.006 0.008 0.066 0.013 0.007 0.041 0.594 71 R 0.097 0.026 0.018 0.021 0.011 0.015 0.112 0.007 0.006 0.062 0.625 72 G 0.081 0.011 0.003 0.018 0.004 0.007 0.089 0.005 0.002 0.040 0.739 73 Q 0.134 0.013 0.001 0.010 0.002 0.003 0.099 0.002 0.001 0.026 0.710 74 A 0.004 0.021 0.001 0.009 0.003 0.004 0.120 0.001 0.001 0.019 0.819 75 G 0.008 0.219 0.001 0.010 0.002 0.003 0.071 0.002 0.001 0.024 0.660 76 D 0.049 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.010 0.042 77 P 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.021 78 L 0.009 0.219 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.736 0.022 79 A 0.012 0.899 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.065 0.014 80 V 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.007 81 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 82 T 0.003 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.009 83 A 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.056 0.012 84 Y 0.003 0.259 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.720 0.006 85 L 0.004 0.939 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.011 86 R 0.005 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.088 0.018 87 W 0.009 0.865 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.003 0.067 0.029 88 T 0.033 0.778 0.012 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.004 0.114 0.037 89 I 0.070 0.692 0.015 0.003 0.003 0.003 0.014 0.007 0.002 0.071 0.121 90 Q 0.083 0.308 0.020 0.006 0.005 0.007 0.066 0.007 0.006 0.242 0.249 91 R 0.129 0.113 0.032 0.011 0.004 0.010 0.094 0.027 0.019 0.171 0.388 92 H 0.358 0.028 0.010 0.010 0.003 0.004 0.089 0.008 0.006 0.085 0.399 93 R 0.009 0.012 0.003 0.009 0.006 0.006 0.122 0.001 0.001 0.024 0.809 94 N 0.021 0.110 0.002 0.004 0.001 0.003 0.068 0.002 0.001 0.014 0.776 95 N 0.247 0.518 0.002 0.002 0.002 0.002 0.035 0.008 0.001 0.021 0.163 96 P 0.032 0.684 0.001 0.002 0.001 0.003 0.035 0.003 0.001 0.032 0.206 97 Q 0.015 0.811 0.001 0.007 0.002 0.010 0.015 0.001 0.001 0.035 0.102 98 L 0.018 0.774 0.001 0.012 0.004 0.015 0.019 0.004 0.001 0.064 0.088 99 L 0.013 0.168 0.003 0.031 0.028 0.039 0.024 0.002 0.001 0.613 0.077 100 R 0.013 0.242 0.006 0.042 0.042 0.073 0.023 0.002 0.001 0.471 0.084 101 F 0.024 0.418 0.008 0.040 0.042 0.042 0.034 0.007 0.001 0.251 0.133 102 Y 0.085 0.413 0.020 0.032 0.053 0.051 0.039 0.029 0.004 0.130 0.144 103 T 0.099 0.102 0.018 0.019 0.033 0.060 0.066 0.007 0.007 0.288 0.301 104 S 0.048 0.044 0.015 0.043 0.025 0.032 0.095 0.006 0.004 0.134 0.554 105 E 0.166 0.035 0.009 0.030 0.020 0.022 0.141 0.010 0.003 0.100 0.462 106 L 0.033 0.008 0.002 0.014 0.008 0.011 0.160 0.003 0.001 0.050 0.709 107 T 0.017 0.008 0.001 0.011 0.003 0.005 0.117 0.001 0.001 0.034 0.803 108 N 0.014 0.028 0.001 0.023 0.005 0.007 0.146 0.002 0.001 0.044 0.729 109 P 0.032 0.224 0.001 0.008 0.002 0.003 0.093 0.010 0.001 0.021 0.605 110 T 0.177 0.606 0.002 0.002 0.002 0.002 0.022 0.015 0.001 0.022 0.148 111 P 0.044 0.740 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.017 0.164 112 C 0.045 0.798 0.003 0.004 0.001 0.004 0.013 0.006 0.001 0.017 0.108 113 F 0.149 0.672 0.006 0.004 0.001 0.004 0.017 0.018 0.003 0.021 0.105 114 A 0.177 0.223 0.013 0.012 0.008 0.016 0.055 0.018 0.007 0.172 