# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.007 0.033 0.016 0.019 0.071 0.005 0.806 2 T 0.031 0.009 0.021 0.014 0.026 0.190 0.004 0.705 3 R 0.015 0.006 0.007 0.003 0.013 0.036 0.002 0.919 4 A 0.015 0.013 0.004 0.002 0.006 0.179 0.002 0.779 5 D 0.035 0.027 0.002 0.001 0.002 0.547 0.003 0.384 6 C 0.118 0.519 0.003 0.002 0.003 0.075 0.004 0.277 7 R 0.030 0.797 0.006 0.001 0.004 0.023 0.003 0.135 8 S 0.009 0.844 0.004 0.001 0.002 0.016 0.002 0.122 9 R 0.046 0.764 0.002 0.001 0.002 0.031 0.007 0.146 10 L 0.021 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.025 11 M 0.004 0.959 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 12 E 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 13 V 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 14 A 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 15 T 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 16 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 19 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 20 Q 0.044 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 21 K 0.130 0.734 0.020 0.005 0.001 0.002 0.072 0.035 22 G 0.171 0.274 0.099 0.011 0.008 0.016 0.113 0.309 23 F 0.128 0.121 0.331 0.024 0.030 0.059 0.022 0.285 24 Y 0.035 0.066 0.138 0.027 0.030 0.092 0.012 0.600 25 G 0.061 0.046 0.065 0.012 0.022 0.072 0.008 0.714 26 V 0.126 0.081 0.209 0.039 0.033 0.127 0.009 0.376 27 S 0.034 0.103 0.044 0.034 0.036 0.266 0.007 0.476 28 I 0.046 0.184 0.061 0.027 0.121 0.053 0.006 0.503 29 R 0.013 0.137 0.012 0.007 0.028 0.289 0.004 0.511 30 E 0.035 0.168 0.002 0.001 0.004 0.298 0.004 0.488 31 L 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 32 A 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 33 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 34 A 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 35 A 0.017 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 36 G 0.841 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.121 0.012 37 A 0.021 0.030 0.915 0.004 0.002 0.005 0.004 0.018 38 S 0.020 0.130 0.102 0.024 0.055 0.181 0.013 0.476 39 I 0.012 0.039 0.132 0.007 0.013 0.042 0.005 0.751 40 S 0.011 0.127 0.116 0.014 0.012 0.348 0.006 0.366 41 M 0.099 0.156 0.144 0.013 0.017 0.318 0.019 0.234 42 I 0.080 0.648 0.048 0.041 0.050 0.037 0.009 0.088 43 S 0.034 0.637 0.061 0.061 0.117 0.029 0.006 0.054 44 Y 0.070 0.471 0.053 0.149 0.124 0.014 0.021 0.098 45 H 0.129 0.248 0.067 0.076 0.121 0.031 0.045 0.283 46 F 0.147 0.138 0.075 0.120 0.157 0.038 0.031 0.294 47 G 0.024 0.028 0.030 0.020 0.029 0.063 0.011 0.796 48 G 0.077 0.024 0.011 0.009 0.017 0.141 0.016 0.705 49 K 0.130 0.030 0.018 0.003 0.009 0.070 0.009 0.732 50 E 0.009 0.033 0.007 0.001 0.003 0.149 0.002 0.796 51 G 0.030 0.126 0.003 0.002 0.002 0.257 0.004 0.576 52 L 0.040 0.649 0.003 0.002 0.003 0.049 0.002 0.251 53 Y 0.006 0.849 0.002 0.001 0.004 0.019 0.001 0.118 54 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 V 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 57 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 58 Q 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 59 E 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 60 Q 0.019 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 61 F 0.012 0.948 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 62 A 0.022 0.887 0.008 0.002 0.002 0.009 0.009 0.061 63 C 0.110 0.734 0.013 0.001 0.001 0.012 0.029 0.098 64 F 0.078 0.787 0.033 0.002 0.003 0.006 0.015 0.077 65 G 0.028 0.481 0.035 0.004 0.005 0.039 0.017 0.392 66 Q 0.087 0.327 0.022 0.004 0.005 0.072 0.019 0.464 67 L 0.150 0.520 0.032 0.005 0.011 0.037 0.015 0.231 68 D 0.039 0.527 0.027 0.005 0.011 0.058 0.010 0.322 