# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.008 0.002 0.013 0.009 0.016 0.022 0.001 0.001 0.001 0.907 2 T 0.013 0.007 0.002 0.006 0.008 0.014 0.044 0.001 0.001 0.002 0.903 3 R 0.022 0.012 0.003 0.007 0.005 0.015 0.063 0.001 0.001 0.002 0.871 4 A 0.022 0.034 0.001 0.004 0.004 0.009 0.158 0.001 0.001 0.001 0.766 5 D 0.064 0.113 0.001 0.002 0.003 0.005 0.224 0.001 0.001 0.003 0.584 6 C 0.069 0.541 0.001 0.001 0.001 0.002 0.102 0.001 0.001 0.001 0.281 7 R 0.032 0.845 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.081 8 S 0.020 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.063 9 R 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.028 10 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 11 M 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 12 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 13 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 L 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.006 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 20 Q 0.026 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.013 21 K 0.191 0.644 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.001 0.001 0.040 22 G 0.321 0.294 0.112 0.004 0.002 0.002 0.012 0.122 0.001 0.002 0.130 23 F 0.073 0.118 0.567 0.015 0.005 0.006 0.024 0.009 0.001 0.002 0.181 24 Y 0.033 0.078 0.028 0.055 0.023 0.027 0.074 0.008 0.001 0.003 0.671 25 G 0.049 0.068 0.011 0.037 0.007 0.016 0.069 0.005 0.001 0.005 0.732 26 V 0.123 0.165 0.009 0.076 0.019 0.025 0.133 0.002 0.001 0.003 0.444 27 S 0.030 0.108 0.002 0.012 0.005 0.010 0.299 0.002 0.001 0.003 0.529 28 I 0.019 0.298 0.006 0.017 0.006 0.009 0.071 0.001 0.001 0.001 0.571 29 R 0.002 0.486 0.001 0.003 0.002 0.003 0.112 0.001 0.001 0.001 0.391 30 E 0.023 0.439 0.001 0.002 0.001 0.001 0.383 0.002 0.001 0.001 0.148 31 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 32 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 34 A 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 35 A 0.084 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.008 36 G 0.312 0.223 0.047 0.002 0.001 0.001 0.005 0.345 0.001 0.001 0.064 37 A 0.030 0.034 0.895 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.027 38 S 0.059 0.075 0.043 0.036 0.034 0.025 0.171 0.031 0.001 0.004 0.523 39 I 0.023 0.019 0.066 0.020 0.005 0.008 0.038 0.002 0.001 0.004 0.814 40 S 0.009 0.066 0.002 0.063 0.015 0.016 0.469 0.001 0.001 0.002 0.357 41 M 0.184 0.048 0.003 0.064 0.013 0.021 0.386 0.002 0.001 0.012 0.267 42 I 0.118 0.575 0.003 0.128 0.038 0.039 0.017 0.001 0.001 0.004 0.079 43 S 0.045 0.490 0.011 0.068 0.073 0.076 0.044 0.003 0.001 0.002 0.188 44 Y 0.061 0.466 0.007 0.092 0.070 0.074 0.036 0.003 0.001 0.004 0.187 45 H 0.105 0.354 0.004 0.035 0.039 0.100 0.055 0.023 0.001 0.004 0.280 46 F 0.217 0.304 0.006 0.029 0.032 0.070 0.068 0.026 0.001 0.005 0.244 47 G 0.085 0.117 0.017 0.016 0.009 0.021 0.086 0.013 0.001 0.005 0.630 48 G 0.079 0.053 0.011 0.006 0.007 0.013 0.282 0.013 0.001 0.007 0.529 49 K 0.037 0.041 0.012 0.004 0.002 0.004 0.061 0.001 0.001 0.003 0.836 50 E 0.003 0.068 0.001 0.001 0.002 0.003 0.350 0.001 0.001 0.001 0.572 51 G 0.027 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.611 0.001 0.001 0.003 0.289 52 L 0.032 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.069 53 Y 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 54 A 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 55 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 56 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 E 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 60 Q 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 61 F 0.008 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 62 A 0.019 0.936 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 63 C 0.043 0.890 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.038 64 F 0.067 0.863 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.038 65 G 0.062 0.777 0.018 0.003 0.002 0.002 0.010 0.019 0.001 0.001 0.107 66 Q 0.075 0.591 0.042 0.005 0.003 0.004 0.033 0.022 0.001 0.001 0.224 67 L 0.162 0.524 0.019 0.006 0.004 0.007 0.032 0.027 0.001 0.002 0.217 68 D 0.097 0.537 0.013 0.006 0.007 0.008 0.029 0.018 0.001 0.002 0.282 69 D 0.048 0.494 0.015 0.007 0.007 0.010 0.034 0.009 0.001 0.002 0.374 70 I 0.128 0.469 0.008 0.010 0.008 0.011 0.108 0.019 0.001 0.003 