# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.029 0.002 0.038 0.013 0.019 0.181 0.003 0.001 0.027 0.652 2 T 0.038 0.161 0.002 0.015 0.009 0.010 0.099 0.006 0.001 0.063 0.597 3 R 0.142 0.670 0.001 0.003 0.002 0.003 0.023 0.013 0.001 0.027 0.115 4 A 0.043 0.303 0.001 0.004 0.005 0.005 0.047 0.003 0.001 0.395 0.194 5 D 0.004 0.705 0.002 0.006 0.004 0.006 0.026 0.001 0.001 0.092 0.153 6 C 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.012 7 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 8 S 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.012 9 R 0.001 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.010 10 L 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.002 11 M 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 12 E 0.001 0.666 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.315 0.010 13 V 0.004 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.006 14 A 0.003 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.026 0.007 15 T 0.004 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.039 0.019 16 E 0.011 0.860 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.067 0.040 17 L 0.024 0.801 0.025 0.004 0.001 0.002 0.014 0.008 0.005 0.082 0.035 18 F 0.049 0.136 0.369 0.006 0.003 0.003 0.045 0.016 0.115 0.190 0.070 19 A 0.489 0.092 0.005 0.004 0.002 0.003 0.054 0.017 0.004 0.034 0.294 20 Q 0.099 0.052 0.004 0.008 0.002 0.004 0.066 0.005 0.001 0.025 0.733 21 K 0.029 0.035 0.012 0.032 0.005 0.010 0.127 0.003 0.001 0.027 0.719 22 G 0.073 0.063 0.004 0.020 0.007 0.022 0.117 0.010 0.001 0.070 0.612 23 F 0.063 0.039 0.003 0.012 0.019 0.009 0.123 0.003 0.001 0.085 0.644 24 Y 0.030 0.137 0.002 0.116 0.015 0.030 0.088 0.003 0.001 0.071 0.509 25 G 0.024 0.313 0.001 0.026 0.009 0.024 0.062 0.004 0.001 0.057 0.482 26 V 0.006 0.478 0.003 0.073 0.059 0.037 0.048 0.001 0.001 0.035 0.260 27 S 0.003 0.945 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 0.019 28 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.004 29 R 0.005 0.937 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.034 0.012 30 E 0.012 0.938 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 31 L 0.038 0.838 0.025 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 0.004 0.045 0.021 32 A 0.018 0.020 0.396 0.004 0.002 0.002 0.015 0.007 0.365 0.147 0.024 33 Q 0.810 0.016 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.004 0.001 0.010 0.130 34 A 0.023 0.013 0.001 0.010 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.019 0.877 35 A 0.037 0.010 0.006 0.031 0.004 0.006 0.171 0.001 0.001 0.019 0.715 36 G 0.015 0.018 0.002 0.011 0.005 0.013 0.108 0.003 0.001 0.092 0.732 37 A 0.011 0.027 0.001 0.007 0.017 0.004 0.086 0.002 0.001 0.026 0.819 38 S 0.132 0.436 0.003 0.067 0.007 0.011 0.044 0.022 0.001 0.121 0.155 39 I 0.069 0.202 0.003 0.017 0.008 0.015 0.123 0.014 0.001 0.291 0.256 40 S 0.024 0.201 0.008 0.153 0.024 0.072 0.075 0.007 0.002 0.167 0.268 41 M 0.071 0.146 0.009 0.053 0.055 0.137 0.084 0.011 0.002 0.172 0.261 42 I 0.051 0.109 0.010 0.116 0.091 0.221 0.083 0.013 0.003 0.088 0.214 43 S 0.053 0.054 0.005 0.085 0.085 0.151 0.087 0.004 0.003 0.073 0.401 44 Y 0.015 0.031 0.014 0.095 0.090 0.192 0.103 0.003 0.006 0.062 0.389 45 H 0.115 0.042 0.002 0.054 0.030 0.074 0.104 0.006 0.001 0.064 0.509 46 F 0.194 0.037 0.002 0.025 0.022 0.033 0.126 0.005 0.001 0.032 0.524 47 G 0.003 0.039 0.001 0.022 0.007 0.009 0.088 0.001 0.001 0.005 0.825 48 G 0.033 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.010 0.063 49 K 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 50 E 0.007 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.019 51 G 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 52 L 