# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.334 0.095 0.038 0.083 0.086 0.079 0.111 0.077 0.049 0.031 0.018 2 T 0.240 0.425 0.069 0.108 0.062 0.030 0.030 0.015 0.010 0.007 0.003 3 R 0.090 0.182 0.039 0.114 0.128 0.142 0.168 0.081 0.035 0.015 0.008 4 A 0.855 0.063 0.031 0.026 0.010 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 5 D 0.386 0.141 0.111 0.204 0.080 0.045 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 6 C 0.006 0.023 0.027 0.053 0.060 0.100 0.216 0.166 0.177 0.116 0.057 7 R 0.003 0.009 0.027 0.051 0.114 0.200 0.302 0.145 0.085 0.045 0.019 8 S 0.076 0.038 0.700 0.117 0.036 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 9 R 0.003 0.010 0.089 0.178 0.249 0.217 0.185 0.049 0.014 0.005 0.001 10 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.033 0.069 0.229 0.348 0.312 11 M 0.001 0.002 0.023 0.031 0.062 0.187 0.381 0.132 0.103 0.053 0.026 12 E 0.008 0.011 0.855 0.086 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.002 0.014 0.023 0.042 0.208 0.492 0.129 0.058 0.024 0.009 14 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.044 0.204 0.329 0.398 15 T 0.001 0.002 0.049 0.065 0.182 0.248 0.301 0.080 0.041 0.023 0.008 16 E 0.003 0.011 0.726 0.135 0.073 0.028 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 17 L 0.001 0.002 0.021 0.013 0.018 0.077 0.345 0.207 0.158 0.106 0.053 18 F 0.002 0.002 0.010 0.004 0.004 0.008 0.056 0.100 0.216 0.275 0.323 19 A 0.003 0.008 0.212 0.130 0.169 0.163 0.154 0.073 0.043 0.031 0.014 20 Q 0.011 0.023 0.383 0.191 0.209 0.089 0.063 0.018 0.008 0.004 0.002 21 K 0.046 0.031 0.087 0.069 0.089 0.123 0.275 0.117 0.080 0.060 0.022 22 G 0.221 0.082 0.051 0.080 0.053 0.086 0.162 0.087 0.085 0.054 0.041 23 F 0.026 0.026 0.039 0.040 0.035 0.062 0.109 0.114 0.198 0.183 0.168 24 Y 0.088 0.190 0.115 0.173 0.136 0.114 0.095 0.038 0.027 0.016 0.008 25 G 0.177 0.131 0.077 0.207 0.149 0.106 0.081 0.031 0.020 0.012 0.008 26 V 0.027 0.012 0.013 0.018 0.027 0.034 0.096 0.175 0.167 0.185 0.246 27 S 0.017 0.189 0.072 0.182 0.174 0.100 0.114 0.056 0.046 0.035 0.014 28 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.058 0.116 0.236 0.270 0.295 29 R 0.101 0.057 0.191 0.351 0.150 0.076 0.041 0.013 0.009 0.009 0.002 30 E 0.012 0.041 0.112 0.297 0.222 0.137 0.116 0.038 0.015 0.007 0.003 31 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.028 0.051 0.169 0.253 0.489 32 A 0.001 0.002 0.026 0.021 0.028 0.096 0.258 0.119 0.173 0.127 0.149 33 Q 0.001 0.005 0.511 0.210 0.171 0.066 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 34 A 0.003 0.015 0.097 0.117 0.159 0.277 0.261 0.042 0.018 0.008 0.003 35 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.046 0.209 0.212 0.277 0.238 36 G 0.428 0.245 0.107 0.108 0.049 0.026 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 37 A 0.006 0.008 0.037 0.021 0.013 0.022 0.047 0.056 0.174 0.298 0.317 38 S 0.054 0.074 0.043 0.106 0.117 0.100 0.165 0.092 0.115 0.072 0.060 39 I 0.037 0.055 0.037 0.071 0.097 0.115 0.159 0.109 0.133 0.107 0.079 40 S 0.034 