0.298 115 A 0.083 0.129 0.008 0.017 0.011 0.018 0.075 0.006 0.004 0.169 0.481 116 I 0.017 0.389 0.006 0.014 0.012 0.009 0.061 0.004 0.001 0.096 0.390 117 V 0.012 0.851 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.012 0.103 118 S 0.043 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.019 0.040 119 P 0.025 0.587 0.005 0.003 0.001 0.003 0.024 0.009 0.003 0.201 0.139 120 A 0.017 0.743 0.006 0.002 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.158 0.055 121 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 122 A 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.011 123 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 124 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 125 I 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 126 R 0.005 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.135 0.011 127 L 0.004 0.447 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.523 0.014 128 L 0.003 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.004 129 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 130 E 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.042 0.007 131 S 0.009 0.897 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.070 0.009 132 I 0.011 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.011 133 E 0.014 0.384 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.511 0.067 134 A 0.041 0.455 0.028 0.003 0.001 0.001 0.061 0.009 0.013 0.259 0.131 135 G 0.081 0.179 0.142 0.004 0.001 0.001 0.055 0.039 0.049 0.267 0.182 136 M 0.419 0.106 0.021 0.004 0.001 0.001 0.050 0.018 0.010 0.047 0.323 137 T 0.092 0.117 0.003 0.002 0.001 0.001 0.050 0.003 0.001 0.010 0.720 138 R 0.018 0.045 0.002 0.005 0.001 0.003 0.075 0.003 0.001 0.013 0.835 139 G 0.086 0.051 0.005 0.028 0.006 0.010 0.167 0.003 0.002 0.066 0.577 140 L 0.015 0.019 0.003 0.056 0.013 0.020 0.139 0.002 0.001 0.051 0.681 141 F 0.092 0.055 0.003 0.123 0.008 0.012 0.080 0.008 0.001 0.052 0.567 142 R 0.333 0.062 0.003 0.049 0.007 0.009 0.074 0.011 0.002 0.113 0.337 143 R 0.027 0.084 0.001 0.050 0.003 0.007 0.094 0.002 0.001 0.040 0.692 144 D 0.025 0.234 0.002 0.029 0.005 0.011 0.082 0.004 0.001 0.069 0.538 145 L 0.039 0.205 0.004 0.015 0.007 0.009 0.096 0.010 0.001 0.253 0.359 146 H 0.045 0.430 0.003 0.007 0.003 0.004 0.031 0.008 0.002 0.358 0.110 147 A 0.009 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.033 0.038 148 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 149 N 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 150 S 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 151 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 152 L 0.004 0.809 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.176 0.005 153 A 0.007 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.077 0.010 154 L 0.006 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.033 0.011 155 A 0.023 0.619 0.016 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.004 0.282 0.036 156 G 0.037 0.779 0.018 0.002 0.001 0.002 0.014 0.006 0.004 0.073 0.065 157 M 0.026 0.869 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.025 0.055 158 V 0.024 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.020 0.049 159 N 0.014 0.885 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.021 