# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.048 0.061 0.089 0.108 0.128 0.201 0.120 0.084 0.054 0.025 2 T 0.121 0.378 0.192 0.158 0.070 0.035 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 3 R 0.080 0.203 0.142 0.180 0.127 0.096 0.097 0.043 0.020 0.009 0.004 4 A 0.784 0.070 0.050 0.044 0.022 0.011 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 5 D 0.340 0.160 0.188 0.189 0.070 0.025 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 6 C 0.008 0.048 0.073 0.087 0.115 0.155 0.201 0.142 0.088 0.065 0.017 7 R 0.004 0.010 0.028 0.049 0.099 0.208 0.335 0.150 0.069 0.040 0.008 8 S 0.022 0.026 0.805 0.109 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.005 0.019 0.148 0.185 0.182 0.229 0.175 0.042 0.010 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.043 0.159 0.257 0.524 11 M 0.001 0.001 0.011 0.020 0.103 0.218 0.366 0.147 0.075 0.042 0.015 12 E 0.006 0.010 0.908 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.002 0.016 0.023 0.065 0.218 0.453 0.133 0.052 0.026 0.011 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.212 0.343 0.388 15 T 0.001 0.004 0.043 0.065 0.158 0.226 0.326 0.106 0.043 0.022 0.006 16 E 0.001 0.009 0.845 0.101 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.012 0.011 0.029 0.144 0.363 0.179 0.123 0.090 0.046 18 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.028 0.055 0.214 0.334 0.349 19 A 0.004 0.006 0.049 0.055 0.112 0.167 0.265 0.131 0.102 0.075 0.032 20 Q 0.011 0.050 0.509 0.181 0.092 0.072 0.047 0.017 0.011 0.007 0.003 21 K 0.023 0.037 0.057 0.081 0.100 0.188 0.278 0.134 0.060 0.029 0.015 22 G 0.209 0.094 0.038 0.084 0.067 0.069 0.122 0.113 0.088 0.067 0.049 23 F 0.023 0.027 0.027 0.053 0.070 0.095 0.144 0.133 0.151 0.150 0.127 24 Y 0.051 0.105 0.087 0.147 0.156 0.134 0.142 0.082 0.049 0.031 0.014 25 G 0.163 0.116 0.071 0.153 0.123 0.123 0.123 0.059 0.036 0.021 0.012 26 V 0.047 0.017 0.017 0.032 0.044 0.069 0.138 0.145 0.169 0.167 0.156 27 S 0.017 0.080 0.028 0.161 0.198 0.124 0.146 0.107 0.067 0.046 0.026 28 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.018 0.046 0.083 0.216 0.281 0.340 29 R 0.040 0.030 0.079 0.194 0.251 0.171 0.141 0.055 0.024 0.010 0.005 30 E 0.026 0.042 0.180 0.272 0.174 0.106 0.132 0.042 0.014 0.007 0.003 31 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.026 0.035 0.186 0.292 0.443 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.042 0.054 0.200 0.360 0.326 33 Q 0.001 0.019 0.419 0.252 0.168 0.079 0.036 0.014 0.007 0.004 0.001 34 A 0.001 0.010 0.110 0.088 0.123 0.227 0.236 0.101 0.049 0.036 0.019 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.038 0.059 0.234 0.273 0.374 36 G 0.260 0.151 0.044 0.180 0.142 0.064 0.087 0.041 0.017 0.007 0.006 37 A 0.006 0.004 0.019 0.016 0.027 0.030 0.059 0.079 0.170 0.211 0.379 38 S 0.028 0.087 0.056 0.130 0.173 0.128 0.152 0.094 0.067 0.050 0.036 39 I 0.015 0.022 0.019 0.062 0.077 0.138 0.192 0.162 0.147 0.104 0.061 40 S 0.060 0.059 0.049 0.130 0.122 0.146 0.160 0.116 0.072 0.049 0.037 41 M 