# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.010 0.006 0.017 0.015 0.092 0.013 0.828 2 T 0.149 0.243 0.007 0.012 0.015 0.069 0.059 0.446 3 R 0.191 0.525 0.003 0.003 0.004 0.034 0.041 0.199 4 A 0.040 0.398 0.008 0.007 0.008 0.060 0.152 0.326 5 D 0.012 0.611 0.004 0.005 0.005 0.033 0.188 0.141 6 C 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 7 R 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 8 S 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.007 9 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 10 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 11 M 0.001 0.265 0.001 0.001 0.001 0.001 0.733 0.001 12 E 0.001 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.001 13 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 14 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 15 T 0.009 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 16 E 0.007 0.905 0.008 0.001 0.001 0.004 0.043 0.034 17 L 0.065 0.619 0.091 0.003 0.002 0.020 0.158 0.043 18 F 0.305 0.074 0.178 0.003 0.002 0.039 0.290 0.109 19 A 0.560 0.021 0.021 0.001 0.001 0.028 0.025 0.342 20 Q 0.051 0.007 0.014 0.001 0.001 0.027 0.009 0.890 21 K 0.004 0.004 0.013 0.001 0.002 0.121 0.008 0.846 22 G 0.056 0.013 0.039 0.006 0.013 0.119 0.040 0.715 23 F 0.051 0.023 0.038 0.028 0.016 0.109 0.098 0.638 24 Y 0.014 0.194 0.096 0.014 0.024 0.069 0.059 0.529 25 G 0.013 0.353 0.061 0.020 0.027 0.058 0.064 0.405 26 V 0.008 0.485 0.151 0.050 0.019 0.036 0.071 0.181 27 S 0.007 0.960 0.005 0.001 0.002 0.001 0.019 0.005 28 I 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 29 R 0.002 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 30 E 0.002 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 31 L 0.086 0.870 0.015 0.001 0.001 0.003 0.016 0.008 32 A 0.253 0.071 0.257 0.007 0.002 0.011 0.351 0.047 33 Q 0.688 0.029 0.003 0.001 0.001 0.011 0.009 0.258 34 A 0.130 0.003 0.005 0.001 0.001 0.022 0.036 0.803 35 A 0.007 0.007 0.004 0.001 0.002 0.129 0.018 0.831 36 G 0.006 0.007 0.003 0.001 0.004 0.063 0.011 0.905 37 A 0.010 0.021 0.012 0.008 0.003 0.099 0.032 0.815 38 S 0.258 0.447 0.023 0.008 0.008 0.037 0.138 0.081 39 I 0.137 0.257 0.023 0.006 0.010 0.086 0.118 0.363 40 S 0.016 0.150 0.214 0.024 0.068 0.074 0.205 0.249 41 M 0.023 0.257 0.136 0.049 0.109 0.055 0.188 0.183 42 I 0.019 0.117 0.147 0.137 0.221 0.057 0.115 0.187 43 S 0.036 0.043 0.190 0.180 0.226 0.046 0.083 0.196 44 Y 0.021 0.021 0.092 0.215 0.224 0.079 0.069 0.279 45 H 0.067 0.027 0.065 0.045 0.087 0.121 0.047 0.540 46 F 0.126 0.058 0.023 0.056 0.054 0.123 0.051 0.508 47 G 0.009 0.045 0.006 0.006 0.009 0.077 0.019 0.829 48 G 0.038 0.789 0.002 0.003 0.003 0.015 0.046 0.104 49 K 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.015 50 E 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.016 51 G 0.002 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 52 L 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 53 Y 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 54 A 0.002 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.004 55 A 0.002 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.054 0.004 56 V 0.012 0.945 0.004 0.001 0.001 0.002 0.032 0.005 57 L 0.020 0.893 0.006 0.001 0.001 0.003 0.061 0.016 58 Q 0.022 0.869 0.006 0.001 0.001 0.007 0.043 0.052 59 E 0.041 0.732 0.018 0.001 0.001 0.019 0.063 0.124 60 Q 0.092 0.630 0.027 0.002 0.001 0.024 0.124 0.100 61 F 0.287 0.301 0.028 0.001 0.001 0.038 0.090 0.252 62 A 0.052 0.167 0.031 0.003 0.002 0.066 0.079 0.602 63 C 0.050 0.280 0.020 0.001 0.001 0.056 0.057 0.535 64 F 0.180 0.376 0.017 0.002 0.002 0.067 0.090 0.267 65 G 0.051 0.394 0.019 0.004 0.003 0.062 0.056 0.411 66 Q 0.046 0.675 0.010 0.001 0.002 0.027 0.030 0.210 67 L 0.081 0.767 0.015 0.002 0.002 0.020 0.044 0.069 68 D 0.080 0.623 0.038 0.005 