69 D 0.057 0.437 0.014 0.003 0.006 0.060 0.012 0.411 70 I 0.102 0.648 0.013 0.004 0.006 0.040 0.013 0.174 71 R 0.060 0.744 0.012 0.004 0.008 0.016 0.012 0.144 72 G 0.123 0.493 0.019 0.006 0.010 0.032 0.029 0.288 73 Q 0.207 0.430 0.042 0.006 0.007 0.051 0.040 0.218 74 A 0.212 0.288 0.029 0.004 0.006 0.038 0.044 0.379 75 G 0.249 0.102 0.052 0.007 0.005 0.054 0.072 0.458 76 D 0.174 0.044 0.061 0.007 0.008 0.195 0.012 0.499 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 78 L 0.005 0.011 0.005 0.002 0.009 0.568 0.001 0.401 79 A 0.056 0.045 0.002 0.001 0.001 0.569 0.002 0.325 80 V 0.014 0.889 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.079 81 M 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 82 T 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 84 Y 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 87 W 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 88 T 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 89 I 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 90 Q 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 91 R 0.014 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 92 H 0.028 0.938 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.018 93 R 0.075 0.806 0.011 0.003 0.004 0.010 0.022 0.070 94 N 0.148 0.526 0.017 0.004 0.004 0.023 0.078 0.198 95 N 0.339 0.246 0.022 0.005 0.005 0.023 0.036 0.324 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 97 Q 0.008 0.033 0.007 0.005 0.009 0.405 0.004 0.530 98 L 0.203 0.221 0.016 0.004 0.006 0.199 0.010 0.341 99 L 0.039 0.811 0.012 0.005 0.009 0.026 0.002 0.096 100 R 0.015 0.871 0.014 0.006 0.008 0.015 0.002 0.070 101 F 0.023 0.887 0.011 0.007 0.008 0.008 0.005 0.051 102 Y 0.034 0.890 0.008 0.010 0.016 0.006 0.009 0.028 103 T 0.040 0.833 0.015 0.014 0.026 0.007 0.011 0.054 104 S 0.053 0.705 0.022 0.016 0.024 0.015 0.022 0.143 105 E 0.176 0.466 0.025 0.015 0.017 0.044 0.067 0.191 106 L 0.310 0.363 0.043 0.015 0.018 0.039 0.042 0.170 107 T 0.199 0.203 0.060 0.019 0.028 0.098 0.060 0.333 108 N 0.172 0.087 0.045 0.023 0.023 0.057 0.027 0.565 109 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 110 T 0.027 0.011 0.013 0.008 0.019 0.498 0.005 0.419 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 112 C 0.007 0.027 0.003 0.004 0.010 0.404 0.001 0.545 113 F 0.226 0.153 0.008 0.003 0.009 0.242 0.007 0.352 114 A 0.059 0.789 0.003 0.003 0.005 0.019 0.002 0.120 115 A 0.048 0.790 0.004 0.004 0.006 0.022 0.006 0.120 116 I 0.129 0.732 0.005 0.003 0.003 0.010 0.014 0.104 117 V 0.070 0.845 0.007 0.003 0.006 0.006 0.015 0.047 118 S 0.058 0.698 0.014 0.010 0.016 0.018 0.011 0.175 119 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 120 A 0.024 0.539 0.006 0.005 0.010 0.086 0.006 0.325 121 I 0.065 0.736 0.009 0.002 0.002 0.023 0.010 0.153 122 A 0.013 0.890 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.080 123 S 0.025 0.849 0.002 0.001 0.001 0.016 0.003 0.102 124 V 0.025 0.913 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.051 125 I 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 126 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 127 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 128 L 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 129 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 130 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 131 S 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 132 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 133 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 134 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 135 G 0.055 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 136 M 0.028 0.917 0.011 