# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.022 0.016 0.016 0.019 0.050 0.006 0.806 2 T 0.023 0.021 0.011 0.016 0.029 0.135 0.005 0.759 3 R 0.036 0.028 0.017 0.008 0.035 0.042 0.004 0.829 4 A 0.005 0.013 0.002 0.001 0.002 0.077 0.002 0.897 5 D 0.094 0.027 0.005 0.002 0.003 0.570 0.016 0.283 6 C 0.211 0.409 0.009 0.001 0.003 0.113 0.008 0.245 7 R 0.040 0.671 0.006 0.002 0.005 0.063 0.003 0.211 8 S 0.014 0.636 0.005 0.001 0.003 0.061 0.003 0.277 9 R 0.015 0.865 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.104 10 L 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 11 M 0.004 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 12 E 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 13 V 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 14 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 15 T 0.006 0.972 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 16 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 17 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 A 0.013 0.974 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 20 Q 0.020 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 21 K 0.081 0.836 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 0.018 22 G 0.312 0.336 0.115 0.007 0.003 0.010 0.130 0.088 23 F 0.046 0.109 0.647 0.028 0.009 0.036 0.014 0.112 24 Y 0.044 0.084 0.174 0.049 0.034 0.088 0.015 0.513 25 G 0.090 0.073 0.103 0.017 0.051 0.055 0.015 0.597 26 V 0.115 0.068 0.258 0.030 0.033 0.108 0.012 0.377 27 S 0.040 0.063 0.067 0.010 0.021 0.327 0.006 0.464 28 I 0.048 0.154 0.075 0.007 0.034 0.085 0.006 0.592 29 R 0.004 0.087 0.009 0.002 0.007 0.259 0.002 0.631 30 E 0.007 0.151 0.004 0.001 0.003 0.711 0.002 0.123 31 L 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 32 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 Q 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 34 A 0.020 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 35 A 0.108 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.005 36 G 0.355 0.094 0.091 0.002 0.001 0.005 0.401 0.051 37 A 0.034 0.033 0.835 0.012 0.003 0.016 0.012 0.055 38 S 0.016 0.018 0.188 0.023 0.017 0.322 0.004 0.412 39 I 0.012 0.016 0.060 0.010 0.046 0.065 0.003 0.789 40 S 0.005 0.018 0.103 0.013 0.020 0.325 0.002 0.514 41 M 0.127 0.061 0.056 0.026 0.033 0.413 0.016 0.269 42 I 0.058 0.780 0.020 0.014 0.019 0.023 0.003 0.083 43 S 0.011 0.885 0.012 0.013 0.034 0.006 0.001 0.037 44 Y 0.029 0.829 0.018 0.018 0.029 0.012 0.008 0.057 45 H 0.123 0.617 0.023 0.028 0.051 0.013 0.047 0.099 46 F 0.225 0.435 0.030 0.034 0.053 0.019 0.051 0.153 47 G 0.068 0.104 0.041 0.010 0.012 0.078 0.033 0.653 48 G 0.087 0.055 0.057 0.004 0.010 0.097 0.019 0.671 49 K 0.144 0.079 0.027 0.004 0.010 0.098 0.008 0.632 50 E 0.012 0.041 0.007 0.001 0.002 0.159 0.002 0.776 51 G 0.051 0.249 0.011 0.002 0.005 0.194 0.003 0.485 52 L 0.037 0.804 0.003 0.001 0.002 0.020 0.001 0.132 53 Y 0.006 0.939 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.044 54 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 55 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 56 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 L 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 58 Q 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 59 E 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 60 Q 0.015 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 61 F 0.016 0.956 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 62 A 0.020 0.916 0.007 0.001 0.001 0.006 0.007 0.042 63 C 0.051 0.822 0.007 0.001 0.001 0.014 0.020 0.085 64 F 0.078 0.827 0.010 0.001 0.002 0.009 0.014 0.059 65 G 0.070 0.753 0.028 