# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.367 0.176 0.019 0.196 0.014 0.016 0.037 0.016 0.058 0.029 2 T 0.044 0.490 0.217 0.014 0.128 0.006 0.008 0.037 0.019 0.020 0.017 3 R 0.023 0.123 0.053 0.008 0.044 0.007 0.016 0.404 0.279 0.029 0.013 4 A 0.003 0.012 0.005 0.002 0.006 0.004 0.016 0.701 0.219 0.029 0.003 5 D 0.010 0.024 0.006 0.001 0.017 0.002 0.012 0.759 0.077 0.086 0.007 6 C 0.007 0.023 0.004 0.001 0.013 0.001 0.004 0.817 0.088 0.038 0.006 7 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.911 0.075 0.004 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.002 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.004 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.899 0.094 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.815 0.149 0.006 0.001 20 Q 0.007 0.015 0.011 0.002 0.008 0.004 0.140 0.624 0.126 0.059 0.004 21 K 0.020 0.346 0.126 0.021 0.051 0.030 0.086 0.164 0.052 0.084 0.021 22 G 0.062 0.039 0.037 0.030 0.050 0.016 0.016 0.089 0.057 0.395 0.210 23 F 0.120 0.133 0.039 0.009 0.181 0.010 0.034 0.210 0.125 0.085 0.055 24 Y 0.033 0.116 0.049 0.039 0.075 0.080 0.146 0.253 0.112 0.070 0.028 25 G 0.101 0.079 0.046 0.020 0.136 0.013 0.025 0.308 0.080 0.126 0.064 26 V 0.061 0.224 0.055 0.009 0.196 0.014 0.024 0.308 0.049 0.045 0.015 27 S 0.028 0.410 0.079 0.003 0.086 0.002 0.004 0.322 0.033 0.017 0.017 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.098 0.001 0.002 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.063 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.885 0.112 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.303 0.599 0.077 0.018 0.001 35 A 0.002 0.844 0.102 0.002 0.009 0.003 0.008 0.015 0.004 0.010 0.002 36 G 0.027 0.007 0.007 0.021 0.009 0.007 0.005 0.020 0.019 0.404 0.475 37 A 0.073 0.278 0.098 0.011 0.170 0.012 0.032 0.108 0.049 0.140 0.031 38 S 0.042 0.464 0.143 0.016 0.168 0.005 0.017 0.072 0.033 0.019 0.020 39 I 0.032 0.015 0.005 0.003 0.028 0.006 0.027 0.585 0.270 0.015 0.014 40 S 0.025 0.043 0.014 0.006 0.047 0.018 0.029 0.663 0.110 0.034 0.011 41 M 0.132 0.079 0.005 0.001 0.128 0.002 0.008 0.524 0.054 0.050 0.017 42 I 0.083 0.058 0.004 0.001 0.122 0.005 0.015 0.612 0.054 0.030 0.015 43 S 0.096 0.039 0.007 0.005 0.144 0.013 0.033 0.505 0.101 0.033 0.024 44 Y 0.058 0.087 0.020 0.005 0.118 0.008 0.038 0.482 0.110 0.049 0.025 45 H 0.105 0.064 0.032 0.013 0.130 0.021 0.089 0.228 0.092 0.161 0.066 46 F 0.063 0.216 0.119 0.034 0.117 0.026 0.043 0.158 0.065 0.109 0.050 47 G 0.020 0.086 0.081 0.140 0.031 0.090 0.107 0.157 0.064 0.185 0.039 48 G 0.028 0.342 0.362 0.017 0.087 0.004 0.007 0.065 0.027 0.047 0.014 49 K 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.570 0.394 0.007 0.003 50 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.874 0.108 0.005 0.001 51 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.054 0.014 0.001 52 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.015 0.008 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.002 0.001 60 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.042 0.014 0.001 61 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.875 0.109 0.009 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.872 0.106 0.005 0.001 63 C 0.004 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.044 0.787 0.097 0.049 0.002 64 F 0.018 0.064 0.014 0.002 0.027 0.004 0.023 0.635 0.111 0.085 0.016 65 G 0.013 0.021 0.014 0.014 0.017 0.017 0.034 0.649 0.146 0.056 0.020 66 Q 0.033 0.045 0.014 0.002 0.048 0.003 0.023 0.645 0.088 0.085 0.013 67 L 0.029 0.046 0.008 0.002 0.045 0.003 0.025 0.629 0.144 0.055 0.013 68 D 0.019 0.024 0.010 0.006 0.030 0.013 0.037 0.624 0.184 0.041 0.014 69 D 0.023 0.021 0.009 0.002 0.028 0.004 0.034 0.635 0.187 0.046 0.010 