0.048 0.073 0.115 0.127 0.151 0.153 0.103 0.086 0.061 0.049 41 M 0.008 0.015 0.026 0.044 0.053 0.071 0.160 0.170 0.182 0.156 0.116 42 I 0.002 0.002 0.006 0.009 0.009 0.015 0.056 0.104 0.217 0.268 0.312 43 S 0.006 0.013 0.043 0.093 0.101 0.133 0.188 0.123 0.141 0.093 0.068 44 Y 0.007 0.020 0.050 0.068 0.083 0.131 0.215 0.157 0.138 0.083 0.048 45 H 0.012 0.023 0.032 0.071 0.076 0.102 0.203 0.152 0.142 0.119 0.068 46 F 0.013 0.010 0.015 0.028 0.030 0.056 0.138 0.178 0.213 0.171 0.148 47 G 0.185 0.224 0.139 0.196 0.122 0.048 0.038 0.022 0.013 0.010 0.004 48 G 0.092 0.178 0.071 0.151 0.122 0.109 0.127 0.057 0.047 0.032 0.014 49 K 0.016 0.018 0.012 0.040 0.060 0.097 0.182 0.169 0.186 0.130 0.092 50 E 0.262 0.163 0.149 0.197 0.098 0.053 0.042 0.016 0.010 0.007 0.002 51 G 0.032 0.058 0.114 0.266 0.218 0.136 0.109 0.047 0.014 0.005 0.002 52 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.018 0.073 0.104 0.248 0.286 0.251 53 Y 0.001 0.001 0.014 0.018 0.026 0.056 0.223 0.151 0.236 0.155 0.118 54 A 0.001 0.007 0.321 0.188 0.235 0.100 0.086 0.029 0.019 0.010 0.003 55 A 0.002 0.006 0.088 0.085 0.132 0.225 0.328 0.083 0.034 0.012 0.005 56 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.008 0.056 0.101 0.237 0.318 0.266 57 L 0.001 0.002 0.014 0.012 0.015 0.042 0.191 0.166 0.243 0.176 0.139 58 Q 0.003 0.010 0.358 0.201 0.223 0.087 0.061 0.028 0.015 0.010 0.004 59 E 0.005 0.012 0.104 0.103 0.169 0.216 0.286 0.064 0.026 0.011 0.004 60 Q 0.006 0.006 0.028 0.019 0.016 0.033 0.130 0.138 0.225 0.235 0.164 61 F 0.013 0.011 0.035 0.034 0.042 0.083 0.228 0.198 0.165 0.110 0.082 62 A 0.030 0.045 0.455 0.195 0.134 0.052 0.038 0.024 0.014 0.010 0.003 63 C 0.017 0.040 0.078 0.079 0.073 0.178 0.253 0.123 0.083 0.051 0.025 64 F 0.028 0.024 0.025 0.046 0.048 0.094 0.203 0.177 0.160 0.125 0.071 65 G 0.507 0.149 0.108 0.076 0.040 0.038 0.034 0.019 0.014 0.011 0.004 66 Q 0.100 0.168 0.136 0.232 0.150 0.093 0.064 0.026 0.016 0.010 0.005 67 L 0.015 0.013 0.011 0.021 0.022 0.043 0.114 0.147 0.220 0.189 0.206 68 D 0.131 0.152 0.095 0.220 0.186 0.089 0.070 0.028 0.016 0.010 0.004 69 D 0.141 0.156 0.235 0.223 0.107 0.055 0.038 0.019 0.014 0.008 0.004 70 I 0.021 0.025 0.026 0.056 0.062 0.114 0.198 0.135 0.158 0.118 0.088 71 R 0.071 0.102 0.059 0.172 0.147 0.114 0.160 0.079 0.049 0.031 0.015 72 G 0.223 0.143 0.132 0.152 0.104 0.070 0.070 0.044 0.031 0.021 0.010 73 Q 0.170 0.226 0.109 0.175 0.114 0.080 0.065 0.026 0.018 0.011 0.005 74 A 0.284 0.134 0.038 0.116 0.103 0.085 0.111 0.060 0.037 0.020 0.012 75 G 0.500 0.125 0.047 0.081 0.064 0.053 0.054 0.031 0.022 0.014 0.009 76 D 0.124 0.225 0.096 0.217 0.151 0.079 0.059 0.024 0.014 0.008 0.003 77 P 0.030 0.028 0.020 0.038 0.046 0.065 0.176 0.188 0.194 0.123 0.093 78 L 0.048 0.068 0.055 0.172 0.207 0.205 0.136 0.052 0.031 0.019 0.008 79 A 0.125 0.112 0.238 0.225 0.096 0.081 0.063 0.027 0.016 0.012 0.005 80 V 0.002 0.006 0.014 0.057 0.100 0.145 0.248 0.209 0.123 0.062 0.033 81 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.032 0.076 0.214 