0.238 71 R 0.254 0.489 0.005 0.007 0.006 0.009 0.047 0.024 0.001 0.003 0.156 72 G 0.225 0.459 0.014 0.012 0.010 0.016 0.031 0.024 0.001 0.003 0.206 73 Q 0.171 0.229 0.045 0.018 0.008 0.012 0.052 0.026 0.001 0.003 0.436 74 A 0.132 0.078 0.013 0.014 0.004 0.010 0.034 0.020 0.001 0.003 0.692 75 G 0.068 0.023 0.015 0.010 0.002 0.006 0.034 0.006 0.001 0.004 0.832 76 D 0.047 0.017 0.007 0.003 0.003 0.003 0.224 0.002 0.001 0.002 0.692 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 78 L 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.566 0.001 0.001 0.001 0.407 79 A 0.107 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.001 0.001 0.002 0.286 80 V 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 81 M 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 T 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 Y 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 L 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 86 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 87 W 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 T 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 89 I 0.003 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 90 Q 0.005 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 91 R 0.025 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.014 92 H 0.049 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.019 93 R 0.137 0.712 0.019 0.003 0.002 0.004 0.009 0.053 0.001 0.001 0.062 94 N 0.144 0.483 0.078 0.005 0.003 0.005 0.024 0.069 0.001 0.003 0.187 95 N 0.270 0.230 0.049 0.006 0.005 0.008 0.045 0.061 0.001 0.004 0.322 96 P 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 97 Q 0.008 0.029 0.005 0.004 0.003 0.005 0.489 0.001 0.001 0.002 0.454 98 L 0.262 0.086 0.007 0.012 0.003 0.007 0.227 0.003 0.001 0.008 0.385 99 L 0.106 0.634 0.004 0.015 0.011 0.020 0.037 0.002 0.001 0.002 0.170 100 R 0.037 0.722 0.011 0.018 0.018 0.014 0.033 0.001 0.001 0.001 0.145 101 F 0.023 0.855 0.003 0.010 0.012 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.076 102 Y 0.032 0.889 0.002 0.008 0.007 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.039 103 T 0.029 0.897 0.004 0.005 0.006 0.011 0.007 0.007 0.001 0.001 0.034 104 S 0.041 0.798 0.009 0.008 0.010 0.017 0.010 0.013 0.001 0.001 0.093 105 E 0.093 0.617 0.010 0.009 0.007 0.010 0.043 0.044 0.001 0.002 0.166 106 L 0.228 0.514 0.011 0.008 0.007 0.011 0.034 0.039 0.001 0.003 0.146 107 T 0.253 0.364 0.033 0.019 0.008 0.017 0.067 0.050 0.001 0.004 0.184 108 N 0.239 0.192 0.053 0.019 0.016 0.020 0.080 0.037 0.001 0.006 0.340 109 P 0.018 0.009 0.016 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.942 110 T 0.023 0.021 0.011 0.010 0.007 0.012 0.339 0.004 0.001 0.003 0.570 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 112 C 0.020 0.043 0.001 0.007 0.003 0.007 0.355 0.001 0.001 0.002 0.561 113 F 0.290 0.143 0.005 0.010 0.004 0.011 0.207 0.003 0.001 0.006 0.321 114 A 0.164 0.632 0.001 0.006 0.006 0.012 0.026 0.002 0.001 0.001 0.148 115 A 0.050 0.753 0.004 0.004 0.005 0.005 0.023 0.003 0.001 0.001 0.151 116 I 0.154 0.688 0.005 0.004 0.004 0.006 0.017 0.011 0.001 0.001 0.111 117 V 0.155 0.708 0.017 0.004 0.002 0.006 0.015 0.023 0.001 0.002 0.068 118 S 0.072 0.685 0.020 0.005 0.008 0.012 0.034 0.014 0.001 0.001 0.148 119 P 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 120 A 0.030 0.292 0.004 0.004 0.002 0.005 0.333 0.007 0.001 0.002 0.322 121 I 0.186 0.587 0.004 0.002 0.001 0.003 0.063 0.004 0.001 0.002 0.148 122 A 0.015 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.047 123 S 0.007 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.067 124 V 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 125 I 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 126 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 127 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 128 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 131 S 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 132 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 134 A 0.014 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 135 G 0.017 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 136 M 0.015 0.959 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 137 T 0.024 0.859 0.017 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.001 0.001 0.053 138 