# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.264 0.153 0.026 0.177 0.015 0.030 0.065 0.055 0.107 0.040 2 T 0.047 0.450 0.232 0.012 0.150 0.008 0.011 0.032 0.018 0.021 0.019 3 R 0.059 0.272 0.117 0.012 0.137 0.010 0.017 0.200 0.125 0.030 0.021 4 A 0.004 0.015 0.006 0.002 0.008 0.008 0.036 0.670 0.226 0.021 0.004 5 D 0.009 0.022 0.011 0.002 0.012 0.004 0.018 0.745 0.084 0.082 0.010 6 C 0.011 0.024 0.007 0.001 0.013 0.001 0.003 0.821 0.067 0.044 0.008 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.051 0.002 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.010 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.062 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.864 0.115 0.005 0.001 20 Q 0.004 0.009 0.008 0.002 0.006 0.008 0.223 0.630 0.076 0.027 0.008 21 K 0.021 0.366 0.181 0.024 0.050 0.028 0.155 0.082 0.026 0.052 0.015 22 G 0.040 0.022 0.017 0.028 0.021 0.014 0.015 0.074 0.041 0.434 0.294 23 F 0.087 0.118 0.040 0.024 0.116 0.015 0.021 0.228 0.153 0.123 0.075 24 Y 0.030 0.097 0.055 0.035 0.067 0.097 0.081 0.304 0.138 0.075 0.024 25 G 0.083 0.066 0.036 0.023 0.080 0.016 0.034 0.285 0.116 0.196 0.067 26 V 0.047 0.279 0.100 0.007 0.201 0.010 0.019 0.237 0.051 0.033 0.016 27 S 0.051 0.448 0.095 0.002 0.098 0.002 0.005 0.250 0.012 0.012 0.024 28 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.892 0.095 0.003 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.078 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.810 0.056 0.040 0.007 35 A 0.002 0.819 0.119 0.002 0.015 0.002 0.024 0.010 0.002 0.003 0.001 36 G 0.012 0.002 0.003 0.013 0.003 0.011 0.006 0.019 0.011 0.515 0.405 37 A 0.025 0.433 0.184 0.037 0.113 0.007 0.010 0.063 0.034 0.072 0.023 38 S 0.082 0.356 0.194 0.008 0.206 0.008 0.004 0.091 0.015 0.010 0.024 39 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.710 0.261 0.005 0.001 40 S 0.003 0.007 0.004 0.001 0.007 0.002 0.010 0.862 0.096 0.008 0.001 41 M 0.010 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.003 0.871 0.071 0.014 0.005 42 I 0.018 0.008 0.002 0.001 0.016 0.002 0.016 0.819 0.104 0.010 0.005 43 S 0.010 0.010 0.003 0.001 0.022 0.006 0.013 0.716 0.203 0.013 0.003 44 Y 0.025 0.034 0.012 0.002 0.042 0.008 0.118 0.594 0.132 0.024 0.008 45 H 0.061 0.034 0.031 0.010 0.049 0.018 0.272 0.261 0.084 0.133 0.047 46 F 0.060 0.278 0.136 0.060 0.154 0.025 0.057 0.060 0.036 0.092 0.041 47 G 0.012 0.052 0.047 0.376 0.013 0.129 0.093 0.074 0.054 0.120 0.030 48 G 0.029 0.267 0.370 0.067 0.074 0.007 0.006 0.033 0.013 0.096 0.037 49 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.662 0.294 0.020 0.004 50 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.869 0.107 0.009 0.001 51 G 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.910 0.049 0.026 0.002 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.020 0.003 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.963 0.025 0.001 0.001 60 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.916 0.053 0.013 0.002 61 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.830 0.138 0.016 0.003 62 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.032 0.860 0.086 0.008 0.001 63 C 0.011 0.017 0.008 0.003 0.012 0.005 0.076 0.675 0.091 0.093 0.010 64 F 0.042 0.043 0.015 0.009 0.060 0.009 0.022 0.513 0.154 0.097 0.036 65 G 0.010 0.018 0.012 0.010 0.013 0.020 0.043 0.678 0.134 0.051 0.012 66 Q 0.025 0.032 0.013 0.005 0.031 0.004 0.024 0.559 0.104 0.179 0.023 67 L 0.052 0.031 0.008 0.004 0.067 0.005 0.011 0.578 0.171 0.051 0.022 68 D 0.007 0.010 0.004 0.003 0.015 0.011 0.020 0.752 0.156 0.019 0.003 69 D 0.009 0.008 0.004 0.001 0.016 0.003 0.021 0.730 0.157 0.046 