# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.406 0.363 0.030 0.047 0.033 0.010 0.001 0.052 0.002 0.001 2 T 0.021 0.054 0.772 0.011 0.010 0.109 0.003 0.001 0.012 0.001 0.006 3 R 0.483 0.049 0.363 0.020 0.019 0.030 0.003 0.001 0.024 0.006 0.003 4 A 0.957 0.001 0.024 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.878 0.003 0.010 0.094 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.953 0.007 0.009 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.935 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.365 0.004 0.049 0.528 0.002 0.004 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 22 G 0.066 0.002 0.013 0.018 0.009 0.003 0.202 0.605 0.001 0.081 0.001 23 F 0.382 0.084 0.353 0.090 0.016 0.055 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 24 Y 0.466 0.148 0.167 0.129 0.034 0.024 0.016 0.002 0.013 0.002 0.001 25 G 0.504 0.074 0.087 0.044 0.186 0.029 0.033 0.019 0.010 0.015 0.001 26 V 0.553 0.216 0.100 0.065 0.038 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 S 0.358 0.173 0.254 0.029 0.060 0.080 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 28 I 0.987 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.212 0.001 0.010 0.745 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.021 0.001 0.009 0.007 0.003 0.002 0.373 0.536 0.001 0.048 0.001 37 A 0.183 0.173 0.453 0.121 0.015 0.043 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 38 S 0.094 0.091 0.473 0.062 0.025 0.186 0.017 0.002 0.045 0.005 0.001 39 I 0.817 0.026 0.083 0.040 0.010 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 40 S 0.805 0.025 0.028 0.071 0.042 0.008 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 41 M 0.649 0.164 0.041 0.079 0.038 0.012 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 42 I 0.607 0.292 0.052 0.015 0.016 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 S 0.675 0.204 0.042 0.023 0.027 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 44 Y 0.591 0.142 0.073 0.091 0.043 0.020 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 45 H 0.483 0.104 0.134 0.180 0.031 0.019 0.014 0.001 0.031 0.002 0.001 46 F 0.199 0.077 0.145 0.311 0.043 0.023 0.144 0.012 0.030 0.015 0.001 47 G 0.065 0.011 0.112 0.085 0.042 0.019 0.165 0.247 0.003 0.251 0.001 48 G 0.098 0.024 0.202 0.131 0.093 0.077 0.048 0.079 0.012 0.237 0.001 49 K 0.853 0.008 0.096 0.015 0.005 0.013 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 50 E 0.990 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.960 0.003 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.837 0.008 0.014 0.129 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 65 G 0.816 0.008 0.019 0.054 0.017 0.005 0.055 0.015 0.003 0.007 0.001 66 Q 0.772 0.043 0.053 0.098 0.009 0.013 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 67 L 0.772 0.045 0.068 0.079 0.009 0.013 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 68 D 0.813 0.035 0.043 0.072 0.011 0.008 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 69 D 0.774 0.034 0.056 0.078 0.020 0.013 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 70 I 0.770 0.055 0.054 0.084 0.010 0.009 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 71 R 0.507 0.059 0.099 0.268 0.015 0.011 0.025 0.001 0.013 0.002 0.001 72 G 0.269 0.029 0.101 0.113 0.072 0.022 0.145 0.128 0.011 0.109 0.001 73 Q 0.411 0.122 0.178 0.199 0.021 0.023 0.019 0.002 0.020 0.003 0.001 74 A 0.209 0.048 0.240 0.334 0.021 0.034 0.085 0.007 0.013 0.008 0.002 75 G 0.103 0.026 0.124 0.096 0.048 0.027 0.081 0.305 0.006 0.183 0.001 76 D 0.053 0.065 0.680 0.015 0.032 0.043 0.008 0.001 0.092 0.013 0.001 77 P 0.935 0.001 0.054 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 L 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.921 0.003 0.005 0.065 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.748 0.012 0.015 0.201 0.003 0.005 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 93 R 0.700 0.019 0.040 0.155 0.006 0.014 0.058 0.001 0.006 0.001 0.001 94 N 0.259 0.026 0.073 0.527 0.009 0.029 0.062 0.006 0.005 0.003 0.001 95 N 0.098 0.097 0.360 0.036 0.031 0.046 0.049 0.003 0.266 0.015 0.001 96 P 0.912 0.001 0.070 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 97 Q 0.903 0.004 0.013 0.061 0.003 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 98 L 0.930 0.014 0.023 0.022 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 L 0.961 0.018 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.970 0.013 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.955 0.021 0.004 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 Y 0.935 0.028 0.011 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 T 0.947 0.015 0.011 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 S 0.932 0.008 0.010 0.038 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 105 E 0.847 0.016 0.016 0.101 0.005 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 106 L 0.651 0.024 0.045 0.226 0.008 0.014 