# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10199 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.712 0.203 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 2 T 0.752 0.183 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 3 R 0.734 0.186 0.059 0.017 0.004 0.001 0.001 4 A 0.745 0.208 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 5 D 0.583 0.334 0.063 0.017 0.003 0.001 0.001 6 C 0.122 0.168 0.316 0.261 0.115 0.018 0.001 7 R 0.164 0.265 0.272 0.201 0.082 0.016 0.001 8 S 0.563 0.350 0.063 0.016 0.006 0.001 0.001 9 R 0.064 0.188 0.343 0.310 0.081 0.013 0.001 10 L 0.011 0.021 0.042 0.080 0.302 0.466 0.078 11 M 0.008 0.040 0.145 0.335 0.304 0.151 0.016 12 E 0.127 0.381 0.265 0.139 0.065 0.021 0.002 13 V 0.005 0.028 0.119 0.274 0.376 0.172 0.026 14 A 0.002 0.005 0.009 0.025 0.144 0.567 0.248 15 T 0.008 0.067 0.252 0.374 0.206 0.082 0.010 16 E 0.053 0.257 0.339 0.252 0.071 0.025 0.002 17 L 0.006 0.021 0.077 0.230 0.399 0.250 0.017 18 F 0.013 0.022 0.040 0.134 0.330 0.394 0.067 19 A 0.048 0.189 0.271 0.282 0.148 0.056 0.006 20 Q 0.227 0.376 0.226 0.119 0.042 0.011 0.001 21 K 0.094 0.214 0.298 0.274 0.090 0.028 0.002 22 G 0.075 0.119 0.148 0.233 0.276 0.138 0.012 23 F 0.057 0.100 0.190 0.267 0.251 0.119 0.016 24 Y 0.152 0.288 0.253 0.164 0.095 0.043 0.005 25 G 0.085 0.239 0.261 0.211 0.136 0.059 0.009 26 V 0.017 0.040 0.091 0.212 0.351 0.242 0.047 27 S 0.015 0.074 0.178 0.253 0.282 0.162 0.035 28 I 0.003 0.010 0.019 0.050 0.188 0.538 0.192 29 R 0.014 0.108 0.275 0.345 0.192 0.061 0.004 30 E 0.026 0.167 0.281 0.330 0.143 0.048 0.005 31 L 0.001 0.005 0.020 0.071 0.306 0.522 0.075 32 A 0.006 0.024 0.071 0.237 0.337 0.288 0.037 33 Q 0.120 0.433 0.257 0.123 0.048 0.017 0.002 34 A 0.060 0.191 0.286 0.332 0.098 0.031 0.003 35 A 0.017 0.024 0.057 0.149 0.347 0.369 0.037 36 G 0.172 0.354 0.247 0.139 0.060 0.024 0.004 37 A 0.071 0.089 0.131 0.237 0.263 0.163 0.047 38 S 0.075 0.166 0.178 0.193 0.210 0.142 0.035 39 I 0.055 0.108 0.181 0.227 0.222 0.162 0.045 40 S 0.108 0.163 0.161 0.164 0.192 0.149 0.063 41 M 0.055 0.058 0.082 0.157 0.183 0.262 0.203 42 I 0.021 0.018 0.027 0.069 0.129 0.325 0.411 43 S 0.038 0.067 0.104 0.156 0.214 0.276 0.146 44 Y 0.063 0.132 0.176 0.208 0.219 0.150 0.052 45 H 0.056 0.115 0.129 0.218 0.213 0.211 0.057 46 F 0.045 0.064 0.130 0.242 0.284 0.199 0.036 47 G 0.223 0.292 0.229 0.155 0.074 0.024 0.003 48 G 0.177 0.250 0.218 0.176 0.124 0.049 0.006 49 K 0.073 0.115 0.162 0.270 