R 0.201 0.555 0.018 0.004 0.002 0.003 0.006 0.110 0.001 0.002 0.100 139 G 0.418 0.185 0.024 0.006 0.004 0.003 0.016 0.144 0.001 0.006 0.194 140 L 0.148 0.015 0.730 0.006 0.002 0.002 0.026 0.003 0.001 0.003 0.065 141 F 0.031 0.059 0.056 0.083 0.029 0.036 0.122 0.004 0.001 0.005 0.575 142 R 0.046 0.037 0.005 0.081 0.048 0.102 0.138 0.004 0.001 0.011 0.528 143 R 0.029 0.042 0.002 0.040 0.010 0.021 0.073 0.003 0.001 0.002 0.779 144 D 0.133 0.057 0.003 0.037 0.021 0.050 0.147 0.007 0.001 0.012 0.534 145 L 0.282 0.063 0.031 0.034 0.012 0.020 0.121 0.003 0.001 0.012 0.422 146 H 0.028 0.044 0.006 0.012 0.007 0.011 0.251 0.001 0.001 0.003 0.637 147 A 0.014 0.033 0.005 0.008 0.002 0.007 0.056 0.001 0.001 0.002 0.873 148 V 0.009 0.270 0.001 0.005 0.003 0.010 0.217 0.001 0.001 0.001 0.484 149 N 0.028 0.470 0.001 0.002 0.001 0.002 0.191 0.001 0.001 0.001 0.304 150 S 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 151 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 152 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 A 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 158 V 0.006 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 159 N 0.012 0.949 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.019 160 Y 0.023 0.915 0.019 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.028 161 F 0.032 0.884 0.018 0.004 0.005 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.039 162 F 0.035 0.832 0.024 0.010 0.008 0.011 0.009 0.007 0.001 0.001 0.064 163 L 0.028 0.847 0.013 0.012 0.010 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.063 164 S 0.049 0.784 0.006 0.013 0.013 0.018 0.014 0.013 0.001 0.001 0.089 165 T 0.103 0.665 0.008 0.014 0.012 0.018 0.019 0.020 0.001 0.002 0.140 166 L 0.099 0.587 0.017 0.020 0.023 0.033 0.037 0.019 0.001 0.003 0.162 167 A 0.139 0.407 0.025 0.027 0.023 0.048 0.064 0.030 0.001 0.005 0.231 168 T 0.146 0.334 0.020 0.026 0.026 0.047 0.072 0.027 0.001 0.007 0.294 169 E 0.124 0.159 0.030 0.023 0.015 0.022 0.058 0.015 0.001 0.007 0.547 170 G 0.120 0.063 0.019 0.022 0.014 0.018 0.186 0.014 0.001 0.009 0.535 171 L 0.199 0.062 0.035 0.027 0.016 0.024 0.130 0.005 0.001 0.011 0.492 172 T 0.065 0.074 0.008 0.035 0.024 0.033 0.138 0.005 0.001 0.005 0.613 173 S 0.067 0.021 0.005 0.017 0.011 0.018 0.078 0.004 0.001 0.006 0.773 174 H 0.148 0.039 0.019 0.028 0.009 0.017 0.126 0.005 0.001 0.009 0.600 175 S 0.087 0.019 0.007 0.011 0.009 0.014 0.312 0.003 0.001 0.004 0.534 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 D 0.010 0.017 0.001 0.003 0.004 0.010 0.364 0.001 0.001 0.002 0.590 178 Q 0.221 0.044 0.002 0.003 0.001 0.002 0.213 0.001 0.001 0.003 0.510 179 D 0.075 0.399 0.001 0.002 0.002 0.004 0.086 0.001 0.001 0.001 0.430 180 E 0.033 0.530 0.001 0.001 0.001 0.002 0.105 0.001 0.001 0.001 0.325 181 E 0.020 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.127 182 L 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 183 I 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 184 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 185 Q 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 186 Y 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.003 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 A 0.006 0.981 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 189 I 0.011 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 190 F 0.024 0.946 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.010 191 T 0.037 0.857 0.021 0.004 0.003 0.005 0.005 0.026 0.001 0.001 0.040 192 R 0.099 0.634 0.033 0.013 0.008 0.011 0.011 0.045 0.001 0.002 0.144 193 G 0.275 0.235 0.027 0.022 0.010 0.012 0.051 0.109 0.001 0.006 0.252 194 I 0.236 0.151 0.122 0.041 0.027 0.028 0.079 0.021 0.001 0.006 0.289 195 M 0.064 0.105 0.024 0.093 0.063 0.088 0.070 0.008 0.001 0.005 0.480 196 A 0.043 0.064 0.013 0.065 0.045 0.066 0.114 0.005 0.001 0.006 0.579 197 D 0.037 0.064 0.003 0.045 0.030 0.038 0.131 0.006 0.001 0.008 0.639 198 G 0.130 0.025 0.009 0.022 0.016 0.017 0.091 0.004 0.001 0.025 0.663 199 G 0.228 0.012 0.022 0.017 0.007 0.007 0.292 0.002 0.001 0.022 0.391 200 A 0.131 0.009 0.025 0.020 0.007 0.015 0.232 0.002 0.001 0.023 0.536 201 A 0.047 0.017 0.008 0.047 0.055 0.089 0.128 0.001 0.001 0.011 0.597 202 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 203 A 0.028 0.011 0.002 0.052 0.083 0.241 0.086 0.001 0.001 0.003 0.493