# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.006 0.002 0.010 0.015 0.033 0.062 0.001 0.001 0.002 0.821 2 T 0.010 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.116 0.001 0.001 0.001 0.857 3 R 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.056 0.001 0.001 0.001 0.917 4 A 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.123 0.001 0.001 0.002 0.852 5 D 0.042 0.021 0.001 0.004 0.002 0.004 0.235 0.001 0.001 0.004 0.687 6 C 0.116 0.214 0.003 0.008 0.004 0.011 0.105 0.001 0.001 0.003 0.536 7 R 0.040 0.602 0.003 0.010 0.003 0.013 0.023 0.001 0.001 0.001 0.304 8 S 0.014 0.678 0.001 0.002 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.281 9 R 0.024 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.121 10 L 0.016 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.045 11 M 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 12 E 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 13 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 14 A 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 15 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 17 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 18 F 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 20 Q 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 21 K 0.154 0.716 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 0.032 22 G 0.384 0.273 0.096 0.007 0.002 0.003 0.009 0.117 0.001 0.003 0.106 23 F 0.047 0.030 0.839 0.009 0.002 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.045 24 Y 0.052 0.061 0.045 0.146 0.053 0.044 0.103 0.005 0.001 0.006 0.484 25 G 0.031 0.057 0.015 0.110 0.017 0.039 0.110 0.003 0.001 0.002 0.615 26 V 0.061 0.101 0.011 0.191 0.037 0.045 0.104 0.002 0.001 0.005 0.444 27 S 0.013 0.111 0.005 0.046 0.018 0.037 0.359 0.001 0.001 0.003 0.407 28 I 0.015 0.346 0.004 0.079 0.011 0.057 0.035 0.001 0.001 0.003 0.450 29 R 0.002 0.408 0.001 0.005 0.003 0.006 0.220 0.001 0.001 0.002 0.353 30 E 0.075 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.001 0.001 0.004 0.168 31 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 32 A 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 A 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 35 A 0.110 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 0.004 36 G 0.419 0.198 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.327 0.001 0.003 0.032 37 A 0.013 0.010 0.950 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.015 38 S 0.048 0.025 0.082 0.093 0.014 0.012 0.214 0.007 0.001 0.004 0.501 39 I 0.010 0.020 0.006 0.070 0.009 0.014 0.065 0.001 0.001 0.004 0.800 40 S 0.017 0.043 0.005 0.134 0.028 0.037 0.326 0.001 0.001 0.009 0.400 41 M 0.164 0.042 0.003 0.090 0.023 0.032 0.429 0.001 0.001 0.019 0.196 42 I 0.109 0.342 0.005 0.124 0.090 0.129 0.043 0.003 0.001 0.006 0.150 43 S 0.026 0.276 0.006 0.118 0.172 0.246 0.032 0.002 0.001 0.002 0.121 44 Y 0.029 0.243 0.004 0.055 0.298 0.194 0.021 0.005 0.001 0.002 0.149 45 H 0.045 0.196 0.003 0.026 0.160 0.239 0.032 0.014 0.001 0.001 0.284 46 F 0.135 0.113 0.006 0.028 0.132 0.245 0.033 0.015 0.001 0.002 0.291 47 G 0.030 0.022 0.009 0.011 0.014 0.026 0.089 0.005 0.001 0.002 0.790 48 G 0.023 0.005 0.008 0.005 0.003 0.007 0.168 0.003 0.001 0.003 0.775 49 K 0.069 0.007 0.004 0.013 0.002 0.010 0.062 0.001 0.001 0.004 0.826 50 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.001 0.001 0.001 0.718 51 G 0.063 0.062 0.001 0.002 0.001 0.003 0.447 0.001 0.001 0.007 0.412 52 L 0.037 0.863 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.081 53 Y 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 54 A 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 55 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 56 V 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 57 L 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 58 Q 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 59 E 0.017 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.031 60 Q 0.025 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.024 61 F 0.021 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.033 62 A 0.022 0.899 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.055 63 C 0.097 0.774 0.011 0.002 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.077 64 F 0.113 0.758 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.075 65 G 0.076 0.469 0.036 0.009 0.003 0.003 0.017 0.022 0.001 0.004 0.361 66 Q 0.056 0.217 0.087 0.012 0.002 0.003 0.066 0.014 0.001 0.002 0.542 67 L 0.097 0.451 0.025 0.031 0.004 0.009 0.058 0.007 0.001 0.002 0.316 68 D 0.031 0.541 0.005 0.016 0.006 0.009 0.059 0.004 0.001 0.002 0.328 69 D 0.052 0.586 