0.234 0.128 0.018 50 E 0.223 0.304 0.218 0.136 0.082 0.033 0.003 51 G 0.108 0.230 0.314 0.244 0.079 0.023 0.003 52 L 0.017 0.029 0.065 0.143 0.332 0.325 0.089 53 Y 0.009 0.025 0.048 0.129 0.266 0.402 0.122 54 A 0.024 0.117 0.257 0.291 0.194 0.103 0.013 55 A 0.019 0.093 0.223 0.309 0.231 0.109 0.016 56 V 0.003 0.009 0.023 0.068 0.212 0.514 0.169 57 L 0.008 0.022 0.051 0.178 0.323 0.328 0.091 58 Q 0.090 0.297 0.302 0.191 0.084 0.031 0.004 59 E 0.065 0.187 0.281 0.292 0.128 0.043 0.003 60 Q 0.044 0.098 0.144 0.244 0.278 0.179 0.013 61 F 0.055 0.105 0.209 0.299 0.244 0.083 0.005 62 A 0.323 0.376 0.182 0.079 0.031 0.009 0.001 63 C 0.169 0.244 0.220 0.208 0.118 0.038 0.003 64 F 0.094 0.120 0.185 0.284 0.230 0.080 0.006 65 G 0.383 0.367 0.151 0.065 0.027 0.007 0.001 66 Q 0.211 0.289 0.240 0.171 0.068 0.020 0.002 67 L 0.080 0.091 0.145 0.253 0.300 0.122 0.009 68 D 0.213 0.323 0.248 0.144 0.058 0.014 0.001 69 D 0.310 0.363 0.197 0.093 0.029 0.007 0.001 70 I 0.097 0.125 0.211 0.296 0.212 0.057 0.002 71 R 0.175 0.222 0.276 0.210 0.095 0.022 0.001 72 G 0.450 0.302 0.154 0.068 0.021 0.005 0.001 73 Q 0.569 0.273 0.097 0.044 0.014 0.003 0.001 74 A 0.420 0.261 0.165 0.103 0.040 0.010 0.001 75 G 0.470 0.285 0.153 0.067 0.020 0.005 0.001 76 D 0.264 0.353 0.227 0.107 0.039 0.009 0.001 77 P 0.048 0.080 0.127 0.234 0.313 0.175 0.022 78 L 0.028 0.122 0.240 0.302 0.197 0.104 0.007 79 A 0.098 0.250 0.246 0.225 0.124 0.051 0.005 80 V 0.009 0.047 0.170 0.290 0.311 0.143 0.029 81 M 0.002 0.005 0.007 0.025 0.149 0.544 0.269 82 T 0.004 0.042 0.174 0.366 0.238 0.155 0.020 83 A 0.014 0.077 0.181 0.303 0.231 0.161 0.034 84 Y 0.002 0.008 0.030 0.091 0.237 0.457 0.175 85 L 0.002 0.005 0.010 0.043 0.168 0.480 0.292 86 R 0.016 0.114 0.248 0.277 0.199 0.118 0.029 87 W 0.014 0.066 0.154 0.279 0.272 0.176 0.038 88 T 0.007 0.023 0.046 0.114 0.264 0.439 0.107 89 I 0.014 0.033 0.066 0.183 0.337 0.309 0.058 90 Q 0.101 0.297 0.280 0.178 0.100 0.041 0.004 91 R 0.052 0.133 0.244 0.315 0.177 0.072 0.007 92 H 0.053 0.075 0.141 0.242 0.299 0.175 0.016 93 R 0.209 0.270 0.245 0.174 0.081 0.020 0.001 94 N 0.468 0.341 0.110 0.050 0.023 0.007 0.001 95 N 0.231 0.259 0.211 0.190 0.080 0.026 0.003 96 P 0.242 0.258 0.219 0.159 0.085 0.033 0.004 97 Q 0.130 0.226 0.251 0.224 0.116 0.047 0.007 98 L 0.027 0.051 0.095 0.174 0.289 0.283 0.081 99 L 0.011 0.024 0.042 0.101 0.217 0.419 0.186 100 R 0.016 0.056 0.123 0.209 0.237 0.253 0.106 101 F 0.009 0.020 0.038 0.082 0.208 