0.332 0.331 82 T 0.001 0.005 0.106 0.176 0.291 0.191 0.152 0.035 0.024 0.016 0.005 83 A 0.001 0.009 0.185 0.130 0.148 0.176 0.198 0.085 0.043 0.018 0.008 84 Y 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.015 0.082 0.168 0.243 0.286 0.191 85 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.013 0.072 0.122 0.251 0.300 0.222 86 R 0.004 0.011 0.201 0.201 0.220 0.141 0.108 0.052 0.032 0.022 0.008 87 W 0.003 0.009 0.054 0.051 0.074 0.214 0.333 0.139 0.074 0.035 0.014 88 T 0.002 0.003 0.015 0.010 0.008 0.015 0.074 0.105 0.232 0.319 0.216 89 I 0.002 0.003 0.011 0.012 0.016 0.051 0.159 0.205 0.224 0.174 0.143 90 Q 0.016 0.037 0.355 0.228 0.153 0.079 0.057 0.036 0.020 0.014 0.005 91 R 0.009 0.020 0.065 0.082 0.095 0.167 0.285 0.121 0.084 0.050 0.021 92 H 0.012 0.010 0.021 0.021 0.018 0.034 0.122 0.127 0.218 0.223 0.193 93 R 0.050 0.043 0.087 0.124 0.133 0.151 0.196 0.102 0.059 0.036 0.018 94 N 0.128 0.169 0.270 0.177 0.089 0.063 0.049 0.024 0.016 0.011 0.005 95 N 0.067 0.061 0.040 0.091 0.103 0.142 0.208 0.122 0.084 0.051 0.029 96 P 0.334 0.115 0.047 0.091 0.077 0.086 0.100 0.059 0.044 0.031 0.018 97 Q 0.089 0.106 0.107 0.215 0.158 0.135 0.097 0.043 0.027 0.016 0.008 98 L 0.006 0.011 0.027 0.043 0.053 0.075 0.153 0.190 0.188 0.135 0.117 99 L 0.002 0.003 0.010 0.014 0.022 0.044 0.127 0.158 0.226 0.219 0.176 100 R 0.004 0.017 0.096 0.149 0.164 0.175 0.162 0.092 0.071 0.046 0.024 101 F 0.001 0.005 0.030 0.028 0.035 0.076 0.162 0.190 0.199 0.164 0.109 102 Y 0.001 0.002 0.010 0.011 0.012 0.023 0.086 0.156 0.237 0.259 0.202 103 T 0.004 0.007 0.024 0.031 0.031 0.058 0.128 0.164 0.201 0.204 0.149 104 S 0.011 0.024 0.078 0.119 0.124 0.138 0.168 0.114 0.101 0.080 0.042 105 E 0.031 0.040 0.057 0.113 0.106 0.131 0.199 0.124 0.102 0.065 0.031 106 L 0.025 0.022 0.023 0.047 0.043 0.065 0.143 0.151 0.193 0.178 0.112 107 T 0.086 0.083 0.058 0.116 0.103 0.113 0.153 0.098 0.086 0.065 0.040 108 N 0.178 0.187 0.097 0.155 0.110 0.078 0.078 0.047 0.033 0.024 0.013 109 P 0.195 0.143 0.050 0.109 0.087 0.094 0.116 0.075 0.060 0.045 0.025 110 T 0.237 0.155 0.044 0.117 0.113 0.093 0.096 0.060 0.041 0.028 0.015 111 P 0.471 0.150 0.068 0.108 0.064 0.049 0.040 0.022 0.014 0.009 0.005 112 C 0.061 0.074 0.065 0.170 0.157 0.153 0.145 0.080 0.050 0.031 0.015 113 F 0.006 0.012 0.018 0.030 0.036 0.055 0.149 0.186 0.209 0.171 0.128 114 A 0.016 0.029 0.078 0.145 0.159 0.194 0.185 0.083 0.058 0.038 0.015 115 A 0.059 0.058 0.342 0.224 0.122 0.078 0.057 0.024 0.018 0.012 0.005 116 I 0.006 0.016 0.041 0.070 0.085 0.136 0.252 0.165 0.115 0.075 0.039 117 V 0.003 0.009 0.020 0.020 0.023 0.041 0.136 0.179 0.219 0.221 0.129 118 S 0.031 0.041 0.213 0.190 0.194 0.134 0.113 0.047 0.020 0.014 0.004 119 P 0.262 0.100 0.399 0.141 0.045 0.026 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 120 A 0.013 0.021 0.027 0.054 0.058 0.136 0.263 0.147 0.140 0.097 0.043 121 I 0.008 0.014 0.022 0.031 0.048 0.079 0.203 0.192 0.184 0.137 0.082 122 A 0.093 0.059 0.449 0.168 0.093 0.068 0.040 0.015 0.008 0.006 0.002 123 S 