0.063 160 Y 0.033 0.551 0.007 0.009 0.002 0.006 0.034 0.009 0.002 0.218 0.130 161 F 0.022 0.112 0.014 0.023 0.007 0.010 0.039 0.004 0.004 0.696 0.070 162 F 0.051 0.457 0.012 0.037 0.011 0.013 0.042 0.010 0.003 0.191 0.173 163 L 0.074 0.541 0.007 0.019 0.008 0.010 0.038 0.020 0.002 0.087 0.195 164 S 0.065 0.127 0.016 0.019 0.009 0.024 0.080 0.013 0.007 0.359 0.282 165 T 0.061 0.132 0.019 0.037 0.020 0.031 0.106 0.008 0.006 0.177 0.404 166 L 0.092 0.083 0.022 0.045 0.029 0.030 0.109 0.015 0.004 0.121 0.452 167 A 0.159 0.032 0.006 0.018 0.017 0.025 0.152 0.013 0.004 0.061 0.513 168 T 0.134 0.013 0.004 0.014 0.007 0.014 0.110 0.003 0.002 0.073 0.624 169 E 0.015 0.004 0.002 0.026 0.008 0.013 0.146 0.001 0.001 0.035 0.750 170 G 0.055 0.009 0.003 0.037 0.012 0.017 0.178 0.004 0.001 0.045 0.640 171 L 0.074 0.006 0.001 0.017 0.011 0.012 0.127 0.005 0.001 0.035 0.712 172 T 0.051 0.007 0.001 0.024 0.008 0.011 0.128 0.002 0.001 0.050 0.718 173 S 0.005 0.006 0.001 0.013 0.004 0.009 0.130 0.001 0.001 0.023 0.807 174 H 0.027 0.058 0.001 0.015 0.004 0.006 0.130 0.005 0.001 0.049 0.704 175 S 0.217 0.359 0.003 0.005 0.002 0.002 0.047 0.025 0.002 0.078 0.261 176 P 0.069 0.580 0.002 0.003 0.001 0.001 0.038 0.008 0.001 0.053 0.244 177 D 0.018 0.825 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.027 0.107 178 Q 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.020 179 D 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 180 E 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.013 181 E 0.008 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.074 0.015 182 L 0.011 0.931 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.029 0.011 183 I 0.020 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 0.013 184 R 0.010 0.880 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.047 0.049 185 Q 0.008 0.914 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.031 0.032 186 Y 0.013 0.886 0.004 0.002 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.040 0.037 187 V 0.030 0.337 0.006 0.008 0.006 0.008 0.027 0.003 0.001 0.479 0.095 188 A 0.032 0.389 0.018 0.037 0.009 0.016 0.040 0.006 0.004 0.305 0.143 189 I 0.060 0.275 0.043 0.048 0.014 0.019 0.050 0.023 0.008 0.309 0.152 190 F 0.244 0.219 0.034 0.062 0.012 0.016 0.052 0.038 0.012 0.105 0.206 191 T 0.138 0.145 0.010 0.030 0.012 0.024 0.074 0.010 0.003 0.075 0.477 192 R 0.035 0.058 0.005 0.044 0.013 0.029 0.115 0.007 0.002 0.064 0.628 193 G 0.070 0.045 0.007 0.068 0.032 0.055 0.181 0.007 0.003 0.111 0.419 194 I 0.031 0.016 0.005 0.052 0.031 0.038 0.151 0.003 0.002 0.060 0.613 195 M 0.066 0.017 0.008 0.101 0.030 0.040 0.118 0.006 0.003 0.082 0.531 196 A 0.267 0.018 0.005 0.040 0.013 0.019 0.102 0.010 0.002 0.056 0.469 197 D 0.247 0.013 0.003 0.027 0.008 0.013 0.101 0.008 0.001 0.034 0.545 198 G 0.069 0.005 0.002 0.012 0.009 0.014 0.118 0.002 0.001 0.026 0.742 199 G 0.021 0.006 0.001 0.038 0.018 0.031 0.136 0.002 0.001 0.027 0.721 200 A 0.052 0.007 0.001 0.012 0.014 0.017 0.122 0.002 0.001 0.030 0.742 201 A 0.122 0.009 0.003 0.037 0.057 0.064 0.129 0.006 0.001 0.061 0.512 202 P 0.063 0.009 0.001 0.009 0.008 0.017 0.102 0.002 0.001 0.020 0.770 203 A 0.049 0.006 0.001 0.023 0.035 0.065 0.132 0.002 0.001 0.029 0.658