0.007 0.013 0.004 0.008 0.054 0.008 0.001 0.002 0.265 70 I 0.152 0.641 0.006 0.012 0.003 0.006 0.025 0.015 0.001 0.002 0.139 71 R 0.115 0.703 0.008 0.006 0.004 0.006 0.026 0.016 0.001 0.002 0.114 72 G 0.144 0.532 0.019 0.006 0.005 0.007 0.026 0.045 0.001 0.005 0.210 73 Q 0.255 0.311 0.032 0.009 0.004 0.007 0.029 0.089 0.001 0.003 0.260 74 A 0.220 0.149 0.035 0.010 0.004 0.007 0.040 0.055 0.001 0.004 0.476 75 G 0.174 0.088 0.110 0.017 0.005 0.009 0.094 0.022 0.001 0.014 0.468 76 D 0.124 0.026 0.058 0.016 0.003 0.005 0.271 0.006 0.001 0.005 0.486 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.984 78 L 0.003 0.016 0.002 0.005 0.001 0.004 0.594 0.001 0.001 0.003 0.372 79 A 0.075 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.584 0.001 0.001 0.007 0.251 80 V 0.025 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.080 81 M 0.003 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 82 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 83 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 Y 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 85 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 86 R 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 87 W 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 88 T 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 89 I 0.010 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 90 Q 0.009 0.953 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.023 91 R 0.033 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.040 92 H 0.075 0.835 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.043 93 R 0.133 0.678 0.022 0.005 0.005 0.005 0.009 0.050 0.001 0.001 0.092 94 N 0.198 0.411 0.110 0.006 0.003 0.004 0.030 0.067 0.001 0.002 0.169 95 N 0.329 0.256 0.068 0.019 0.003 0.008 0.029 0.038 0.001 0.005 0.245 96 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 97 Q 0.006 0.008 0.015 0.004 0.001 0.002 0.525 0.001 0.001 0.004 0.436 98 L 0.235 0.114 0.004 0.011 0.002 0.005 0.309 0.001 0.001 0.008 0.312 99 L 0.037 0.795 0.002 0.014 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.123 100 R 0.014 0.825 0.002 0.014 0.006 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.117 101 F 0.023 0.887 0.001 0.006 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.064 102 Y 0.035 0.902 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.039 103 T 0.026 0.906 0.005 0.006 0.005 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 0.034 104 S 0.043 0.783 0.007 0.009 0.009 0.012 0.009 0.017 0.001 0.001 0.110 105 E 0.182 0.555 0.013 0.012 0.006 0.009 0.020 0.053 0.001 0.002 0.148 106 L 0.202 0.470 0.022 0.007 0.005 0.008 0.022 0.059 0.001 0.002 0.203 107 T 0.206 0.261 0.063 0.015 0.006 0.014 0.050 0.063 0.001 0.004 0.318 108 N 0.229 0.130 0.075 0.016 0.009 0.010 0.035 0.050 0.001 0.006 0.440 109 P 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.959 110 T 0.035 0.013 0.018 0.016 0.004 0.012 0.508 0.002 0.001 0.002 0.390 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.991 112 C 0.005 0.009 0.003 0.005 0.001 0.004 0.351 0.001 0.001 0.002 0.619 113 F 0.223 0.103 0.002 0.016 0.002 0.008 0.326 0.001 0.001 0.009 0.311 114 A 0.049 0.724 0.001 0.008 0.004 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.191 115 A 0.040 0.735 0.001 0.004 0.003 0.004 0.017 0.002 0.001 0.001 0.193 116 I 0.122 0.713 0.003 0.003 0.002 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.136 117 V 0.107 0.776 0.012 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.001 0.001 0.075 118 S 0.052 0.751 0.024 0.006 0.003 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.145 119 P 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.982 120 A 0.046 0.410 0.015 0.004 0.001 0.004 0.085 0.004 0.001 0.002 0.428 121 I 0.059 0.761 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.154 122 A 0.009 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.101 123 S 0.011 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.086 124 V 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 125 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 127 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 128 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 129 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 130 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 131 S 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 132 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 133 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 135 G 0.033 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.010 136 M 0.011 0.975 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 137 T 