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 107 T 0.477 0.067 0.082 0.293 0.008 0.016 0.043 0.003 0.010 0.001 0.001 108 N 0.083 0.132 0.391 0.036 0.047 0.045 0.051 0.001 0.206 0.007 0.001 109 P 0.473 0.004 0.408 0.052 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 110 T 0.332 0.085 0.355 0.033 0.024 0.036 0.008 0.002 0.117 0.006 0.001 111 P 0.955 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 C 0.897 0.003 0.013 0.072 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 113 F 0.902 0.017 0.020 0.047 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 114 A 0.973 0.008 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.979 0.005 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.925 0.012 0.010 0.042 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 V 0.878 0.026 0.019 0.063 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 S 0.869 0.020 0.051 0.011 0.011 0.006 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 119 P 0.986 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.925 0.002 0.010 0.052 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.979 0.003 0.005 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.957 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.924 0.002 0.006 0.056 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 136 M 0.913 0.008 0.023 0.050 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 T 0.851 0.012 0.025 0.082 0.005 0.009 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 138 R 0.236 0.012 0.064 0.605 0.005 0.007 0.064 0.002 0.003 0.001 0.001 139 G 0.029 0.003 0.014 0.007 0.016 0.002 0.112 0.713 0.001 0.102 0.001 140 L 0.262 0.181 0.401 0.091 0.025 0.023 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 141 F 0.191 0.222 0.390 0.072 0.029 0.054 0.010 0.002 0.026 0.003 0.001 142 R 0.284 0.191 0.347 0.053 0.036 0.042 0.010 0.001 0.029 0.003 0.004 143 R 0.719 0.038 0.114 0.077 0.018 0.013 0.007 0.001 0.008 0.002 0.002 144 D 0.310 0.046 0.102 0.407 0.026 0.042 0.039 0.007 0.017 0.003 0.001 145 L 0.318 0.106 0.342 0.127 0.018 0.035 0.026 0.004 0.018 0.003 0.001 146 H 0.207 0.064 0.473 0.041 0.019 0.130 0.019 0.001 0.040 0.006 0.001 147 A 0.978 0.001 0.014 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.962 0.004 0.002 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 F 0.968 0.012 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 F 0.962 0.009 0.006 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 163 L 0.925 0.014 0.008 0.042 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 164 S 0.809 0.029 0.030 0.099 0.013 0.007 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 165 T 0.675 0.073 0.059 0.129 0.023 0.012 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 166 L 0.583 0.102 0.127 0.108 0.019 0.027 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 167 A 0.528 0.100 0.137 0.156 0.019 0.032 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 168 T 0.352 0.156 0.149 0.180 0.042 0.034 0.030 0.003 0.048 0.004 0.001 169 E 0.220 0.059 0.287 0.261 0.028 0.021 0.095 0.005 0.015 0.007 0.002 170 G 0.046 0.017 0.057 0.033 0.064 0.012 0.079 0.448 0.006 0.238 0.001 171 L 0.285 0.134 0.398 0.108 0.027 0.025 0.005 0.001 0.009 0.002 0.004 172 T 0.184 0.250 0.337 0.101 0.029 0.047 0.012 0.002 0.035 0.003 0.001 173 S 0.255 0.115 0.381 0.097 0.036 0.062 0.020 0.001 0.022 0.003 0.008 174 H 0.297 0.149 0.253 0.181 0.039 0.039 0.011 0.004 0.019 0.004 0.004 175 S 0.086 0.119 0.528 0.014 0.036 0.028 0.010 0.001 0.167 0.009 0.001 176 P 0.761 0.002 0.194 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 177 D 0.606 0.023 0.110 0.180 0.011 0.044 0.012 0.006 0.006 0.001 0.001 178 Q 0.737 0.034 0.107 0.079 0.008 0.021 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 179 D 0.954 0.005 0.016 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.971 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.917 0.009 0.007 0.055 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 191 T 0.681 0.041 0.055 0.166 0.011 0.015 0.012 0.001 0.018 0.001 0.001 192 R 0.417 0.032 0.164 0.278 0.012 0.014 0.070 0.003 0.007 0.002 0.001 193 G 0.133 0.018 0.064 0.088 0.074 0.018 0.110 0.382 0.006 0.107 0.001 194 I 0.306 0.192 0.219 0.194 0.037 0.023 0.011 0.001 0.014 0.002 0.001 195 M 0.166 0.288 0.264 0.095 0.054 0.068 0.021 0.003 0.036 0.006 0.001 196 A 0.170 0.271 0.324 0.072 0.037 0.071 0.012 0.001 0.036 0.003 0.003 197 D 0.217 0.129 0.302 0.216 0.036 0.028 0.032 0.002 0.028 0.005 0.006 198 G 0.028 0.011 0.054 0.050 0.050 0.008 0.111 0.438 0.003 0.246 0.001 199 G 0.086 0.050 0.166 0.088 0.100 0.024 0.089 0.214 0.007 0.176 0.001 200 A 0.166 0.205 0.349 0.158 0.042 0.027 0.015 0.008 0.015 0.013 0.001 201 A 0.058 0.226 0.464 0.010 0.055 0.015 0.008 0.001 0.145 0.017 0.001 202 P 0.281 0.013 0.601 0.025 0.007 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 203 A 0.271 0.164 0.299 0.086 0.085 0.036 0.013 0.018 0.021 0.005 0.001