0.004 0.007 0.011 0.030 0.041 0.057 0.119 0.151 0.212 0.201 0.169 42 I 0.002 0.004 0.006 0.012 0.020 0.028 0.059 0.087 0.200 0.262 0.319 43 S 0.018 0.022 0.040 0.099 0.145 0.135 0.165 0.117 0.114 0.084 0.061 44 Y 0.035 0.032 0.049 0.088 0.101 0.145 0.186 0.126 0.116 0.077 0.045 45 H 0.019 0.032 0.025 0.084 0.109 0.096 0.197 0.173 0.123 0.076 0.067 46 F 0.039 0.029 0.019 0.031 0.039 0.058 0.130 0.115 0.188 0.191 0.162 47 G 0.230 0.224 0.105 0.224 0.119 0.045 0.028 0.012 0.007 0.004 0.003 48 G 0.220 0.194 0.070 0.127 0.097 0.064 0.082 0.057 0.042 0.030 0.015 49 K 0.022 0.038 0.018 0.067 0.092 0.141 0.217 0.142 0.127 0.093 0.044 50 E 0.163 0.135 0.160 0.201 0.108 0.095 0.072 0.034 0.018 0.010 0.004 51 G 0.057 0.072 0.137 0.239 0.154 0.157 0.120 0.038 0.015 0.007 0.003 52 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.015 0.018 0.059 0.113 0.208 0.263 0.309 53 Y 0.001 0.003 0.008 0.023 0.061 0.097 0.197 0.182 0.189 0.175 0.065 54 A 0.007 0.019 0.349 0.192 0.146 0.129 0.089 0.034 0.021 0.010 0.004 55 A 0.007 0.011 0.110 0.114 0.142 0.190 0.269 0.099 0.032 0.017 0.007 56 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.040 0.059 0.232 0.332 0.313 57 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.030 0.109 0.107 0.247 0.288 0.204 58 Q 0.004 0.017 0.479 0.197 0.144 0.083 0.045 0.015 0.009 0.005 0.002 59 E 0.011 0.026 0.285 0.145 0.138 0.162 0.159 0.050 0.015 0.007 0.003 60 Q 0.003 0.008 0.015 0.023 0.032 0.090 0.208 0.181 0.201 0.164 0.076 61 F 0.003 0.004 0.008 0.015 0.029 0.082 0.229 0.174 0.193 0.175 0.089 62 A 0.021 0.052 0.591 0.196 0.083 0.031 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 63 C 0.020 0.037 0.149 0.115 0.130 0.180 0.221 0.084 0.036 0.020 0.009 64 F 0.005 0.007 0.010 0.013 0.021 0.044 0.113 0.143 0.230 0.225 0.189 65 G 0.067 0.049 0.089 0.127 0.151 0.135 0.184 0.101 0.052 0.031 0.014 66 Q 0.045 0.089 0.424 0.220 0.102 0.055 0.034 0.016 0.008 0.005 0.002 67 L 0.025 0.027 0.040 0.061 0.085 0.137 0.239 0.155 0.115 0.073 0.043 68 D 0.093 0.066 0.049 0.090 0.091 0.099 0.183 0.137 0.096 0.064 0.032 69 D 0.091 0.104 0.214 0.228 0.140 0.082 0.068 0.038 0.019 0.012 0.005 70 I 0.079 0.069 0.106 0.120 0.111 0.135 0.161 0.090 0.063 0.044 0.022 71 R 0.101 0.104 0.069 0.143 0.127 0.099 0.144 0.099 0.061 0.033 0.019 72 G 0.185 0.128 0.082 0.113 0.096 0.083 0.117 0.082 0.053 0.039 0.021 73 Q 0.143 0.252 0.122 0.187 0.113 0.067 0.053 0.030 0.017 0.010 0.006 74 A 0.484 0.198 0.050 0.097 0.059 0.035 0.037 0.022 0.011 0.006 0.003 75 G 0.566 0.108 0.036 0.074 0.055 0.042 0.051 0.031 0.019 0.011 0.007 76 D 0.180 0.232 0.077 0.194 0.129 0.070 0.055 0.033 0.017 0.009 0.005 77 P 0.034 0.061 0.032 0.075 0.098 0.119 0.184 0.149 0.120 0.087 0.042 78 L 0.060 0.044 0.056 0.132 0.161 0.179 0.190 0.092 0.048 0.026 0.011 79 A 0.118 0.096 0.315 0.244 0.103 0.050 0.040 0.020 0.008 0.004 0.001 80 V 0.005 0.016 0.030 0.097 0.126 0.200 0.245 0.120 0.087 0.053 0.022 81 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.011 0.043 0.076 0.219 0.311 0.329 