0.369 0.274 102 Y 0.006 0.014 0.025 0.064 0.154 0.397 0.340 103 T 0.013 0.033 0.059 0.136 0.231 0.326 0.203 104 S 0.046 0.123 0.190 0.237 0.207 0.153 0.045 105 E 0.084 0.187 0.224 0.233 0.160 0.096 0.015 106 L 0.064 0.090 0.137 0.219 0.270 0.191 0.029 107 T 0.177 0.195 0.223 0.207 0.133 0.058 0.007 108 N 0.323 0.272 0.204 0.124 0.052 0.022 0.003 109 P 0.337 0.239 0.165 0.143 0.080 0.032 0.005 110 T 0.366 0.266 0.159 0.115 0.064 0.027 0.003 111 P 0.361 0.291 0.178 0.107 0.043 0.017 0.002 112 C 0.141 0.226 0.252 0.211 0.118 0.044 0.007 113 F 0.050 0.075 0.101 0.191 0.306 0.237 0.040 114 A 0.044 0.145 0.231 0.297 0.185 0.090 0.007 115 A 0.127 0.271 0.240 0.197 0.113 0.048 0.005 116 I 0.028 0.076 0.159 0.293 0.274 0.151 0.019 117 V 0.028 0.051 0.086 0.189 0.333 0.275 0.037 118 S 0.113 0.261 0.299 0.203 0.090 0.031 0.003 119 P 0.211 0.337 0.237 0.146 0.053 0.015 0.001 120 A 0.061 0.107 0.166 0.263 0.264 0.126 0.012 121 I 0.046 0.106 0.189 0.275 0.250 0.123 0.010 122 A 0.241 0.340 0.238 0.118 0.046 0.015 0.001 123 S 0.103 0.253 0.291 0.228 0.100 0.022 0.003 124 V 0.016 0.033 0.052 0.131 0.329 0.374 0.065 125 I 0.008 0.052 0.156 0.308 0.298 0.166 0.012 126 R 0.092 0.333 0.279 0.188 0.079 0.026 0.002 127 L 0.006 0.034 0.154 0.302 0.380 0.110 0.015 128 L 0.001 0.005 0.008 0.027 0.184 0.594 0.181 129 A 0.005 0.061 0.254 0.404 0.202 0.069 0.004 130 E 0.034 0.217 0.350 0.315 0.063 0.020 0.001 131 S 0.003 0.016 0.080 0.242 0.417 0.230 0.011 132 I 0.007 0.015 0.028 0.103 0.367 0.434 0.045 133 E 0.075 0.339 0.342 0.171 0.060 0.013 0.001 134 A 0.131 0.371 0.279 0.173 0.037 0.008 0.001 135 G 0.065 0.113 0.248 0.316 0.202 0.054 0.002 136 M 0.178 0.200 0.246 0.235 0.118 0.022 0.001 137 T 0.554 0.328 0.082 0.025 0.009 0.002 0.001 138 R 0.441 0.322 0.139 0.074 0.020 0.004 0.001 139 G 0.417 0.327 0.146 0.075 0.029 0.006 0.001 140 L 0.144 0.310 0.290 0.179 0.061 0.014 0.001 141 F 0.057 0.082 0.146 0.258 0.331 0.119 0.007 142 R 0.100 0.232 0.285 0.262 0.093 0.027 0.001 143 R 0.326 0.336 0.181 0.098 0.044 0.013 0.001 144 D 0.201 0.286 0.261 0.177 0.056 0.017 0.002 145 L 0.058 0.068 0.130 0.254 0.332 0.143 0.015 146 H 0.183 0.353 0.230 0.131 0.066 0.032 0.005 147 A 0.076 0.122 0.166 0.247 0.214 0.144 0.030 148 V 0.109 0.167 0.223 0.234 0.160 0.092 0.016 149 N 0.062 0.121 0.181 0.224 0.205 0.152 0.053 150 S 0.024 0.035 0.065 0.141 0.191 0.288 0.257 151 A 0.014 0.020 0.036 0.092 0.196 0.351 0.290 152 L 0.016 0.037 0.069 0.125 0.211 0.293 