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 53 Y 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 54 A 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.008 55 A 0.002 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.007 56 V 0.007 0.863 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.093 0.015 57 L 0.010 0.916 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.035 0.016 58 Q 0.019 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.045 0.068 59 E 0.026 0.835 0.014 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.024 0.079 60 Q 0.064 0.770 0.012 0.004 0.001 0.002 0.022 0.017 0.002 0.032 0.074 61 F 0.113 0.515 0.027 0.008 0.003 0.004 0.054 0.014 0.007 0.048 0.207 62 A 0.069 0.357 0.015 0.010 0.004 0.005 0.056 0.007 0.004 0.025 0.447 63 C 0.127 0.401 0.006 0.009 0.002 0.004 0.045 0.010 0.001 0.021 0.373 64 F 0.157 0.398 0.006 0.010 0.004 0.006 0.065 0.015 0.001 0.030 0.309 65 G 0.035 0.429 0.007 0.012 0.005 0.007 0.051 0.005 0.001 0.023 0.423 66 Q 0.072 0.684 0.003 0.007 0.004 0.005 0.025 0.010 0.001 0.018 0.171 67 L 0.127 0.607 0.004 0.009 0.006 0.006 0.034 0.020 0.001 0.040 0.146 68 D 0.066 0.581 0.010 0.013 0.008 0.008 0.033 0.009 0.002 0.051 0.219 69 D 0.137 0.531 0.009 0.012 0.005 0.009 0.036 0.017 0.002 0.040 0.200 70 I 0.243 0.313 0.017 0.015 0.007 0.010 0.057 0.027 0.007 0.047 0.258 71 R 0.246 0.096 0.063 0.023 0.009 0.014 0.071 0.021 0.029 0.067 0.360 72 G 0.252 0.023 0.002 0.011 0.003 0.009 0.065 0.009 0.001 0.024 0.600 73 Q 0.182 0.009 0.001 0.014 0.004 0.007 0.075 0.003 0.001 0.047 0.656 74 A 0.005 0.006 0.001 0.018 0.003 0.006 0.115 0.001 0.001 0.016 0.830 75 G 0.006 0.032 0.001 0.023 0.003 0.004 0.137 0.001 0.001 0.010 0.784 76 D 0.112 0.622 0.002 0.004 0.006 0.001 0.034 0.021 0.001 0.090 0.108 77 P 0.026 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.010 78 L 0.011 0.265 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.692 0.025 79 A 0.002 0.846 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.116 0.024 80 V 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.007 81 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 82 T 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.010 83 A 0.003 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.007 84 Y 0.001 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.913 0.002 85 L 0.002 0.867 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.102 0.010 86 R 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.023 0.020 87 W 0.006 0.830 0.007 0.003 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.086 0.048 88 T 0.012 0.835 0.007 0.002 0.001 0.002 0.016 0.012 0.001 0.081 0.031 89 I 0.047 0.785 0.011 0.005 0.001 0.003 0.019 0.018 0.003 0.052 0.056 90 Q 0.070 0.392 0.032 0.008 0.004 0.006 0.044 0.011 0.010 0.257 0.166 91 R 0.120 0.161 0.056 0.013 0.007 0.014 0.084 0.021 0.012 0.178 0.334 92 H 0.333 0.028 0.006 0.011 0.004 0.006 0.082 0.010 0.001 0.065 0.453 93 R 0.013 0.016 0.003 0.017 0.005 0.014 0.152 0.001 0.001 0.026 0.751 94 N 0.004 0.084 0.001 0.004 0.002 0.002 0.060 0.001 0.001 0.013 0.828 95 N 0.093 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.020 0.025 96 P 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.017 0.027 97 Q 0.003 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.028 98 L 0.012 0.913 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.033 0.023 99 L 0.003 0.210 0.001 0.005 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.754 0.013 100 R 0.002 0.214 0.001 0.005 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.735 0.024 101 F 0.022 0.665 0.010 0.006 0.008 0.005 0.028 0.010 0.001 0.141 0.103 102 Y 0.046 0.614 0.023 0.015 0.010 0.016 0.037 0.038 0.004 0.083 0.116 103 T 0.076 