0.004 70 I 0.025 0.013 0.008 0.004 0.025 0.007 0.042 0.644 0.164 0.057 0.012 71 R 0.025 0.091 0.033 0.017 0.053 0.026 0.061 0.456 0.156 0.069 0.014 72 G 0.025 0.051 0.034 0.019 0.032 0.018 0.065 0.376 0.180 0.163 0.038 73 Q 0.033 0.095 0.084 0.017 0.071 0.017 0.068 0.227 0.134 0.208 0.047 74 A 0.040 0.234 0.103 0.022 0.119 0.026 0.068 0.149 0.088 0.118 0.033 75 G 0.028 0.127 0.100 0.060 0.039 0.044 0.055 0.091 0.075 0.329 0.050 76 D 0.034 0.391 0.325 0.010 0.119 0.003 0.004 0.064 0.013 0.020 0.017 77 P 0.004 0.029 0.005 0.001 0.007 0.002 0.005 0.754 0.178 0.012 0.003 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.091 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.002 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.016 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.035 0.005 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.873 0.116 0.004 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.890 0.077 0.004 0.001 91 R 0.006 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.069 0.753 0.122 0.025 0.004 92 H 0.024 0.015 0.007 0.005 0.024 0.008 0.041 0.487 0.229 0.128 0.031 93 R 0.011 0.033 0.012 0.006 0.021 0.013 0.087 0.600 0.157 0.049 0.011 94 N 0.019 0.039 0.029 0.016 0.021 0.022 0.080 0.114 0.086 0.535 0.039 95 N 0.064 0.357 0.234 0.004 0.263 0.002 0.002 0.037 0.013 0.013 0.011 96 P 0.004 0.008 0.001 0.001 0.005 0.006 0.020 0.639 0.289 0.026 0.002 97 Q 0.003 0.008 0.004 0.001 0.006 0.002 0.015 0.842 0.095 0.022 0.002 98 L 0.010 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.864 0.069 0.029 0.008 99 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.897 0.086 0.005 0.001 100 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.915 0.069 0.003 0.001 101 F 0.005 0.006 0.002 0.001 0.009 0.002 0.025 0.879 0.054 0.015 0.002 102 Y 0.020 0.015 0.006 0.003 0.022 0.004 0.031 0.762 0.090 0.038 0.010 103 T 0.017 0.015 0.005 0.003 0.026 0.005 0.014 0.660 0.208 0.039 0.009 104 S 0.006 0.015 0.006 0.002 0.012 0.007 0.058 0.675 0.196 0.018 0.004 105 E 0.019 0.024 0.013 0.004 0.027 0.009 0.079 0.470 0.203 0.133 0.018 106 L 0.051 0.054 0.017 0.005 0.074 0.006 0.034 0.301 0.269 0.150 0.038 107 T 0.034 0.067 0.037 0.017 0.045 0.038 0.074 0.179 0.196 0.266 0.047 108 N 0.057 0.280 0.177 0.013 0.194 0.010 0.033 0.097 0.051 0.069 0.019 109 P 0.029 0.141 0.050 0.012 0.054 0.021 0.056 0.092 0.184 0.335 0.025 110 T 0.046 0.359 0.244 0.004 0.263 0.002 0.003 0.045 0.019 0.009 0.007 111 P 0.004 0.015 0.003 0.001 0.007 0.004 0.025 0.579 0.346 0.013 0.003 112 C 0.009 0.021 0.010 0.002 0.015 0.004 0.045 0.662 0.139 0.086 0.007 113 F 0.036 0.025 0.004 0.003 0.034 0.004 0.007 0.532 0.179 0.142 0.034 114 A 0.006 0.011 0.004 0.002 0.013 0.005 0.010 0.724 0.196 0.025 0.004 115 A 0.005 0.011 0.004 0.001 0.012 0.004 0.023 0.769 0.139 0.030 0.003 116 I 0.013 0.021 0.007 0.002 0.023 0.003 0.031 0.713 0.116 0.066 0.007 117 V 0.023 0.045 0.015 0.004 0.039 0.004 0.012 0.560 0.195 0.085 0.017 118 S 0.016 0.099 0.044 0.002 0.053 0.004 0.011 0.654 0.101 0.011 0.005 119 P 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.022 0.861 0.091 0.007 0.001 120 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.011 0.872 0.064 0.029 0.003 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.073 0.006 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.009 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.966 0.022 0.001 0.001 135 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.901 0.037 0.018 0.004 136 M 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.753 0.213 0.013 0.002 137 T 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.011 0.117 0.708 0.100 