# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4992 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.673 0.200 0.079 0.037 0.009 0.001 0.001 2 T 0.763 0.183 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 3 R 0.671 0.208 0.082 0.032 0.007 0.001 0.001 4 A 0.781 0.190 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 5 D 0.533 0.376 0.068 0.020 0.003 0.001 0.001 6 C 0.088 0.142 0.296 0.290 0.159 0.024 0.001 7 R 0.073 0.180 0.294 0.294 0.129 0.029 0.001 8 S 0.493 0.384 0.088 0.025 0.009 0.002 0.001 9 R 0.056 0.177 0.330 0.334 0.088 0.014 0.001 10 L 0.010 0.019 0.036 0.070 0.284 0.500 0.079 11 M 0.009 0.041 0.151 0.359 0.293 0.136 0.011 12 E 0.153 0.436 0.240 0.110 0.048 0.013 0.001 13 V 0.007 0.033 0.131 0.320 0.358 0.136 0.015 14 A 0.003 0.008 0.014 0.035 0.180 0.582 0.178 15 T 0.013 0.090 0.287 0.373 0.170 0.060 0.006 16 E 0.100 0.329 0.307 0.195 0.051 0.017 0.002 17 L 0.008 0.027 0.089 0.251 0.384 0.225 0.015 18 F 0.017 0.026 0.045 0.134 0.322 0.387 0.068 19 A 0.042 0.143 0.228 0.295 0.190 0.090 0.011 20 Q 0.208 0.347 0.239 0.135 0.054 0.016 0.001 21 K 0.077 0.178 0.297 0.292 0.111 0.042 0.004 22 G 0.080 0.103 0.126 0.213 0.279 0.176 0.023 23 F 0.061 0.097 0.168 0.244 0.259 0.146 0.025 24 Y 0.139 0.251 0.242 0.180 0.113 0.064 0.010 25 G 0.096 0.213 0.236 0.210 0.151 0.080 0.014 26 V 0.025 0.047 0.091 0.191 0.323 0.258 0.065 27 S 0.020 0.067 0.147 0.215 0.283 0.205 0.062 28 I 0.004 0.012 0.020 0.050 0.173 0.507 0.234 29 R 0.018 0.106 0.257 0.323 0.206 0.082 0.008 30 E 0.022 0.126 0.257 0.337 0.176 0.073 0.009 31 L 0.002 0.005 0.017 0.056 0.254 0.554 0.112 32 A 0.007 0.023 0.062 0.204 0.317 0.329 0.057 33 Q 0.098 0.362 0.279 0.159 0.069 0.029 0.003 34 A 0.047 0.155 0.279 0.356 0.113 0.044 0.005 35 A 0.017 0.021 0.045 0.119 0.317 0.428 0.052 36 G 0.153 0.321 0.252 0.163 0.073 0.033 0.006 37 A 0.066 0.077 0.110 0.215 0.264 0.200 0.068 38 S 0.061 0.143 0.159 0.195 0.228 0.169 0.044 39 I 0.049 0.093 0.158 0.220 0.234 0.186 0.060 40 S 0.078 0.117 0.123 0.152 0.213 0.208 0.109 41 M 0.052 0.050 0.063 0.128 0.165 0.279 0.263 42 I 0.023 0.020 0.028 0.067 0.118 0.312 0.432 43 S 0.047 0.070 0.100 0.145 0.190 0.273 0.175 44 Y 0.061 0.104 0.147 0.203 0.225 0.183 0.078 45 H 0.066 0.115 0.118 0.179 0.202 0.239 0.081 46 F 0.052 0.070 0.136 0.240 0.275 0.189 0.039 47 G 0.272 0.320 0.198 0.126 0.059 0.021 0.003 48 G 0.138 0.203 0.215 0.203 0.161 0.071 0.010 49 K 0.070 0.099 0.143 0.246 0.246 0.168 0.028 