0.004 0.029 0.077 0.145 69 D 0.095 0.451 0.046 0.004 0.005 0.043 0.077 0.280 70 I 0.207 0.195 0.079 0.008 0.008 0.073 0.173 0.257 71 R 0.246 0.054 0.055 0.009 0.009 0.074 0.091 0.463 72 G 0.128 0.016 0.010 0.003 0.004 0.062 0.032 0.743 73 Q 0.080 0.019 0.009 0.002 0.003 0.101 0.044 0.742 74 A 0.013 0.033 0.006 0.002 0.003 0.138 0.016 0.788 75 G 0.014 0.084 0.003 0.001 0.001 0.069 0.007 0.821 76 D 0.038 0.918 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.026 77 P 0.037 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 78 L 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.005 79 A 0.002 0.665 0.001 0.001 0.001 0.004 0.318 0.011 80 V 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 81 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 82 T 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 83 A 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.005 84 Y 0.003 0.312 0.007 0.001 0.001 0.003 0.671 0.003 85 L 0.003 0.870 0.002 0.001 0.001 0.002 0.118 0.005 86 R 0.004 0.953 0.006 0.001 0.001 0.003 0.018 0.016 87 W 0.005 0.878 0.033 0.002 0.002 0.009 0.042 0.030 88 T 0.020 0.850 0.023 0.002 0.002 0.012 0.070 0.022 89 I 0.134 0.610 0.030 0.003 0.003 0.021 0.111 0.089 90 Q 0.106 0.180 0.105 0.009 0.007 0.073 0.207 0.313 91 R 0.102 0.061 0.041 0.006 0.007 0.083 0.277 0.423 92 H 0.256 0.043 0.030 0.004 0.005 0.100 0.122 0.439 93 R 0.017 0.013 0.010 0.004 0.004 0.112 0.024 0.816 94 N 0.007 0.027 0.002 0.001 0.001 0.051 0.013 0.899 95 N 0.101 0.775 0.002 0.001 0.001 0.017 0.030 0.073 96 P 0.030 0.859 0.003 0.001 0.001 0.020 0.016 0.071 97 Q 0.008 0.918 0.004 0.001 0.002 0.007 0.025 0.034 98 L 0.009 0.896 0.007 0.001 0.002 0.007 0.062 0.016 99 L 0.008 0.305 0.014 0.003 0.004 0.010 0.637 0.019 100 R 0.004 0.166 0.016 0.004 0.006 0.010 0.780 0.015 101 F 0.017 0.586 0.043 0.008 0.017 0.028 0.237 0.064 102 Y 0.071 0.483 0.099 0.021 0.044 0.057 0.116 0.109 103 T 0.050 0.066 0.070 0.022 0.031 0.058 0.493 0.211 104 S 0.057 0.056 0.031 0.016 0.027 0.115 0.319 0.379 105 E 0.193 0.025 0.025 0.012 0.018 0.175 0.074 0.478 106 L 0.040 0.007 0.014 0.010 0.013 0.181 0.092 0.642 107 T 0.028 0.008 0.009 0.003 0.007 0.133 0.045 0.768 108 N 0.038 0.027 0.010 0.006 0.008 0.185 0.044 0.682 109 P 0.047 0.126 0.008 0.003 0.003 0.099 0.026 0.688 110 T 0.172 0.658 0.004 0.001 0.002 0.027 0.026 0.109 111 P 0.049 0.746 0.012 0.003 0.003 0.033 0.021 0.132 112 C 0.061 0.739 0.018 0.003 0.005 0.024 0.045 0.105 113 F 0.157 0.606 0.016 0.004 0.005 0.021 0.123 0.069 114 A 0.082 0.408 0.017 0.007 0.013 0.038 0.256 0.179 115 A 0.034 0.295 0.025 0.008 0.014 0.065 0.164 0.395 116 I 0.015 0.496 0.018 0.011 0.012 0.080 0.066 0.302 117 V 0.021 0.786 0.007 0.003 0.004 0.022 0.030 0.126 118 S 0.046 0.893 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.029 119 P 0.020 0.514 0.006 0.002 0.002 0.019 0.367 0.072 120 A 0.008 0.843 0.002 0.001 0.001 0.005 0.125 0.016 121 I 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 122 A 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.014 123 S 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.006 124 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 125 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 126 R 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 127 L 0.004 0.332 0.004 0.001 0.001 0.003 0.652 0.005 128 L 0.004 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.003 129 A 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 130 E 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 131 S 0.013 0.851 0.008 0.001 0.001 0.006 0.110 0.011 132 I 0.043 0.915 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.009 133 E 0.074 0.314 0.029 0.001 0.001 0.023 0.427 0.131 134 A 0.015 0.397 0.030 0.002 0.002 0.055 0.267 0.230 135 G 0.114 0.199 0.166 0.004 0.006 0.071 0.178 0.262 