# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.097 0.311 0.061 0.111 0.040 0.059 0.080 0.032 0.083 0.001 2 T 0.199 0.098 0.532 0.078 0.026 0.041 0.007 0.001 0.011 0.004 0.003 3 R 0.363 0.078 0.272 0.090 0.069 0.050 0.026 0.009 0.021 0.019 0.003 4 A 0.779 0.024 0.099 0.057 0.011 0.011 0.007 0.002 0.004 0.002 0.002 5 D 0.717 0.014 0.063 0.162 0.008 0.019 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 6 C 0.842 0.028 0.050 0.054 0.008 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 7 R 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.932 0.001 0.001 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.230 0.003 0.012 0.726 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.049 0.001 0.007 0.019 0.020 0.001 0.245 0.493 0.001 0.163 0.001 23 F 0.456 0.073 0.230 0.156 0.020 0.041 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 24 Y 0.376 0.117 0.136 0.276 0.032 0.030 0.020 0.001 0.009 0.002 0.001 25 G 0.327 0.046 0.104 0.117 0.139 0.043 0.098 0.081 0.010 0.035 0.001 26 V 0.362 0.248 0.188 0.138 0.039 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 S 0.321 0.204 0.290 0.025 0.089 0.050 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 28 I 0.995 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.157 0.001 0.007 0.806 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.008 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.595 0.342 0.001 0.030 0.001 37 A 0.054 0.204 0.539 0.168 0.012 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 38 S 0.081 0.167 0.553 0.031 0.063 0.065 0.006 0.001 0.027 0.007 0.001 39 I 0.796 0.024 0.102 0.030 0.015 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 40 S 0.716 0.062 0.057 0.084 0.053 0.009 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 41 M 0.497 0.250 0.087 0.052 0.085 0.017 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 42 I 0.392 0.411 0.089 0.014 0.018 0.047 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 43 S 0.261 0.564 0.063 0.035 0.045 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 Y 0.254 0.444 0.076 0.060 0.106 0.038 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 45 H 0.290 0.242 0.138 0.095 0.033 0.096 0.042 0.003 0.060 0.001 0.001 46 F 0.235 0.108 0.104 0.375 0.036 0.040 0.066 0.003 0.031 0.002 0.001 47 G 0.127 0.015 0.084 0.278 0.088 0.014 0.123 0.138 0.004 0.128 0.001 48 G 0.084 0.034 0.246 0.052 0.174 0.025 0.050 0.038 0.014 0.285 0.001 49 K 0.936 0.004 0.037 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.951 0.004 0.008 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.981 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.967 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.923 0.001 0.002 0.067 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.908 0.003 0.008 0.072 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.852 0.005 0.011 0.117 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.714 0.009 0.030 0.220 0.003 0.007 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 65 G 0.759 0.006 0.040 0.068 0.025 0.007 0.049 0.028 0.002 0.016 0.001 66 Q 0.719 0.031 0.070 0.129 0.012 0.027 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 67 L 0.844 0.029 0.063 0.040 0.005 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 68 D 0.923 0.007 0.026 0.029 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.850 0.013 0.029 0.072 0.005 0.013 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 70 I 0.787 0.031 0.061 0.095 0.004 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 71 R 0.725 0.027 0.099 0.102 0.005 0.017 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 72 G 0.657 0.011 0.072 0.103 0.023 0.011 0.041 0.049 0.003 0.029 0.001 73 Q 0.514 0.059 0.137 0.215 0.019 0.017 0.019 0.005 0.011 0.004 0.001 74 A 0.265 0.039 0.224 0.320 0.021 0.023 0.082 0.007 0.011 0.006 0.002 75 G 0.151 0.018 0.101 0.096 0.072 0.015 0.063 0.318 0.007 0.159 0.001 76 D 0.055 0.076 0.687 0.040 0.030 0.045 0.005 0.001 0.058 0.003 0.001 77 P 0.969 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.905 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.823 0.006 0.008 0.147 0.002 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 93 R 0.846 0.006 0.018 0.113 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.452 0.013 0.024 0.466 0.005 0.012 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 95 N 0.070 0.053 0.209 0.035 0.017 0.041 0.031 0.001 0.542 0.001 0.001 96 P 0.922 0.001 0.066 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 Q 0.969 0.003 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.970 0.003 0.007 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.989 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.991 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.977 0.003 0.003 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.903 0.010 0.007 0.064 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 T 0.884 0.016 0.012 0.066 0.005 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 104 S 0.899 0.011 0.015 0.056 