50 E 0.209 0.285 0.213 0.150 0.097 0.043 0.004 51 G 0.145 0.265 0.289 0.210 0.067 0.020 0.003 52 L 0.021 0.034 0.077 0.161 0.321 0.302 0.083 53 Y 0.013 0.028 0.046 0.121 0.255 0.407 0.130 54 A 0.028 0.123 0.258 0.295 0.191 0.095 0.010 55 A 0.028 0.116 0.234 0.308 0.213 0.090 0.011 56 V 0.005 0.013 0.033 0.088 0.236 0.496 0.129 57 L 0.011 0.024 0.056 0.187 0.338 0.314 0.071 58 Q 0.100 0.318 0.299 0.177 0.078 0.026 0.002 59 E 0.071 0.202 0.290 0.281 0.120 0.034 0.002 60 Q 0.042 0.097 0.157 0.253 0.267 0.171 0.014 61 F 0.037 0.079 0.163 0.297 0.300 0.117 0.007 62 A 0.278 0.368 0.210 0.096 0.037 0.011 0.001 63 C 0.111 0.200 0.254 0.262 0.129 0.040 0.004 64 F 0.072 0.082 0.110 0.196 0.315 0.202 0.022 65 G 0.149 0.233 0.253 0.215 0.112 0.035 0.003 66 Q 0.333 0.353 0.175 0.090 0.036 0.012 0.001 67 L 0.111 0.146 0.217 0.273 0.177 0.070 0.006 68 D 0.161 0.162 0.184 0.217 0.196 0.075 0.006 69 D 0.334 0.325 0.191 0.097 0.040 0.013 0.001 70 I 0.306 0.260 0.197 0.147 0.068 0.020 0.001 71 R 0.233 0.238 0.231 0.175 0.093 0.029 0.001 72 G 0.274 0.201 0.222 0.192 0.086 0.023 0.001 73 Q 0.586 0.260 0.095 0.040 0.015 0.004 0.001 74 A 0.584 0.252 0.097 0.047 0.016 0.004 0.001 75 G 0.582 0.246 0.105 0.048 0.016 0.003 0.001 76 D 0.377 0.359 0.161 0.071 0.024 0.006 0.001 77 P 0.087 0.129 0.195 0.267 0.220 0.093 0.010 78 L 0.052 0.151 0.252 0.276 0.183 0.082 0.005 79 A 0.152 0.293 0.232 0.184 0.101 0.035 0.003 80 V 0.015 0.062 0.190 0.308 0.281 0.123 0.020 81 M 0.005 0.011 0.015 0.043 0.188 0.535 0.203 82 T 0.008 0.059 0.205 0.367 0.220 0.127 0.014 83 A 0.022 0.098 0.202 0.310 0.214 0.131 0.024 84 Y 0.005 0.013 0.046 0.123 0.266 0.415 0.132 85 L 0.004 0.009 0.016 0.061 0.197 0.469 0.245 86 R 0.024 0.133 0.261 0.271 0.187 0.104 0.021 87 W 0.021 0.082 0.174 0.293 0.249 0.151 0.029 88 T 0.011 0.036 0.070 0.151 0.288 0.369 0.075 89 I 0.017 0.035 0.064 0.177 0.337 0.314 0.055 90 Q 0.087 0.261 0.283 0.196 0.121 0.047 0.004 91 R 0.056 0.141 0.253 0.310 0.168 0.066 0.006 92 H 0.055 0.075 0.144 0.238 0.298 0.176 0.014 93 R 0.217 0.272 0.237 0.173 0.081 0.018 0.001 94 N 0.461 0.341 0.112 0.053 0.024 0.007 0.001 95 N 0.282 0.268 0.205 0.165 0.061 0.018 0.001 96 P 0.341 0.293 0.196 0.110 0.044 0.014 0.001 97 Q 0.212 0.282 0.239 0.176 0.067 0.022 0.003 98 L 0.042 0.085 0.151 0.243 0.274 0.174 0.031 99 L 0.021 0.039 0.055 0.129 0.251 0.387 0.118 100 R 0.018 0.067 0.142 0.252 0.240 0.222 0.058 101 F 0.014 0.029 0.052 0.112 0.239 0.359 0.196 