82 T 0.007 0.020 0.195 0.213 0.242 0.153 0.098 0.040 0.018 0.010 0.004 83 A 0.010 0.022 0.325 0.160 0.125 0.129 0.130 0.054 0.025 0.016 0.006 84 Y 0.001 0.002 0.006 0.010 0.020 0.057 0.133 0.128 0.238 0.234 0.172 85 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.021 0.078 0.103 0.246 0.290 0.249 86 R 0.010 0.027 0.286 0.230 0.199 0.111 0.069 0.032 0.018 0.011 0.006 87 W 0.009 0.012 0.078 0.065 0.105 0.167 0.269 0.148 0.075 0.048 0.024 88 T 0.003 0.009 0.013 0.028 0.039 0.068 0.152 0.157 0.213 0.191 0.127 89 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.049 0.133 0.132 0.229 0.234 0.190 90 Q 0.035 0.061 0.331 0.253 0.156 0.075 0.048 0.021 0.011 0.006 0.003 91 R 0.017 0.026 0.081 0.102 0.121 0.180 0.254 0.107 0.059 0.035 0.017 92 H 0.006 0.008 0.010 0.013 0.018 0.040 0.088 0.098 0.215 0.250 0.254 93 R 0.060 0.069 0.061 0.139 0.157 0.132 0.177 0.096 0.057 0.034 0.017 94 N 0.117 0.207 0.257 0.206 0.091 0.050 0.033 0.018 0.011 0.007 0.004 95 N 0.095 0.104 0.057 0.118 0.120 0.131 0.167 0.094 0.056 0.035 0.022 96 P 0.354 0.143 0.049 0.116 0.082 0.070 0.076 0.053 0.030 0.018 0.010 97 Q 0.123 0.096 0.077 0.153 0.128 0.127 0.133 0.075 0.046 0.027 0.015 98 L 0.015 0.025 0.033 0.070 0.088 0.111 0.171 0.140 0.152 0.120 0.075 99 L 0.005 0.009 0.014 0.029 0.045 0.078 0.154 0.150 0.209 0.182 0.124 100 R 0.015 0.037 0.092 0.161 0.167 0.151 0.152 0.094 0.066 0.041 0.023 101 F 0.006 0.007 0.025 0.039 0.061 0.085 0.155 0.169 0.173 0.165 0.116 102 Y 0.003 0.005 0.009 0.022 0.036 0.060 0.120 0.143 0.224 0.220 0.158 103 T 0.007 0.011 0.019 0.042 0.061 0.077 0.149 0.143 0.200 0.167 0.123 104 S 0.033 0.034 0.078 0.129 0.142 0.137 0.169 0.106 0.085 0.054 0.033 105 E 0.040 0.056 0.076 0.141 0.133 0.135 0.183 0.103 0.069 0.042 0.022 106 L 0.017 0.017 0.018 0.035 0.044 0.077 0.150 0.141 0.191 0.174 0.137 107 T 0.081 0.096 0.062 0.123 0.120 0.118 0.147 0.088 0.076 0.054 0.034 108 N 0.162 0.175 0.106 0.174 0.121 0.082 0.075 0.044 0.031 0.020 0.012 109 P 0.230 0.180 0.049 0.112 0.087 0.083 0.104 0.063 0.044 0.031 0.017 110 T 0.230 0.158 0.044 0.128 0.098 0.093 0.104 0.062 0.044 0.026 0.014 111 P 0.448 0.158 0.069 0.134 0.079 0.043 0.034 0.019 0.009 0.005 0.003 112 C 0.085 0.079 0.054 0.136 0.130 0.139 0.152 0.092 0.065 0.043 0.023 113 F 0.007 0.015 0.015 0.037 0.055 0.094 0.180 0.162 0.187 0.157 0.091 114 A 0.030 0.041 0.083 0.156 0.169 0.170 0.174 0.087 0.049 0.029 0.010 115 A 0.059 0.077 0.297 0.230 0.128 0.084 0.065 0.032 0.016 0.009 0.004 116 I 0.019 0.023 0.037 0.077 0.099 0.138 0.212 0.146 0.121 0.083 0.046 117 V 0.011 0.023 0.021 0.032 0.044 0.069 0.164 0.150 0.195 0.181 0.110 118 S 0.062 0.113 0.233 0.234 0.167 0.085 0.058 0.026 0.013 0.006 0.003 119 P 0.420 0.133 0.188 0.134 0.064 0.025 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 120 A 0.075 0.071 0.051 0.099 0.107 0.113 0.188 0.130 0.085 0.054 0.027 121 I 0.018 0.034 0.030 0.066 0.090 0.141 0.241 0.160 0.113 0.076 0.030 122 A 0.087 0.072 0.346 0.212 0.124 0.073 0.049 0.021 0.009 0.005 0.002 123 S 