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.812 0.019 0.023 0.110 0.004 0.013 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 106 L 0.606 0.033 0.072 0.235 0.007 0.019 0.021 0.001 0.006 0.001 0.001 107 T 0.433 0.068 0.081 0.335 0.017 0.014 0.037 0.004 0.009 0.002 0.001 108 N 0.052 0.147 0.324 0.020 0.058 0.063 0.042 0.002 0.290 0.003 0.001 109 P 0.330 0.005 0.514 0.069 0.001 0.050 0.003 0.001 0.002 0.001 0.026 110 T 0.153 0.128 0.467 0.025 0.035 0.022 0.005 0.001 0.159 0.005 0.001 111 P 0.828 0.001 0.128 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 112 C 0.886 0.011 0.025 0.059 0.004 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 113 F 0.881 0.015 0.026 0.059 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 114 A 0.962 0.007 0.016 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.970 0.005 0.007 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.905 0.010 0.016 0.052 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 V 0.838 0.032 0.041 0.059 0.004 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 118 S 0.854 0.012 0.080 0.010 0.005 0.013 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 119 P 0.979 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.956 0.002 0.005 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.985 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.941 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.894 0.001 0.008 0.075 0.003 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 136 M 0.911 0.006 0.035 0.033 0.001 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 137 T 0.796 0.015 0.031 0.138 0.002 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 138 R 0.245 0.011 0.044 0.659 0.007 0.004 0.025 0.002 0.003 0.001 0.001 139 G 0.029 0.002 0.014 0.013 0.029 0.002 0.137 0.679 0.001 0.094 0.001 140 L 0.237 0.203 0.421 0.061 0.022 0.026 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 141 F 0.171 0.201 0.431 0.072 0.017 0.073 0.005 0.001 0.024 0.001 0.003 142 R 0.247 0.151 0.407 0.056 0.037 0.052 0.007 0.002 0.035 0.003 0.003 143 R 0.630 0.039 0.190 0.077 0.017 0.020 0.010 0.005 0.005 0.003 0.005 144 D 0.302 0.094 0.134 0.217 0.038 0.071 0.093 0.014 0.031 0.003 0.003 145 L 0.287 0.136 0.323 0.184 0.009 0.029 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 146 H 0.205 0.100 0.457 0.037 0.041 0.082 0.016 0.001 0.057 0.003 0.001 147 A 0.962 0.002 0.024 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.953 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.952 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 161 F 0.966 0.004 0.002 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 F 0.919 0.007 0.005 0.051 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 163 L 0.830 0.016 0.010 0.129 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 164 S 0.799 0.016 0.021 0.132 0.011 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 165 T 0.806 0.030 0.035 0.087 0.015 0.010 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 166 L 0.764 0.037 0.067 0.089 0.006 0.022 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 167 A 0.642 0.046 0.086 0.172 0.010 0.021 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 168 T 0.547 0.083 0.085 0.196 0.029 0.020 0.023 0.003 0.011 0.002 0.001 169 E 0.369 0.042 0.127 0.311 0.021 0.020 0.086 0.006 0.015 0.003 0.001 170 G 0.101 0.011 0.043 0.055 0.048 0.013 0.155 0.452 0.006 0.116 0.001 171 L 0.226 0.144 0.376 0.168 0.022 0.034 0.012 0.001 0.012 0.002 0.001 172 T 0.209 0.228 0.302 0.113 0.049 0.036 0.023 0.004 0.026 0.008 0.003 173 S 0.268 0.140 0.283 0.124 0.076 0.035 0.032 0.010 0.020 0.010 0.002 174 H 0.125 0.125 0.300 0.249 0.042 0.080 0.029 0.012 0.029 0.007 0.002 175 S 0.032 0.208 0.524 0.012 0.062 0.027 0.006 0.001 0.114 0.013 0.001 176 P 0.692 0.005 0.226 0.019 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 177 D 0.392 0.034 0.098 0.386 0.015 0.022 0.022 0.013 0.013 0.003 0.001 178 Q 0.261 0.100 0.391 0.103 0.027 0.038 0.011 0.002 0.063 0.003 0.001 179 D 0.944 0.001 0.044 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 T 0.914 0.001 0.003 0.071 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 192 R 0.460 0.004 0.010 0.504 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 193 G 0.461 0.011 0.046 0.179 0.054 0.004 0.073 0.138 0.002 0.032 0.001 194 I 0.451 0.120 0.222 0.143 0.012 0.030 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 195 M 0.250 0.221 0.296 0.107 0.039 0.044 0.015 0.002 0.022 0.003 0.001 196 A 0.321 0.141 0.328 0.096 0.045 0.028 0.010 0.004 0.021 0.006 0.001 197 D 0.203 0.053 0.345 0.236 0.018 0.040 0.061 0.005 0.030 0.003 0.003 198 G 0.095 0.012 0.075 0.082 0.048 0.009 0.117 0.389 0.007 0.166 0.001 199 G 0.157 0.036 0.224 0.110 0.092 0.020 0.076 0.098 0.009 0.177 0.001 200 A 0.146 0.105 0.394 0.186 0.038 0.056 0.024 0.006 0.024 0.011 0.009 201 A 0.017 0.198 0.576 0.005 0.045 0.013 0.004 0.001 0.136 0.006 0.001 202 P 0.133 0.003 0.779 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 203 A 0.318 0.167 0.251 0.094 0.080 0.020 0.014 0.028 0.017 0.010 0.001