102 Y 0.010 0.024 0.046 0.099 0.203 0.380 0.238 103 T 0.015 0.038 0.066 0.148 0.248 0.325 0.161 104 S 0.046 0.123 0.195 0.236 0.217 0.146 0.036 105 E 0.076 0.189 0.233 0.239 0.164 0.086 0.011 106 L 0.054 0.085 0.141 0.226 0.292 0.184 0.020 107 T 0.157 0.194 0.237 0.222 0.137 0.049 0.004 108 N 0.340 0.294 0.197 0.110 0.043 0.014 0.001 109 P 0.344 0.244 0.172 0.143 0.070 0.025 0.002 110 T 0.411 0.275 0.151 0.097 0.048 0.016 0.001 111 P 0.428 0.308 0.157 0.076 0.023 0.007 0.001 112 C 0.174 0.255 0.259 0.193 0.089 0.026 0.003 113 F 0.061 0.091 0.130 0.224 0.298 0.177 0.018 114 A 0.059 0.177 0.257 0.286 0.157 0.062 0.003 115 A 0.169 0.330 0.237 0.160 0.076 0.026 0.002 116 I 0.031 0.087 0.182 0.318 0.257 0.114 0.010 117 V 0.031 0.058 0.099 0.204 0.342 0.244 0.022 118 S 0.106 0.259 0.306 0.209 0.089 0.028 0.002 119 P 0.236 0.361 0.223 0.126 0.042 0.011 0.001 120 A 0.066 0.124 0.192 0.280 0.233 0.097 0.007 121 I 0.043 0.095 0.179 0.277 0.274 0.125 0.007 122 A 0.234 0.340 0.246 0.119 0.046 0.014 0.001 123 S 0.136 0.294 0.275 0.197 0.079 0.017 0.002 124 V 0.024 0.048 0.077 0.168 0.334 0.307 0.042 125 I 0.012 0.061 0.167 0.302 0.293 0.154 0.009 126 R 0.122 0.362 0.271 0.162 0.062 0.019 0.001 127 L 0.010 0.047 0.182 0.326 0.335 0.089 0.011 128 L 0.003 0.009 0.012 0.037 0.207 0.583 0.149 129 A 0.006 0.068 0.257 0.403 0.194 0.068 0.003 130 E 0.052 0.264 0.342 0.271 0.054 0.016 0.001 131 S 0.005 0.021 0.096 0.276 0.389 0.203 0.010 132 I 0.010 0.017 0.028 0.104 0.362 0.431 0.047 133 E 0.067 0.310 0.344 0.190 0.072 0.016 0.001 134 A 0.128 0.390 0.265 0.167 0.041 0.009 0.001 135 G 0.044 0.096 0.231 0.325 0.231 0.070 0.002 136 M 0.090 0.133 0.223 0.301 0.208 0.044 0.002 137 T 0.424 0.373 0.133 0.047 0.018 0.004 0.001 138 R 0.344 0.325 0.185 0.111 0.028 0.006 0.001 139 G 0.388 0.321 0.155 0.089 0.039 0.008 0.001 140 L 0.128 0.276 0.289 0.208 0.077 0.021 0.001 141 F 0.076 0.089 0.137 0.244 0.321 0.125 0.008 142 R 0.133 0.256 0.286 0.225 0.078 0.021 0.001 143 R 0.362 0.327 0.172 0.092 0.037 0.010 0.001 144 D 0.310 0.301 0.210 0.123 0.042 0.012 0.001 145 L 0.113 0.127 0.186 0.274 0.219 0.075 0.007 146 H 0.226 0.347 0.207 0.116 0.068 0.031 0.004 147 A 0.083 0.123 0.162 0.249 0.215 0.139 0.027 148 V 0.103 0.158 0.206 0.228 0.179 0.108 0.018 149 N 0.062 0.118 0.178 0.227 0.204 0.154 0.056 150 S 0.024 0.032 0.055 0.121 0.182 0.302 0.283 151 A 0.014 0.020 0.033 0.087 0.177 0.351 0.318 152 L 0.015 0.031 0.057 0.117 0.195 0.299 0.287 