# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.042 0.013 0.021 0.029 0.128 0.036 0.720 2 T 0.085 0.488 0.005 0.006 0.007 0.037 0.146 0.227 3 R 0.112 0.735 0.001 0.001 0.002 0.012 0.062 0.076 4 A 0.030 0.578 0.004 0.002 0.002 0.025 0.195 0.164 5 D 0.005 0.755 0.002 0.001 0.001 0.013 0.163 0.060 6 C 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 7 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 8 S 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 9 R 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 10 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 11 M 0.001 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.891 0.001 12 E 0.003 0.712 0.002 0.001 0.001 0.002 0.275 0.005 13 V 0.001 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 14 A 0.002 0.957 0.007 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 15 T 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.012 16 E 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.020 17 L 0.016 0.781 0.024 0.002 0.002 0.013 0.128 0.035 18 F 0.098 0.148 0.093 0.003 0.003 0.032 0.531 0.093 19 A 0.517 0.084 0.023 0.004 0.005 0.043 0.054 0.270 20 Q 0.091 0.034 0.013 0.002 0.005 0.079 0.027 0.750 21 K 0.015 0.023 0.020 0.003 0.005 0.168 0.030 0.736 22 G 0.047 0.057 0.041 0.008 0.016 0.138 0.092 0.601 23 F 0.063 0.065 0.039 0.019 0.016 0.105 0.195 0.499 24 Y 0.030 0.184 0.121 0.017 0.028 0.074 0.111 0.435 25 G 0.033 0.357 0.082 0.008 0.021 0.066 0.054 0.379 26 V 0.011 0.543 0.099 0.023 0.020 0.048 0.043 0.212 27 S 0.003 0.939 0.007 0.001 0.002 0.005 0.018 0.024 28 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 29 R 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 30 E 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 31 L 0.036 0.871 0.013 0.001 0.001 0.005 0.055 0.018 32 A 0.129 0.088 0.219 0.002 0.002 0.017 0.498 0.045 33 Q 0.869 0.010 0.004 0.001 0.001 0.017 0.009 0.090 34 A 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.009 0.905 35 A 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.211 0.004 0.778 36 G 0.007 0.009 0.007 0.003 0.007 0.140 0.029 0.798 37 A 0.009 0.019 0.008 0.012 0.006 0.111 0.021 0.813 38 S 0.182 0.369 0.028 0.009 0.013 0.063 0.145 0.192 39 I 0.044 0.260 0.082 0.012 0.030 0.080 0.240 0.253 40 S 0.012 0.178 0.280 0.022 0.113 0.058 0.113 0.224 41 M 0.028 0.251 0.158 0.085 0.186 0.040 0.070 0.182 42 I 0.023 0.113 0.180 0.172 0.241 0.030 0.091 0.150 43 S 0.053 0.034 0.081 0.142 0.219 0.061 0.150 0.262 44 Y 0.035 0.010 0.097 0.180 0.321 0.064 0.067 0.226 45 H 0.049 0.010 0.038 0.084 0.099 0.096 0.061 0.563 46 F 0.126 0.029 0.017 0.035 0.037 0.137 0.049 0.571 47 G 0.007 0.035 0.014 0.008 0.019 0.114 0.039 0.763 48 G 0.045 0.701 0.001 0.002 0.002 0.020 0.106 0.122 49 K 0.029 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.024 50 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 51 G 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.009 52 L 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 53 Y 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 54 A 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.005 55 A 0.002 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.004 56 V 0.005 0.850 0.007 0.001 0.001 0.002 0.127 0.008 57 L 0.013 0.930 0.006 0.001 0.001 0.003 0.037 0.012 58 Q 0.017 0.910 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 0.048 59 E 0.011 0.879 0.007 0.001 0.001 0.009 0.027 0.065 60 Q 0.020 0.863 0.009 0.001 0.001 0.012 0.042 0.051 61 F 0.105 0.665 0.013 0.001 0.002 0.022 0.076 0.116 62 A 0.082 0.543 0.015 0.002 0.003 0.038 0.068 0.249 63 C 0.046 0.654 0.012 0.002 0.003 0.032 0.038 0.213 64 F 0.086 0.510 0.031 0.003 0.005 0.051 0.108 0.207 65 G 0.088 0.467 0.023 0.004 0.006 0.064 0.084 0.263 66 Q 0.072 0.604 0.011 0.004 0.006 0.035 0.027 0.240 67 L 0.070 