70 I 0.027 0.055 0.022 0.003 0.043 0.007 0.089 0.525 0.137 0.079 0.013 71 R 0.048 0.134 0.061 0.019 0.073 0.027 0.108 0.238 0.111 0.136 0.045 72 G 0.042 0.105 0.092 0.070 0.060 0.041 0.056 0.188 0.115 0.176 0.057 73 Q 0.054 0.137 0.099 0.044 0.096 0.037 0.087 0.150 0.102 0.157 0.037 74 A 0.042 0.153 0.127 0.044 0.082 0.026 0.059 0.136 0.112 0.172 0.047 75 G 0.021 0.094 0.083 0.088 0.035 0.057 0.051 0.119 0.075 0.327 0.050 76 D 0.014 0.491 0.357 0.007 0.077 0.001 0.002 0.028 0.009 0.009 0.005 77 P 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.626 0.352 0.005 0.002 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.063 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.017 0.005 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.048 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.896 0.089 0.004 0.001 91 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.831 0.118 0.023 0.001 92 H 0.011 0.013 0.005 0.001 0.014 0.003 0.045 0.579 0.250 0.070 0.009 93 R 0.023 0.040 0.020 0.007 0.030 0.013 0.110 0.513 0.142 0.084 0.017 94 N 0.034 0.075 0.053 0.027 0.050 0.030 0.092 0.168 0.064 0.370 0.036 95 N 0.104 0.239 0.153 0.011 0.272 0.004 0.006 0.095 0.047 0.045 0.024 96 P 0.006 0.011 0.005 0.002 0.011 0.004 0.018 0.593 0.334 0.010 0.005 97 Q 0.013 0.020 0.008 0.002 0.017 0.004 0.026 0.708 0.124 0.066 0.012 98 L 0.038 0.029 0.003 0.001 0.035 0.002 0.010 0.725 0.106 0.036 0.016 99 L 0.020 0.019 0.003 0.002 0.033 0.005 0.010 0.838 0.049 0.016 0.006 100 R 0.025 0.019 0.002 0.001 0.037 0.002 0.005 0.848 0.045 0.012 0.004 101 F 0.016 0.017 0.002 0.001 0.023 0.001 0.009 0.867 0.043 0.016 0.005 102 Y 0.040 0.036 0.004 0.001 0.046 0.003 0.016 0.758 0.049 0.034 0.012 103 T 0.038 0.029 0.006 0.004 0.040 0.008 0.027 0.662 0.116 0.048 0.020 104 S 0.014 0.030 0.012 0.007 0.026 0.011 0.043 0.595 0.223 0.030 0.008 105 E 0.025 0.025 0.011 0.003 0.036 0.006 0.083 0.481 0.233 0.084 0.014 106 L 0.051 0.070 0.024 0.004 0.076 0.007 0.073 0.322 0.210 0.137 0.027 107 T 0.046 0.124 0.057 0.034 0.084 0.061 0.114 0.162 0.106 0.162 0.050 108 N 0.103 0.209 0.186 0.022 0.218 0.011 0.025 0.074 0.030 0.085 0.037 109 P 0.053 0.158 0.098 0.026 0.096 0.027 0.052 0.128 0.127 0.194 0.043 110 T 0.023 0.403 0.340 0.018 0.086 0.005 0.009 0.054 0.034 0.018 0.011 111 P 0.005 0.023 0.010 0.003 0.009 0.006 0.023 0.573 0.326 0.017 0.006 112 C 0.013 0.040 0.014 0.003 0.023 0.005 0.024 0.606 0.139 0.123 0.011 113 F 0.028 0.043 0.007 0.002 0.041 0.004 0.012 0.606 0.158 0.084 0.016 114 A 0.010 0.018 0.005 0.003 0.019 0.006 0.016 0.711 0.178 0.026 0.007 115 A 0.010 0.011 0.004 0.001 0.014 0.003 0.020 0.741 0.164 0.029 0.004 116 I 0.013 0.028 0.006 0.001 0.022 0.002 0.033 0.739 0.098 0.052 0.007 117 V 0.052 0.077 0.017 0.004 0.066 0.009 0.030 0.490 0.095 0.129 0.029 118 S 0.021 0.113 0.044 0.008 0.045 0.006 0.012 0.608 0.107 0.023 0.012 119 P 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.849 0.114 0.009 0.002 120 A 0.003 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.858 0.084 0.032 0.002 121 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.934 0.046 0.010 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.002 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.004 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.053 0.001 0.001 134 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.931 0.045 0.007 0.001 135 G 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.012 0.749 0.136 0.076 0.004 136 M 0.005 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.013 0.781 0.165 0.014 0.003 137 T 0.006 0.005 0.006 0.004 0.004 0.010 0.196 0.637 0.084 0.045 0.004 138 R 0.004 0.660 0.132 0.024 0.019 0.022 0.063 0.043 0.014 0.016 0.003 139 G 0.021 0.015 0.015 0.040 0.014 0.015 