0.067 0.111 0.282 0.236 0.141 0.073 0.057 0.022 0.007 0.003 0.002 124 V 0.004 0.008 0.014 0.021 0.036 0.046 0.133 0.178 0.223 0.212 0.125 125 I 0.006 0.008 0.021 0.043 0.096 0.204 0.316 0.140 0.091 0.057 0.017 126 R 0.021 0.034 0.727 0.157 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 127 L 0.004 0.007 0.030 0.043 0.081 0.247 0.346 0.120 0.067 0.040 0.015 128 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.034 0.069 0.234 0.310 0.336 129 A 0.006 0.008 0.076 0.101 0.212 0.230 0.234 0.080 0.032 0.015 0.005 130 E 0.014 0.026 0.780 0.130 0.035 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.002 0.004 0.014 0.023 0.049 0.144 0.318 0.173 0.137 0.086 0.049 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.031 0.059 0.207 0.307 0.383 133 E 0.012 0.032 0.417 0.229 0.174 0.072 0.041 0.015 0.005 0.003 0.001 134 A 0.011 0.028 0.438 0.178 0.121 0.110 0.076 0.024 0.009 0.004 0.002 135 G 0.007 0.009 0.015 0.019 0.027 0.065 0.163 0.152 0.207 0.187 0.149 136 M 0.020 0.017 0.016 0.043 0.069 0.105 0.218 0.182 0.151 0.120 0.058 137 T 0.039 0.173 0.343 0.217 0.100 0.055 0.036 0.018 0.010 0.007 0.003 138 R 0.082 0.075 0.088 0.154 0.166 0.160 0.151 0.068 0.031 0.016 0.009 139 G 0.615 0.107 0.042 0.059 0.038 0.030 0.046 0.032 0.016 0.010 0.005 140 L 0.054 0.066 0.040 0.144 0.129 0.182 0.175 0.084 0.067 0.040 0.019 141 F 0.008 0.010 0.009 0.013 0.021 0.042 0.087 0.094 0.205 0.251 0.259 142 R 0.060 0.150 0.105 0.224 0.194 0.104 0.080 0.041 0.022 0.013 0.006 143 R 0.214 0.151 0.124 0.163 0.105 0.083 0.076 0.043 0.023 0.013 0.006 144 D 0.259 0.175 0.053 0.172 0.107 0.075 0.071 0.042 0.023 0.014 0.008 145 L 0.047 0.031 0.014 0.047 0.059 0.103 0.167 0.152 0.160 0.133 0.087 146 H 0.154 0.209 0.090 0.219 0.143 0.072 0.054 0.031 0.015 0.009 0.005 147 A 0.014 0.019 0.028 0.049 0.067 0.115 0.170 0.136 0.166 0.140 0.095 148 V 0.036 0.042 0.048 0.136 0.162 0.162 0.186 0.108 0.063 0.037 0.021 149 N 0.018 0.034 0.066 0.140 0.134 0.142 0.202 0.116 0.077 0.049 0.022 150 S 0.001 0.003 0.010 0.018 0.033 0.068 0.127 0.117 0.208 0.212 0.202 151 A 0.001 0.002 0.007 0.014 0.029 0.053 0.121 0.125 0.228 0.229 0.191 152 L 0.002 0.007 0.042 0.067 0.101 0.132 0.218 0.141 0.137 0.096 0.058 153 A 0.001 0.001 0.009 0.010 0.023 0.037 0.101 0.131 0.213 0.229 0.244 154 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.024 0.048 0.186 0.293 0.434 155 A 0.001 0.002 0.006 0.013 0.038 0.053 0.124 0.158 0.211 0.193 0.202 156 G 0.001 0.003 0.022 0.027 0.051 0.067 0.144 0.167 0.192 0.185 0.140 157 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.029 0.082 0.116 0.217 0.259 0.265 158 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.028 0.069 0.110 0.226 0.270 0.270 159 N 0.004 0.013 0.036 0.072 0.111 0.123 0.201 0.158 0.133 0.090 0.059 160 Y 0.004 0.008 0.027 0.041 0.069 0.094 0.194 0.194 0.153 0.125 0.091 161 F 0.003 0.006 0.015 0.024 0.037 0.060 0.126 0.145 0.195 0.205 0.182 162 F 0.004 0.008 0.016 0.030 0.046 0.063 0.128 0.133 0.196 0.199 0.177 163 L 0.004 0.008 0.018 0.032 