0.633 0.021 0.004 0.007 0.036 0.047 0.183 68 D 0.109 0.558 0.022 0.005 0.008 0.052 0.050 0.195 69 D 0.168 0.397 0.023 0.005 0.009 0.048 0.056 0.293 70 I 0.203 0.297 0.030 0.006 0.009 0.058 0.046 0.352 71 R 0.244 0.060 0.033 0.005 0.009 0.087 0.054 0.508 72 G 0.177 0.014 0.014 0.002 0.004 0.078 0.034 0.676 73 Q 0.088 0.006 0.007 0.002 0.002 0.082 0.043 0.770 74 A 0.008 0.016 0.004 0.001 0.002 0.095 0.009 0.866 75 G 0.005 0.034 0.003 0.001 0.001 0.104 0.009 0.844 76 D 0.048 0.778 0.001 0.001 0.001 0.010 0.114 0.048 77 P 0.017 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.015 78 L 0.008 0.198 0.002 0.001 0.001 0.004 0.778 0.010 79 A 0.005 0.589 0.003 0.001 0.001 0.006 0.388 0.009 80 V 0.001 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 81 M 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 82 T 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 83 A 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 84 Y 0.003 0.522 0.012 0.001 0.001 0.003 0.451 0.008 85 L 0.004 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.011 86 R 0.006 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.023 87 W 0.008 0.901 0.012 0.002 0.002 0.006 0.037 0.033 88 T 0.024 0.839 0.013 0.002 0.004 0.012 0.062 0.043 89 I 0.065 0.712 0.020 0.003 0.004 0.016 0.101 0.079 90 Q 0.145 0.233 0.060 0.010 0.013 0.068 0.244 0.227 91 R 0.162 0.083 0.061 0.011 0.020 0.080 0.142 0.441 92 H 0.320 0.022 0.029 0.008 0.009 0.079 0.071 0.463 93 R 0.011 0.011 0.010 0.005 0.008 0.165 0.020 0.770 94 N 0.003 0.020 0.004 0.001 0.002 0.091 0.010 0.869 95 N 0.176 0.653 0.001 0.001 0.001 0.014 0.080 0.072 96 P 0.075 0.586 0.004 0.002 0.003 0.051 0.056 0.224 97 Q 0.024 0.703 0.007 0.005 0.009 0.026 0.075 0.151 98 L 0.019 0.840 0.005 0.003 0.011 0.015 0.046 0.062 99 L 0.017 0.193 0.047 0.011 0.013 0.020 0.650 0.048 100 R 0.020 0.154 0.032 0.023 0.030 0.025 0.649 0.068 101 F 0.037 0.439 0.108 0.037 0.049 0.037 0.153 0.140 102 Y 0.068 0.409 0.117 0.065 0.065 0.039 0.098 0.139 103 T 0.202 0.071 0.056 0.031 0.040 0.059 0.326 0.217 104 S 0.154 0.027 0.051 0.024 0.032 0.102 0.216 0.395 105 E 0.119 0.012 0.027 0.020 0.026 0.148 0.067 0.580 106 L 0.056 0.004 0.016 0.007 0.012 0.134 0.025 0.744 107 T 0.017 0.003 0.011 0.006 0.011 0.122 0.015 0.815 108 N 0.035 0.042 0.008 0.007 0.010 0.132 0.047 0.720 109 P 0.056 0.230 0.007 0.003 0.005 0.101 0.044 0.554 110 T 0.090 0.756 0.003 0.001 0.002 0.020 0.027 0.101 111 P 0.052 0.773 0.005 0.002 0.004 0.025 0.023 0.116 112 C 0.045 0.743 0.010 0.004 0.007 0.025 0.055 0.111 113 F 0.127 0.607 0.008 0.004 0.008 0.027 0.121 0.098 114 A 0.080 0.129 0.020 0.006 0.008 0.035 0.590 0.133 115 A 0.041 0.192 0.025 0.009 0.011 0.089 0.308 0.326 116 I 0.026 0.476 0.033 0.009 0.010 0.066 0.097 0.283 117 V 0.034 0.737 0.010 0.004 0.004 0.023 0.042 0.145 118 S 0.054 0.784 0.002 0.001 0.002 0.011 0.074 0.072 119 P 0.016 0.610 0.005 0.001 0.001 0.024 0.243 0.099 120 A 0.004 0.895 0.003 0.001 0.001 0.006 0.068 0.023 121 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 122 A 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 123 S 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 124 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 125 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 126 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 127 L 0.001 0.361 0.003 0.001 0.001 0.001 0.628 0.005 128 L 0.001 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 129 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 130 E 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 131 S 0.004 0.913 0.003 0.001 0.001 0.002 0.067 0.011 132 I 0.045 0.363 0.009 0.001 0.001 0.004 0.566 0.012 133 E 0.017 0.082 0.006 0.001 0.001 0.008 0.860 0.027 134 A 0.026 0.324 0.025 0.001 0.001 0.066 0.281 0.276 135 G 0.039 0.109 0.327 0.004 