0.019 0.926 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.018 138 R 0.104 0.749 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.063 0.001 0.001 0.064 139 G 0.432 0.309 0.019 0.008 0.002 0.003 0.007 0.100 0.001 0.009 0.110 140 L 0.089 0.026 0.750 0.007 0.002 0.002 0.049 0.008 0.001 0.001 0.065 141 F 0.054 0.044 0.094 0.140 0.021 0.024 0.185 0.008 0.001 0.006 0.425 142 R 0.061 0.063 0.012 0.132 0.027 0.080 0.070 0.002 0.001 0.003 0.551 143 R 0.010 0.034 0.001 0.033 0.007 0.012 0.140 0.003 0.001 0.002 0.758 144 D 0.097 0.048 0.002 0.028 0.013 0.024 0.313 0.005 0.001 0.008 0.461 145 L 0.335 0.139 0.012 0.021 0.006 0.015 0.089 0.004 0.001 0.008 0.370 146 H 0.073 0.192 0.027 0.027 0.019 0.025 0.252 0.003 0.001 0.013 0.368 147 A 0.021 0.142 0.009 0.013 0.006 0.010 0.092 0.002 0.001 0.004 0.703 148 V 0.022 0.404 0.003 0.011 0.006 0.020 0.098 0.001 0.001 0.003 0.433 149 N 0.047 0.544 0.002 0.004 0.001 0.003 0.142 0.002 0.001 0.002 0.255 150 S 0.016 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.045 151 A 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 152 L 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 153 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 154 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 155 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 156 G 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 157 M 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 158 V 0.012 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 159 N 0.016 0.942 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.026 160 Y 0.032 0.889 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.053 161 F 0.035 0.902 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.035 162 F 0.022 0.899 0.011 0.006 0.004 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.045 163 L 0.030 0.851 0.011 0.011 0.006 0.007 0.007 0.008 0.001 0.001 0.068 164 S 0.070 0.767 0.009 0.011 0.007 0.010 0.012 0.015 0.001 0.001 0.097 165 T 0.097 0.652 0.013 0.016 0.010 0.015 0.018 0.023 0.001 0.001 0.154 166 L 0.094 0.504 0.038 0.026 0.018 0.026 0.047 0.022 0.001 0.002 0.223 167 A 0.098 0.401 0.036 0.036 0.021 0.026 0.085 0.021 0.001 0.004 0.272 168 T 0.142 0.402 0.020 0.022 0.016 0.030 0.059 0.024 0.001 0.005 0.278 169 E 0.159 0.234 0.018 0.021 0.016 0.028 0.070 0.030 0.001 0.010 0.413 170 G 0.193 0.109 0.042 0.020 0.013 0.022 0.105 0.034 0.001 0.013 0.449 171 L 0.263 0.098 0.065 0.032 0.019 0.030 0.117 0.013 0.001 0.009 0.355 172 T 0.081 0.093 0.012 0.040 0.036 0.041 0.135 0.012 0.001 0.008 0.541 173 S 0.086 0.048 0.007 0.025 0.019 0.038 0.089 0.014 0.001 0.007 0.667 174 H 0.185 0.030 0.012 0.030 0.010 0.028 0.125 0.010 0.001 0.011 0.558 175 S 0.156 0.011 0.009 0.018 0.007 0.011 0.259 0.005 0.001 0.007 0.518 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 177 D 0.009 0.003 0.002 0.009 0.003 0.007 0.400 0.001 0.001 0.003 0.562 178 Q 0.178 0.010 0.001 0.009 0.002 0.004 0.337 0.001 0.001 0.013 0.446 179 D 0.030 0.057 0.002 0.009 0.001 0.005 0.124 0.001 0.001 0.005 0.767 180 E 0.017 0.092 0.001 0.005 0.001 0.003 0.203 0.001 0.001 0.007 0.671 181 E 0.060 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.001 0.001 0.004 0.314 182 L 0.056 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.079 183 I 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 184 R 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 185 Q 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 186 Y 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 187 V 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 189 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 190 F 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 191 T 0.011 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 192 R 0.027 0.922 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.026 193 G 0.142 0.731 0.018 0.004 0.001 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 0.054 194 I 0.093 0.734 0.055 0.010 0.006 0.005 0.010 0.031 0.001 0.001 0.054 195 M 0.072 0.545 0.057 0.034 0.038 0.032 0.026 0.030 0.001 0.001 0.164 196 A 0.067 0.369 0.028 0.031 0.043 0.050 0.053 0.034 0.001 0.002 0.324 197 D 0.089 0.188 0.009 0.022 0.031 0.050 0.074 0.029 0.001 0.004 0.504 198 G 0.070 0.039 0.007 0.012 0.013 0.021 0.057 0.011 0.001 0.016 0.753 199 G 0.107 0.018 0.047 0.012 0.008 0.010 0.265 0.004 0.001 0.014 0.515 200 A 0.234 0.011 0.014 0.016 0.006 0.012 0.176 0.003 0.001 0.017 0.512 201 A 0.161 0.016 0.016 0.034 0.019 0.026 0.137 0.002 0.001 0.004 0.584 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.987 203 A 0.013 0.004 0.001 0.022 0.031 0.079 0.085 0.001 0.001 0.001 0.763