0.002 0.002 0.019 0.013 0.113 66 Q 0.099 0.589 0.025 0.003 0.004 0.040 0.025 0.214 67 L 0.166 0.579 0.022 0.003 0.005 0.029 0.025 0.172 68 D 0.081 0.635 0.015 0.003 0.006 0.038 0.017 0.205 69 D 0.075 0.515 0.035 0.004 0.008 0.080 0.015 0.268 70 I 0.101 0.586 0.014 0.004 0.006 0.053 0.015 0.221 71 R 0.140 0.601 0.009 0.004 0.006 0.058 0.018 0.163 72 G 0.192 0.556 0.018 0.006 0.007 0.039 0.022 0.161 73 Q 0.240 0.397 0.023 0.005 0.006 0.029 0.033 0.267 74 A 0.188 0.170 0.036 0.005 0.008 0.024 0.047 0.522 75 G 0.202 0.058 0.073 0.005 0.005 0.075 0.075 0.508 76 D 0.136 0.028 0.062 0.005 0.004 0.148 0.017 0.601 77 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 78 L 0.008 0.029 0.014 0.002 0.004 0.473 0.001 0.469 79 A 0.034 0.101 0.016 0.001 0.003 0.678 0.002 0.165 80 V 0.022 0.842 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.115 81 M 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 82 T 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 83 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 86 R 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 87 W 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 88 T 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 89 I 0.003 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 Q 0.005 0.975 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 91 R 0.032 0.916 0.004 0.001 0.001 0.006 0.015 0.026 92 H 0.088 0.846 0.009 0.002 0.002 0.005 0.018 0.030 93 R 0.145 0.673 0.036 0.006 0.005 0.014 0.034 0.087 94 N 0.213 0.300 0.036 0.005 0.005 0.060 0.109 0.271 95 N 0.354 0.131 0.038 0.008 0.010 0.056 0.041 0.362 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 97 Q 0.009 0.013 0.015 0.004 0.004 0.467 0.003 0.485 98 L 0.299 0.117 0.031 0.006 0.014 0.146 0.010 0.377 99 L 0.071 0.610 0.022 0.014 0.027 0.045 0.003 0.207 100 R 0.034 0.666 0.033 0.010 0.027 0.059 0.004 0.165 101 F 0.035 0.813 0.018 0.009 0.020 0.011 0.006 0.088 102 Y 0.026 0.875 0.011 0.008 0.019 0.006 0.007 0.048 103 T 0.023 0.854 0.020 0.013 0.019 0.012 0.008 0.051 104 S 0.033 0.807 0.023 0.012 0.016 0.015 0.012 0.082 105 E 0.130 0.621 0.022 0.012 0.019 0.032 0.030 0.134 106 L 0.274 0.449 0.028 0.014 0.020 0.033 0.053 0.129 107 T 0.303 0.283 0.042 0.014 0.014 0.054 0.066 0.224 108 N 0.287 0.122 0.038 0.017 0.020 0.043 0.042 0.432 109 P 0.020 0.008 0.011 0.001 0.002 0.016 0.005 0.936 110 T 0.033 0.011 0.017 0.008 0.012 0.158 0.005 0.758 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 112 C 0.018 0.027 0.007 0.004 0.007 0.297 0.003 0.638 113 F 0.279 0.089 0.019 0.004 0.010 0.300 0.011 0.288 114 A 0.094 0.653 0.008 0.006 0.013 0.031 0.004 0.191 115 A 0.105 0.663 0.006 0.004 0.008 0.034 0.007 0.173 116 I 0.194 0.624 0.006 0.005 0.007 0.018 0.019 0.126 117 V 0.139 0.705 0.009 0.004 0.008 0.010 0.032 0.094 118 S 0.108 0.537 0.022 0.009 0.014 0.033 0.013 0.264 119 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 120 A 0.029 0.220 0.010 0.002 0.004 0.233 0.007 0.495 121 I 0.225 0.514 0.018 0.001 0.003 0.087 0.007 0.145 122 A 0.020 0.845 0.005 0.001 0.001 0.016 0.002 0.110 123 S 0.023 0.818 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.136 124 V 0.018 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.043 125 I 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 126 R 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 127 L 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 128 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 130 E 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 131 S 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 135 G 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 136 M 0.035 0.935 0.009 