0.002 0.003 0.003 0.009 0.026 137 T 0.037 0.837 0.013 0.003 0.004 0.009 0.021 0.075 138 R 0.128 0.607 0.034 0.006 0.004 0.012 0.084 0.124 139 G 0.632 0.117 0.019 0.005 0.001 0.005 0.131 0.090 140 L 0.120 0.027 0.662 0.011 0.009 0.042 0.020 0.109 141 F 0.030 0.035 0.145 0.036 0.061 0.098 0.006 0.589 142 R 0.038 0.050 0.123 0.041 0.125 0.108 0.005 0.510 143 R 0.020 0.036 0.038 0.013 0.024 0.126 0.005 0.738 144 D 0.103 0.061 0.026 0.007 0.011 0.194 0.016 0.584 145 L 0.456 0.082 0.018 0.009 0.010 0.058 0.018 0.348 146 H 0.056 0.142 0.034 0.016 0.018 0.250 0.012 0.473 147 A 0.025 0.090 0.012 0.005 0.014 0.079 0.004 0.771 148 V 0.024 0.462 0.011 0.006 0.013 0.097 0.003 0.384 149 N 0.018 0.590 0.005 0.003 0.004 0.137 0.004 0.240 150 S 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 151 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 152 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 155 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 156 G 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 157 M 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 158 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 159 N 0.005 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 160 Y 0.011 0.951 0.005 0.002 0.001 0.002 0.007 0.022 161 F 0.015 0.941 0.008 0.003 0.003 0.004 0.007 0.021 162 F 0.021 0.906 0.013 0.006 0.007 0.009 0.008 0.031 163 L 0.037 0.881 0.017 0.009 0.010 0.008 0.008 0.030 164 S 0.061 0.796 0.021 0.016 0.013 0.011 0.020 0.062 165 T 0.098 0.614 0.039 0.019 0.021 0.019 0.031 0.159 166 L 0.100 0.560 0.050 0.030 0.042 0.037 0.024 0.156 167 A 0.113 0.436 0.046 0.033 0.054 0.076 0.035 0.207 168 T 0.131 0.371 0.046 0.026 0.039 0.055 0.034 0.299 169 E 0.142 0.272 0.057 0.023 0.030 0.071 0.032 0.373 170 G 0.182 0.161 0.049 0.019 0.021 0.091 0.051 0.426 171 L 0.289 0.125 0.118 0.028 0.038 0.080 0.028 0.294 172 T 0.089 0.100 0.078 0.037 0.048 0.140 0.020 0.488 173 S 0.094 0.041 0.052 0.018 0.037 0.075 0.018 0.665 174 H 0.163 0.040 0.075 0.015 0.027 0.133 0.031 0.516 175 S 0.148 0.012 0.022 0.010 0.015 0.453 0.010 0.331 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 D 0.007 0.002 0.005 0.005 0.016 0.462 0.002 0.502 178 Q 0.253 0.003 0.003 0.001 0.002 0.338 0.005 0.394 179 D 0.134 0.049 0.005 0.002 0.009 0.099 0.002 0.701 180 E 0.023 0.049 0.004 0.001 0.006 0.097 0.001 0.818 181 E 0.021 0.078 0.002 0.001 0.001 0.251 0.002 0.645 182 L 0.049 0.515 0.001 0.001 0.002 0.155 0.003 0.274 183 I 0.008 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 184 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 185 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 186 Y 0.017 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 187 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 188 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 189 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 190 F 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 191 T 0.005 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 192 R 0.015 0.956 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.014 193 G 0.137 0.744 0.014 0.005 0.003 0.005 0.047 0.045 194 I 0.161 0.655 0.051 0.012 0.011 0.012 0.034 0.064 195 M 0.095 0.435 0.139 0.034 0.040 0.035 0.038 0.183 196 A 0.113 0.216 0.092 0.035 0.042 0.050 0.034 0.417 197 D 0.069 0.123 0.068 0.019 0.025 0.073 0.023 0.601 198 G 0.063 0.033 0.026 0.007 0.010 0.048 0.018 0.795 199 G 0.106 0.027 0.044 0.010 0.014 0.193 0.033 0.573 200 A 0.214 0.023 0.030 0.009 0.015 0.162 0.040 0.508 201 A 0.175 0.025 0.037 0.021 0.027 0.117 0.007 0.591 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 203 A 0.012 0.006 0.018 0.026 0.076 0.122 0.003 0.738