0.249 153 A 0.008 0.013 0.024 0.069 0.108 0.263 0.515 154 L 0.002 0.004 0.009 0.031 0.055 0.227 0.672 155 A 0.003 0.006 0.013 0.034 0.111 0.304 0.529 156 G 0.007 0.016 0.027 0.057 0.129 0.274 0.490 157 M 0.005 0.009 0.014 0.058 0.063 0.244 0.606 158 V 0.003 0.005 0.011 0.039 0.090 0.294 0.556 159 N 0.008 0.021 0.045 0.096 0.205 0.305 0.319 160 Y 0.009 0.022 0.035 0.073 0.163 0.320 0.377 161 F 0.008 0.014 0.020 0.065 0.100 0.294 0.500 162 F 0.008 0.011 0.016 0.045 0.125 0.341 0.453 163 L 0.015 0.027 0.036 0.078 0.163 0.314 0.367 164 S 0.033 0.065 0.081 0.146 0.194 0.282 0.200 165 T 0.056 0.102 0.123 0.182 0.203 0.239 0.095 166 L 0.075 0.102 0.136 0.201 0.230 0.201 0.054 167 A 0.151 0.166 0.169 0.192 0.170 0.124 0.029 168 T 0.271 0.208 0.191 0.166 0.098 0.054 0.012 169 E 0.512 0.255 0.118 0.067 0.031 0.015 0.003 170 G 0.385 0.237 0.153 0.121 0.068 0.030 0.006 171 L 0.234 0.177 0.169 0.193 0.146 0.072 0.009 172 T 0.254 0.243 0.193 0.160 0.099 0.048 0.004 173 S 0.313 0.260 0.193 0.133 0.072 0.028 0.002 174 H 0.340 0.243 0.188 0.139 0.068 0.021 0.001 175 S 0.382 0.242 0.177 0.118 0.062 0.019 0.001 176 P 0.447 0.270 0.170 0.076 0.028 0.007 0.001 177 D 0.541 0.276 0.118 0.049 0.013 0.002 0.001 178 Q 0.430 0.300 0.158 0.078 0.028 0.007 0.001 179 D 0.189 0.207 0.245 0.233 0.098 0.026 0.001 180 E 0.423 0.373 0.136 0.049 0.016 0.003 0.001 181 E 0.230 0.433 0.207 0.102 0.023 0.003 0.001 182 L 0.014 0.043 0.101 0.229 0.388 0.211 0.014 183 I 0.010 0.048 0.128 0.293 0.322 0.189 0.011 184 R 0.091 0.295 0.308 0.197 0.082 0.025 0.002 185 Q 0.017 0.093 0.277 0.357 0.203 0.047 0.006 186 Y 0.001 0.005 0.009 0.030 0.168 0.577 0.209 187 V 0.003 0.023 0.102 0.269 0.332 0.232 0.040 188 A 0.025 0.147 0.286 0.314 0.131 0.080 0.017 189 I 0.004 0.010 0.040 0.126 0.346 0.365 0.109 190 F 0.001 0.004 0.006 0.023 0.099 0.439 0.426 191 T 0.007 0.039 0.117 0.208 0.284 0.247 0.098 192 R 0.018 0.107 0.261 0.318 0.163 0.107 0.027 193 G 0.024 0.048 0.087 0.191 0.280 0.310 0.060 194 I 0.020 0.026 0.044 0.135 0.291 0.399 0.085 195 M 0.072 0.169 0.252 0.256 0.162 0.081 0.009 196 A 0.207 0.255 0.236 0.180 0.092 0.028 0.002 197 D 0.518 0.310 0.101 0.051 0.016 0.004 0.001 198 G 0.572 0.211 0.107 0.068 0.033 0.009 0.001 199 G 0.645 0.208 0.088 0.041 0.014 0.003 0.001 200 A 0.693 0.217 0.061 0.021 0.006 0.002 0.001 201 A 0.512 0.221 0.142 0.086 0.029 0.009 0.001 202 P 0.608 0.214 0.100 0.050 0.020 0.007 0.001 203 A 0.573 0.202 0.111 0.069 0.030 0.013 0.002