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 137 T 0.050 0.841 0.025 0.001 0.001 0.004 0.033 0.045 138 R 0.120 0.649 0.025 0.002 0.002 0.007 0.098 0.096 139 G 0.348 0.251 0.087 0.007 0.004 0.021 0.134 0.147 140 L 0.106 0.079 0.488 0.025 0.008 0.098 0.018 0.178 141 F 0.035 0.050 0.299 0.033 0.028 0.112 0.008 0.436 142 R 0.081 0.070 0.086 0.041 0.111 0.084 0.010 0.517 143 R 0.022 0.021 0.024 0.006 0.009 0.052 0.005 0.859 144 D 0.084 0.034 0.060 0.010 0.021 0.118 0.015 0.659 145 L 0.350 0.045 0.047 0.007 0.011 0.111 0.019 0.409 146 H 0.068 0.059 0.019 0.006 0.009 0.343 0.007 0.490 147 A 0.024 0.058 0.023 0.002 0.009 0.120 0.003 0.760 148 V 0.016 0.176 0.011 0.002 0.005 0.339 0.002 0.449 149 N 0.034 0.341 0.011 0.001 0.004 0.400 0.005 0.204 150 S 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.042 151 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 152 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 153 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 157 M 0.013 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 158 V 0.011 0.959 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 159 N 0.010 0.941 0.012 0.001 0.002 0.003 0.005 0.026 160 Y 0.029 0.871 0.021 0.002 0.004 0.008 0.009 0.055 161 F 0.034 0.847 0.024 0.005 0.006 0.016 0.008 0.059 162 F 0.033 0.801 0.034 0.011 0.012 0.024 0.009 0.075 163 L 0.043 0.782 0.032 0.012 0.021 0.012 0.010 0.087 164 S 0.061 0.732 0.025 0.013 0.021 0.017 0.017 0.114 165 T 0.106 0.566 0.037 0.021 0.026 0.025 0.027 0.192 166 L 0.121 0.480 0.065 0.030 0.038 0.036 0.024 0.207 167 A 0.128 0.348 0.059 0.035 0.049 0.073 0.029 0.279 168 T 0.149 0.263 0.051 0.029 0.056 0.084 0.028 0.340 169 E 0.129 0.150 0.042 0.019 0.028 0.054 0.021 0.556 170 G 0.107 0.071 0.037 0.017 0.024 0.114 0.022 0.607 171 L 0.226 0.055 0.050 0.021 0.032 0.105 0.027 0.485 172 T 0.128 0.057 0.032 0.024 0.027 0.164 0.016 0.552 173 S 0.103 0.031 0.026 0.017 0.026 0.088 0.015 0.696 174 H 0.124 0.026 0.029 0.009 0.015 0.179 0.019 0.600 175 S 0.135 0.020 0.016 0.014 0.016 0.304 0.010 0.486 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 177 D 0.009 0.014 0.003 0.002 0.005 0.583 0.003 0.380 178 Q 0.318 0.039 0.008 0.002 0.003 0.350 0.014 0.266 179 D 0.048 0.486 0.005 0.002 0.005 0.104 0.003 0.347 180 E 0.016 0.563 0.003 0.001 0.004 0.116 0.002 0.294 181 E 0.016 0.789 0.001 0.001 0.001 0.080 0.002 0.110 182 L 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 183 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 184 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 185 Q 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 186 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 187 V 0.002 0.983 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 188 A 0.003 0.975 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 189 I 0.016 0.950 0.012 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 190 F 0.021 0.895 0.040 0.008 0.008 0.003 0.006 0.020 191 T 0.036 0.603 0.203 0.026 0.037 0.009 0.019 0.066 192 R 0.103 0.408 0.095 0.031 0.045 0.027 0.062 0.229 193 G 0.181 0.137 0.131 0.030 0.040 0.052 0.053 0.376 194 I 0.091 0.079 0.246 0.054 0.046 0.098 0.016 0.370 195 M 0.060 0.057 0.146 0.045 0.064 0.098 0.009 0.519 196 A 0.081 0.041 0.056 0.041 0.085 0.099 0.012 0.584 197 D 0.084 0.033 0.069 0.023 0.044 0.085 0.012 0.650 198 G 0.052 0.014 0.030 0.009 0.013 0.067 0.010 0.806 199 G 0.158 0.013 0.053 0.016 0.021 0.186 0.024 0.530 200 A 0.119 0.010 0.036 0.009 0.012 0.089 0.018 0.708 201 A 0.082 0.012 0.076 0.030 0.034 0.175 0.005 0.586 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 203 A 0.050 0.009 0.042 0.026 0.087 0.152 0.005 0.630