136 M 0.536 0.042 0.040 0.005 0.004 0.058 0.042 0.273 137 T 0.188 0.018 0.007 0.001 0.002 0.045 0.023 0.716 138 R 0.012 0.010 0.016 0.002 0.006 0.114 0.009 0.832 139 G 0.022 0.017 0.064 0.014 0.027 0.147 0.048 0.661 140 L 0.021 0.015 0.091 0.080 0.031 0.126 0.059 0.577 141 F 0.066 0.023 0.076 0.016 0.020 0.070 0.036 0.693 142 R 0.463 0.059 0.045 0.018 0.014 0.049 0.097 0.255 143 R 0.052 0.082 0.022 0.008 0.009 0.078 0.030 0.720 144 D 0.028 0.162 0.010 0.003 0.006 0.062 0.022 0.708 145 L 0.034 0.193 0.014 0.007 0.006 0.099 0.220 0.427 146 H 0.018 0.270 0.002 0.001 0.001 0.012 0.663 0.033 147 A 0.009 0.904 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.013 148 V 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 149 N 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 150 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 151 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 152 L 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 153 A 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 154 L 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 155 A 0.003 0.663 0.008 0.001 0.001 0.003 0.312 0.009 156 G 0.003 0.882 0.007 0.001 0.001 0.005 0.087 0.014 157 M 0.011 0.940 0.008 0.001 0.001 0.006 0.022 0.013 158 V 0.024 0.833 0.020 0.003 0.002 0.013 0.062 0.043 159 N 0.020 0.795 0.013 0.002 0.004 0.023 0.060 0.084 160 Y 0.038 0.306 0.041 0.004 0.007 0.052 0.406 0.145 161 F 0.008 0.069 0.033 0.010 0.008 0.036 0.797 0.039 162 F 0.035 0.432 0.045 0.011 0.024 0.062 0.206 0.185 163 L 0.110 0.417 0.041 0.013 0.029 0.077 0.061 0.253 164 S 0.018 0.072 0.068 0.030 0.033 0.057 0.508 0.215 165 T 0.073 0.194 0.028 0.015 0.025 0.115 0.221 0.329 166 L 0.147 0.108 0.048 0.021 0.024 0.164 0.098 0.391 167 A 0.111 0.075 0.021 0.010 0.012 0.121 0.044 0.607 168 T 0.175 0.044 0.016 0.005 0.010 0.073 0.188 0.488 169 E 0.045 0.030 0.027 0.012 0.016 0.170 0.151 0.549 170 G 0.064 0.021 0.052 0.015 0.027 0.122 0.080 0.619 171 L 0.076 0.012 0.030 0.020 0.025 0.141 0.045 0.652 172 T 0.074 0.015 0.038 0.012 0.024 0.138 0.083 0.617 173 S 0.035 0.014 0.028 0.012 0.020 0.156 0.044 0.691 174 H 0.036 0.012 0.015 0.007 0.008 0.126 0.028 0.768 175 S 0.241 0.108 0.011 0.006 0.006 0.101 0.118 0.407 176 P 0.093 0.240 0.008 0.002 0.003 0.106 0.040 0.509 177 D 0.034 0.355 0.005 0.002 0.002 0.068 0.032 0.501 178 Q 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.029 179 D 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 180 E 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 181 E 0.001 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.005 182 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 183 I 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 184 R 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 185 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 186 Y 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 187 V 0.003 0.263 0.003 0.001 0.001 0.001 0.727 0.003 188 A 0.003 0.698 0.006 0.001 0.001 0.004 0.277 0.012 189 I 0.035 0.746 0.063 0.001 0.002 0.017 0.096 0.040 190 F 0.098 0.594 0.081 0.006 0.004 0.041 0.078 0.098 191 T 0.120 0.206 0.041 0.003 0.004 0.053 0.067 0.506 192 R 0.050 0.162 0.037 0.004 0.006 0.103 0.037 0.602 193 G 0.066 0.068 0.138 0.018 0.021 0.145 0.140 0.405 194 I 0.079 0.035 0.082 0.033 0.024 0.147 0.098 0.502 195 M 0.064 0.013 0.077 0.013 0.020 0.100 0.060 0.653 196 A 0.077 0.010 0.057 0.014 0.015 0.105 0.056 0.666 197 D 0.191 0.009 0.017 0.007 0.010 0.088 0.037 0.640 198 G 0.108 0.004 0.011 0.006 0.008 0.094 0.027 0.741 199 G 0.026 0.004 0.013 0.009 0.020 0.119 0.021 0.787 200 A 0.021 0.003 0.017 0.013 0.023 0.103 0.025 0.795 201 A 0.043 0.006 0.024 0.045 0.039 0.137 0.044 0.663 202 P 0.059 0.011 0.022 0.022 0.030 0.092 0.052 0.710 203 A 0.069 0.017 0.026 0.032 0.044 0.111 0.051 0.651