0.202 0.015 0.014 0.004 0.015 0.069 0.013 0.009 0.339 0.245 104 S 0.096 0.073 0.021 0.015 0.012 0.014 0.124 0.011 0.007 0.189 0.439 105 E 0.144 0.028 0.010 0.017 0.007 0.013 0.107 0.010 0.002 0.078 0.584 106 L 0.047 0.012 0.006 0.018 0.009 0.017 0.148 0.004 0.001 0.056 0.682 107 T 0.037 0.006 0.001 0.015 0.005 0.010 0.126 0.001 0.001 0.033 0.766 108 N 0.013 0.009 0.001 0.009 0.006 0.011 0.160 0.001 0.001 0.027 0.762 109 P 0.014 0.055 0.001 0.009 0.007 0.005 0.100 0.003 0.001 0.018 0.789 110 T 0.197 0.644 0.001 0.003 0.002 0.002 0.024 0.018 0.001 0.018 0.090 111 P 0.063 0.756 0.002 0.004 0.003 0.003 0.029 0.007 0.001 0.016 0.117 112 C 0.040 0.765 0.008 0.006 0.004 0.005 0.019 0.005 0.001 0.023 0.124 113 F 0.137 0.642 0.006 0.012 0.005 0.011 0.021 0.023 0.001 0.047 0.097 114 A 0.108 0.445 0.007 0.012 0.009 0.012 0.040 0.009 0.001 0.157 0.200 115 A 0.032 0.136 0.006 0.013 0.013 0.016 0.051 0.002 0.001 0.301 0.431 116 I 0.013 0.282 0.007 0.020 0.008 0.009 0.119 0.006 0.001 0.147 0.390 117 V 0.028 0.782 0.004 0.003 0.003 0.003 0.016 0.021 0.001 0.041 0.097 118 S 0.031 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.017 0.042 119 P 0.011 0.429 0.004 0.003 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.444 0.076 120 A 0.004 0.820 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.137 0.023 121 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 122 A 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.010 123 S 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 124 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 125 I 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.005 126 R 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.014 127 L 0.003 0.219 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.749 0.016 128 L 0.003 0.858 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.114 0.005 129 A 0.007 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 0.011 130 E 0.004 0.891 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.046 0.040 131 S 0.008 0.803 0.023 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.002 0.103 0.034 132 I 0.025 0.900 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.024 0.011 133 E 0.024 0.363 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.001 0.509 0.069 134 A 0.019 0.451 0.013 0.003 0.001 0.002 0.041 0.004 0.005 0.313 0.148 135 G 0.066 0.131 0.352 0.005 0.003 0.003 0.039 0.075 0.091 0.126 0.110 136 M 0.496 0.049 0.011 0.005 0.003 0.004 0.056 0.017 0.007 0.030 0.321 137 T 0.181 0.043 0.002 0.006 0.002 0.003 0.047 0.005 0.001 0.017 0.694 138 R 0.013 0.024 0.001 0.016 0.002 0.005 0.108 0.002 0.001 0.010 0.819 139 G 0.040 0.052 0.004 0.030 0.013 0.034 0.122 0.005 0.001 0.089 0.612 140 L 0.029 0.032 0.005 0.020 0.077 0.037 0.137 0.003 0.002 0.060 0.599 141 F 0.071 0.061 0.003 0.095 0.013 0.016 0.100 0.005 0.001 0.038 0.596 142 R 0.467 0.107 0.008 0.027 0.008 0.011 0.055 0.021 0.003 0.058 0.236 143 R 0.086 0.092 0.003 0.040 0.004 0.008 0.088 0.006 0.001 0.033 0.642 144 D 0.053 0.278 0.003 0.014 0.004 0.007 0.060 0.006 0.001 0.045 0.529 145 L 0.028 0.227 0.002 0.018 0.011 0.008 0.078 0.003 0.001 0.336 0.288 146 H 0.005 0.254 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.677 0.041 147 A 0.006 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.071 0.018 148 V 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 149 N 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 150 S 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 151 A 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 152 L 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.004 153 A 0.002 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.006 154 L 0.004 