0.054 0.081 0.135 0.130 0.199 0.183 0.155 164 S 0.013 0.021 0.038 0.073 0.100 0.120 0.192 0.137 0.136 0.101 0.070 165 T 0.029 0.032 0.053 0.098 0.107 0.123 0.182 0.125 0.112 0.083 0.056 166 L 0.025 0.026 0.030 0.064 0.079 0.125 0.183 0.132 0.143 0.114 0.078 167 A 0.032 0.049 0.038 0.084 0.085 0.102 0.160 0.125 0.138 0.109 0.079 168 T 0.073 0.098 0.055 0.120 0.113 0.116 0.146 0.091 0.084 0.061 0.042 169 E 0.303 0.179 0.081 0.154 0.101 0.061 0.053 0.030 0.019 0.011 0.007 170 G 0.329 0.146 0.055 0.139 0.091 0.066 0.073 0.046 0.027 0.018 0.010 171 L 0.052 0.064 0.024 0.074 0.075 0.126 0.166 0.121 0.127 0.107 0.063 172 T 0.156 0.165 0.065 0.152 0.129 0.104 0.100 0.058 0.037 0.022 0.011 173 S 0.359 0.191 0.090 0.150 0.081 0.045 0.039 0.022 0.012 0.007 0.004 174 H 0.130 0.105 0.040 0.096 0.088 0.106 0.153 0.099 0.086 0.063 0.035 175 S 0.214 0.278 0.059 0.155 0.103 0.063 0.062 0.033 0.018 0.010 0.004 176 P 0.463 0.155 0.072 0.125 0.074 0.043 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 177 D 0.428 0.185 0.075 0.117 0.069 0.042 0.042 0.022 0.010 0.007 0.003 178 Q 0.050 0.151 0.054 0.145 0.128 0.123 0.150 0.095 0.056 0.035 0.012 179 D 0.089 0.105 0.080 0.151 0.147 0.151 0.143 0.075 0.035 0.019 0.006 180 E 0.248 0.100 0.278 0.192 0.086 0.042 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 181 E 0.039 0.060 0.139 0.234 0.180 0.128 0.133 0.056 0.019 0.009 0.003 182 L 0.001 0.002 0.006 0.007 0.014 0.030 0.083 0.118 0.250 0.301 0.189 183 I 0.003 0.010 0.062 0.081 0.136 0.203 0.240 0.120 0.078 0.052 0.016 184 R 0.005 0.024 0.607 0.184 0.084 0.044 0.027 0.013 0.006 0.004 0.001 185 Q 0.002 0.004 0.021 0.027 0.055 0.165 0.292 0.169 0.127 0.094 0.043 186 Y 0.001 0.002 0.004 0.007 0.012 0.024 0.068 0.111 0.255 0.294 0.222 187 V 0.006 0.008 0.032 0.054 0.098 0.149 0.248 0.162 0.121 0.080 0.042 188 A 0.023 0.045 0.258 0.203 0.152 0.100 0.109 0.051 0.030 0.019 0.010 189 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 0.037 0.092 0.102 0.215 0.242 0.282 190 F 0.003 0.005 0.005 0.017 0.034 0.048 0.100 0.134 0.217 0.223 0.215 191 T 0.011 0.023 0.048 0.080 0.101 0.119 0.151 0.127 0.145 0.122 0.073 192 R 0.024 0.037 0.066 0.131 0.145 0.164 0.187 0.107 0.071 0.043 0.025 193 G 0.058 0.052 0.036 0.093 0.089 0.115 0.175 0.130 0.111 0.091 0.050 194 I 0.029 0.021 0.015 0.038 0.050 0.097 0.151 0.135 0.183 0.164 0.117 195 M 0.054 0.072 0.040 0.115 0.112 0.128 0.149 0.100 0.105 0.077 0.048 196 A 0.024 0.025 0.018 0.042 0.056 0.082 0.150 0.133 0.173 0.148 0.150 197 D 0.324 0.318 0.066 0.138 0.073 0.029 0.026 0.013 0.007 0.004 0.002 198 G 0.402 0.180 0.031 0.120 0.080 0.055 0.053 0.034 0.021 0.014 0.009 199 G 0.624 0.154 0.019 0.068 0.044 0.025 0.025 0.018 0.011 0.007 0.005 200 A 0.264 0.227 0.037 0.132 0.092 0.072 0.073 0.046 0.028 0.019 0.010 201 A 0.075 0.095 0.034 0.084 0.092 0.140 0.148 0.104 0.105 0.073 0.050 202 P 0.464 0.287 0.049 0.109 0.050 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 203 A 0.239 0.073 0.040 0.099 0.095 0.077 0.114 0.094 0.078 0.050 0.041