0.008 0.027 0.046 0.486 0.313 140 L 0.087 0.268 0.088 0.009 0.228 0.008 0.024 0.097 0.057 0.094 0.040 141 F 0.145 0.311 0.060 0.012 0.270 0.012 0.034 0.029 0.021 0.065 0.042 142 R 0.072 0.377 0.232 0.028 0.169 0.012 0.012 0.034 0.027 0.016 0.022 143 R 0.017 0.063 0.030 0.017 0.034 0.045 0.087 0.362 0.287 0.043 0.015 144 D 0.070 0.081 0.059 0.012 0.112 0.008 0.028 0.197 0.116 0.267 0.050 145 L 0.037 0.184 0.045 0.007 0.090 0.012 0.022 0.330 0.102 0.141 0.030 146 H 0.032 0.304 0.121 0.009 0.110 0.005 0.008 0.325 0.047 0.022 0.016 147 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.780 0.206 0.004 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.022 0.010 0.001 158 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.901 0.070 0.007 0.002 159 N 0.004 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.015 0.865 0.086 0.012 0.003 160 Y 0.015 0.017 0.007 0.002 0.019 0.002 0.013 0.780 0.095 0.044 0.007 161 F 0.024 0.040 0.005 0.001 0.036 0.002 0.017 0.742 0.083 0.040 0.009 162 F 0.043 0.033 0.005 0.003 0.050 0.005 0.029 0.689 0.087 0.038 0.018 163 L 0.053 0.040 0.009 0.005 0.069 0.012 0.042 0.606 0.107 0.039 0.019 164 S 0.059 0.070 0.028 0.011 0.097 0.016 0.046 0.486 0.107 0.057 0.022 165 T 0.077 0.071 0.021 0.004 0.120 0.008 0.034 0.424 0.134 0.080 0.027 166 L 0.064 0.099 0.029 0.006 0.118 0.010 0.061 0.372 0.144 0.068 0.031 167 A 0.095 0.080 0.045 0.019 0.105 0.025 0.098 0.235 0.093 0.150 0.055 168 T 0.063 0.244 0.158 0.055 0.118 0.035 0.046 0.114 0.054 0.077 0.035 169 E 0.040 0.103 0.074 0.105 0.059 0.070 0.103 0.151 0.121 0.132 0.041 170 G 0.065 0.112 0.109 0.053 0.109 0.024 0.035 0.080 0.087 0.259 0.065 171 L 0.100 0.184 0.074 0.016 0.195 0.014 0.034 0.093 0.113 0.126 0.050 172 T 0.069 0.264 0.131 0.033 0.173 0.030 0.042 0.077 0.074 0.068 0.038 173 S 0.098 0.171 0.102 0.021 0.200 0.019 0.039 0.137 0.091 0.082 0.041 174 H 0.064 0.159 0.084 0.024 0.121 0.029 0.046 0.123 0.100 0.205 0.043 175 S 0.054 0.384 0.238 0.014 0.182 0.006 0.007 0.046 0.030 0.025 0.015 176 P 0.013 0.053 0.019 0.005 0.026 0.009 0.027 0.522 0.283 0.033 0.011 177 D 0.019 0.065 0.032 0.007 0.039 0.007 0.026 0.529 0.129 0.130 0.017 178 Q 0.012 0.053 0.011 0.001 0.025 0.002 0.006 0.702 0.129 0.047 0.010 179 D 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.914 0.064 0.006 0.002 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.002 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.007 0.004 0.001 186 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.032 0.007 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 0.064 0.002 0.001 188 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.886 0.087 0.008 0.001 189 I 0.007 0.025 0.004 0.001 0.014 0.001 0.015 0.829 0.077 0.027 0.002 190 F 0.052 0.038 0.009 0.002 0.051 0.004 0.064 0.614 0.078 0.070 0.020 191 T 0.066 0.095 0.053 0.033 0.086 0.039 0.065 0.366 0.106 0.057 0.035 192 R 0.031 0.127 0.070 0.071 0.057 0.074 0.177 0.209 0.100 0.060 0.024 193 G 0.063 0.066 0.085 0.051 0.090 0.020 0.035 0.094 0.083 0.315 0.099 194 I 0.110 0.215 0.070 0.010 0.255 0.010 0.030 0.060 0.052 0.120 0.068 195 M 0.079 0.349 0.225 0.027 0.171 0.011 0.019 0.025 0.015 0.034 0.045 196 A 0.086 0.189 0.216 0.076 0.120 0.045 0.044 0.088 0.046 0.046 0.044 197 D 0.026 0.156 0.134 0.141 0.048 0.089 0.110 0.132 0.092 0.053 0.018 198 G 0.021 0.051 0.061 0.221 0.029 0.085 0.066 0.078 0.095 0.244 0.049 199 G 0.051 0.113 0.127 0.085 0.095 0.032 0.039 0.064 0.087 0.237 0.070 200 A 0.089 0.143 0.113 0.050 0.136 0.029 0.040 0.053 0.079 0.190 0.079 201 A 0.036 0.395 0.276 0.042 0.115 0.019 0.024 0.026 0.026 0.023 0.017 202 P 0.102 0.134 0.098 0.037 0.144 0.030 0.047 0.109 0.126 0.114 0.060 203 A 0.074 0.261 0.137 0.025 0.172 0.020 0.031 0.089 0.087 0.071 0.033