0.003 0.035 0.374 0.109 136 M 0.473 0.062 0.046 0.006 0.006 0.090 0.053 0.263 137 T 0.182 0.021 0.005 0.002 0.003 0.052 0.019 0.716 138 R 0.017 0.020 0.008 0.001 0.002 0.134 0.010 0.808 139 G 0.046 0.052 0.037 0.007 0.013 0.166 0.033 0.646 140 L 0.055 0.041 0.050 0.019 0.024 0.093 0.046 0.670 141 F 0.195 0.034 0.049 0.012 0.020 0.079 0.045 0.566 142 R 0.284 0.026 0.040 0.007 0.013 0.090 0.087 0.454 143 R 0.038 0.021 0.021 0.003 0.004 0.128 0.019 0.766 144 D 0.042 0.116 0.015 0.007 0.010 0.103 0.057 0.650 145 L 0.017 0.143 0.010 0.004 0.005 0.145 0.067 0.609 146 H 0.047 0.572 0.003 0.002 0.002 0.020 0.290 0.064 147 A 0.014 0.893 0.002 0.001 0.001 0.009 0.048 0.032 148 V 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.016 149 N 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 150 S 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 151 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 152 L 0.004 0.925 0.004 0.001 0.001 0.002 0.054 0.008 153 A 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 154 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 155 A 0.007 0.476 0.014 0.002 0.002 0.004 0.476 0.019 156 G 0.007 0.794 0.009 0.002 0.002 0.006 0.151 0.028 157 M 0.007 0.928 0.005 0.001 0.001 0.005 0.022 0.030 158 V 0.009 0.906 0.007 0.001 0.002 0.006 0.037 0.032 159 N 0.009 0.852 0.003 0.001 0.003 0.008 0.082 0.042 160 Y 0.015 0.248 0.014 0.002 0.003 0.014 0.669 0.035 161 F 0.007 0.053 0.025 0.002 0.002 0.011 0.883 0.016 162 F 0.047 0.568 0.044 0.010 0.014 0.038 0.147 0.133 163 L 0.090 0.462 0.048 0.015 0.023 0.036 0.094 0.231 164 S 0.072 0.115 0.069 0.030 0.036 0.076 0.380 0.222 165 T 0.095 0.104 0.044 0.023 0.036 0.127 0.189 0.382 166 L 0.117 0.061 0.067 0.032 0.031 0.116 0.103 0.474 167 A 0.145 0.030 0.032 0.017 0.027 0.097 0.036 0.616 168 T 0.251 0.017 0.009 0.007 0.012 0.063 0.072 0.569 169 E 0.038 0.009 0.014 0.010 0.012 0.133 0.029 0.755 170 G 0.046 0.011 0.017 0.013 0.021 0.137 0.032 0.723 171 L 0.124 0.010 0.015 0.013 0.019 0.104 0.042 0.673 172 T 0.118 0.009 0.016 0.015 0.017 0.105 0.045 0.674 173 S 0.018 0.012 0.010 0.010 0.019 0.140 0.031 0.760 174 H 0.012 0.027 0.012 0.005 0.009 0.121 0.025 0.789 175 S 0.261 0.393 0.006 0.003 0.003 0.033 0.153 0.149 176 P 0.078 0.534 0.005 0.002 0.003 0.046 0.041 0.290 177 D 0.018 0.738 0.004 0.002 0.003 0.027 0.039 0.168 178 Q 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.027 179 D 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.008 180 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 181 E 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.006 182 L 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 183 I 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 184 R 0.007 0.893 0.004 0.001 0.001 0.004 0.061 0.028 185 Q 0.002 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.013 186 Y 0.007 0.928 0.004 0.001 0.002 0.004 0.034 0.020 187 V 0.014 0.132 0.016 0.002 0.002 0.008 0.801 0.026 188 A 0.026 0.321 0.038 0.005 0.007 0.036 0.470 0.096 189 I 0.036 0.267 0.192 0.020 0.018 0.056 0.219 0.192 190 F 0.144 0.163 0.173 0.030 0.034 0.074 0.123 0.259 191 T 0.272 0.080 0.026 0.012 0.027 0.071 0.096 0.418 192 R 0.046 0.034 0.020 0.012 0.023 0.142 0.028 0.696 193 G 0.045 0.043 0.035 0.032 0.058 0.150 0.050 0.586 194 I 0.047 0.018 0.040 0.041 0.049 0.142 0.061 0.601 195 M 0.060 0.013 0.055 0.032 0.052 0.109 0.055 0.625 196 A 0.183 0.012 0.019 0.011 0.018 0.093 0.041 0.622 197 D 0.411 0.016 0.012 0.004 0.005 0.067 0.049 0.435 198 G 0.074 0.012 0.006 0.003 0.005 0.095 0.022 0.783 199 G 0.044 0.011 0.012 0.012 0.017 0.109 0.028 0.767 200 A 0.084 0.013 0.016 0.026 0.026 0.132 0.048 0.656 201 A 0.137 0.014 0.024 0.032 0.037 0.137 0.058 0.561 202 P 0.059 0.008 0.024 0.022 0.046 0.129 0.050 0.662 203 A 0.027 0.006 0.043 0.028 0.050 0.152 0.044 0.649