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.036 0.007 155 A 0.003 0.510 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.454 0.017 156 G 0.003 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.083 0.016 157 M 0.008 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.023 0.012 158 V 0.006 0.906 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.037 0.025 159 N 0.004 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.020 0.028 160 Y 0.009 0.540 0.006 0.003 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.387 0.038 161 F 0.002 0.077 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.888 0.009 162 F 0.010 0.765 0.011 0.003 0.002 0.003 0.020 0.012 0.002 0.125 0.047 163 L 0.024 0.816 0.006 0.002 0.003 0.002 0.013 0.012 0.001 0.039 0.082 164 S 0.011 0.184 0.005 0.008 0.003 0.010 0.034 0.004 0.002 0.639 0.100 165 T 0.026 0.329 0.015 0.011 0.006 0.010 0.079 0.010 0.007 0.348 0.160 166 L 0.123 0.193 0.098 0.018 0.012 0.011 0.064 0.039 0.027 0.096 0.319 167 A 0.260 0.084 0.011 0.015 0.008 0.015 0.075 0.016 0.006 0.051 0.458 168 T 0.138 0.029 0.003 0.011 0.006 0.010 0.096 0.007 0.002 0.068 0.630 169 E 0.028 0.012 0.003 0.018 0.006 0.012 0.129 0.002 0.001 0.046 0.744 170 G 0.043 0.012 0.003 0.016 0.009 0.019 0.120 0.005 0.001 0.061 0.711 171 L 0.064 0.006 0.001 0.016 0.026 0.024 0.137 0.004 0.001 0.047 0.674 172 T 0.067 0.003 0.001 0.036 0.015 0.022 0.119 0.001 0.001 0.057 0.679 173 S 0.006 0.002 0.001 0.025 0.007 0.021 0.154 0.001 0.001 0.018 0.766 174 H 0.010 0.010 0.001 0.021 0.009 0.010 0.121 0.001 0.001 0.017 0.800 175 S 0.448 0.120 0.001 0.008 0.007 0.004 0.061 0.018 0.001 0.059 0.273 176 P 0.072 0.135 0.001 0.008 0.003 0.005 0.092 0.006 0.001 0.036 0.643 177 D 0.012 0.223 0.002 0.010 0.005 0.006 0.068 0.001 0.001 0.021 0.651 178 Q 0.024 0.858 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.006 0.001 0.030 0.065 179 D 0.015 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.004 180 E 0.008 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.016 181 E 0.004 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.047 0.028 182 L 0.006 0.924 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.050 0.007 183 I 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.003 184 R 0.003 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.056 0.016 185 Q 0.001 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.009 186 Y 0.005 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.033 0.005 187 V 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.976 0.002 188 A 0.002 0.385 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.570 0.020 189 I 0.040 0.742 0.040 0.002 0.001 0.001 0.012 0.028 0.004 0.072 0.058 190 F 0.072 0.574 0.044 0.010 0.002 0.007 0.039 0.039 0.012 0.085 0.115 191 T 0.107 0.368 0.010 0.006 0.003 0.006 0.060 0.022 0.007 0.041 0.371 192 R 0.118 0.178 0.012 0.029 0.008 0.015 0.098 0.007 0.002 0.042 0.490 193 G 0.076 0.100 0.009 0.044 0.010 0.035 0.129 0.010 0.002 0.098 0.487 194 I 0.038 0.030 0.008 0.063 0.035 0.060 0.185 0.005 0.004 0.079 0.493 195 M 0.059 0.019 0.006 0.057 0.033 0.051 0.129 0.004 0.004 0.076 0.561 196 A 0.082 0.009 0.002 0.021 0.012 0.019 0.103 0.005 0.002 0.043 0.702 197 D 0.238 0.010 0.001 0.017 0.006 0.010 0.093 0.009 0.001 0.040 0.575 198 G 0.102 0.003 0.001 0.007 0.003 0.007 0.090 0.002 0.001 0.037 0.747 199 G 0.010 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.097 0.001 0.001 0.020 0.848 200 A 0.013 0.002 0.001 0.012 0.016 0.014 0.105 0.001 0.001 0.024 0.813 201 A 0.083 0.005 0.001 0.017 0.021 0.015 0.148 0.002 0.001 0.051 0.657 202 P 0.058 0.008 0.001 0.014 0.007 0.012 0.125 0.003 0.001 0.035 0.737 203 A 0.043 0.011 0.001 0.014 0.009 0.016 0.135 0.002 0.001 0.031 0.739