0.022 0.042 0.294 0.232 0.161 0.121 0.085 0.027 0.011 0.005 0.002 124 V 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.014 0.088 0.122 0.267 0.273 0.220 125 I 0.002 0.004 0.030 0.042 0.078 0.169 0.316 0.140 0.116 0.067 0.035 126 R 0.017 0.019 0.760 0.120 0.044 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 127 L 0.001 0.003 0.031 0.041 0.061 0.228 0.406 0.126 0.063 0.030 0.011 128 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.080 0.220 0.330 0.337 129 A 0.002 0.004 0.094 0.100 0.200 0.248 0.231 0.064 0.030 0.023 0.005 130 E 0.005 0.012 0.745 0.131 0.064 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 131 S 0.001 0.002 0.011 0.008 0.011 0.056 0.299 0.219 0.186 0.142 0.063 132 I 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.013 0.087 0.132 0.249 0.262 0.240 133 E 0.013 0.015 0.471 0.187 0.139 0.086 0.050 0.021 0.009 0.006 0.002 134 A 0.008 0.023 0.346 0.185 0.197 0.128 0.086 0.016 0.007 0.003 0.001 135 G 0.007 0.009 0.025 0.014 0.014 0.032 0.159 0.145 0.210 0.224 0.160 136 M 0.012 0.013 0.032 0.036 0.049 0.131 0.282 0.202 0.123 0.076 0.044 137 T 0.067 0.130 0.621 0.115 0.029 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 138 R 0.054 0.054 0.069 0.155 0.185 0.211 0.182 0.058 0.020 0.009 0.004 139 G 0.738 0.082 0.039 0.036 0.020 0.019 0.024 0.013 0.013 0.010 0.005 140 L 0.072 0.111 0.076 0.173 0.166 0.142 0.124 0.052 0.040 0.026 0.014 141 F 0.009 0.020 0.048 0.037 0.029 0.047 0.120 0.135 0.195 0.179 0.182 142 R 0.048 0.113 0.094 0.210 0.218 0.125 0.107 0.042 0.023 0.013 0.006 143 R 0.328 0.238 0.178 0.123 0.054 0.034 0.021 0.010 0.006 0.004 0.002 144 D 0.181 0.111 0.054 0.186 0.154 0.128 0.103 0.036 0.023 0.015 0.008 145 L 0.014 0.011 0.009 0.021 0.026 0.054 0.142 0.213 0.201 0.158 0.150 146 H 0.131 0.276 0.171 0.233 0.114 0.036 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 147 A 0.036 0.033 0.063 0.078 0.084 0.113 0.166 0.132 0.132 0.092 0.071 148 V 0.094 0.094 0.072 0.189 0.191 0.133 0.110 0.041 0.037 0.026 0.013 149 N 0.020 0.043 0.054 0.154 0.167 0.169 0.188 0.096 0.060 0.031 0.017 150 S 0.002 0.006 0.028 0.028 0.037 0.052 0.118 0.155 0.204 0.195 0.174 151 A 0.001 0.002 0.018 0.018 0.027 0.051 0.153 0.173 0.219 0.185 0.153 152 L 0.001 0.007 0.078 0.089 0.113 0.172 0.226 0.149 0.092 0.052 0.022 153 A 0.001 0.002 0.021 0.013 0.017 0.055 0.141 0.167 0.221 0.226 0.136 154 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.008 0.039 0.108 0.226 0.309 0.298 155 A 0.001 0.002 0.017 0.012 0.018 0.040 0.120 0.195 0.238 0.226 0.130 156 G 0.001 0.005 0.044 0.026 0.033 0.083 0.195 0.186 0.180 0.158 0.088 157 M 0.001 0.002 0.015 0.008 0.009 0.020 0.082 0.107 0.219 0.283 0.254 158 V 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.018 0.067 0.108 0.243 0.249 0.292 159 N 0.003 0.009 0.033 0.047 0.070 0.133 0.214 0.170 0.158 0.098 0.066 160 Y 0.004 0.008 0.032 0.033 0.044 0.100 0.223 0.180 0.170 0.124 0.084 161 F 0.003 0.004 0.019 0.019 0.019 0.036 0.105 0.134 0.218 0.235 0.208 162 F 0.002 0.003 0.012 0.016 0.016 0.036 