0.036 0.012 138 R 0.007 0.475 0.213 0.022 0.029 0.014 0.124 0.072 0.024 0.016 0.003 139 G 0.023 0.014 0.024 0.038 0.015 0.016 0.013 0.050 0.037 0.491 0.278 140 L 0.063 0.263 0.069 0.010 0.178 0.006 0.023 0.148 0.085 0.116 0.038 141 F 0.088 0.263 0.078 0.017 0.185 0.025 0.024 0.094 0.064 0.090 0.073 142 R 0.106 0.219 0.215 0.026 0.214 0.014 0.012 0.098 0.056 0.020 0.020 143 R 0.007 0.044 0.018 0.005 0.020 0.016 0.063 0.515 0.278 0.026 0.006 144 D 0.066 0.075 0.047 0.009 0.093 0.008 0.030 0.303 0.098 0.227 0.044 145 L 0.042 0.238 0.056 0.008 0.129 0.011 0.022 0.263 0.103 0.101 0.028 146 H 0.046 0.203 0.124 0.009 0.085 0.008 0.015 0.407 0.045 0.035 0.024 147 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.879 0.097 0.007 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.032 0.002 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.009 0.001 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.014 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.044 0.002 0.001 160 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.936 0.037 0.005 0.001 161 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.897 0.061 0.009 0.004 162 F 0.008 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.012 0.841 0.100 0.013 0.006 163 L 0.007 0.009 0.003 0.001 0.011 0.004 0.023 0.815 0.109 0.013 0.005 164 S 0.011 0.018 0.009 0.003 0.018 0.006 0.038 0.737 0.124 0.029 0.007 165 T 0.023 0.027 0.010 0.003 0.037 0.005 0.029 0.662 0.142 0.047 0.014 166 L 0.035 0.039 0.013 0.004 0.051 0.010 0.057 0.568 0.144 0.059 0.019 167 A 0.040 0.058 0.031 0.009 0.049 0.014 0.067 0.460 0.148 0.096 0.029 168 T 0.049 0.083 0.058 0.025 0.082 0.029 0.080 0.336 0.125 0.094 0.038 169 E 0.024 0.155 0.096 0.076 0.049 0.066 0.139 0.197 0.104 0.075 0.019 170 G 0.053 0.043 0.042 0.053 0.055 0.022 0.031 0.107 0.081 0.400 0.115 171 L 0.100 0.152 0.056 0.017 0.187 0.011 0.025 0.140 0.141 0.116 0.054 172 T 0.073 0.154 0.084 0.027 0.154 0.044 0.062 0.142 0.114 0.098 0.048 173 S 0.082 0.160 0.091 0.027 0.143 0.021 0.054 0.159 0.124 0.098 0.041 174 H 0.046 0.128 0.082 0.026 0.090 0.031 0.061 0.096 0.138 0.260 0.043 175 S 0.067 0.340 0.244 0.006 0.260 0.003 0.005 0.023 0.017 0.018 0.016 176 P 0.021 0.090 0.020 0.004 0.040 0.013 0.053 0.371 0.317 0.055 0.015 177 D 0.016 0.088 0.057 0.012 0.040 0.018 0.106 0.358 0.142 0.147 0.017 178 Q 0.040 0.257 0.079 0.006 0.060 0.004 0.010 0.316 0.063 0.122 0.042 179 D 0.003 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.798 0.152 0.021 0.003 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.078 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.983 0.011 0.001 0.001 190 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.062 0.003 0.001 191 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.843 0.122 0.007 0.002 192 R 0.006 0.028 0.015 0.004 0.010 0.013 0.212 0.558 0.109 0.038 0.006 193 G 0.051 0.041 0.028 0.010 0.046 0.011 0.075 0.290 0.096 0.272 0.080 194 I 0.100 0.112 0.026 0.008 0.162 0.009 0.029 0.192 0.131 0.148 0.084 195 M 0.102 0.133 0.063 0.019 0.155 0.030 0.063 0.164 0.098 0.108 0.066 196 A 0.056 0.159 0.160 0.039 0.092 0.037 0.101 0.169 0.088 0.067 0.032 197 D 0.042 0.123 0.150 0.088 0.072 0.050 0.102 0.148 0.103 0.087 0.035 198 G 0.023 0.082 0.081 0.159 0.036 0.067 0.082 0.132 0.147 0.154 0.035 199 G 0.034 0.072 0.077 0.109 0.052 0.031 0.039 0.090 0.091 0.335 0.070 200 A 0.060 0.156 0.104 0.036 0.127 0.017 0.028 0.062 0.083 0.265 0.062 201 A 0.054 0.335 0.258 0.030 0.146 0.018 0.020 0.049 0.037 0.030 0.022 202 P 0.109 0.217 0.107 0.030 0.161 0.022 0.040 0.101 0.087 0.071 0.056 203 A 0.079 0.156 0.081 0.026 0.127 0.028 0.056 0.169 0.142 0.092 0.043