153 A 0.009 0.013 0.023 0.067 0.106 0.266 0.517 154 L 0.003 0.004 0.007 0.025 0.050 0.229 0.682 155 A 0.004 0.007 0.012 0.033 0.096 0.284 0.564 156 G 0.010 0.018 0.028 0.065 0.127 0.268 0.484 157 M 0.008 0.012 0.018 0.065 0.071 0.250 0.576 158 V 0.007 0.010 0.017 0.054 0.105 0.300 0.508 159 N 0.018 0.038 0.076 0.146 0.209 0.264 0.250 160 Y 0.022 0.040 0.056 0.106 0.184 0.303 0.289 161 F 0.023 0.029 0.038 0.111 0.131 0.296 0.372 162 F 0.024 0.026 0.036 0.095 0.166 0.324 0.329 163 L 0.030 0.044 0.060 0.122 0.188 0.294 0.262 164 S 0.048 0.081 0.104 0.171 0.210 0.246 0.141 165 T 0.064 0.117 0.144 0.200 0.212 0.196 0.066 166 L 0.066 0.102 0.142 0.217 0.243 0.184 0.046 167 A 0.097 0.112 0.137 0.215 0.234 0.172 0.034 168 T 0.174 0.182 0.199 0.208 0.154 0.074 0.009 169 E 0.408 0.291 0.155 0.091 0.039 0.014 0.001 170 G 0.417 0.272 0.145 0.100 0.048 0.016 0.001 171 L 0.298 0.197 0.195 0.175 0.100 0.032 0.002 172 T 0.438 0.263 0.162 0.090 0.037 0.010 0.001 173 S 0.559 0.273 0.105 0.044 0.014 0.003 0.001 174 H 0.373 0.229 0.187 0.144 0.057 0.011 0.001 175 S 0.506 0.282 0.126 0.056 0.024 0.005 0.001 176 P 0.579 0.278 0.095 0.037 0.010 0.001 0.001 177 D 0.549 0.289 0.105 0.043 0.013 0.002 0.001 178 Q 0.322 0.259 0.220 0.143 0.047 0.009 0.001 179 D 0.322 0.288 0.222 0.119 0.039 0.009 0.001 180 E 0.457 0.337 0.130 0.058 0.015 0.003 0.001 181 E 0.093 0.237 0.303 0.244 0.098 0.023 0.002 182 L 0.033 0.050 0.073 0.170 0.335 0.299 0.040 183 I 0.022 0.093 0.213 0.341 0.219 0.106 0.007 184 R 0.064 0.177 0.269 0.258 0.152 0.071 0.009 185 Q 0.020 0.052 0.126 0.249 0.297 0.200 0.055 186 Y 0.008 0.017 0.026 0.070 0.202 0.435 0.243 187 V 0.016 0.059 0.149 0.235 0.253 0.217 0.071 188 A 0.047 0.130 0.197 0.251 0.182 0.141 0.051 189 I 0.015 0.017 0.035 0.104 0.200 0.396 0.234 190 F 0.011 0.018 0.026 0.073 0.167 0.383 0.320 191 T 0.033 0.074 0.128 0.196 0.240 0.220 0.109 192 R 0.049 0.136 0.204 0.245 0.194 0.136 0.035 193 G 0.099 0.143 0.146 0.204 0.200 0.172 0.035 194 I 0.061 0.074 0.111 0.200 0.282 0.235 0.038 195 M 0.129 0.191 0.228 0.224 0.142 0.078 0.008 196 A 0.207 0.181 0.216 0.218 0.130 0.046 0.003 197 D 0.649 0.260 0.059 0.023 0.008 0.002 0.001 198 G 0.730 0.186 0.052 0.023 0.007 0.002 0.001 199 G 0.736 0.179 0.052 0.023 0.008 0.002 0.001 200 A 0.625 0.234 0.089 0.037 0.011 0.003 0.001 201 A 0.529 0.223 0.129 0.077 0.031 0.009 0.001 202 P 0.519 0.261 0.126 0.061 0.023 0.008 0.001 203 A 0.379 0.167 0.156 0.151 0.093 0.047 0.006