0.099 0.150 0.226 0.219 0.220 163 L 0.002 0.006 0.025 0.029 0.032 0.067 0.139 0.172 0.198 0.178 0.152 164 S 0.007 0.012 0.045 0.059 0.062 0.099 0.193 0.153 0.157 0.129 0.084 165 T 0.014 0.016 0.041 0.059 0.055 0.087 0.177 0.148 0.167 0.138 0.097 166 L 0.016 0.018 0.032 0.049 0.046 0.081 0.162 0.165 0.171 0.152 0.109 167 A 0.033 0.040 0.057 0.101 0.083 0.115 0.170 0.133 0.114 0.094 0.060 168 T 0.073 0.070 0.068 0.131 0.112 0.120 0.143 0.099 0.080 0.063 0.041 169 E 0.245 0.146 0.076 0.144 0.104 0.080 0.081 0.045 0.037 0.027 0.015 170 G 0.244 0.112 0.048 0.125 0.094 0.089 0.104 0.064 0.055 0.041 0.025 171 L 0.056 0.048 0.029 0.068 0.065 0.087 0.145 0.131 0.149 0.125 0.096 172 T 0.103 0.120 0.062 0.138 0.121 0.111 0.135 0.081 0.061 0.043 0.025 173 S 0.172 0.112 0.072 0.144 0.114 0.089 0.110 0.073 0.053 0.039 0.022 174 H 0.151 0.106 0.046 0.111 0.097 0.102 0.135 0.094 0.077 0.050 0.030 175 S 0.153 0.209 0.050 0.120 0.104 0.096 0.113 0.060 0.046 0.034 0.016 176 P 0.371 0.138 0.051 0.113 0.096 0.072 0.074 0.041 0.022 0.015 0.007 177 D 0.577 0.154 0.063 0.083 0.049 0.025 0.022 0.013 0.007 0.005 0.002 178 Q 0.134 0.394 0.058 0.130 0.096 0.058 0.071 0.029 0.017 0.010 0.004 179 D 0.081 0.132 0.036 0.084 0.119 0.124 0.209 0.122 0.055 0.025 0.012 180 E 0.574 0.076 0.127 0.100 0.040 0.045 0.023 0.009 0.003 0.002 0.001 181 E 0.110 0.065 0.248 0.334 0.099 0.091 0.038 0.010 0.003 0.002 0.001 182 L 0.001 0.002 0.006 0.009 0.015 0.036 0.148 0.204 0.239 0.192 0.149 183 I 0.001 0.001 0.014 0.014 0.037 0.089 0.224 0.215 0.185 0.132 0.089 184 R 0.004 0.008 0.830 0.092 0.039 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.004 0.089 0.082 0.117 0.276 0.309 0.076 0.032 0.013 0.004 186 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.076 0.224 0.329 0.340 187 V 0.001 0.002 0.025 0.025 0.045 0.152 0.273 0.156 0.145 0.121 0.055 188 A 0.002 0.013 0.535 0.188 0.135 0.056 0.036 0.017 0.009 0.005 0.002 189 I 0.001 0.002 0.009 0.007 0.012 0.054 0.226 0.240 0.208 0.153 0.089 190 F 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.007 0.038 0.070 0.220 0.322 0.326 191 T 0.002 0.006 0.043 0.053 0.074 0.150 0.211 0.150 0.142 0.104 0.064 192 R 0.005 0.023 0.126 0.143 0.177 0.169 0.177 0.088 0.052 0.026 0.013 193 G 0.009 0.011 0.025 0.030 0.028 0.052 0.166 0.170 0.213 0.187 0.108 194 I 0.008 0.007 0.010 0.014 0.013 0.026 0.093 0.133 0.234 0.233 0.228 195 M 0.019 0.048 0.071 0.141 0.126 0.136 0.163 0.114 0.085 0.058 0.039 196 A 0.033 0.051 0.061 0.113 0.115 0.135 0.167 0.112 0.097 0.072 0.046 197 D 0.256 0.236 0.070 0.154 0.103 0.056 0.056 0.029 0.020 0.014 0.007 198 G 0.366 0.165 0.032 0.088 0.074 0.060 0.077 0.055 0.038 0.027 0.018 199 G 0.429 0.205 0.046 0.101 0.073 0.044 0.039 0.026 0.017 0.013 0.007 200 A 0.356 0.204 0.061 0.138 0.085 0.051 0.047 0.026 0.017 0.011 0.005 201 A 0.236 0.126 0.046 0.105 0.088 0.090 0.108 0.078 0.059 0.040 0.024 202 P 0.297 0.193 0.053 0.139 0.108 0.075 0.062 0.032 0.021 0.013 0.007 203 A 0.277 0.111 0.060 0.109 0.093 0.097 0.096 0.060 0.047 0.033 0.018